| Sequence ID | dm3.chr3L |
|---|---|
| Location | 15,390,720 – 15,390,833 |
| Length | 113 |
| Max. P | 0.925778 |
| Location | 15,390,720 – 15,390,833 |
|---|---|
| Length | 113 |
| Sequences | 12 |
| Columns | 118 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 95.92 |
| Shannon entropy | 0.08406 |
| G+C content | 0.40084 |
| Mean single sequence MFE | -27.82 |
| Consensus MFE | -27.40 |
| Energy contribution | -27.40 |
| Covariance contribution | 0.00 |
| Combinations/Pair | 1.00 |
| Mean z-score | -1.53 |
| Structure conservation index | 0.99 |
| Background model | dinucleotide |
| Decision model | sequence based alignment quality |
| SVM decision value | 1.32 |
| SVM RNA-class probability | 0.925778 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>dm3.chr3L 15390720 113 + 24543557 UCGUGCGGCGUAAUAUUAUUAUUUGAUAAAGAUGCUAAAAGUAACGAAAACACAUUUUCUCAGUUAAAAGGGGUCGUUAGGGAAUGAAAUAUGCGCACGUACGCACCGAACGG----- .(((((((((((.((((.((((((..(((.(((.((.....(((((((((....)))))...))))...)).))).)))..))))))))))))))).))))))..((....))----- ( -27.60, z-score = -1.56, R) >droSim1.chr3L 14730770 113 + 22553184 UCGUGCGGCGUAAUAUUAUUAUUUGAUAAAGAUGCUAAAAGUAACGAAAACACAUUUUCUCAGUUAAAAGGGGUCGUUAGGGAAUGAAAUAUGCGCACGUACGCACCGAACGG----- .(((((((((((.((((.((((((..(((.(((.((.....(((((((((....)))))...))))...)).))).)))..))))))))))))))).))))))..((....))----- ( -27.60, z-score = -1.56, R) >droSec1.super_0 7499893 113 + 21120651 UCGUGCGGCGUAAUAUUAUUAUUUGAUAAAGAUGCUAAAAGUAACGAAAACACAUUUUCUCAGUUAAAAGGGGUCGUUAGGGAAUGAAAUAUGCGCACGUACGCACCGAACGG----- .(((((((((((.((((.((((((..(((.(((.((.....(((((((((....)))))...))))...)).))).)))..))))))))))))))).))))))..((....))----- ( -27.60, z-score = -1.56, R) >droYak2.chr3L 17906915 113 + 24197627 UCGUGCGGCGUAAUAUUAUUAUUUGAUAAAGAUGCUAAAAGUAACGAAAACACAUUUUCUCAGUUAAAAGGGGUCGUUAGGGAAUGAAAUAUGCGCACGUACGCACCGAGCGG----- ..((((((((((.((((.((((((..(((.(((.((.....(((((((((....)))))...))))...)).))).)))..))))))))))))))).)))))((.....))..----- ( -27.80, z-score = -1.34, R) >droEre2.scaffold_4784 17649016 113 + 25762168 UCGUGCGGCGUAAUAUUAUUAUUUGAUAAAGAUGCUAAAAGUAACGAAAACACAUUUUCUCAGUUAAAAGGGGUCGUUAGGGAAUGAAAUAUGCGCACGUACGCACCGAGCGG----- ..((((((((((.((((.((((((..(((.(((.((.....(((((((((....)))))...))))...)).))).)))..))))))))))))))).)))))((.....))..----- ( -27.80, z-score = -1.34, R) >droAna3.scaffold_13337 5820657 113 - 23293914 UCGUGCGGCGUAAUAUUAUUAUUUGAUAAAGAUGCUAAAAGUAACGAAAACACAUUUUCUCAGUUAAAAGGGGUCGUUAGGGAAUGAAAUAUGCGCACGUACGCACCAAACUC----- .