| Sequence ID | dm3.chr3L |
|---|---|
| Location | 10,582,455 – 10,582,622 |
| Length | 167 |
| Max. P | 0.554082 |
| Location | 10,582,455 – 10,582,622 |
|---|---|
| Length | 167 |
| Sequences | 13 |
| Columns | 167 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 79.45 |
| Shannon entropy | 0.49131 |
| G+C content | 0.69433 |
| Mean single sequence MFE | -79.62 |
| Consensus MFE | -40.63 |
| Energy contribution | -42.68 |
| Covariance contribution | 2.05 |
| Combinations/Pair | 1.46 |
| Mean z-score | -1.32 |
| Structure conservation index | 0.51 |
| Background model | dinucleotide |
| Decision model | sequence based alignment quality |
| SVM decision value | 0.12 |
| SVM RNA-class probability | 0.554082 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>dm3.chr3L 10582455 167 + 24543557 GCCACUGCUCCGCUGCUAAAGACUCCGCUGUCUCAGGCCCAGCAGCAGGCGUACGCCACGGCGGCCACCACCUACACGGCGGUAGCCGCCCGGGCCGCCUAUGGCGCCGCUGCUGCAGCAGCCGCCCAGCCGGCACUCGCCGGCUACGCCACCGUGGCUGGGUAAGU (((((((((..((((((..((((......))))..)))..)))))))(((((.......((((((.(((.((.....)).))).)))))).((((((((...))))..(((((....))))).))))(((((((....))))))))))))...)))))......... ( -87.00, z-score = -1.67, R) >droSim1.chr3L_random 488828 144 + 1049610 GCCACUGCUCCUCUGCUUAAGACUCCGCUGUCACAGGCUCACCAUCACGCGUACGCCACG-UGGCCACCGCCU-UGCAGCGGU--CCCACCGGGCCGCCUAUGGUGCC----CUGCCACAGAACCCAAACCCGGAAUA--CUGGUACGCUCCGG------------- (((...((......))....(((......)))...)))..........((((((.....(-((((...((((.-....(((((--((....)))))))....))))..----..))))).....((......))....--...)))))).....------------- ( -47.40, z-score = -0.50, R) >droSec1.super_0 2800831 167 + 21120651 GCCACUGCUCCGCUGCUAAAGACUCCGCUGUCUCAGGCCCAGCAGCAGGCGUACGCCACGGCGGCCACCACCUACACGGCGGUAGCUGCCCGGGCCGCCUAUGGUGCCGCUGCCGCAGCAGCCGCACAGCCGGCACUCGCCGGCUACGCCACCGUGGCUGGGUAAGU (((((((((..((((((..((((......))))..)))..)))))))(((((..(((..((((((.(((.((.....)).))).))))))..)))........((((.(((((....))))).))))(((((((....))))))))))))...)))))......... ( -84.60, z-score = -1.22, R) >droYak2.chr3L 10578133 167 + 24197627 GCCACUGCUCCGCUGCUAAAGACUCCGCUGUCUCAGGCCCAGCAGCAGGCGUACGCCACGGCGGCCACCACCUACACGGCGGUAGCCGCCCGGGCCGCCUAUGGUGCCGCUGCCGCAGCAGCCGCCCAGCCGGCACUCGCCGGCUACGCCACCGUGGCUGGGUAAGU (((((((((..((((((..((((......))))..)))..)))))))((((((.(((..((((((.(((.((.....)).))).))))))..)))......(((.((.(((((....))))).)))))((((((....))))))))))))...)))))......... ( -86.10, z-score = -1.58, R) >droEre2.scaffold_4784 10578868 167 + 25762168 GCCACUGCUCCGCUGCUAAAGACUCCGCUGUCUCAGGCCCAGCAGCAGGCGUACGCCACGGCGGCCACCACCUACACGGCGGUAGCCGCCCGGGCCGCCUAUGGUGCCGCUGCCGCAGCAGCCGCCCAGCCGGCACUCGCCGGCUACGCCACCGUGGCUGGGUAAGU (((((((((..((((((..((((......))))..)))..)))))))((((((.(((..((((((.(((.((.....)).))).))))))..)))......(((.((.(((((....))))).)))))((((((....))))))))))))...)))))......... ( -86.10, z-score = -1.58, R) >droAna3.scaffold_13337 15489552 167 + 23293914 GCCACUGCUCCGCUGUUAAAGACUCCGCUGUCUCAGGCCCAGCAGCAGGCGUACGCCACGGCGGCCACCACCUACACGGCGGUAGCCGCCCGGGCCGCCUAUGGGGCUGCCGCCGCAGCGGCUGCCCAGCCGGCACUCGCCGGCUACGCCACCGUAGCUGGGUAAGU ............(((....((((......)))))))(((((((.(((((((...(((..((((((.(((.((.....)).))).))))))