| Sequence ID | dm3.chr3L |
|---|---|
| Location | 9,826,549 – 9,826,645 |
| Length | 96 |
| Max. P | 0.999419 |
| Location | 9,826,549 – 9,826,645 |
|---|---|
| Length | 96 |
| Sequences | 8 |
| Columns | 104 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 85.13 |
| Shannon entropy | 0.27475 |
| G+C content | 0.32948 |
| Mean single sequence MFE | -29.58 |
| Consensus MFE | -19.92 |
| Energy contribution | -20.15 |
| Covariance contribution | 0.23 |
| Combinations/Pair | 1.16 |
| Mean z-score | -4.49 |
| Structure conservation index | 0.67 |
| Background model | dinucleotide |
| Decision model | sequence based alignment quality |
| SVM decision value | 3.87 |
| SVM RNA-class probability | 0.999419 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>dm3.chr3L 9826549 96 - 24543557 ----CUUAGCAUCUAGCACUAUAUAGCAUAUAGCAUAUAGUUCUGG---UCUCCAAUCUAAGCCAUACUAUAUGCACAUGCUCC-AAAUAUGUGUAUAUAGUAU ----(((((...((((.(((((((.((.....))))))))).))))---........)))))..((((((((((((((((....-...)))))))))))))))) ( -30.70, z-score = -4.31, R) >droSim1.chr3L 9210307 96 - 22553184 ----CUUAGAAUCUAGCACUAUAUAGCAUUUAGCUUAUAGUUCUGG---UCUCCAAUCUAAGCCAUACUAUAUGCACAUGCUCC-AAAUAUGUGUAUAUAGUAU ----((((((..((((.((((((.(((.....))))))))).))))---.......))))))..((((((((((((((((....-...)))))))))))))))) ( -32.40, z-score = -5.46, R) >droSec1.super_0 2059411 96 - 21120651 ----CUUAGAAUCUAGCACUAUAUAGCAUAUAGCUUAUAGUUCUGG---UCUCCAAUCUAAGCCAUACUAUAUGCACAUGCUCC-AAAUAUGUGUAUAUAGUAU ----((((((..((((.((((((.(((.....))))))))).))))---.......))))))..((((((((((((((((....-...)))))))))))))))) ( -32.40, z-score = -5.18, R) >droYak2.chr3L 9801654 94 - 24197627 ----CUUAGAAUCUAACACUAUAUGAU--UUAGCAUAUAGUUCUGG---UCUCCUAUCUAGGCCAUACUAUAUGCACAUGCUCC-AAAUAUGUGUAUAUAGUAU ----.............((((((((..--....))))))))..(((---(((.......))))))(((((((((((((((....-...))))))))))))))). ( -29.80, z-score = -4.42, R) >droEre2.scaffold_4784 9815450 94 - 25762168 ----CCUAGAAUCUAGCACUAUAUGGC--UUGGCAUAUAGUUAUGG---UCUCCUAUCUUAGCCAUACUAUAUGCACAUGCUCC-AAAUAUGUGUAUAUAGUAU ----....((..(((..((((((((..--....))))))))..)))---..))...........((((((((((((((((....-...)))))))))))))))) ( -27.70, z-score = -2.36, R) >droAna3.scaffold_13337 19748708 92 + 23293914 -----UUAGAAUCUAACGCU--AUGAU--UUAGUAUAUAGUUUCUGA--UCCGCCAUCUUAGCCAUACUAUAUGCACAUGCUCC-AAAUAUGUGUAUAUAGUAU -----((((((.(((..(((--(....--.))))...))).))))))--...............((((((((((((((((....-...)))))))))))))))) ( -25.40, z-score = -4.01, R) >dp4.chrXR_group6 3478366 102 + 13314419 AUAUCUUAGAAUCUAUCGCUAUAUGGU--UUACUAUAUAGUUCUCAACUUCUGCUAUCUUAGCCAUACUAUAUGCACAUGCUCCAAAAUAUGUGUAUAUAGUAU .......((((......(((((((((.--...))))))))).......))))((((...)))).((((((((((((((((........)))))))))))))))) ( -29.12, z-score = -5.09, R) >droPer1.super_61 235117 102 + 350175 AUAUCUUAGAAUCUAUCGCUAUAUGGU--UUACUAUAUAGUUCUCAACUUCUGCUAUCUUAGCCAUACUAUAUGCACAUGCUCCAAAAUAUGUGUAUAUAGUAU .......((((......(((((((((.--...))))))))).......))))((((...)))).((((((((((((((((........)))))))))))))))) ( -29.12, z-score = -5.09, R) >consensus ____CUUAGAAUCUAGCACUAUAUGGC__UUAGCAUAUAGUUCUGG___UCUCCUAUCUAAGCCAUACUAUAUGCACAUGCUCC_AAAUAUGUGUAUAUAGUAU .................(((((((.((.....))))))))).......................((((((((((((((((........)))))))))))))))) (-19.92 = -20.15 + 0.23)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Tue Apr 19 23:14:25 2011