| Sequence ID | dm3.chr3L |
|---|---|
| Location | 16,685,755 – 16,685,907 |
| Length | 152 |
| Max. P | 0.562817 |
| Location | 16,685,755 – 16,685,907 |
|---|---|
| Length | 152 |
| Sequences | 10 |
| Columns | 160 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 72.60 |
| Shannon entropy | 0.59409 |
| G+C content | 0.53348 |
| Mean single sequence MFE | -41.13 |
| Consensus MFE | -21.48 |
| Energy contribution | -21.41 |
| Covariance contribution | -0.07 |
| Combinations/Pair | 1.09 |
| Mean z-score | -0.78 |
| Structure conservation index | 0.52 |
| Background model | dinucleotide |
| Decision model | sequence based alignment quality |
| SVM decision value | 0.14 |
| SVM RNA-class probability | 0.562817 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>dm3.chr3L 16685755 152 - 24543557 CUCUAAUGCAGAUUUAUUGUGGAUGCCACCGCUGCGGGAAUAAAAAUUCCAUGCGGAUUGAGUUAUGCGUCCGUUAGCU-CCAUUGCG---CAGUGGUCCCCCCCUCCCCUCUCUCUGCCCCUCACGAUUUUCCCGGCGAAAACUGUGCUGUCUGC---- .......((((((.(((.((...((((((((((((.(((((....)))))..((((...((((((.((....)))))))-)..)))))---)))))))................((((.....)).)).......))))...)).)))..))))))---- ( -40.40, z-score = -0.79, R) >droSim1.chr3L 16012739 148 - 22553184 CUCUAAUGCAGAUUUAUUGUGGAUGCCACCGCUGCGGGAAUAAAAAUUCCAUGCGGAUUGAGUUAUGCGUCCGUUAGCU-CCAUUGCG---CAGUGCACCCCCCUCCCC----CUCCGCUCCUCACGAUUUUCCCGGCGAAAACUGGGCUGUCUGC---- .......((((((.....((((((((....(((((.(((((....)))))..((((...((((((.((....)))))))-)..)))))---)))))))...........----.))))).............(((((......)))))..))))))---- ( -39.40, z-score = 0.24, R) >droSec1.super_0 8758396 141 - 21120651 CUCUAAUGCAGAUUUAUUGUGGAUGCCACCGCUGCGGGAAUAAAAAUUCCAUGCGGAUUGAGUUAUGCGUCCGUUAGCU-CCAUUGCG---CAGUGACCCCC-----------CUCCGCUCCUCACGAUUUUCCCGGCGAAAACUGUGCUGUCUGC---- .......((((((.....(((((......((((((.(((((....)))))..((((...((((((.((....)))))))-)..)))))---)))))......-----------.)))))....((((.(((((.....))))).))))..))))))---- ( -40.12, z-score = -1.10, R) >droEre2.scaffold_4784 8613670 143 + 25762168 CUCUAAUGCAGAUUUAUUGUGGAUGCCACCGCUGCGGGAAUAAAAAUUCCAUGCGGAUUGAGUUAUGCGUCCGUUAGCU-CCAUUGCG---CAGUGGCCC-CCUU--------CUCAGCCCCUCACGAUUUUCCAGGCGAAAACUGUGCUGUCUGC---- .......(((((........((..(((((.(((((((((((....))))).))))(((.((((((.((....)))))))-).)))..)---).)))))..-))..--------..((((.....(((.(((((.....))))).))))))))))))---- ( -40.10, z-score = -0.20, R) >droYak2.chr3L 6808254 144 + 24197627 CUCUAAUGCAGAUUUAUUGUGGAUGCCACCGCUGCGGGAAUAAAAAUUCCAUGCGGAUUGAGUUAUGCGUCCGUUAGCU-CCAUUGCG---CAGUGCCCCUUCUC--------CGCCCCUCCUCACGAUUUUCCAGGCGAAAACUGUGCUGUCUGC---- .......((((((.....(((((......