Locus 7645

Sequence ID dm3.chr3L
Location 16,184,929 – 16,185,055
Length 126
Max. P 0.981128
window10523 window10524

overview

Window 3

Location 16,184,929 – 16,185,055
Length 126
Sequences 13
Columns 132
Reading direction forward
Mean pairwise identity 81.55
Shannon entropy 0.42936
G+C content 0.39236
Mean single sequence MFE -30.45
Consensus MFE -21.53
Energy contribution -22.36
Covariance contribution 0.84
Combinations/Pair 1.21
Mean z-score -1.99
Structure conservation index 0.71
Background model dinucleotide
Decision model sequence based alignment quality
SVM decision value 2.07
SVM RNA-class probability 0.981128
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>dm3.chr3L 16184929 126 + 24543557
---CCGUAGUCGUCGGCUCUGGUGCUCACUCAAUUAUUCAGGCAUAAUAAGCAAAUUGUUU-UAAUAUGCAUAAAUAUCUUGUACGCCAUUUGGCAAACAAGUCA--AAACUGCCAGACAAACUGGCAGGCA
---(((.(((.....))).)))(((.........((((...(((((..((((.....))))-...)))))...)))).(((((..(((....)))..)))))...--...(((((((.....)))))))))) ( -33.70, z-score =  -2.22, R)
>droPer1.super_24 368747 131 - 1556852
CCGUAGCUGUACUCUGAGCUGCUACUCACUCAAUUAUUCAGGCAUAAUAAGCAAAUUGUUU-UAAUAUGCAUAAAUAUCUUGUACGCCAUUUGGCAAACAAGUCAGAAAACUGCCAGACAAGCUGGCAGACA
..((((((........))))))..............(((..(((((..((((.....))))-...)))))........(((((..(((....)))..)))))...)))..(((((((.....)))))))... ( -36.60, z-score =  -2.64, R)
>dp4.chrXR_group8 1868436 131 + 9212921
CCGUAGCUGUACUCUGAGCUGCUACUCACUCAAUUAUUCAGGCAUAAUAAGCAAAUUGUUU-UAAUAUGCAUAAAUAUCUUGUACGCCAUUUGGCAAACAAGUCAGAAAACUGCCAGACAAGCUGGCAGACA
..((((((........))))))..............(((..(((((..((((.....))))-...)))))........(((((..(((....)))..)))))...)))..(((((((.....)))))))... ( -36.60, z-score =  -2.64, R)
>droAna3.scaffold_13337 12850706 127 - 23293914
---CCGUCGUCGCCGCUGCUGCUGUUCACUCAAUUAUUCAGGCAUAAUAAGCAAAUUGUUU-UAAUAUGCAUAAAUAUCUUGUACGCCAUUUGGCAAACAAGUCA-AAAACUGCCAGACAAACUGGCAGGCA
---........(((((....))............((((...(((((..((((.....))))-...)))))...)))).(((((..(((....)))..)))))...-.....((((((.....))))))))). ( -31.00, z-score =  -1.02, R)
>droSim1.chr3L 15517191 126 + 22553184
---CCGUAGUCGUCGGCUGUGGUGCUCACUCAAUUAUUCAGGCAUAAUAAGCAAAUUGUUU-UAAUAUGCAUAAAUAUCUUGUACGCCAUUUGGCAAACAAGUCA--AAACUGCCAGACAAACUGGCAGGCA
---(((((((.....)))))))(((.........((((...(((((..((((.....))))-...)))))...)))).(((((..(((....)))..)))))...--...(((((((.....)))))))))) ( -35.10, z-score =  -2.20, R)
>droSec1.super_0 8279526 126 + 21120651
---CCGUAGUCGUCGGCUCUGGUGCUCACUCAAUUAUUCAGGCAUAAUAAGCAAAUUGUUU-UAAUAUGCAUAAAUAUCUUGUACGCCAUUUGGCAAACAAGUCA--AAACUGCCAGACAAACUGGCAGGCA
---(((.(((.....))).)))(((.........((((...(((((..((((.....))))-...)))))...)))).(((((..(((....)))..)))))...--...(((((((.....)))))))))) ( -33.70, z-score =  -2.22, R)
