Sequence ID | dm3.chr3L |
---|---|
Location | 8,256,104 – 8,256,222 |
Length | 118 |
Max. P | 0.555983 |
Location | 8,256,104 – 8,256,222 |
---|---|
Length | 118 |
Sequences | 14 |
Columns | 118 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 88.72 |
Shannon entropy | 0.27882 |
G+C content | 0.55085 |
Mean single sequence MFE | -42.66 |
Consensus MFE | -29.14 |
Energy contribution | -29.88 |
Covariance contribution | 0.74 |
Combinations/Pair | 1.41 |
Mean z-score | -1.73 |
Structure conservation index | 0.68 |
Background model | dinucleotide |
Decision model | sequence based alignment quality |
SVM decision value | 0.13 |
SVM RNA-class probability | 0.555983 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>dm3.chr3L 8256104 118 - 24543557 CACCGAUAUGUUGGCACCGGAUGUCCUUGAGCUAUGCACGGCAACGUUGUUUGGCCAUUAAGGACAACAUGCCGCAUCGAAUGCUUCUCCACGUUGAUGCGCGGCUGUACCAUGCCCU ............((((..((.(((((((((((((.(((((....)).))).))))..)))))))))(((.((((((((.((((........)))))))))..)))))).)).)))).. ( -43.00, z-score = -2.07, R) >droSec1.super_0 537015 118 - 21120651 CACCGAUAUGUUGGCACCGGAUGUCCUUGAGCUAUGCACGGCAACGUUGUUUGGCCAUUAAGGACAACAUGCCGCAUCGAAUGCUUCUCCACGUUGAUGCGCGGCUGUACCAUGCCCU ............((((..((.(((((((((((((.(((((....)).))).))))..)))))))))(((.((((((((.((((........)))))))))..)))))).)).)))).. ( -43.00, z-score = -2.07, R) >droYak2.chr3L 20553405 118 + 24197627 CACCGAUAUGUUGGCACCGGAUGUCCUUGAGCUAUGCACGGCAACGUUGUUUGGCCAUUAAGGACAACAUGCCGCAUCGAAUGCUUCUCCACGUUGAUGCGCGGCUGUACCAUGCCCU ............((((..((.(((((((((((((.(((((....)).))).))))..)))))))))(((.((((((((.((((........)))))))))..)))))).)).)))).. ( -43.00, z-score = -2.07, R) >droEre2.scaffold_4784 19980394 118 + 25762168 CACCGAUAUGUUGGCACCGGAUGUCCUUGAGCUAUGCACGGCAACGUUGUUUGGCCAUUAAGGACAACAUGCCGCAUCGAAUGCUUCUCCACGUUGAUGCGCGGCUGUACCAUGCCCU ............((((..((.(((((((((((((.(((((....)).))).))))..)))))))))(((.((((((((.((((........)))))))))..)))))).)).)))).. ( -43.00, z-score = -2.07, R) >droAna3.scaffold_13337 3257398 118 - 23293914 CACCGAUAUGUUGGCACCGGAUGUCCUUGAGCUAUGCACGGCAACGUUGUUUGGCCAUUAAGGACAACAUGCCGCAUCGAAUGCUUCUCCACGUUGAUGCGCGGCUGUACCAUGCCCU ............((((..((.(((((((((((((.(((((....)).))).))))..)))))))))(((.((((((((.((((........)))))))))..)))))).)).)))).. ( -43.00, z-score = -2.07, R) >dp4.chrXR_group3a 1409673 118 + 1468910 CACCGAUAUGUUGGCACCGGAUGUCCUUGAGCUAUGCACGGCAACGUUGUUUGGCCAUUAAGGACAACAUGCCGCAUCGAAUGCUUCUCCACGUUGAUGCGCGGCUGUACCAUGCCCU ............((((..((.(((((((((((((.(((((....)).))).))))..)))))))))(((.((((((((.((((........)))))))))..)))))).)).)))).. ( -43.00, z-score = -2.07, R) >droPer1.super_23 1602360 118 + 1662726 CACCGAUAUGUUGGCACCGGAUGUCCUUGAGCUAUGCACGGCAACGUUGUUUGGCCAUUAAGGACAACAUGCCGCAUCGAAUGCUUCUCCACGUUGAUGCGCGGCUGUACCAUGCCCU ............