Locus 7794

Sequence ID dm3.chr3L
Location 17,381,973 – 17,382,076
Length 103
Max. P 0.947914
window10722 window10723

overview

Window 2

Location 17,381,973 – 17,382,076
Length 103
Sequences 12
Columns 119
Reading direction forward
Mean pairwise identity 86.52
Shannon entropy 0.27693
G+C content 0.38492
Mean single sequence MFE -28.32
Consensus MFE -15.84
Energy contribution -15.12
Covariance contribution -0.73
Combinations/Pair 1.16
Mean z-score -2.93
Structure conservation index 0.56
Background model dinucleotide
Decision model sequence based alignment quality
SVM decision value 1.53
SVM RNA-class probability 0.947914
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>dm3.chr3L 17381973 103 + 24543557
CCGAUCGUAUCAAA-UUCAAU--GGACGAUUGAAUUU--GAUCGAUGCC-AAGCUA-----AGUUGGUUUA-----ACUUCUAGGUCGAGUGUGGAAUACCAACUAAAGCAUCAAAACU
...((((.((((((-((((((--.....)))))))))--)))))))...-..(((.-----(((((((...-----..(((((.(.....).))))).)))))))..)))......... ( -29.30, z-score =  -3.20, R)
>droEre2.scaffold_4784 9295006 103 - 25762168
CCGAUCGUAUCAAA-UUCAAU--GAACGAUUGAAUUU--GAUCGAUGCC-AAGCUA-----AGUUGGUUUA-----ACUUCUAGGUCGAGUGUGGAAUACCAACUAAAGCAUCAAAACU
...((((.((((((-((((((--.....)))))))))--)))))))...-..(((.-----(((((((...-----..(((((.(.....).))))).)))))))..)))......... ( -29.30, z-score =  -3.60, R)
>droYak2.chr3L 7511024 103 - 24197627
CCGAUCGUAUCAAA-UUCAAU--GGACGAUUGAAUUU--GAUCGAUGCC-AAGCUA-----AGUUGGUUUA-----ACUUCUAGGUCGAGUGUGGAAUACCAACUAAAGCAUCAAAACU
...((((.((((((-((((((--.....)))))))))--)))))))...-..(((.-----(((((((...-----..(((((.(.....).))))).)))))))..)))......... ( -29.30, z-score =  -3.20, R)
>droSec1.super_0 9433717 103 + 21120651
CCGAUCGUAUCAAA-UUCAAU--GGACGAUUGAAUUU--GAUCGAUGCC-AAGCUA-----AGUUGGUUUA-----ACUUCUAGGUCGAGUGUGGAAUACCAACUAAAGCAUCAAAACU
...((((.((((((-((((((--.....)))))))))--)))))))...-..(((.-----(((((((...-----..(((((.(.....).))))).)))))))..)))......... ( -29.30, z-score =  -3.20, R)
>droSim1.chr3L 16722974 103 + 22553184
CCGAUCGUAUCAAA-UUCAAU--GGACGAUUGAAUUU--GAUCGAUGCC-AAGCUA-----AGUUGGUUUA-----ACUUCUAGGUCGAGUGUGGAAUACCAACUAAAGCAUCAAAACU
...((((.((((((-((((((--.....)))))))))--)))))))...-..(((.-----(((((((...-----..(((((.(.....).))))).)))))))..)))......... ( -29.30, z-score =  -3.20, R)
>dp4.chrXR_group6 4056356 104 - 13314419
CCGAUCGUAUCAAAAUUCAAU--GGUCAAUUGAAUUU--GAUCGAUGCC-CAGCUA-----AGUUGGUUUA-----ACUUCUAGGUCGAGUGUGGAAUACCAACUAAAGCAUCAAAACU