>droYak2.chr3L 2188707 126 - 24197627
---CCAUAGUCGUCGGCUCCGGUGCUCACUCAAUUAUUCAGGCAUAAUAAGCAAAUUGUUU-UAAUAUGCAUAAAUAUCUUGUACGCCAUUUGGCAAACAAGUCA--AAACUGCCAGACAAACUGGCAAGCA
---((..(((.....)))..))((((........((((...(((((..((((.....))))-...)))))...)))).(((((..(((....)))..)))))...--....((((((.....)))))))))) ( -29.20, z-score =  -1.46, R)
>droEre2.scaffold_4784 18427082 126 + 25762168
---CCAUAGUCGUCGGCUCUGGUGCUCACUCAAUUAUUCAGGCAUAAUAAGCAAAUUGUUU-UAAUAUGCAUAAAUAUCUUGUACGCCAUUUGGCAAACAAGUCA--AAACUGCCAGACAAACUGGCAGGCA
---(((.(((.....))).)))(((.........((((...(((((..((((.....))))-...)))))...)))).(((((..(((....)))..)))))...--...(((((((.....)))))))))) ( -34.40, z-score =  -2.71, R)
>droWil1.scaffold_180949 6360527 123 - 6375548
--------GUCGACGACAUUGUUGCUCACUCAAUUAUUCAGGCAUAAUAAGCAAAUUGUUU-UAAUAUGCAUAAAUAUCUUGUACGCCAUUUGGCAAACAAGUCAGAAAACUGCCAGACAAACUGGCAGGCG
--------......(((.(((((.......(((.((((...(((((..((((.....))))-...)))))...))))..)))...(((....))).))))))))......(((((((.....)))))))... ( -31.50, z-score =  -2.49, R)
>droMoj3.scaffold_6680 24621418 123 - 24764193
------UUGAAGUUAUUCCCGUCGCUCACUCAAUUAUUCAGGCAUAAUAAGCAAAUUGUUU-UAAUAUGCAUAAAUAUCUUGUACGCCAUUUGGCAAACAAGUCA-AAAACUGCCAGACAAGCUGGCAGGC-
------((((........................((((...(((((..((((.....))))-...)))))...)))).(((((..(((....)))..))))))))-)...(((((((.....)))))))..- ( -29.80, z-score =  -2.15, R)
>droGri2.scaffold_15110 2290334 122 + 24565398
------UCUAUGCCAGUCGC-UUACUCACUCAAUUAUUCAGGCAUAAUAAGCAAAUUGUUU-UAAUAUGCAUAAAUAUCUUGUACGCCUUUUGGCAAACAAGUCA-AAAACUGCCAGACAAGCUGGCAGGC-
------....((((((..((-.(((.........((((...(((((..((((.....))))-...)))))...))))....))).))...)))))).........-....(((((((.....)))))))..- ( -30.42, z-score =  -2.35, R)
>droVir3.scaffold_13049 1153698 111 + 25233164
------------------CCGCCGCGCACUCAAUUAUUCAGGCAUAAUAAGUAAAUUGUUU-UAAUAUGCAUAAAUAUCUUGUAUGCCAUUUGGCAAACGAGUCA-AAAACUGCCAGACAAGCUGCCAGCC-
------------------..((.(.(((((........((((((((.((((........))-)).)))))........(((((.((((....)))).)))))...-....))).......)).)))).)).- ( -24.06, z-score =  -0.84, R)
>apiMel3.Group5 2419291 104 - 13386189
-------------------------UUUCACAAU-AUUUACACAUAAUUUACAAUUUAUAUACUAUAUUCACAAUUAACCGGUAAACCACUGAUAAUACACUUCG--AAUACGUGUAACUAACUGACAAGCA
-------------------------..(((...(-(.((((((((((........))))......(((((..........((....))...((.........)))--)))).)))))).))..)))...... (  -9.80, z-score =  -0.99, R)
>consensus
___CCGUAGUCGUCGGCUCUGGUGCUCACUCAAUUAUUCAGGCAUAAUAAGCAAAUUGUUU_UAAUAUGCAUAAAUAUCUUGUACGCCAUUUGGCAAACAAGUCA_AAAACUGCCAGACAAACUGGCAGGCA
.........................................(((((..((((.....))))....)))))........(((((..(((....)))..)))))........(((((((.....)))))))... (-21.53 = -22.36 +   0.84)

