| Sequence ID | dm3.chr3L |
|---|---|
| Location | 19,542,591 – 19,542,711 |
| Length | 120 |
| Max. P | 0.578896 |
| Location | 19,542,591 – 19,542,711 |
|---|---|
| Length | 120 |
| Sequences | 13 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 78.26 |
| Shannon entropy | 0.49272 |
| G+C content | 0.50000 |
| Mean single sequence MFE | -40.62 |
| Consensus MFE | -18.17 |
| Energy contribution | -16.94 |
| Covariance contribution | -1.23 |
| Combinations/Pair | 1.71 |
| Mean z-score | -1.61 |
| Structure conservation index | 0.45 |
| Background model | dinucleotide |
| Decision model | sequence based alignment quality |
| SVM decision value | 0.18 |
| SVM RNA-class probability | 0.578896 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>dm3.chr3L 19542591 120 - 24543557 CGCCAACACAUCUUCCUCAAACUGUUCAAAUUUAGUUUGGAGCACCGACCAGAGGAUUAUCUGUCGGAGGAUACUCUGUGGGAAAUUACCACUUGCUGGCAGGAUGGACUUUCUAGCAAA .........(((((((((((((((........))))))))......(((.(((......))))))))))))).....((((.......))))(((((((.(((.....))).))))))). ( -35.40, z-score = -1.72, R) >droSim1.chr3L 18874019 120 - 22553184 CGCCAACAGAUCUUCCUUAAGCUGUUCAAAUUCAGUUUGGAGCAUCGACCAGAGGAUUAUCUGUCGGAGGAUACUCUGUGGGAAAUUACCACUUGCUGGCAGGAUGGACUUUCUAGCAAA .....((((((..(((((((((((........))))))((........)).)))))..)))))).((((....))))((((.......))))(((((((.(((.....))).))))))). ( -36.70, z-score = -1.46, R) >droSec1.super_29 245365 120 - 700605 CGCCAACAGAUCUUCCUUAAGCUGUUCGAAUUCAGUUUGGAGCAUCGUCCAGAGGAUUAUCUGUCGGAGGAUACUCUGUGGGAAAUUACCACUUGCUGGCAGGAUGGACUUUCUAGCAAA .....((((((..(((((((((((........))))))(((......))).)))))..)))))).((((....))))((((.......))))(((((((.(((.....))).))))))). ( -38.40, z-score = -1.66, R) >droYak2.chr3L_random 3221721 120 - 4797643 CGCCAACAGAUCUUCCUUAAGCUGUUCAAAUUCAGUUUGGAGCAUCGACCAGAGGAUUAUCUUUCGGAGGAUACUCUGUGGGAAAUUACCACUUGCUGGCAGGAUGGACUUUCAAGUAAA ..(((.((((...(((((((((((........))))))).........((..(((.....)))..))))))...)))))))((((...(((((((....)))).)))..))))....... ( -30.80, z-score = -0.14, R) >droEre2.scaffold_4784 19340085 120 - 25762168 CGCCAACAGAUCUUCCUUAAGCUGUUCAAAUUCAGCUUGGAUCAUCGACCAGAGGAUUAUCUGUCGGAGGAUACUCUGUGGGAAAUUACCACUUGCUGGCAGGAUGGACUUUCAAGUAAA ..(((((((((..(((((((((((........))))))((........)).)))))..))))))(((((....))))))))((((...(((((((....)))).)))..))))....... ( -37.40, z-score = -1.93, R) >droAna3.scaffold_13337 6462696 120 - 23293914 CGCCAGAAAGUCUUUCUGAGGCUCUACAAGUUUAGUUUAGAGCACCAGCCGGAGGACUAUCUCUCCGAGGACACUCUCUGGGAGAUAACCACGUGCUGGCAAGACGCACUCUCCAGUAAG .(((((...(((((((((..((((((...........))))))..)))...))))))((((((((.((((....)))).))))))))