| Sequence ID | dm3.chr2L |
|---|---|
| Location | 593,618 – 593,732 |
| Length | 114 |
| Max. P | 0.769860 |
| Location | 593,618 – 593,732 |
|---|---|
| Length | 114 |
| Sequences | 13 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 81.80 |
| Shannon entropy | 0.40437 |
| G+C content | 0.65262 |
| Mean single sequence MFE | -48.80 |
| Consensus MFE | -31.81 |
| Energy contribution | -31.70 |
| Covariance contribution | -0.11 |
| Combinations/Pair | 1.39 |
| Mean z-score | -1.49 |
| Structure conservation index | 0.65 |
| Background model | dinucleotide |
| Decision model | sequence based alignment quality |
| SVM decision value | 0.64 |
| SVM RNA-class probability | 0.769860 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>dm3.chr2L 593618 114 - 23011544 --AAUUCAAACUCCAGUUCUAGCGCAGCCGCC-AGUCCCAUCCGACCGCAGAGGGUUCCUGCCAUGCUGCAGCAUCCUGGCCUG---CAUCUGGGUCACUUGGCGGCUGCAGCGGCGAGC --.............((((..(((((((((((-((.((((...((..(((((((((..((((......)))).)))))...)))---).))))))....))))))))))).))...)))) ( -46.70, z-score = -1.12, R) >droSim1.chr2L 600071 114 - 22036055 --AACUCAAACUCUAGUUCUAGCGCAGCCGCC-AGUCCCAUCCGACCGCAGAGGGUUCCUGCCAUGCUGCAGCAUCCUGGCCUG---CAUCUGGGUCACUUGGCGGCUGCAGCGGCGAGC --.............((((..(((((((((((-((.((((...((..(((((((((..((((......)))).)))))...)))---).))))))....))))))))))).))...)))) ( -46.70, z-score = -1.02, R) >droSec1.super_14 576237 114 - 2068291 --AACUCAAACUCUAGUUCUAGCGCAGCCGCC-AGUCCCAUCCGACCGCAGAGGGUUCCUGCCAUGCUGCAGCAUCCUGGCCUG---CAUCUGGGUCACUUGGCGGCUGCAGCGGCGAGC --.............((((..(((((((((((-((.((((...((..(((((((((..((((......)))).)))))...)))---).))))))....))))))))))).))...)))) ( -46.70, z-score = -1.02, R) >droYak2.chr2L 582224 114 - 22324452 --AAUUCCAACUCUAGUUCCAGUGCAGCCGCC-AGUCCCAUCCGACCGCAGAGGGUUCCUGCCAUGCUGCAGCAUCCUGGUCUG---CAUCUGGGUCACUUGGCGGCUGCAGCGGCGAGU --.......((((.....((..((((((((((-((.((((...((..((((((((...((((......))))...)))..))))---).))))))....))))))))))))..)).)))) ( -47.20, z-score = -1.63, R) >droEre2.scaffold_4929 649330 114 - 26641161 --AACUCAAACUCUAGUUCUAGCGCAGCCGCC-AGUCCCAUCCGACCGCAGAGGGUUCCUGCCAUGCUGCAGCAUCCUGGCCUG---CAUCUGGGUCACUUGGCGGCUGCAGCGGCGAGC --.............((((..(((((((((((-((.((((...((..(((((((((..((((......)))).)))))...)))---).))))))....))))))))))).))...)))) ( -46.70, z-score = -1.02, R) >droAna3.scaffold_12916 1596366 114 - 16180835 --AACUCCAACUCCAGCUCCAGUGCCGCCGCC-AGUCCGAUCCGACCGCAGAGGGUUCCUGCCAUGCUGCAGCAUCCCGGCUUG---CACCUGGGUCACUUGGCGGCGGCAGCGGCCAGC --.............(((((..((((((((((-((...((((((...((((.(((...((((......))))...)))...)))---)...))))))..))))))))))))..))