| Sequence ID | dm3.chr3L |
|---|---|
| Location | 10,096,852 – 10,096,949 |
| Length | 97 |
| Max. P | 0.936339 |
| Location | 10,096,852 – 10,096,949 |
|---|---|
| Length | 97 |
| Sequences | 12 |
| Columns | 122 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 81.67 |
| Shannon entropy | 0.35066 |
| G+C content | 0.42837 |
| Mean single sequence MFE | -30.26 |
| Consensus MFE | -19.37 |
| Energy contribution | -19.75 |
| Covariance contribution | 0.38 |
| Combinations/Pair | 1.07 |
| Mean z-score | -2.20 |
| Structure conservation index | 0.64 |
| Background model | dinucleotide |
| Decision model | sequence based alignment quality |
| SVM decision value | 1.40 |
| SVM RNA-class probability | 0.936339 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>dm3.chr3L 10096852 97 + 24543557 ------------UUUAGUUGU--------UGGAUCGGUC----CGUUCAAGCAAGUGAUUUGUUUUGCUUCGUUUGGCAACAAAUCAGAAGAUAAACGACAUCGAUUGCGGCCAACGACAU- ------------....(((((--------(((.((((..----...))..((((.((((((((((..(((((((((....)))))..))))..)))))).)))).))))))))))))))..- ( -32.20, z-score = -3.23, R) >droSim1.chr3L 9477738 97 + 22553184 ------------UUUAGUUGU--------UGUAUCGGUC----CGUUCAGGCAAGUGAUUUGUUUUGCUUCGUUUGGCAACAAAUCAGAAGAUAAACGACAUCGAUUGCGGCCAACGACAU- ------------......(((--------(((...((((----(.....)((((.((((((((((..(((((((((....)))))..))))..)))))).)))).)))))))).)))))).- ( -28.20, z-score = -2.01, R) >droSec1.super_0 2312832 97 + 21120651 ------------UUUAGUUGU--------UGGAUCGGUG----CGUUCAAGCAAGUGAUUUGUUUUGCUUCGUUUGGCAACAAAUCAGAAGAUAAACGACAUCGAUUGCGGCCAACGACAU- ------------....(((((--------((((((((((----((((........((((((((..((((......)))))))))))).......)))).))))))).....))))))))..- ( -32.86, z-score = -3.22, R) >droYak2.chr3L 10077334 97 + 24197627 ------------UUUAGUUGU--------UGGAUCGGUC----CGUUCAAGCAAGUGAUUUGUUUUGCUUCGUUUGGCAACAAAUCAGAAGAUAAACGACAUCGAUUGCGGCCAACGACAU- ------------....(((((--------(((.((((..----...))..((((.((((((((((..(((((((((....)))))..))))..)))))).)))).))))))))))))))..- ( -32.20, z-score = -3.23, R) >droEre2.scaffold_4784 10077330 97 + 25762168 ------------UUUAGUUGU--------UGGAUCGGUC----CGUUCAAGCAAGUGAUUUGUUUUGCUUCGUUGGGCAACAAAUCAGAAGAUAAACGACAUCGAUUGCGGCCAACGACAU- ------------....(((((--------(((.((((..----...))..((((.((((((((((..((((.(((.....)))....))))..)))))).)))).))))))))))))))..- ( -28.90, z-score = -1.99, R) >droAna3.scaffold_13337 15009576 101 + 23293914 ------------UUUAGUUGU--------CGGAUCGGUCGCUUCGUUCAAGCAAGUGAUUUGUUUUGGUUCGUUUGGCAACAAAUCAGAAGAUAAACGACAUCGAUUGCGGCAAAGGACAU- ------------.((..((((--------((((((((((((((.((....)))))))))((((((...((((((((....)))))..)))...))))))...))))).))))))..))...- ( -27.40, z-score = -1.44, R) >dp4.chrXR_group6 5774294 100 - 13314419 ------------UUUAGUUGU--------UAGAUGGAGCAGC-CGUUCGAGCAAGUGAUUUGUUUUGCUUCGUUUGGCAACAAAUCAGAAGAUAAACGACAUCGAUUGUGGCAAACGACAU- ------------....(((((--------(.....((((...-.))))(.((((.((((((((((..(((((((((....)))))..))))..)))))).)))).))))..).))))))..- ( -27.20, z-score = -1.57, R) >droPer1.super_27 919167 100 + 1201981 ------------UUUAGUUGU--------UAGAUGGAGCAGC-CGUUCGAGCAAGUGAUUUGUUUUGCUUCGUUUGGCAACAAAUCAGAAGAUAAACGACAUCGAUUGUGGCAAACGACAU- ------------....(((((--------(.....((((...-.))))(.((((.((((((((((..(((((((((....)))))..))))..)))))).)))).))))..).))))))..- ( -27.20, z-score = -1.57, R) >droWil1.scaffold_181024 1061257 99 - 1751709 ---------------GGCAGC-----AGCAGAAGCGGCAAC--CGUUCGAGCAAGUGAUUUGUUUUGGUUCGUUUGGCAACAAAUCAGAAGAUAAACGACAUCGAUUGUGGCAAACGACAU- ---------------((..((-----.((....)).))..)--)(((.(.((((.((((((((((...((((((((....)))))..)))...)))))).)))).))))..).))).....- ( -23.40, z-score = 0.07, R) >droMoj3.scaffold_6680 3829162 119 - 24764193 UAUAGUUGUUAGUUCAGCAGAGCCAGAACGGGAGCAGCAGC--CGUUCGACCAAGUGAUUUGUUUUGCUUCGUUUGGCAACAAAUCAGAAGAUAAACGACAUCGAUUGUGGCAAACGACAU- ....((((((...((....))((((((((((.........)--)))))...(((.((((((((((..(((((((((....)))))..))))..)))))).)))).))))))).))))))..- ( -35.20, z-score = -2.55, R) >droVir3.scaffold_13049 15867351 111 + 25233164 CAUAGUUGUUAGUUUGCCAG--------CCGGAGAAGUAGU--CGUUCGACCAAGUGAUUUGUUUUGCUUCGUUUGGCAACAAAUCAGAAGAUAAACGACAUCGAUUGUGGCAAACGACAU- ......((((.((((((((.--------.((((((.....)--).))))..(((.((((((((((..(((((((((....)))))..))))..)))))).)))).))))))))))))))).- ( -32.20, z-score = -2.39, R) >droGri2.scaffold_15110 11788525 112 - 24565398 CGAAGUUGUUAGUUUGCCAGA--------CGGAGCAGCAGC--CGUUCGACCAAGUGAUUUGUUUUGCUUCGUUUGGCAACAAAUCAGAAGAUAAACGGCAUCGAUUGUAUCAAACGACAAU (((.((((((.(((.((((((--------((((((((.(((--...(((......)))...))))))))))))))))))))..(((....))).)))))).)))(((((........))))) ( -36.20, z-score = -3.30, R) >consensus ____________UUUAGUUGU________UGGAUCGGUC____CGUUCAAGCAAGUGAUUUGUUUUGCUUCGUUUGGCAACAAAUCAGAAGAUAAACGACAUCGAUUGCGGCAAACGACAU_ ...........................................((((...((((.((((((((((..(((((((((....)))))..))))..)))))).)))).))))....))))..... (-19.37 = -19.75 + 0.38)
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