alignment

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Window 4

Location 16,184,929 – 16,185,055
Length 126
Sequences 13
Columns 132
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 81.55
Shannon entropy 0.42936
G+C content 0.39236
Mean single sequence MFE -33.28
Consensus MFE -25.45
Energy contribution -25.84
Covariance contribution 0.39
Combinations/Pair 1.33
Mean z-score -1.66
Structure conservation index 0.76
Background model dinucleotide
Decision model sequence based alignment quality
SVM decision value 1.73
SVM RNA-class probability 0.963808
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>dm3.chr3L 16184929 126 - 24543557
UGCCUGCCAGUUUGUCUGGCAGUUU--UGACUUGUUUGCCAAAUGGCGUACAAGAUAUUUAUGCAUAUUA-AAACAAUUUGCUUAUUAUGCCUGAAUAAUUGAGUGAGCACCAGAGCCGACGACUACGG---
...(((((((.....)))))))(((--((.(((((.((((....)))).))))).((((((.(((((.((-(..........))).))))).)))))).............)))))(((.......)))--- ( -34.10, z-score =  -1.95, R)
>droPer1.super_24 368747 131 + 1556852
UGUCUGCCAGCUUGUCUGGCAGUUUUCUGACUUGUUUGCCAAAUGGCGUACAAGAUAUUUAUGCAUAUUA-AAACAAUUUGCUUAUUAUGCCUGAAUAAUUGAGUGAGUAGCAGCUCAGAGUACAGCUACGG
...(((((((.....)))))))....(((.(((((.((((....)))).))))).((((((.(((((.((-(..........))).))))).)))))).((((((........))))))....)))...... ( -37.00, z-score =  -1.31, R)
>dp4.chrXR_group8 1868436 131 - 9212921
UGUCUGCCAGCUUGUCUGGCAGUUUUCUGACUUGUUUGCCAAAUGGCGUACAAGAUAUUUAUGCAUAUUA-AAACAAUUUGCUUAUUAUGCCUGAAUAAUUGAGUGAGUAGCAGCUCAGAGUACAGCUACGG
...(((((((.....)))))))....(((.(((((.((((....)))).))))).((((((.(((((.((-(..........))).))))).)))))).((((((........))))))....)))...... ( -37.00, z-score =  -1.31, R)
>droAna3.scaffold_13337 12850706 127 + 23293914
UGCCUGCCAGUUUGUCUGGCAGUUUU-UGACUUGUUUGCCAAAUGGCGUACAAGAUAUUUAUGCAUAUUA-AAACAAUUUGCUUAUUAUGCCUGAAUAAUUGAGUGAACAGCAGCAGCGGCGACGACGG---
.(((((((((.....))))))(((.(-((.(((((.((((....)))).))))).((((((.(((((.((-(..........))).))))).))))))..........))).)))...)))........--- ( -37.10, z-score =  -1.65, R)
>droSim1.chr3L 15517191 126 - 22553184
UGCCUGCCAGUUUGUCUGGCAGUUU--UGACUUGUUUGCCAAAUGGCGUACAAGAUAUUUAUGCAUAUUA-AAACAAUUUGCUUAUUAUGCCUGAAUAAUUGAGUGAGCACCACAGCCGACGACUACGG---
...(((((((.....)))))))...--...(((((.((((....)))).))))).((((((.(((((.((-(..........))).))))).)))))).....(((.....)))..(((.......)))--- ( -34.60, z-score =  -2.09, R)
>droSec1.super_0 8279526 126 - 21120651
UGCCUGCCAGUUUGUCUGGCAGUUU--UGACUUGUUUGCCAAAUGGCGUACAAGAUAUUUAUGCAUAUUA-AAACAAUUUGCUUAUUAUGCCUGAAUAAUUGAGUGAGCACCAGAGCCGACGACUACGG---
...(((((((.....)))))))(((--((.(((((.((((....)))).))))).((((((.(((((.((-(..........))).))))).)))))).............)))))(((.......)))--- ( -34.10, z-score =  -1.95, R)
>droYak2.chr3L 2188707 126 + 24197627