..))))))))...((((.(((((....))))).))))(((((((....)))))))........)).))))))).... ( -87.50, z-score = -1.70, R) >dp4.chrXR_group6 9002404 167 + 13314419 GCCGCUGCUCCGCUGUUAAAGACACCCCUGUCUCAGGCCCAGCAGCAGGCGUAUGCCACGGCUGCCACCACCUACACGGCGGUUGCUGCCCGAGCGGCCUAUGGGGCCGCUGCCGCAGCAGCCGCCCAACCGGCCCUUGCCGGAUAUGCCACCGUAGCGGGGUAAGU (((((((((..(((.....(((((....)))))..)))..)))))).(((....)))..)))((((.((..((((..((((((((((((...(((((((.....)))))))...))))))))))))...(((((....)))))..........)))).))))))... ( -88.30, z-score = -3.21, R) >droWil1.scaffold_181017 155055 167 - 939937 GCCACUGCUCCGCUGUUAAAGACACCCUUGUCUCAGGCCCAGCAGCAGGCGUAUGCCACAGCGGCUACCACCUAUACGGCGGUUGCUGCCCGAGCUGCUUAUGGAGCUGCUGCAGCUGCAGCCGCCCAACCGGCACUAGCUGGCUAUGCCACAGUAGCGGGGUAAGU .....((((((((((....(((((....)))))..(((..((((((.(((....)))...(((((.(((.((.....)).))).)))))....))))))..(((.((.(((((....))))).))))).(((((....)))))....)))....))))))))))... ( -75.40, z-score = -1.06, R) >droVir3.scaffold_13049 16381334 167 + 25233164 GCCACUGCUCCGCUGUUAAAGACACCCCUGUCUCAGGCCCAGCAGCAGGCGUACGCCACGGCGGCUACCACCUACACGGCGGUCGCUGCCCGGGCCGCCUACGGCGCCGCUGCAGCAGCAGCCGCCCAACCAGCACUCGCUGGCUAUGCCACCGUAGCGGGGUAAGU .....((((((((((....(((((....)))))..(((((.......(((....)))..((((((.(((.((.....)).))).)))))).)))))......(((((.(((((....))))).))....(((((....)))))....)))....))))))))))... ( -79.00, z-score = -1.40, R) >droMoj3.scaffold_6680 4420244 164 - 24764193 GCCACUGCUCCGCUGUUAAAGACACCCCUGUCUCAGGCCCAGCAGCAGGCGUAUGCCACGGCGGCCACCACCUACACGGCGGUCGCUGCCCGGGC---CUACGGGGCCGCGGCAGCUGCUGCCGCCCAGCCGGCACUCGCUGGCUAUGCCACCGUAGCGGGGUAAGU .....(((((((((.....(((((....))))).((((((.......(((....)))..((((((.(((.((.....)).))).)))))).))))---))(((((((.(((((((...)))))))..(((((((....)))))))..))).)))))))))))))... ( -88.30, z-score = -2.33, R) >droGri2.scaffold_15110 12264387 164 - 24565398 GCCACUGCUCCGCUGUUAAAGACACCCCUGUCUCAGGCCCAGCAGCAGGCGUAUGCCACGGCGGCCACCACCUACACGGCGGUCGCUGCCCGGGCCGCCUACGGAGCCGCUGCAGCUGCAGCUGCCCAACCAGCACUCG---GCUAUGCCACCGUAGCAGGGUAAGU (((.(((((.(((((((..(((((....))))).......)))))).((((((.(((..((((((.(((.((.....)).))).)))))).((((.(((....).)).(((((....))))).))))...........)---))))))))...).)))))))).... 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| Location | 10,582,455 – 10,582,622 |
|---|---|
| Length | 167 |
| Sequences | 13 |
| Columns | 167 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 79.45 |
| Shannon entropy | 0.49131 |
| G+C content | 0.69433 |
| Mean single sequence MFE | -89.67 |
| Consensus MFE | -45.34 |
| Energy contribution | -46.63 |
| Covariance contribution | 1.29 |
| Combinations/Pair | 1.50 |
| Mean z-score | -1.30 |
| Structure conservation index | 0.51 |
| Background model | dinucleotide |
| Decision model | sequence based alignment quality |
| SVM decision value | 0.08 |