((((..((.(((((((((((((.(((((....)).))).))))..)))))))))(((.((((((((.((((........)))))))))..)))))).)).)))).. ( -43.00, z-score = -2.07, R) >droSim1.chr3L 7714996 118 - 22553184 CACCGAUAUGUUGGCACCGGAUGUCCUUGAGCUAUGCACGGCAACGUUGUUUGGCCAUUAAGGACAACAUGCCGCAUCGAAUGCUUCUCCACGUUGAUGCGCGGCUGUACCAUGCCCU ............((((..((.(((((((((((((.(((((....)).))).))))..)))))))))(((.((((((((.((((........)))))))))..)))))).)).)))).. ( -43.00, z-score = -2.07, R) >droWil1.scaffold_180698 2210698 118 - 11422946 CACCGAUAUGUUGGCACCGGAUGUCCUUGAGCUAUGCACGGCAACGUUGUUUGGCCAUUAAGGACAACAUGCCGCAUCGAAUGCUUCUCCACGUUGAUGCGCGGCUGUACCAUGCCCU ............((((..((.(((((((((((((.(((((....)).))).))))..)))))))))(((.((((((((.((((........)))))))))..)))))).)).)))).. ( -43.00, z-score = -2.07, R) >droMoj3.scaffold_6654 1339157 118 - 2564135 CACCGAUAGGUUGGCACUGGAUGUCCUUGAGCAAUGCAGGGCAACGUUGUUUGGCCAUUAAGGACGACAUGCCGCAUCGAAUGCUUCUCGACGUUAAUGCGCGGCUGUACCAUGCCCU .(((....))).((((.(((.(((((((((((...(((((....).))))...))..)))))))))(((.(((((.((((.......)))).((....)))))))))).))))))).. ( -43.40, z-score = -1.68, R) >droVir3.scaffold_13049 22685860 118 + 25233164 CACCGAUAUGUCGGCACCGGAUGUCCUUGAGCAAUGCACGGCAACGUUGUUUGGCCAUUAAGGACGACAUGCCGCAUCGAAUGCUUCUCGACGUUAAUGCGUGGCUGUACCAUGCCCU .......(((((((((...(.(((((((((((...(((((....)).)))...))..))))))))).).))))((((...)))).....)))))....((((((.....))))))... ( -40.30, z-score = -1.14, R) >droGri2.scaffold_15110 21019440 118 + 24565398 CACCGAUAUGUCGGCACCGGAUGUCCUUGAGCAAUGCACGGCAACGUUGUUUGGCCAUUAAGGACGACAUGCCGCAUCGAAUGCUUCUCAACAUUAAUGCGCGGCUGUACCAUGCCCU ............((((..((.(((((((((((...(((((....)).)))...))..)))))))))(((.(((((....((((........)))).....)))))))).)).)))).. ( -39.60, z-score = -1.34, R) >anoGam1.chr2L 41964710 118 - 48795086 CACCGGUAGGUCGGUACCGGGUGGCCCUGGGCGACGCAGGGCAGCGUGACCGGUGCAUUCACCACCACGUGCUUGAGCGAAUGUUUCUCCACGUUAAUUCUAGGUUGUACUAGUCCCU ....(((.(((..(((((((((.(((((((....).)))))).))....)))))))....))))))(((((...((((....))))...))))).....((((......))))..... ( -42.40, z-score = 0.04, R) >triCas2.ChLG7 14244088 118 + 17478683 CAGUAGUAUCCAGGAACAGGAUGUCCUUGCGCGACGCACGGCAGCGUGACGUCCUCCCCCAGGACCACCCUCCUGGCAUUGUACUUGUCCACGCUGAUCCGUGGCUGGACGUUGCCCU ..((((..(((((..((.((((..((.((((...)))).))((((((((((.......((((((......)))))).........))).)))))))))))))..)))))..))))... ( -44.49, z-score = -1.43, R) >consensus CACCGAUAUGUUGGCACCGGAUGUCCUUGAGCUAUGCACGGCAACGUUGUUUGGCCAUUAAGGACAACAUGCCGCAUCGAAUGCUUCUCCACGUUGAUGCGCGGCUGUACCAUGCCCU ............((((..((.(((((((((((...(((((....))).))...))..)))))))))(((.(((((....((((........)))).....)))))))).)).)))).. (-29.14 = -29.88 + 0.74)
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