| Sequence ID | dm3.chr3L |
|---|---|
| Location | 18,897,431 – 18,897,542 |
| Length | 111 |
| Max. P | 0.626744 |
| Location | 18,897,431 – 18,897,542 |
|---|---|
| Length | 111 |
| Sequences | 9 |
| Columns | 111 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 67.22 |
| Shannon entropy | 0.68148 |
| G+C content | 0.62788 |
| Mean single sequence MFE | -49.03 |
| Consensus MFE | -16.65 |
| Energy contribution | -16.96 |
| Covariance contribution | 0.31 |
| Combinations/Pair | 1.73 |
| Mean z-score | -1.42 |
| Structure conservation index | 0.34 |
| Background model | dinucleotide |
| Decision model | sequence based alignment quality |
| SVM decision value | 0.28 |
| SVM RNA-class probability | 0.626744 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>dm3.chr3L 18897431 111 + 24543557 GAGCAGCUGCCAGGGGACCGGGAGCCGCUGCUCCUGCCUGAUCUCCGCCAGCAUUUGCUGGUGGCGCAGGCGCAUUUCCAGCGUUUAGAUCACUCAAGCGCUUGUGCAGCA .....(((((((((..(..((((((....))))))(((((....((((((((....))))))))..)))))...)..))(((((((.((....))))))))))).))))). ( -56.00, z-score = -2.57, R) >droSim1.chr3L 18203516 111 + 22553184 GAGCGGCUGCCAGGGGACCGGGAGCCGCUGCUCCUGCCUGAUCUCCGGCAGCAUUUGCUGGUGGUGCCGGCGCGUUGCCAGCGUUUAGAUCGCUCAAACGCUUGUGCAGCA (((((((((((.(((((.(((((((....))))))).....)))))))))))....((((((..(((....)))..))))))........)))))....(((.....))). ( -56.30, z-score = -1.76, R) >droSec1.super_19 863313 111 + 1257711 GAGCGGCUGCCAGGGGACCGGGAGCCGCUGCUCCUGCCUGAUCUCCGGCAGCAUUUGCUGGUGGCGCCGGCGCGUUGCCAGCGUUUAGAUCGCUCAAGCGCUUGUGCAGCA (((((((((((.(((((.(((((((....))))))).....)))))))))))....(((((..((((....))))..)))))........)))))..((((....)).)). ( -61.70, z-score = -2.42, R) >droYak2.chr3L 2476223 111 - 24197627 GAGCAGCUGGCAGAGGACCGGGAGCUGAUGCGGCUGCCUGAUCUCCGGCAGCAUUUGCUGGUGGCGCGGGUGCGUUCCCAGCGUUUAGAUCGCUCAAGCGCUUGUGCAGCA ((((.((((.(.((((.(.((.(((((...))))).)).).)))).).))))....(((((..((((....))))..))))).........))))..((((....)).)). ( -51.30, z-score = -0.53, R) >droEre2.scaffold_4784 18713804 111 + 25762168 GAGCAGCUGGCAGAGGACCGGGAGCUGCUGCUGCAGCCUGAUCUCCAGCAGCAUUUGCUGGCGGCGCGGGCGCGUUGCCAGCGUUUAGAUCACUUAAGCGCUUGUGCAGCA ..((.(((((.(((....(((..(((((....)))))))).)))))))).((((..(((((((((((....)))))))))))((((((.....))))))....)))).)). ( -53.10, z-score = -0.69, R) >droAna3.scaffold_13337 4751586 111 - 23293914 GAGCAGCUGCCGGAAUACCCCCAGCUGCCGGAGCUGCUUGGUCACCACCUGCAUUUCCCAGCGGGGCAGGUGCAUUUCCGGCAGUUAGAUCGCUCAGGCGCUUGUGCAAUA ((((((((((((((((((((((.((((..((((.(((..(((....))).))).)))))))).)))..))))...))))))))))).....))))..(((....))).... ( -49.90, z-score = -2.13, R) >dp4.chrXR_group8 6972097 90 + 9212921 ------------------CAGCGGCUGGCACAGGAGCCAGAUCUGCAGCCGGA---GCUGGCGGUGCCGGGGCAUUGCUAGCGUUCAGGUCGCUCAAACGUUUGUGCAGCA ------------------.....((((.(((((((((..((((((.(((....---(((((((((((....))))))))))))))))))))))))......))))))))). ( -41.80, z-score = -1.35, R) >droPer1.super_36 483898 90 - 818889 ------------------CAGCGGCUGGCACAGGAGCCAGAUCUGCAGCCGGA---GCUGGCGGUGCCGGGGCAUUGCUAGCGUUCAGGUCGCUCAAACGUUUGUGCAGCA ------------------.....((((.(((((((((..((((((.(((....---(((((((((((....))))))))))))))))))))))))......))))))))). ( -41.80, z-score = -1.35, R) >droWil1.scaffold_180949 2936545 99 - 6375548 ------------CUGGAUUUGCCAAUGGAGCAGCUGGAUCUGCGCCACCGGCGGCAUUUGGAUUGGCUGGAUUAUUUCCAGAUUGAAAAUCACUCAGACGCUUGCUCAGGA ------------((((....(((..(((.((((......)))).)))..)))(((.((((((((..(((((.....)))))......))))...)))).)))...)))).. ( -29.40, z-score = 0.04, R) >consensus GAGCAGCUGCCAGAGGACCGGGAGCUGCUGCAGCUGCCUGAUCUCCAGCAGCAUUUGCUGGCGGCGCCGGCGCAUUGCCAGCGUUUAGAUCGCUCAAGCGCUUGUGCAGCA .......................((....((.......((((((...........((((((((((((....))))))))))))...)))))).......))....)).... (-16.65 = -16.96 + 0.31)
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