..))) ( -50.10, z-score = -1.32, R) >dp4.chr4_group3 10697677 114 + 11692001 --AACUCCAACUCCAGUUCGAGCGCCGCCGCC-AGCCCGAUACGACCGCAGCGGGUUCCUGCCAUGUUGCAGCAUCCUGGCCUG---CAUUUGGGGCACCUGGCGGCGGCGGCAGCAAGC --..(((.(((....))).)))((((((((((-(((((((.......(((((((((....))).)))))).(((........))---)..)))))....))))))))))))......... ( -51.30, z-score = -1.04, R) >droPer1.super_1 7810764 114 + 10282868 --AACUCCAACUCCAGUUCGAGCGCCGCCGCC-AGCCCGAUACGACCGCAGCGGGUUCCUGCCAUGUUGCAGCAUCCUGGCCUG---CAUUUGGGGCACCUGGCGGCGGCGGCAGCAAGC --..(((.(((....))).)))((((((((((-(((((((.......(((((((((....))).)))))).(((........))---)..)))))....))))))))))))......... ( -51.30, z-score = -1.04, R) >droWil1.scaffold_180772 6260296 117 + 8906247 --AACUCGAAUUCAAGUUCCAGUGCCGCCGCC-AGUCCCAUUAGGCCGCAGCGUGUCCCAGCAAUGCUACAGCAUCCCGGCCUGCACCAUUUGGGUCACCUGGCGGCGGCAGCAGCCAGC --.(((.((((....)))).)))(((((((((-((.((((.(((((((..((........)).((((....))))..))))))).......))))....))))))))))).......... ( -50.40, z-score = -3.45, R) >droVir3.scaffold_12963 19052223 114 - 20206255 --AAUUCCAAUUCGAGUUCCAGCGCCGCCGCC-AGCCCGAUCCGCCCGCAGCGGGUUCCUGCCAUGUUGCAGCAUCCUGGACUG---CAUCUGGGCCAUCUGGCGGCGGCGGCAGCGAGC --.............((((..(((((((((((-.(((.(((..(((((((((((((....))).)))))).(((........))---)....)))).))).)))))))))))).)))))) ( -55.40, z-score = -2.21, R) >droMoj3.scaffold_6500 8214240 114 + 32352404 --AACUCUAACUCGAGCUCCAGCGCCGCAGCC-AGUCCGAUUCGACCGCAGCGGGUUCCUGCCAUGCUGCAGCACCCUGGCCUG---CAUCUCGGUCAUCUGGCGGCGGCAGCAGCGAGU --.......(((((.((....))(((((.(((-((.((((.......(((((((((....))).)))))).(((........))---)...))))....))))).))))).....))))) ( -49.50, z-score = -1.40, R) >droGri2.scaffold_15252 6951501 114 - 17193109 --AACUCCAACUCCAGUUCCAGCGCCGCCGCC-AGCCCGAUACGCCCGCAACGUGUUCCUGCCAUGCUGCAGCAUCCCGGCUUG---CAUCUGAGCCAUCUGGCGGCGGCGGCAGCAAGC --...................(((((((((((-.(((.(((..((..(((.((((.......)))).))).)).....(((((.---.....)))))))).)))))))))))).)).... ( -48.60, z-score = -2.44, R) >triCas2.ChLG9 11612995 105 - 15222296 UUUACCAUCGAUAGCAUUCUGGCGCCGAGGCCGAAGCCGAGCAGUCCGCAGAGGC------CGGUGCUCCAGCACCCGGGCCUG---CAUCUGGGACAUAUCGCCGCCGCCGGG------ ..................((((((.((.(((....)))((...((((.(((((((------((((((....)))))..))))..---..))))))))...))..)).)))))).------ ( -43.80, z-score = -0.61, R) >consensus __AACUCCAACUCCAGUUCCAGCGCCGCCGCC_AGUCCGAUCCGACCGCAGAGGGUUCCUGCCAUGCUGCAGCAUCCUGGCCUG___CAUCUGGGUCACCUGGCGGCGGCAGCGGCGAGC .....................(((((((((((...............((((..(((....)))...))))........(((((.........)))))....))))))))).))....... (-31.81 = -31.70 + -0.11)
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