(((((((((((.((((.((((((..(((.(((.((.....(((((((((....)))))...))))...)).))).)))..))))))))))))))).))))))..........----- ( -27.40, z-score = -2.07, R) >dp4.chrXR_group6 12950495 113 - 13314419 UCGUGCGGCGUAAUAUUAUUAUUUGAUAAAGAUGCUAAAAGUAACGAAAACACAUUUUCUCAGUUAAAAGGGGUCGUUAGGGAAUGAAAUAUGCGCACGUACGCACCGAGCGG----- ..((((((((((.((((.((((((..(((.(((.((.....(((((((((....)))))...))))...)).))).)))..))))))))))))))).)))))((.....))..----- ( -27.80, z-score = -1.34, R) >droPer1.super_12 1369860 113 - 2414086 UCGUGCGGCGUAAUAUUAUUAUUUGAUAAAGAUGCUAAAAGUAACGAAAACACAUUUUCUCAGUUAAAAGGGGUCGUUAGGGAAUGAAAUAUGCGCACGUACGCACCGAGCGG----- ..((((((((((.((((.((((((..(((.(((.((.....(((((((((....)))))...))))...)).))).)))..))))))))))))))).)))))((.....))..----- ( -27.80, z-score = -1.34, R) >droWil1.scaffold_180955 567909 115 + 2875958 UCGUGCGGCGUAAUAUUAUUAUUUGAUAAAGAUGCUAAAAGUAACGAAAACACAUUUUCUCAGUUAAAAGGGGUCGUUAGGGAAUGAAAUAUGCGCACGUACGCACAGAACUGGC--- .(((((((((((.((((.((((((..(((.(((.((.....(((((((((....)))))...))))...)).))).)))..))))))))))))))).))))))............--- ( -27.40, z-score = -1.77, R) >droVir3.scaffold_13049 20171112 115 + 25233164 UCGUGCGGCGUAAUAUUAUUAUUUGAUAAAGAUGCUAAAAGUAACGAAAACACAUUUUCUCAGUUAAAAGGGGUCGUUAGGGAAUGAAAUAUGCGCACGUACGCACAGGGGCUGU--- .(((((((((((.((((.((((((..(((.(((.((.....(((((((((....)))))...))))...)).))).)))..))))))))))))))).)))))).((((...))))--- ( -27.90, z-score = -1.61, R) >droMoj3.scaffold_6680 7872109 118 + 24764193 UCGUGCGGCGUAAUAUUAUUAUUUGAUAAAGAUGCUAAAAGUAACGAAAACACAUUUUCUCAGUUAAAAGGGGUCGUUAGGGAAUGAAAUAUGCGCACGUACGCACAGGGGCUGCUGC ..((((((((((.((((.((((((..(((.(((.((.....(((((((((....)))))...))))...)).))).)))..))))))))))))))).)))))((((((...))).))) ( -29.20, z-score = -1.28, R) >droGri2.scaffold_15110 4572665 115 - 24565398 UCGUGCGGCGUAAUAUUAUUAUUUGAUAAAGAUGCUAAAAGUAACGAAAACACAUUUUCUCAGUUAAAAGGGGUCGUUAGGGAAUGAAAUAUGCGCACGUACGCACAGGGGCUGU--- .(((((((((((.((((.((((((..(((.(((.((.....(((((((((....)))))...))))...)).))).)))..))))))))))))))).)))))).((((...))))--- ( -27.90, z-score = -1.61, R) >consensus UCGUGCGGCGUAAUAUUAUUAUUUGAUAAAGAUGCUAAAAGUAACGAAAACACAUUUUCUCAGUUAAAAGGGGUCGUUAGGGAAUGAAAUAUGCGCACGUACGCACCGAGCGG_____ .(((((((((((.((((.((((((..(((.(((.((.....(((((((((....)))))...))))...)).))).)))..))))))))))))))).))))))............... (-27.40 = -27.40 + 0.00)
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