UGCUUGCCAGUUUGUCUGGCAGUUU--UGACUUGUUUGCCAAAUGGCGUACAAGAUAUUUAUGCAUAUUA-AAACAAUUUGCUUAUUAUGCCUGAAUAAUUGAGUGAGCACCGGAGCCGACGACUAUGG---
((((..((((((..((.((((....--...(((((.((((....)))).)))))........(((.(((.-....))).)))......)))).))..))))).)..)))).((....))..........--- ( -34.80, z-score =  -1.94, R)
>droEre2.scaffold_4784 18427082 126 - 25762168
UGCCUGCCAGUUUGUCUGGCAGUUU--UGACUUGUUUGCCAAAUGGCGUACAAGAUAUUUAUGCAUAUUA-AAACAAUUUGCUUAUUAUGCCUGAAUAAUUGAGUGAGCACCAGAGCCGACGACUAUGG---
((((((((((.....)))))))...--...(((((.((((....)))).))))).((((((.(((((.((-(..........))).))))).)))))).........)))(((.((.......)).)))--- ( -34.40, z-score =  -2.03, R)
>droWil1.scaffold_180949 6360527 123 + 6375548
CGCCUGCCAGUUUGUCUGGCAGUUUUCUGACUUGUUUGCCAAAUGGCGUACAAGAUAUUUAUGCAUAUUA-AAACAAUUUGCUUAUUAUGCCUGAAUAAUUGAGUGAGCAACAAUGUCGUCGAC--------
...(((((((.....))))))).....((((((((.((((....)))).))))((((((..(((......-.......(..((((((((......)))).))))..))))..))))))))))..-------- ( -33.41, z-score =  -2.08, R)
>droMoj3.scaffold_6680 24621418 123 + 24764193
-GCCUGCCAGCUUGUCUGGCAGUUUU-UGACUUGUUUGCCAAAUGGCGUACAAGAUAUUUAUGCAUAUUA-AAACAAUUUGCUUAUUAUGCCUGAAUAAUUGAGUGAGCGACGGGAAUAACUUCAA------
-..(((((((.....)))))))((((-((.(((((.((((....)))).))))).((((((.(((((.((-(..........))).))))).)))))).............)))))).........------ ( -32.30, z-score =  -1.65, R)
>droGri2.scaffold_15110 2290334 122 - 24565398
-GCCUGCCAGCUUGUCUGGCAGUUUU-UGACUUGUUUGCCAAAAGGCGUACAAGAUAUUUAUGCAUAUUA-AAACAAUUUGCUUAUUAUGCCUGAAUAAUUGAGUGAGUAA-GCGACUGGCAUAGA------
-...((((((((((.((.((......-...(((((.((((....)))).))))).((((((.(((((.((-(..........))).))))).)))))).....)).)))))-))...)))))....------ ( -35.00, z-score =  -2.05, R)
>droVir3.scaffold_13049 1153698 111 - 25233164
-GGCUGGCAGCUUGUCUGGCAGUUUU-UGACUCGUUUGCCAAAUGGCAUACAAGAUAUUUAUGCAUAUUA-AAACAAUUUACUUAUUAUGCCUGAAUAAUUGAGUGCGCGGCGG------------------
-.((((((.(((.....)))......-..((((((.((((....)))).))....((((((.(((((.((-(..........))).))))).))))))...)))))).))))..------------------ ( -31.30, z-score =  -1.48, R)
>apiMel3.Group5 2419291 104 + 13386189
UGCUUGUCAGUUAGUUACACGUAUU--CGAAGUGUAUUAUCAGUGGUUUACCGGUUAAUUGUGAAUAUAGUAUAUAAAUUGUAAAUUAUGUGUAAAU-AUUGUGAAA-------------------------
.......((((...(((((((((..--(((.(((((((((..(..(((........)))..)....)))))))))...))).....)))))))))..-)))).....------------------------- ( -17.50, z-score =  -0.09, R)
>consensus
UGCCUGCCAGUUUGUCUGGCAGUUUU_UGACUUGUUUGCCAAAUGGCGUACAAGAUAUUUAUGCAUAUUA_AAACAAUUUGCUUAUUAUGCCUGAAUAAUUGAGUGAGCACCAGAGCCGACGACUACGG___
...(((((((.....)))))))........(((((.((((....)))).))))).((((((.(((((...................))))).)))))).................................. (-25.45 = -25.84 +   0.39)

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