........))))).................... ( -39.80, z-score = -1.32, R) >dp4.chrXR_group8 7618983 120 - 9212921 CGUCAGCAGAUCUUCCUGAAGCUGUACAAGUUCAGCUUGGAGCAUCGUCCGGAAGAUUAUCUAUCGGAAGACACGCUGUGGGAGAUUACCACUUGCUGGCAGGAUGCUCUGUCCAGCAAG ...((((.((((((((..((((((........))))))(((......))))))))))).....((....))...))))(((.......)))((((((((((((....)))).)))))))) ( -47.00, z-score = -2.94, R) >droPer1.super_48 397137 120 - 581423 CGUCAGCAGAUCUUCCUGAAGCUGUACAAGUUCAGCUUGGAGCAUCGUCCCGAAGAUUAUCUUUCGGAGGACACGCUGUGGGAGAUUACCACUUGCUGGCAGGAUGCUCUGUCCAGCAAG ...((((.(((.((((..((((((........)))))))))).)))(((((((((......)))))..))))..))))(((.......)))((((((((((((....)))).)))))))) ( -46.20, z-score = -2.48, R) >droWil1.scaffold_180727 826878 120 - 2741493 CGUCAGGAGAUAUUCCUGAAGCUGUUCAAAUUCAGUUUGGAGCAUCAGCCAGGAGACUAUCUAUCGGAGGAUACGCUGUGGGAGCUAACCACCUGCUGGCAGGAUGCUCUCUCCAGCAAG ..(((((((...))))))).((((..(((((...)))))(((((((.(((((.((..(((((......)))))....((((.......)))))).)))))..)))))))....))))... ( -44.40, z-score = -1.93, R) >droVir3.scaffold_13049 13120148 120 - 25233164 CGACAGCAGGUCUUUUUAAGGUUGUACAAGUUUAGCUUAGAGCAACCAGCUAGCGACUAUCUGUCGGAGGAUACGCUGUGGGAGAUAACUACCUGCUGGCAGGAUGCGCUCUCCAGCAAA ((((((..((((.......((((((.((((.....))).).)))))).(....)))))..))))))........((((.(((((.......((((....)))).....)))))))))... ( -40.90, z-score = -1.43, R) >droMoj3.scaffold_6680 10519173 120 + 24764193 CGGCAGCAGGUGUUCUUGAAGCUGUUCAAGUUUAGCCUGGAGCAGAAAGUUAGUGAUUACCUGUCGGAGGACACGCUGUGGGAGAUAACCACCUGCUGGCAGGAUGCACUGUCCAGCAAG (.((((((((((.((((((..((((((.((......)).))))))....)))).)).)))))(((....)))..))))).)............(((((((((......))).)))))).. ( -42.10, z-score = -0.86, R) >droGri2.scaffold_15110 23864233 120 - 24565398 CGUCAGCAUGUAUUUUUGAGGCUAUACAAGUUUAGCCUGGAGCGACGAACGUGCGAUUAUCUGUCGGAGGACACACUAUGGGAAAUAACCACCUGCUGGCAGGAUGCGCUCUCCAGCAAG .(((.((((((...(((.((((((........)))))).)))......)))))))))....(((.((((..(.((...(((.......)))((((....)))).)).)..)))).))).. ( -37.00, z-score = -1.08, R) >anoGam1.chr2L 43001069 120 - 48795086 CACCGGGCACUGUUCGGAACGCUGUUCGAUUUCAGCGUCCACAACGUGGUCAGUGAGCAUCUGUCCGAGGAUACGCUGUGGGAGGCAACGACCGCCUGGCAGGAUGCACUGUCCGGUGAA ((((((((((((......((((((........))))))((((...)))).))))..(((((((((....)))..(((((((..(....)..))))..))).))))))...)))))))).. ( -51.90, z-score = -2.00, R) >consensus CGCCAGCAGAUCUUCCUGAAGCUGUUCAAAUUCAGCUUGGAGCAUCGACCAGAGGAUUAUCUGUCGGAGGAUACGCUGUGGGAGAUUACCACUUGCUGGCAGGAUGCACUUUCCAGCAAA ............((((..((((((........))))))................((.......))))))........((((.......)))).((((((..((.....))..)))))).. (-18.17 = -16.94 + -1.23)
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