| Sequence ID | dm3.chr3L |
|---|---|
| Location | 14,502,460 – 14,502,568 |
| Length | 108 |
| Max. P | 0.631412 |
| Location | 14,502,460 – 14,502,568 |
|---|---|
| Length | 108 |
| Sequences | 12 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 71.61 |
| Shannon entropy | 0.59619 |
| G+C content | 0.60875 |
| Mean single sequence MFE | -43.84 |
| Consensus MFE | -19.16 |
| Energy contribution | -19.57 |
| Covariance contribution | 0.41 |
| Combinations/Pair | 1.29 |
| Mean z-score | -1.22 |
| Structure conservation index | 0.44 |
| Background model | dinucleotide |
| Decision model | sequence based alignment quality |
| SVM decision value | 0.29 |
| SVM RNA-class probability | 0.631412 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>dm3.chr3L 14502460 108 + 24543557 ---CUCCUGGGUGAUCGUGGCGGUCAACGGCUGCUCCUGCAUGUCCUGCUCGUCGCCA---------AGGUCGAGUAGGUUGUCGUUGCUGCUGAUCUUCUUGAAGCGGGCACUGCUCGA ---.((..(((.((((..(((((.((((((((((....)))...((((((((.(....---------..).))))))))..)))))))))))))))).))).))..(((((...))))). ( -43.10, z-score = -1.44, R) >droSim1.chr3L 13831151 108 + 22553184 ---CUCCUGGGUGAUCGUGGCGGUCAACGGCUGCUCCUGCAUGUCCUGCUCGUCGCCA---------AGGUCGAGUAGGUUGUCGUUGCUGCUGAUCUUCUUGAAGCGGGCACUGCUCGA ---.((..(((.((((..(((((.((((((((((....)))...((((((((.(....---------..).))))))))..)))))))))))))))).))).))..(((((...))))). ( -43.10, z-score = -1.44, R) >droSec1.super_0 6632591 108 + 21120651 ---CUCCUGGGUGAUCGUGGCGGUCAACGGCUGCUCCUGCAUGUCCUGCUCGUCGCCA---------AGGUCGAGUAGGUUGUCGUUGCUGCUGAUCUUCUUGAAGCGGGCACUGCUCGA ---.((..(((.((((..(((((.((((((((((....)))...((((((((.(....---------..).))))))))..)))))))))))))))).))).))..(((((...))))). ( -43.10, z-score = -1.44, R) >droYak2.chr3L 14592294 108 + 24197627 ---UUCCUGGGUGAUCGUGGCGGUCAACGGCUGCUCCUGCAUCUCCUGCUCGUCGCCA---------AGGUCGAGUAGGUUGUCGUUGCUGCUGAUCUUCUUGAAGCGGGCACUGCUCGA ---(((..(((.((((..(((((.((((((((((....)))...((((((((.(....---------..).))))))))..)))))))))))))))).))).))).(((((...))))). ( -43.90, z-score = -1.87, R) >droEre2.scaffold_4784 14473747 108 + 25762168 ---UUCCUGGGUGAUCGUGGCGGUCAACGGCUGCUCCUGCAUGUCCUGCUCGUCGCCA---------AGGUCGAGUAGGUUGUCGUUGCUGCUGAUCUUCUUGAAGCGGGCACUGCUCGA ---(((..(((.((((..(((((.((((((((((....)))...((((((((.(....---------..).))))))))..)))))))))))))))).))).))).(((((...))))). ( -43.90, z-score = -1.76, R) >dp4.chrXR_group6 7201347 117 + 13314419 CUCCGCCGAGACG---GUGGCAGUCAACGGCUGCAGCUGCAGCUGCUCGUCUCCGACUCCGUCUCCGAGCUCGAGCAGGUUGUCGUUGCUGCUGAUCUUCUUGAAGCGGGCACUGCUUGA .((((((((((.(---(((((((.((((((((((....))).(((((((.(((.((.......)).)))..)))))))...)))))))))))).))).)))))..))))).......... ( -49.20, z-score = -0.60, R) >droPer1.super_41 554470 117 + 728894 CUCCGCCGAGACG---GUGGCAGUCAACGGCUGCAGCUGCAGCUGCUCGUCUCCGACUCCGUCCCCGAGCUCGAGCAGGUUGUCGUUGCUGCUGAUCUUCUUGAAGCGGGCACUGCUUGA .((((((((((.(---(((((((.((((((((((....))).(((((((.(((.(((...)))...)))..)))))))...)))))))))))).))).)))))..))))).......... ( -49.10, z-score = -0.65, R) >droVir3.scaffold_13049 3415757 102 - 25233164 CUCCGCAGAGACG---GUGGCAGUCAACGGCUGCAGCUGC------UCGACAUCGGCC---------AGGUCGAGCAGAUUGUCGUUGCUGCUGAUCUUCUUGAAGCGUGCACUGCUUGA ...(((.((((.(---(((((((.(((((((.....((((------(((((.......---------..)))))))))...)))))))))))).))).))))...)))............ ( -42.70, z-score = -1.06, R) >droMoj3.scaffold_6680 8415989 102 - 24764193 CUCCGCCGAGACG---GUGGCAGUCAACGGCUGCAGCUGC------UCGACAUCGGCC---------AGGUCGAGCAGAUUGUCGUUGCUGCUGAUUUUCUUGAAGCGCGCACUACUCGA ...((((((((..---(((((((.(((((((.....((((------(((((.......---------..)))))))))...)))))))))))).))..)))))..)))............ ( -42.30, z-score = -1.34, R) >droGri2.scaffold_15110 21749245 105 + 24565398 CUCCGCCGAGACGACGGUGGCAGUCAACGGCUGCAGCUGC------UCGACAUCGUCU---------AGGUCGAGCAGAUUGUCGUUGCUGCUGAUCUUCUUGAAGCGCGCACUGCUUGA ......(((((.((...((((((.(((((((.....((((------(((((.......---------..)))))))))...))))))))))))).)).)))))(((((.....))))).. ( -43.10, z-score = -1.06, R) >droWil1.scaffold_180949 3875045 99 + 6375548 CUCUGCCGAGACA---GUGGCAGUCAACGGCUGCAGCUGC------UCGUCACCA------------AGGUCGAGCAAAUUGUCGUUGCUGCUGAUCUUCUUAAAGCGUGCACUGUUCGA ......((((.((---(((((((.(((((((......(((------(((.(....------------..).))))))....)))))))))))....(((....)))....))))))))). ( -34.60, z-score = -0.74, R) >anoGam1.chrX 17161003 87 - 22145176 --------------CUAUGGCGG-----GAUUGUAGCUGAGCCCCUCGGCCGGUAGCCGCUU-----GCGCAGCGGCACCCGCCGCUGCUCGGGGUCCAUCCGG-GCGGGCA-------- --------------....(((((-----(......((((.(((....))))))).((((((.-----....)))))).))))))((((((((((.....)))))-)).))).-------- ( -48.00, z-score = -1.20, R) >consensus ___CGCCGAGACG___GUGGCAGUCAACGGCUGCAGCUGCAU_UCCUCGUCGUCGCCA_________AGGUCGAGCAGGUUGUCGUUGCUGCUGAUCUUCUUGAAGCGGGCACUGCUCGA ................(..(((((.....)))))..).................................((((((((........(((((((...........)))).))))))))))) (-19.16 = -19.57 + 0.41)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Tue Apr 19 23:25:53 2011