...((((.((((((.((((((--.....)))))))))--)))))))...-..(((.-----(((((((...-----..(((((.(.....).))))).)))))))..)))......... ( -26.20, z-score =  -2.41, R)
>droPer1.super_35 464841 104 + 973955
CCGAUCGUAUCAAAAUUCAAU--GGUCAAUUGAAUUU--GAUCGAUGCC-CAGCUA-----AGUUGGUUUA-----ACUUCUAGGUCGAGUGUGGAAUACCAACUAAAGCAUCAAAACU
...((((.((((((.((((((--.....)))))))))--)))))))...-..(((.-----(((((((...-----..(((((.(.....).))))).)))))))..)))......... ( -26.20, z-score =  -2.41, R)
>droWil1.scaffold_180698 1627558 116 - 11422946
CCGAUCGUAUCAAAAUUCAAUG-GUCAAAUUGAAUUU--GAUCGAUGCCCAAACUUUUGUUGGUUGGUUUAUUUAAACUUCUAGGUCGAGUGUGGGAUACCAACUAAAGCAUCAAAACU
..(((((......((((((((.-.....)))))))))--))))(((((.(((....)))(((((((((..((((..((((.......))))...))))))))))))).)))))...... ( -27.90, z-score =  -1.78, R)
>droAna3.scaffold_13337 8334763 105 + 23293914
CCGAUCGUAUCAAA-UUCAAUUCGGUCGAUUGAAUUU--GAUCGAUGCC-AAGCUA-----AGUUGGUUUA-----ACUUCUAGGUCGAGUGUGGAAUACCAACUAAAGCAUCAAAACU
...((((.((((((-(((((((.....))))))))))--)))))))...-..(((.-----(((((((...-----..(((((.(.....).))))).)))))))..)))......... ( -30.00, z-score =  -3.27, R)
>droVir3.scaffold_13049 19328219 109 - 25233164
ACGAUCGUAUCAAAAUUCAAU--GGUCAAUUGAAUUUUUGAUCGAUGCC-AAGCAA--AAAAGUUGCUUCA-----ACUUCUGGGUCGACACUGGGCUAGCAACUAAAGCAUCAAAACU
..(((((....((((((((((--.....)))))))))))))))(((((.-((((((--.....))))))..-----....((((.(((....))).))))........)))))...... ( -27.60, z-score =  -2.69, R)
>droMoj3.scaffold_6680 20526360 109 - 24764193
UCGAUCGUAUCAAAAUUCAAU--GGUCAAUUGAAUUUUGGAUCGAUGCU-GAGCAA--AAAAAUUGCCUCA-----ACUUCUGGGUCGACUCUGGGCUAGCAACUAAAGCAUCAAAACU
..((((....(((((((((((--.....)))))))))))))))((((((-((((((--.....))).))).-----....((((.(((....))).)))).......))))))...... ( -30.40, z-score =  -3.45, R)
>droGri2.scaffold_15110 13183850 96 + 24565398
-CGAUCGUAUCAAAAUUCAAU--GGUCAAUUGAAUUUUUGAUCGAUGCC-AAGCAG--AAAAGUUGCCUCA-----AC------------ACUGGGCUAGCAACUAAAGCAUCAAAAGU
-.(((((....((((((((((--.....)))))))))))))))((((((-.....)--...((((((((((-----..------------..))))...))))))...)))))...... ( -25.00, z-score =  -2.73, R)
>consensus
CCGAUCGUAUCAAA_UUCAAU__GGUCAAUUGAAUUU__GAUCGAUGCC_AAGCUA_____AGUUGGUUUA_____ACUUCUAGGUCGAGUGUGGAAUACCAACUAAAGCAUCAAAACU
..((((.....(((.((((((.......)))))))))..))))(((((.............((((((((((.....(((....)))......))))...))))))...)))))...... (-15.84 = -15.12 +  -0.73)

