| Sequence ID | dm3.chr3L |
|---|---|
| Location | 18,391,800 – 18,391,900 |
| Length | 100 |
| Max. P | 0.861731 |
| Location | 18,391,800 – 18,391,900 |
|---|---|
| Length | 100 |
| Sequences | 11 |
| Columns | 116 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 79.57 |
| Shannon entropy | 0.41940 |
| G+C content | 0.43266 |
| Mean single sequence MFE | -33.18 |
| Consensus MFE | -14.49 |
| Energy contribution | -14.82 |
| Covariance contribution | 0.33 |
| Combinations/Pair | 1.26 |
| Mean z-score | -2.41 |
| Structure conservation index | 0.44 |
| Background model | dinucleotide |
| Decision model | sequence based alignment quality |
| SVM decision value | 0.96 |
| SVM RNA-class probability | 0.861731 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>dm3.chr3L 18391800 100 + 24543557 --UUGUUGUUGCCAGGU--UGGUGGCAGCG------------CCUUUGUUGUAACUGUGUGCGGCGAGAAGUACAGUUAGCAUAUUAAUUGUAUUAAAUCGUCGGGGCAUGACAAU --((((((((((((...--...)))))))(------------((((....(((......)))(((((..(((((((((((....)))))))))))...))))))))))..))))). ( -34.70, z-score = -2.64, R) >droSim1.chr3L 17727466 100 + 22553184 --UUGUUGUUGCCAGGU--UGUUGGCAGCG------------CCUUUGUUGUAACUGUGUGUGGCGAGAAGUACAGUUAGCAUAUUAAUUGUAUUAAAUCGUCGGUGCAUGACAAU --((((..(((((((..--..))))))(((------------((.........((.....))(((((..(((((((((((....)))))))))))...)))))))))))..)))). ( -33.10, z-score = -2.66, R) >droSec1.super_19 387287 100 + 1257711 --UUGUUGUUGCCAGGU--UGUUGGCAGCG------------CCUUUGUUGUAACUGUGUGCGGCGAGAAGUACAGUUAGCAUAUUAAUUGUAUUAAAUCGUCGGUGCAUGACAAU --((((..(((((((..--..))))))(((------------((......(((......)))(((((..(((((((((((....)))))))))))...)))))))))))..)))). ( -34.40, z-score = -2.74, R) >droYak2.chr3L 8546834 100 - 24197627 --UUGUUGUUGCCAGGU--UGUUGGCAGCG------------CCUUUGUUGUAACUGUGUGCGGCGAGAAGUACAGUUAGCAUAUUAAUUGUAUUAAAUCGUCGGAGCAUGACACU --.((((((((((((..--..)))))))).------------..............((((.((((((..(((((((((((....)))))))))))...))))))..)))))))).. ( -32.90, z-score = -2.08, R) >droEre2.scaffold_4784 10263510 100 - 25762168 --UUGUUGUUGCCAGGU--UGUUGGCAGCG------------CCUUUGUUGUAACUGUGUGCGGCGAGAAGUACAGUUAGCAUAUUAAUUGUAUUAAAUCGUCGGAGCAUGACACU --.((((((((((((..--..)))))))).------------..............((((.((((((..(((((((((((....)))))))))))...))))))..)))))))).. ( -32.90, z-score = -2.08, R) >droAna3.scaffold_13337 4291225 114 - 23293914 AAUUGUUGUUGUCAGGU--UGUUGGCUGGGUUGCUGCUGCUGCCUUUGUUGUAACUGUAUGUGGUGAGAAGUACAGUUAGCAUAUUAAUUGUAUUUAAUCGUCAGGGCAUGACAAA ..((((..(.(((.(((--((...((.((((.((....)).))))..))..))))).....((..((.((((((((((((....))))))))))))..))..)).))))..)))). ( -29.80, z-score = -0.49, R) >dp4.chrXR_group6 11286363 107 + 13314419 --CGCCUGUUGCCAUGCG-UGUUGGCAACGUCGCUG------CCUUUGUUGUAACUGUAUUCGGCGAGAAGUACAGUUAGCAUAUUAAUUGUAUUAAAUCGUCAGGCAAUGACGAU --.....(((((((....-...)))))))((((.((------(((..((....)).......(((((..(((((((((((....)))))))))))...)))))))))).))))... ( -36.60, z-score = -2.66, R) >droPer1.super_20 1187018 107 + 1872136 --CGCCUGUUGCCAUGCG-UGUUGGCAACGUCGCUG------CCUUUGUUGUAACUGUAUUCGGCGAGAAGUACAGUUAGCAUAUUAAUUGUAUUAAAUCGUCAGGCAAUGACGAU --.....(((((((....-...)))))))((((.((------(((..((....)).......(((((..(((((((((((....)))))))))))...)))))))))).))))... ( -36.60, z-score = -2.66, R) >droVir3.scaffold_13049 21589921 104 + 25233164 --UGUGUGUUGUCAGGUUAUGUUCUCGUCGC----------GCCUUUGUUGUAACUGUAUGCGGCGAGAAGUACAGUUAGCAUAUUAAUUGUAUUAAAUCGUCGUUGCAUGACAAA --......((((((.((.(((.(((((((((----------(.....((....))....))))))))))(((((((((((....))))))))))).......))).)).)))))). ( -31.20, z-score = -2.42, R) >droMoj3.scaffold_6680 16057757 100 + 24764193 -UGUG-UGGCGUCGCUGU-CGCC-GUCGCG------------CCUUUGUUGUAACUGUAUGCGGCGAGAAGUACAGUUAGCAUAUUAAUUGUAUUAAAUCGUCGUCGCAUGACAAA -.(((-(((((.((....-)).)-))))))------------)............(((((((((((((((((((((((((....)))))))))))...)).))))))))).))).. ( -35.30, z-score = -2.34, R) >droGri2.scaffold_15110 2552511 84 - 24565398 -UGUGCUGUCGUCACAGG-CGUC-UCUGCG------------CCUUUGUUG---------------AGAAAUACAGUUAGCAUAUUAAUUGUAUUAAAUCGUCG--GCAUAACAAA -(((((((.((.((.(((-(((.-...)))------------))).))...---------------...(((((((((((....)))))))))))....)).))--)))))..... ( -27.50, z-score = -3.72, R) >consensus __UUGUUGUUGCCAGGU__UGUUGGCAGCG____________CCUUUGUUGUAACUGUAUGCGGCGAGAAGUACAGUUAGCAUAUUAAUUGUAUUAAAUCGUCGGGGCAUGACAAU .......................................................((((((((((((..(((((((((((....)))))))))))...)))))...)))).))).. (-14.49 = -14.82 + 0.33)
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