| Sequence ID | dm3.chr3L |
|---|---|
| Location | 12,200,758 – 12,200,872 |
| Length | 114 |
| Max. P | 0.537168 |
| Location | 12,200,758 – 12,200,872 |
|---|---|
| Length | 114 |
| Sequences | 12 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 77.39 |
| Shannon entropy | 0.49226 |
| G+C content | 0.62904 |
| Mean single sequence MFE | -50.41 |
| Consensus MFE | -22.58 |
| Energy contribution | -22.55 |
| Covariance contribution | -0.03 |
| Combinations/Pair | 1.50 |
| Mean z-score | -1.57 |
| Structure conservation index | 0.45 |
| Background model | dinucleotide |
| Decision model | sequence based alignment quality |
| SVM decision value | 0.09 |
| SVM RNA-class probability | 0.537168 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>dm3.chr3L 12200758 114 - 24543557 AGUUG---GCCAACGCCAGCAGCGAGGAUGAGCUGGAUGAUCCAGAUGUUGUGGUCGUGGGCAGUCCCGAAGUGGUGGCUGCCGUGGCAGCCAUA---GCCUCCAAUAAGGCAAGAGAAA .((((---((....))))))..((.((((..(((..(((((((((...))).)))))).))).)))))).....((((((((....)))))))).---((((......))))........ ( -44.70, z-score = -1.79, R) >droGri2.scaffold_15110 19248488 120 + 24565398 AAUUGGCAGCCGCCGCCAGCAGCGAGGAUGAGCUGGACACUGCUGAUGUCGUUGUGGUCGCCGGCACCGAAGUAGUUGCUGCCGUCUCCGCCAUCGCUGCGUCAAGCAGGGCGCGUGAGA ....((((((.((.((((.((((((.(.(.(((........))).)).)))))))))).))((....))........)))))).(((((((...(.((((.....)))).).))).)))) ( -48.40, z-score = 0.65, R) >droMoj3.scaffold_6680 5817189 117 - 24764193 AAUUG---GCCGCAGCCGGCAGUGAGGAUGAGCUGGACAAUGCGGAUGUUGUUGUUGUAGGCGGCACAGAGGUAGUCGCCGCGGUGGCCGCCAUUGCGGCUUCCAGUAAGGCGCGUGAGA .....---((((((.(((((...........)))))....)))(((....(((((.((.((((((((...(((....)))...)).)))))))).))))).))).....))).(....). ( -44.40, z-score = 0.28, R) >droVir3.scaffold_13049 7562811 117 - 25233164 AACUG---GCCGCAGCCGGCAGCGAGGAUGAGCUGGACAAUGCGGAUGUCGUUGUGGUCGGCGGCACGGAGGUUGUUGCUGCGGUGGCUGCCAUUGCGGCCUCCAGCAAGGCGCGUGAGA .....---((((((((...((((........))))((((((.(.(.((((((((....))))))))).)..)))))))))))((.((((((....)))))).)).....))).(....). ( -51.40, z-score = 0.06, R) >droWil1.scaffold_180698 2630673 95 - 11422946 AGUUG---GCCAGUGCCAACAGCGAGGAUGAACUGGAUCA---------UGUCGUUGUGGGCAGUACCGAGGUGGUGGCCGCUGUGGCAGCCAUU---GCCACGAACAAG---------- ..(((---(..(.((((.(((((((.(.(((......)))---------).))))))).)))).).))))((..(((((.((....)).))))).---.)).........---------- ( -40.20, z-score = -2.13, R) >droPer1.super_9 833135 114 - 3637205 AGCUG---GCCACCGCCAGCAGUGAGGACGAGCUGGACGACGCCGAGGUUGUGGUCGUCGGCAGUCCGGAGGUGGUGGCUGCAGUGGCUGCCAUU---GCCACCAAUAAGGCGCGGGGUC .((((---((....))))))........((.(((((((...(((((.(.......).))))).))))((.((..(((((.((....)).))))).---.)).)).....))).))..... ( -54.40, z-score = -1.30, R) >dp4.chrXR_group6 2540924 114 - 13314419 AGCUG---GCCACCGCCAGCAGUGAGGACGAGCUGGACGACGCCGAGGUUGUGGUCGUCGGCAGUCCGGAGGUGGUGGCUGCAGUGGCUGCCAUU---GCCACCAAUAAGGCGCGGGGUC .((((---((....))))))........((.(((((((...(((((.(.......).))))).))))((.((..(((((.((....)).))))).---.)).)).....))).))..... ( -54.40, z-score = -1.30, R) >droAna3.scaffold_13337 21857816 114 + 23293914 AGCUG---GUCACGGCCAGCAGCGAGGACGAGCUGGACGACCCGGACGUGGUCGUGGUGGGCAGUCCGGAAGUGGUGGCCGCCGUGGCCGCGAUU---GCCUCCAGCAAGGCCCGCGAAA .((((---((....)))))).(((.((.(..((((((((((((....).))))))...(((((((((....)..((((((.....))))))))))---)))))))))..).))))).... ( -60.90, z-score = -2.38, R) >droEre2.scaffold_4784 12190486 114 - 25762168 AGUUG---GCCACCGCCAGCAGCGAAGAUGAGUUGGAUGAUCCCGAUGUUGUGGUCGUGGGCAGUCCCGAAGUGGUGGCUGCCGUCGCGGCCAUA---GCCUCCAAUAAGGCAAGGGAAA .((((---((....))))))(((........)))......((((.....(((((((((((((((((((.....)).)))))))..))))))))))---((((......))))..)))).. ( -50.70, z-score = -3.04, R) >droYak2.chr3L 12251177 114 - 24197627 AGUUG---GCCACCGCCAGCAGCGAGGAUGAGUUGGAUGAUCCCGAUGUUGUGGUCGUGGGCAGUCCCGAAGUGGUGGCUGCCGUGGCGGCCAUA---GCCUCCAACAAGGCAAGGGAAA ..(((---.((((.(((((((.((.((((.(......).)))))).)))..)))).)))).)))((((......((((((((....)))))))).---((((......))))..)))).. ( -51.30, z-score = -2.33, R) >droSec1.super_0 4385964 114 - 21120651 AGUUG---GCCACCGCCAGUAGCGAGGAUGAGCUGGAUGAUCCUGAUGUUGUGGUCGUGGGCAGUCCCGAAGUGGUGGCUGCCGUGGCGGCCAUA---GCCUCCAAUAAGGCAAGGGAAA ..(((---.((((.((((.((((((((((.(......).)))))..))))))))).)))).)))((((......((((((((....)))))))).---((((......))))..)))).. ( -51.10, z-score = -2.75, R) >droSim1.chr3L 11572198 114 - 22553184 AGUUG---GCCACCGCCAGCAGCGAGGAUGAGCUGGAUGAUCCUGAUGUUGUGGUCGUGGGCAGUCCCGAAGUGGUGGCUGCCGUGGCGGCCAUA---GCCUCCAAUAAGGCAAGGGAAA ..(((---.((((.((((.((((((((((.(......).)))))..))))))))).)))).)))((((......((((((((....)))))))).---((((......))))..)))).. ( -53.00, z-score = -2.83, R) >consensus AGUUG___GCCACCGCCAGCAGCGAGGAUGAGCUGGACGAUCCCGAUGUUGUGGUCGUGGGCAGUCCCGAAGUGGUGGCUGCCGUGGCGGCCAUU___GCCUCCAAUAAGGCACGGGAAA ........(((((..(((((...........)))))........................(((((((.......).)))))).)))))..........(((........)))........ (-22.58 = -22.55 + -0.03)
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