alignment

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secondary structure

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Window 3

Location 17,381,973 – 17,382,076
Length 103
Sequences 12
Columns 119
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 86.52
Shannon entropy 0.27693
G+C content 0.38492
Mean single sequence MFE -25.94
Consensus MFE -18.13
Energy contribution -17.59
Covariance contribution -0.54
Combinations/Pair 1.14
Mean z-score -2.31
Structure conservation index 0.70
Background model dinucleotide
Decision model sequence based alignment quality
SVM decision value 1.34
SVM RNA-class probability 0.928673
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>dm3.chr3L 17381973 103 - 24543557
AGUUUUGAUGCUUUAGUUGGUAUUCCACACUCGACCUAGAAGU-----UAAACCAACU-----UAGCUU-GGCAUCGAUC--AAAUUCAAUCGUCC--AUUGAA-UUUGAUACGAUCGG
.....(((((((..(((((((.......((((......).)))-----...)))))))-----......-)))))))(((--(((((((((.....--))))))-))))))........ ( -26.30, z-score =  -2.68, R)
>droEre2.scaffold_4784 9295006 103 + 25762168
AGUUUUGAUGCUUUAGUUGGUAUUCCACACUCGACCUAGAAGU-----UAAACCAACU-----UAGCUU-GGCAUCGAUC--AAAUUCAAUCGUUC--AUUGAA-UUUGAUACGAUCGG
.....(((((((..(((((((.......((((......).)))-----...)))))))-----......-)))))))(((--(((((((((.....--))))))-))))))........ ( -26.30, z-score =  -2.72, R)
>droYak2.chr3L 7511024 103 + 24197627
AGUUUUGAUGCUUUAGUUGGUAUUCCACACUCGACCUAGAAGU-----UAAACCAACU-----UAGCUU-GGCAUCGAUC--AAAUUCAAUCGUCC--AUUGAA-UUUGAUACGAUCGG
.....(((((((..(((((((.......((((......).)))-----...)))))))-----......-)))))))(((--(((((((((.....--))))))-))))))........ ( -26.30, z-score =  -2.68, R)
>droSec1.super_0 9433717 103 - 21120651
AGUUUUGAUGCUUUAGUUGGUAUUCCACACUCGACCUAGAAGU-----UAAACCAACU-----UAGCUU-GGCAUCGAUC--AAAUUCAAUCGUCC--AUUGAA-UUUGAUACGAUCGG
.....(((((((..(((((((.......((((......).)))-----...)))))))-----......-)))))))(((--(((((((((.....--))))))-))))))........ ( -26.30, z-score =  -2.68, R)
>droSim1.chr3L 16722974 103 - 22553184
AGUUUUGAUGCUUUAGUUGGUAUUCCACACUCGACCUAGAAGU-----UAAACCAACU-----UAGCUU-GGCAUCGAUC--AAAUUCAAUCGUCC--AUUGAA-UUUGAUACGAUCGG
.....(((((((..(((((((.......((((......).)))-----...)))))))-----......-)))))))(((--(((((((((.....--))))))-))))))........ ( -26.30, z-score =  -2.68, R)
>dp4.chrXR_group6 4056356 104 + 13314419
AGUUUUGAUGCUUUAGUUGGUAUUCCACACUCGACCUAGAAGU-----UAAACCAACU-----UAGCUG-GGCAUCGAUC--AAAUUCAAUUGACC--AUUGAAUUUUGAUACGAUCGG
......(((((((.(((((((.......((((......).)))-----...)))))))-----.....)-))))))((((--(((((((((.....--)))))))))......)))).. ( -23.70, z-score =  -1.59, R)
>droPer1.super_35 464841 104 - 973955
AGUUUUGAUGCUUUAGUUGGUAUUCCACACUCGACCUAGAAGU-----UAAACCAACU-----UAGCUG-GGCAUCGAUC--AAAUUCAAUUGACC--AUUGAAUUUUGAUACGAUCGG
......(((((((.(((((((.......((((......).)))-----...)))))))-----.....)-))))))((((--(((((((((.....--)))))))))......)))).. ( -23.70, z-score =  -1.59, R)
>droWil1.scaffold_180698 1627558 116 + 11422946
AGUUUUGAUGCUUUAGUUGGUAUCCCACACUCGACCUAGAAGUUUAAAUAAACCAACCAACAAAAGUUUGGGCAUCGAUC--AAAUUCAAUUUGAC-CAUUGAAUUUUGAUACGAUCGG
.((((....(((((.((((((.........((......)).((((....))))..)))))).)))))..))))(((((((--(((((((((.....-.)))))).)))))).))))... ( -25.00, z-score =  -1.59, R)
>droAna3.scaffold_13337 8334763 105 - 23293914
AGUUUUGAUGCUUUAGUUGGUAUUCCACACUCGACCUAGAAGU-----UAAACCAACU-----UAGCUU-GGCAUCGAUC--AAAUUCAAUCGACCGAAUUGAA-UUUGAUACGAUCGG
.....(((((((..(((((((.......((((......).)))-----...)))))))-----......-)))))))(((--((((((((((....).))))))-))))))........ ( -26.80, z-score =  -2.59, R)
>droVir3.scaffold_13049 19328219 109 + 25233164
AGUUUUGAUGCUUUAGUUGCUAGCCCAGUGUCGACCCAGAAGU-----UGAAGCAACUUUU--UUGCUU-GGCAUCGAUCAAAAAUUCAAUUGACC--AUUGAAUUUUGAUACGAUCGU
......((((((..(((((((.........(((((......))-----))))))))))...--......-))))))((((.((((((((((.....--)))))))))).....)))).. ( -27.10, z-score =  -1.94, R)
>droMoj3.scaffold_6680 20526360 109 + 24764193
AGUUUUGAUGCUUUAGUUGCUAGCCCAGAGUCGACCCAGAAGU-----UGAGGCAAUUUUU--UUGCUC-AGCAUCGAUCCAAAAUUCAAUUGACC--AUUGAAUUUUGAUACGAUCGA
......((((((..(((.....((((((..((......))..)-----)).))).......--..))).-))))))(((((((((((((((.....--)))))))))))....)))).. ( -28.74, z-score =  -2.67, R)
>droGri2.scaffold_15110 13183850 96 - 24565398
ACUUUUGAUGCUUUAGUUGCUAGCCCAGU------------GU-----UGAGGCAACUUUU--CUGCUU-GGCAUCGAUCAAAAAUUCAAUUGACC--AUUGAAUUUUGAUACGAUCG-
.........((.......))..(((.(((------------(.-----.(((....)))..--).))).-)))(((((((((((.((((((.....--))))))))))))).))))..- ( -24.70, z-score =  -2.31, R)
>consensus
AGUUUUGAUGCUUUAGUUGGUAUUCCACACUCGACCUAGAAGU_____UAAACCAACU_____UAGCUU_GGCAUCGAUC__AAAUUCAAUCGACC__AUUGAA_UUUGAUACGAUCGG
......((((((..(((((((.........((......))...........)))))))............))))))((((..(((((((((.......)))))).))).....)))).. (-18.13 = -17.59 +  -0.54)

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