| SVM RNA-class probability | 0.534212 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>dm3.chr3L 10582455 167 - 24543557 ACUUACCCAGCCACGGUGGCGUAGCCGGCGAGUGCCGGCUGGGCGGCUGCUGCAGCAGCGGCGCCAUAGGCGGCCCGGGCGGCUACCGCCGUGUAGGUGGUGGCCGCCGUGGCGUACGCCUGCUGCUGGGCCUGAGACAGCGGAGUCUUUAGCAGCGGAGCAGUGGC ......(((((((((((.((.((((((((....))))))(((((.(((((....))))).)).))))).)).)))..(((((((((((((.....))))))))))))))))))....(((((((((((((((((......))).))))..)))))))).))..))). ( -104.20, z-score = -2.97, R) >droSim1.chr3L_random 488828 144 - 1049610 -------------CCGGAGCGUACCAG--UAUUCCGGGUUUGGGUUCUGUGGCAG----GGCACCAUAGGCGGCCCGGUGGG--ACCGCUGCA-AGGCGGUGGCCA-CGUGGCGUACGCGUGAUGGUGAGCCUGUGACAGCGGAGUCUUAAGCAGAGGAGCAGUGGC -------------..........(((.--(.((((..(((((((((((((.((((----(.(((((((.((((((((...((--.(((((((.-..))))))))).-)).)))...))).).))))))..)))))....)))))).)))))))...)))).).))). 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( -99.90, z-score = -2.38, R) >dp4.chrXR_group6 9002404 167 - 13314419 ACUUACCCCGCUACGGUGGCAUAUCCGGCAAGGGCCGGUUGGGCGGCUGCUGCGGCAGCGGCCCCAUAGGCCGCUCGGGCAGCAACCGCCGUGUAGGUGGUGGCAGCCGUGGCAUACGCCUGCUGCUGGGCCUGAGACAGGGGUGUCUUUAACAGCGGAGCAGCGGC .......((((....)))).....(((((....)))))..(((((..(((..(((((((((((.....)))))))......((.((((((.....)))))).)).))))..)))..)))))((((((..((..((((((....)))))).....))..))))))... ( -87.40, z-score = -0.51, R) >droWil1.scaffold_181017 155055 167 + 939937 ACUUACCCCGCUACUGUGGCAUAGCCAGCUAGUGCCGGUUGGGCGGCUGCAGCUGCAGCAGCUCCAUAAGCAGCUCGGGCAGCAACCGCCGUAUAGGUGGUAGCCGCUGUGGCAUACGCCUGCUGCUGGGCCUGAGACAAGGGUGUCUUUAACAGCGGAGCAGUGGC .........(((((((((((.(((....)))((((((....(((((((((.((((((((.(((.....))).)))...)))))...((((.....))))))))))))).))))))..)))..((((((.....((((((....))))))...)))))).)))))))) 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( -89.60, z-score = -0.98, R) >droGri2.scaffold_15110 12264387 164 + 24565398 ACUUACCCUGCUACGGUGGCAUAGC---CGAGUGCUGGUUGGGCAGCUGCAGCUGCAGCGGCUCCGUAGGCGGCCCGGGCAGCGACCGCCGUGUAGGUGGUGGCCGCCGUGGCAUACGCCUGCUGCUGGGCCUGAGACAGGGGUGUCUUUAACAGCGGAGCAGUGGC ........((((((((((((.....---....(((((.((((((.(((((....))))).(((.....))).)))))).)))))((((((.....)))))).))))))))))))...(((.((((((..((..((((((....)))))).....))..))))))))) ( -84.80, z-score = -0.45, R) >anoGam1.chr2L 25967296 164 - 48795086 ACUCACCCAGCGACGGUGGUGUAGCCGGCCACGGUGGGUUG---CGCUGCAGCAGCGGCCGCCCCAUAGGCAGCGCGUGCCGCUGCAGCCGUAUAGCUGGCGGCGGAGUAAGCCUGCGCCUGAGCCUGCGCUUGCGACAGUGGCGUUUUCAGCAGCGGCGCAGCAGC ((((.((((((.((((((((((((((.((....)).)))))---))))...(((((((((((((....))....))).)))))))).)))))...))))).)...))))..((.((((((...((..(((((.((....))))))).....))...))))))))... ( -82.70, z-score = 0.79, R) >apiMel3.Group3 4409774 155 + 12341916 GCUUACCCCGCGACUGCGGCAUAUCC---UGCGACCGGUUG---UGCCGCAGCUGCAGCUGCGCUGUAUG---CGCGCGCAGCCACUGCCGUGUAGGUCGCUGCAG-CUGCGUAGGUGGCCUG--CUGCGCCGUCGAGAGGGGCGUCUUCAGCAAUGGUGACGCUGC .....((((.((((.((((((((.((---.......)).))---))))(((((((((((.((((.....)---)))((((.((....)).)))).....)))))))-))))(((((...))))--)...)).)))).).)))(((((.(((....))).)))))... ( -79.30, z-score = -0.60, R) >consensus ACUUACCCAGCUACGGUGGCGUAGCCGGCGAGUGCCGGUUGGGCGGCUGCUGCGGCAGCGGCACCAUAGGCGGCCCGGGCAGCUACCGCCGUGUAGGUGGUGGCCGCCGUGGCGUACGCCUGCUGCUGGGCCUGAGACAGCGGAGUCUUUAGCAGCGGAGCAGUGGC .........((..(((((((...((((((........)))).)).)))))))..)).((.((.((.(((((.((((((.(.((.((((((.....)))))).)).)))).))).....((.......))))))).(((......))).........)).)).))... (-45.34 = -46.63 + 1.29)
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