| Sequence ID | dm3.chr3L |
|---|---|
| Location | 12,516,420 – 12,516,540 |
| Length | 120 |
| Max. P | 0.737301 |
| Location | 12,516,420 – 12,516,540 |
|---|---|
| Length | 120 |
| Sequences | 14 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 77.17 |
| Shannon entropy | 0.51865 |
| G+C content | 0.48036 |
| Mean single sequence MFE | -38.37 |
| Consensus MFE | -16.93 |
| Energy contribution | -16.47 |
| Covariance contribution | -0.46 |
| Combinations/Pair | 1.58 |
| Mean z-score | -1.71 |
| Structure conservation index | 0.44 |
| Background model | dinucleotide |
| Decision model | sequence based alignment quality |
| SVM decision value | 0.54 |
| SVM RNA-class probability | 0.737301 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>dm3.chr3L 12516420 120 - 24543557 GCAUGAACGAGCUACUGGGCGCCAUUAUAGACAUGGAGAACCUAUUCAUGUCCAUGCAGCGCGUCGAGGACGAGGACACCAAGAAGGUGUACCAGUACCUCUUCCGUUUGCUGCGCCAGU ((........)).(((((.(((.......((((((((.......))))))))...((((((.(..((((((..(((((((.....))))).)).)).))))..))).)))).)))))))) ( -43.10, z-score = -2.43, R) >droPer1.super_9 1596437 120 - 3637205 GCAUGGACGAGCUUCUGGGUGCCAUUAUUGAUAUGGAAAAUCUGUUCAUGUCCAUGCAGCGAGUGGAAGAUGAGGAUACCAAAAAGGUAUAUUUGUAUCUGUUCCGCCUGUUGCGUCAGU ((((((((((((....((((.((((.......))))...))))))))..)))))))).((((((((((((((...(((((.....))))).....)))))..)))))...))))...... ( -40.10, z-score = -2.48, R) >droAna3.scaffold_13337 12564837 120 - 23293914 AUAUGGAUGAGCUGCUGGGUGCCAUUAUCGACAUGGAGAACCUGUUCAUGUCGAUGCAGCGCGUUGAGGACGAGGACACCAAGAAGGUCUACUUGUAUCUGUUUCGGCUGCUCCGCCAGU ...(((..((((.(((((((((...((((((((((((.......))))))))))))..))))...((..(((((...(((.....)))...))))).))....))))).))))..))).. ( -45.20, z-score = -2.03, R) >droEre2.scaffold_4784 12518132 120 - 25762168 GCAUGGACGAGUUAUUGGGCGCCAUCAUAGACAUGGAGAACCUAUUCAUGUCCAUGCAGCGCGUCGAGGACGAUGACACCAAGAAGGUGUACCUGUAUCUCUUCCGUUUGCUGCGCCAGU ...(((.(((((...(((((((...(((.((((((((.......)))))))).)))..))))...(((((((...(((((.....)))))...))).))))..)))...))).))))).. ( -41.30, z-score = -1.60, R) >droYak2.chr3L 12577578 120 - 24197627 GCAUGGACGAGUUACUAGGCGCCAUCAUAGACAUGGAGAACCUGUUCAUGUCCAUGCAGCGCGUCGAGGACGAGGACACCAAGAAGGUGUACCUGUAUCUCUUCCGUUUGCUGCGCCAGU (((((((((.(..((.(((..((((.......))))....))))).).))))))))).(((((.((((((.(((((((((.....))))).......)))).)))..))).))))).... ( -41.91, z-score = -1.47, R) >droSec1.super_0 4700447 120 - 21120651 GCAUGAACGAGCUACUGGGCGCCAUCAUAGACAUGGAGAACCUAUUCAUGUCCAUGCAGCGCGUCGAGGACGAGGACACCAAAAAGGUGUACCAGUACCUCUUCCGUUUGCUGCGCCAGU (((((((((........((((((..(((.((((((((.......)))))))).)))..).)))))((((((..(((((((.....))))).)).)).))))...)))))).)))...... ( -44.00, z-score = -2.74, R) >droSim1.chr3L 11899419 120 - 22553184 GCAUGAACGAGCUACUGGGCGCCAUCAUAGACAUGGAGAACCUAUUCAUGUCCAUGCAGCGCGUCGAGGACGAGGACACCAAGAAGGUGUACCAGUACCUCUUCCGUUUGCUGCGCCAGU (((((((((........