| Sequence ID | dm3.chr3L |
|---|---|
| Location | 19,751,157 – 19,751,255 |
| Length | 98 |
| Max. P | 0.647683 |
| Location | 19,751,157 – 19,751,255 |
|---|---|
| Length | 98 |
| Sequences | 14 |
| Columns | 101 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 83.00 |
| Shannon entropy | 0.39048 |
| G+C content | 0.59168 |
| Mean single sequence MFE | -36.62 |
| Consensus MFE | -24.33 |
| Energy contribution | -24.56 |
| Covariance contribution | 0.23 |
| Combinations/Pair | 1.23 |
| Mean z-score | -1.37 |
| Structure conservation index | 0.66 |
| Background model | dinucleotide |
| Decision model | sequence based alignment quality |
| SVM decision value | 0.33 |
| SVM RNA-class probability | 0.647683 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>dm3.chr3L 19751157 98 - 24543557 CUCACUGUCGGCUACCUAACGGCCCUCACUGGCGAUCUCAAGACGCGUCAGGGACUGGCCAUUUCCGGUGCCCUGACUAUGGCCCUGGAUGAGGUAAG--- (((((((..(((((((....)).........(((.((....)))))((((((((((((......))))).)))))))..))))).))).)))).....--- ( -36.50, z-score = -1.38, R) >droGri2.scaffold_15110 7902596 98 + 24565398 CUCACAGUUGGCUAUCUAACGGCACUCACUGGCGAGCUCAAGGACCGCCAGGGAUUAUCCAUAUCCGGUGCGCUGACAAUGGCACUGGAGGAGGUAAG--- ......(((((....))))).((.(((.((((((..(.....)..))))))((.....))...((((((((.(.......))))))))).)))))...--- ( -32.90, z-score = -1.19, R) >droVir3.scaffold_13049 6267503 98 + 25233164 CUCACAGUUGGCUAUCUAACGGCCCUCACUGGCGAGCUCAAGGACCGCCAGGGUUUGGCCAUAUCCGGUGCGCUGACAAUGGCACUGGAUGAGGUAAG--- (((...(((((....)))))((((....((((((..(.....)..)))))).....))))..(((((((((.(.......))))))))))))).....--- ( -39.40, z-score = -2.06, R) >droMoj3.scaffold_6680 12266145 98 - 24764193 CUCACUGUUGGCUAUCUGACGGCUCUCACUGGCGAGCUCAAGGACCGCCAGGGCUUGGCCAUAUCCGGUGCACUGACAAUGGCACUGGAUGAGGUAAG--- (((.....((((((......((((....((((((..(.....)..)))))))))))))))).(((((((((.(.......))))))))))))).....--- ( -36.90, z-score = -1.52, R) >droWil1.scaffold_180949 4861520 98 - 6375548 CUAACUGUGGGCUAUCUAACGGCCCUAACUGGCGAGCUAAAGGAUCGUCAGGGUUUGGCCAUAUCCGGUGCACUGACUAUGGCAUUGGAUGAGGUAUG--- (.((((..(((((.......)))))...(((((((.(.....).))))))))))).)(((.((((((((((.(.......))))))))))).)))...--- ( -36.50, z-score = -2.48, R) >droPer1.super_48 574798 98 - 581423 CUCACAGUUGGCUAUCUGACGGCUCUCACUGGCGAGCUCAAGACGCGUCAGGGCUUGGCCAUAUCCGGUGCGCUGACGAUGGCCCUGGAUGAGGUAAG--- (((((((..(((((((....(((((........)))))........(((((.((((((......)))).)).)))))))))))))))..)))).....--- ( -36.40, z-score = -0.62, R) >dp4.chrXR_group8 7793953 98 - 9212921 CUCACAGUUGGCUAUCUGACGGCUCUCACUGGCGAGCUCAAGACGCGUCAGGGCUUGGCCAUAUCCGGUGCGCUGACGAUGGCCCUGGAUGAGGUAAG--- (((((((..(((((((....(((((........)))))........(((((.((((((......)))).)).)))))))))))))))..)))).....--- ( -36.40, z-score = -0.62, R) >droAna3.scaffold_13337 6116432 98 + 23293914 CUCACCGUCGGCUAUCUGACGGCCCUCACUGGCGACCUCAGCAUGCGCCAGGGAUUGGCCAUAUCCGGUGCGCUGACUAUGGCCCUGGAUGAGGUAAG--- ....(((((((....))))))).(((((((((((.(........))))))).....(((((((..(((....)))..))))))).....)))))....--- ( -39.90, z-score = -1.39, R) >droYak2.chr3L 3390292 98 + 24197627 CUCACAGUCGGCUACCUAACGGCCCUCACUGGCGAUCUCAAGACGCGUCAGGGACUGGCCAUUUCCGGUGCCCUGACUAUGGCCCUGGAUGAGGUAAG--- (((((((..(((((((....)).........(((.((....)))))((((((((((((......))))).)))))))..))))))))..)))).....--- ( -37.10, z-score = -1.44, R) >droEre2.scaffold_4784 19512489 98 - 25762168 CUCACAGUCGGCUACCUAACGGCCCUCACUGGCGAUCUCAAGACGCGUCAGGGACUGGCCAUUUCCGGUGCCCUGACUAUGGCCCUGGAUGAGGUAAG--- (((((((..(((((((....)).........(((.((....)))))((((((((((((......))))).)))))))..))))))))..)))).....--- ( -37.10, z-score = -1.44, R) >droSec1.super_29 417401 98 - 700605 CUCACAGUCGGCUACCUAACGGCCCUCACUGGCGAUCUCAAGACGCGUCAGGGACUGGCCAUUUCCGGUGCCCUGACUAUGGCCCUGGAUGAGGUAAG--- (((((((..(((((((....)).........(((.((....)))))((((((((((((......))))).)))))))..))))))))..)))).....--- ( -37.10, z-score = -1.44, R) >droSim1.chr3L 19045937 98 - 22553184 CUCACAGUCGGCUACCUAACGGCCCUCACUGGCGAUCUCAAGACGCGUCAGGGACUGGCCAUUUCCGGUGCCCUGACUAUGGCCCUGGAUGAGGUAAG--- (((((((..(((((((....)).........(((.((....)))))((((((((((((......))))).)))))))..))))))))..)))).....--- ( -37.10, z-score = -1.44, R) >apiMel3.Group3 4736667 98 + 12341916 CUUACCAUUGGAUACCUCACGGCCAUCAAAGGCGGCCUGAAAGAUCGCCAGGGCCUUGCCAUCUCCGGUGCCUUCUCCAUGGCCCUUGACGAGGUGAG--- ((((((.(((((....))..((((((..((((((((((............)))))..(((......))))))))....)))))).....)))))))))--- ( -33.60, z-score = -0.78, R) >triCas2.ChLG9 490335 100 + 15222296 -UUACGGUGGGGUAUCUCACGGCCGUCAAGGGGGAGCUUAGGGAGAGGCAGGGGCUGGCGGUCUCGGGGGCCAUCUCCAUGGCGUUAAACGAGGUACAAAA -..........(((((((....((.(....).)).(((...((((((((.(((((.....)))))....))).)))))..))).......))))))).... ( -35.80, z-score = -1.31, R) >consensus CUCACAGUCGGCUAUCUAACGGCCCUCACUGGCGAGCUCAAGACGCGUCAGGGACUGGCCAUAUCCGGUGCCCUGACUAUGGCCCUGGAUGAGGUAAG___ ............(((((...((((....((((((...........)))))).....))))...(((((.((..........)).)))))..)))))..... (-24.33 = -24.56 + 0.23)
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