| Sequence ID | dm3.chr3L |
|---|---|
| Location | 7,562,948 – 7,563,052 |
| Length | 104 |
| Max. P | 0.695679 |
| Location | 7,562,948 – 7,563,052 |
|---|---|
| Length | 104 |
| Sequences | 12 |
| Columns | 108 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 84.46 |
| Shannon entropy | 0.34128 |
| G+C content | 0.45407 |
| Mean single sequence MFE | -29.60 |
| Consensus MFE | -18.48 |
| Energy contribution | -17.90 |
| Covariance contribution | -0.58 |
| Combinations/Pair | 1.11 |
| Mean z-score | -1.81 |
| Structure conservation index | 0.62 |
| Background model | dinucleotide |
| Decision model | sequence based alignment quality |
| SVM decision value | 0.44 |
| SVM RNA-class probability | 0.695679 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>dm3.chr3L 7562948 104 - 24543557 CCCACUUCUGUCAUGUUGUACGAUAAAUAG-UUUGAGAUUUAUUGUCUGCCGCGGUGGCAGGCAUAAUUACAAUUUAUG-CCCAAGGUGGUCCCCCCAAGAGCACC-- .((((((.((((((((.(((((((((((..-......)))))))))..)).)).))))))(((((((.......)))))-))..))))))................-- ( -27.70, z-score = -1.17, R) >droAna3.scaffold_13337 16366905 106 - 23293914 CCCACUUCUGUCAUGUUGUACGAUAAAUAC-UUUGAGAUUUAUUGUCCGCUGCGGUGGCAGGCAUAAUUACAAUUUAUG-CCCAAGGUGGUGGUGGUGGUCCCCUACG .(((((.(..((((.(((.(((((((((..-......)))))))))((((....))))..(((((((.......)))))-))))).))))..).)))))......... ( -34.10, z-score = -1.81, R) >droEre2.scaffold_4784 21987179 103 + 25762168 CCCACUUCUGUCAUGUUGUACGAUAAAUAC-UUUGAGAUUUAUUGUCUGCCGCGGUGGCAGGCAUAAUUACAAUUUAUG-CCCAAGGUGGU-CCCCCAAGAGCACU-- .((((((.((((((((.(((((((((((..-......)))))))))..)).)).))))))(((((((.......)))))-))..)))))).-..............-- ( -27.70, z-score = -1.19, R) >droYak2.chr3L 8167275 103 - 24197627 CCCACUUCUGUCAUGUUGUACGAUAAAUAC-UUUGAGAUUUAUUGUUCGCCGCGGUGGCAGGCAUAAUUACAAUUUAUG-CCCAAGGUGGU-CCCCCAAGAGCACU-- .((((((.((((((((.(((((((((((..-......)))))))))..)).)).))))))(((((((.......)))))-))..)))))).-..............-- ( -27.70, z-score = -1.34, R) >droSec1.super_2 7492697 104 - 7591821 CCCACUUCUGUCAUGUUGUACGAUAAAUAC-UUUGAGAUUUAUUGUCUGCCGCGGUGGCAGGCAUAAUUACAAUUUAUG-CCCAAGGUGGUCCCCCCAAGAGCACC-- .((((((.((((((((.(((((((((((..-......)))))))))..)).)).))))))(((((((.......)))))-))..))))))................-- ( -27.70, z-score = -1.26, R) >droSim1.chr3L 7077262 104 - 22553184 CCCACUUCUGUCAUGUUGUACGAUAAAUAC-UUUGAGAUUUAUUGUCUGCCGCGGUGGCAGGCAUAAUUACAAUUUAUG-CCCAAGGUGGUCCCCCCAAGAGCACC-- .((((((.((((((((.(((((((((((..-......)))))))))..)).)).))))))(((((((.......)))))-))..))))))................-- ( -27.70, z-score = -1.26, R) >droPer1.super_12 2254802 105 - 2414086 CCCACUUCUGUCAUGUUGCACGAUAAAUACGCUGGAGAUUUAUUGUUUGCCACAGUGGCAGGCAUAAUUACAAUUUAUG-CCCAAGGUGGUCUCCACACACACACA-- .((((((.((((((((.(((((((((((.(......))))))))))..)).))).)))))(((((((.......)))))-))..))))))................-- ( -29.60, z-score = -1.72, R) >dp4.chrXR_group6 1564409 105 - 13314419 CCCACUUCUGUCAUGUUGCACGAUAAAUACGCUGGAGAUUUAUUGUUUGCCACAGUGGCAGGCAUAAUUACAAUUUAUG-CCCAAGGUGGUCUCCACACACACACA-- .((((((.((((((((.(((((((((((.(......))))))))))..)).))).)))))(((((((.......)))))-))..))))))................-- ( -29.60, z-score = -1.72, R) >droWil1.scaffold_180698 5320881 91 + 11422946 CCCACUUCUGUCAUGUUGCACGAUAAAUACCUUUGAGAUUUAUUGUUUGCCACAGUGGCAGGCAUAAUUACAAUUUAUGCCCCAAAGGGGU----------------- (((.....((((((((.(((((((((((.........)))))))))..)).))).)))))(((((((.......))))))).....)))..----------------- ( -27.10, z-score = -2.31, R) >droVir3.scaffold_13049 5565657 97 - 25233164 CCCACUUCUGUCAUGUUGCACGAUAAAUAC-UUUGAGAUUUAUUGUUUGCCACAGUGGCAGGCAUAAUUACAAUUUAUG-CCCCUUU--GGGGCAGCAACA------- .............((((((.......(((.-.(((.((((...((((((((.....)))))))).)))).)))..)))(-((((...--))))).))))))------- ( -31.80, z-score = -3.19, R) >droMoj3.scaffold_6680 3907261 104 - 24764193 CCCACUUCUGUCAUGUUGCACGAUAAAUAC-UUGGAGAUUUAUUGUUCGCCACGGUGGCAGGCAUAAUUACAAUUUAUG-CCCCAUUCGGGGGCAGCACAAACAGC-- .......((((..(((((((((((((((..-......)))))))))...((.((((((..(((((((.......)))))-))))).))).))))))))...)))).-- ( -31.90, z-score = -2.11, R) >droGri2.scaffold_15110 11092114 99 + 24565398 CCCACUUCUGUCAUGUUGCACGAUAAAUAC-UUUGAGAUUUAUUGUUUGCCACAGUGGCAGGCAUAAUUACAAUUUAUG-CCCCUUU--GGGGCAGCAGCAGC----- .............((((((.......(((.-.(((.((((...((((((((.....)))))))).)))).)))..)))(-((((...--))))).))))))..----- ( -32.60, z-score = -2.68, R) >consensus CCCACUUCUGUCAUGUUGCACGAUAAAUAC_UUUGAGAUUUAUUGUUUGCCACGGUGGCAGGCAUAAUUACAAUUUAUG_CCCAAGGUGGUCCCCCCAAGAGCACC__ .((.....((((((((.(((((((((((.........)))))))))..)).))).)))))(((((((.......))))).))......)).................. (-18.48 = -17.90 + -0.58)
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