((((((..(((.((((((((.......)))))))).)))..).)))))((((((..(((((((.....))))).)).)).))))...)))))).)))...... ( -44.00, z-score = -2.47, R) >droVir3.scaffold_13049 5915469 120 + 25233164 GCAUGGACGACCUCUUGGGCGCAAUCAUCGAUAUGGAAAACCUAUUUAUGUCCAUGCAGCGCGUAGAGGACGAGGACACUAAAAAAGUGUAUUUGUAUUUGUUUAGGCUGCUCCGUCAAU ((.((((((((((((.(.((((...(((.((((((((.......)))))))).)))..)))).))))))(((((.(((((.....))))).)))))..))))))).))............ ( -36.50, z-score = -1.94, R) >droMoj3.scaffold_6680 17712030 120 + 24764193 GUAUGGACGAACUAUUAGGCGCCAUCAUUGACAUGGAAAAUCUAUUCAUGUCCAUGCAGCGCGUUGAGGAUGAGGACACAAAGAAGGUUUACUUGUAUCUGUUCAGGUUACUGCGACAGU (((..(..(((((.....((((...(((.((((((((.......)))))))).)))..)))).(((.(........).)))....)))))..)..)))((((((((....))).))))). ( -29.40, z-score = 0.04, R) >droGri2.scaffold_15110 7562405 120 + 24565398 GUAUGGAUGAACUGUUGGGCGCCAUCAUUGACAUGGAAAACUUGUUUAUGUCCAUGCAACGUGUCGAGGACGAUGACACCAAGAAGGUGUAUUUGUAUCUGUUUAGGUUGCUGCGUCAAU (.((((.((..(....)..)))))))(((((((((((.............)))))(((((.((...(((((((..(((((.....)))))..)))).)))...)).)))))...)))))) ( -32.42, z-score = -0.20, R) >dp4.chrXR_group6 3299467 120 - 13314419 GCAUGGACGAGCUUCUGGGUGCCAUUAUUGAUAUGGAAAAUCUGUUCAUGUCCAUGCAGCGAGUGGAAGAUGAGGAUACCAAAAAGGUAUAUUUGUAUCUGUUCCGCCUGUUGCGUCAGU ((((((((((((....((((.((((.......))))...))))))))..)))))))).((((((((((((((...(((((.....))))).....)))))..)))))...))))...... ( -40.10, z-score = -2.48, R) >droWil1.scaffold_180916 1115408 120 + 2700594 AUAUGGACGAACUAUUGGGUGCAAUUAUCGAUAUGGAGAAUCUGUUCAUGUCCAUGCAACGGGUAGAGGACGAAGAUACCAAGAAGGUAUAUUUGUACUUGUUCCGAUUAUUGCGCCAAU .................((((((((.(((((((((((.......))))))))........(((..(((.(((((.(((((.....))))).))))).)))..)))))).))))))))... ( -36.30, z-score = -2.59, R) >anoGam1.chr2R 57789886 120 - 62725911 AGAUGAACGAGCUGCUGGGGGCCAUUGUGGAUGUGGAAAAUUUGUACAUGAGCAUGCUCCGGGAAACGGAUACCGAUACGAAGAAGGUAUAUGCUUAUCUGUUCCGUUUGUUGCGGCAGU ..........((((((((((((...(((..(((((.(.....).)))))..))).))))).((((.((((((...((((.......)))).....))))))))))........))))))) ( -36.30, z-score = -1.14, R) >triCas2.ChLG5 565478 120 + 18847211 AGUUAAAUCGUCUCCUGCGUAUGGUUGUGGACAUUGACAAUAUGGGUACGGCAAUGAGUCGUGAAGAAAACAUUGAAACAAAAAAAGUUUACACGUACUUAUUCCACUUGUUGCGUAAAU ...............((((((.....(((((..........(((((((((.(((((..((.....))...)))))((((.......))))...))))))))))))))....))))))... ( -26.50, z-score = -0.42, R) >consensus GCAUGGACGAGCUACUGGGCGCCAUCAUAGACAUGGAGAACCUGUUCAUGUCCAUGCAGCGCGUCGAGGACGAGGACACCAAGAAGGUGUACUUGUAUCUGUUCCGUUUGCUGCGCCAGU .................(((((...(((.((((((((.......)))))))).)))..........(((((....(((((.....)))))....)).)))............)))))... (-16.93 = -16.47 + -0.46)
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