((((((.(((((....)))))..((((...((((((.((....)))))))-)..)))))---))))).......))--------))).......((((.(((((.....))))).))))..))))))---- ( -39.72, z-score = -0.69, R) >droPer1.super_38 753670 119 - 801819 CUCUAAUGCAGAUUUAUUGUGGAUGCCACCGCUGCGGGAAUAAAAAUUCCAUGCGGAUUGAGUUAUGCGUCCGUUAGCU-CCAUUGCG---CCGCAGUGUGUGCCCCCGC---CCCAGCGCCCCAC---------------------------------- ..................((((....(((((((((((((((....)))))..((((((.((((((.((....)))))))-).))).))---)))))))).)))....(((---....)))..))))---------------------------------- ( -36.20, z-score = -0.96, R) >droWil1.scaffold_180949 4966605 149 - 6375548 CUCUAAUGCAGAUUUAUUGUGGAUGCCACCGCUGCGGGAAUAAAAAUUCCAUGCGGAUUGAGUUAUGCGUCCGUUAGCU-UCAUUGCG--ACAGUGGCGAAAGAGUCUCC---CGCGGCACCGCCGAUCCAACCCGACCCAAUGCAACCCCUUCC----- ......((((.........(((((((....(((((((((.........((((.((.(.(((((((.((....)))))).-))).).))--...))))(....)....)))---))))))...))..)))))...........)))).........----- ( -40.65, z-score = -0.16, R) >droVir3.scaffold_13049 8356592 130 - 25233164 --CUAAUGCAGAUUUAUUGUGGAUGCCACCGCUGCGGGAAUAAAAAUUCCAUGCGGAUUGAGUUAUGCGUCCGUUAGCU-UCACUCUGACGCAGUGGCCGGCAACCAGCA---ACCAGGACCUAGCACCUAGCCCC------------------------ --.....((.......((((((.((((.(((((((((((((....)))))...((((.(((((((.((....)))))).-))).)))).))))))))..)))).))).))---)..(((........))).))...------------------------ ( -43.10, z-score = -1.74, R) >droMoj3.scaffold_6680 12010793 144 - 24764193 --CUAAUGCAGAUUUAUUGUGGAUGCCACCGCUGCGGGAAUAAAAAUUCCAUGCGGAUUGAGUUAUGCGUCCGUUAGCUCUUGCUCUGACGCAGUGGCCAGCACGCAGUA---CCC---ACCCGGCACCCAAUACGGCUCAUUGCUGACUCC-------- --............(((((.((.((((.((((....(((((....)))))..))))..((.((..(((((..(((.(((.((((......)))).))).))))))))..)---).)---)...)))))))))))((((.....)))).....-------- ( -46.40, z-score = -1.12, R) >droGri2.scaffold_15110 7385373 154 - 24565398 --CUAAUGCAGAUUUAUUGUGGAUGCCACCGCUGCGGGAAUAAAAAUUCCAUGCGGAUUGAGUUAUGCGUCCGUUAGCU-UCACUCUGACGCAGUGGCCAAGAGGCCGCC---CCUCCUACCCAUCUACUCUCUUUUGCCCCCGAUGAUGUCAUGUGUGC --.....(((((......(((((((...((((....(((((....)))))..))))...(((...((((((.(......-.....).))))))((((((....)))))).---.))).....))))))).....))))).....(((....)))...... ( -45.20, z-score = -1.29, R) >consensus CUCUAAUGCAGAUUUAUUGUGGAUGCCACCGCUGCGGGAAUAAAAAUUCCAUGCGGAUUGAGUUAUGCGUCCGUUAGCU_CCAUUGCG___CAGUGGCCCCCCCCCC_C____CCCCGCACCUCACGAUUUUCCCGGCGAAAACUGUGCUGUCUGC____ ..(((((((((.....))))((((((.(((.((((((((((....))))).)))))...).))...)))))))))))....((((.......))))................................................................ (-21.48 = -21.41 + -0.07)
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