| Sequence ID | dm3.chr2L |
|---|---|
| Location | 4,448,008 – 4,448,123 |
| Length | 115 |
| Max. P | 0.700513 |
| Location | 4,448,008 – 4,448,123 |
|---|---|
| Length | 115 |
| Sequences | 15 |
| Columns | 115 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 72.13 |
| Shannon entropy | 0.66151 |
| G+C content | 0.53876 |
| Mean single sequence MFE | -42.02 |
| Consensus MFE | -13.60 |
| Energy contribution | -12.06 |
| Covariance contribution | -1.54 |
| Combinations/Pair | 1.95 |
| Mean z-score | -1.70 |
| Structure conservation index | 0.32 |
| Background model | dinucleotide |
| Decision model | sequence based alignment quality |
| SVM decision value | 0.45 |
| SVM RNA-class probability | 0.700513 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>dm3.chr2L 4448008 115 - 23011544 AGGUUGUGGGCGGCUACUUCAGCGACCGCUUUGGAGGCCAGCGAGUCAUUCUGUUUGCCGCAAUCGGCUGGUCGCUUAUCACAUUCCUAAUGCCCACUAUCAUCUGGACGGCGGG .(((.((((((((((.((..(((....)))..)).))))(((((.(((........((((....))))))))))))...............)))))).)))..(((.....))). ( -37.80, z-score = 0.12, R) >droSim1.chr2L 4375119 115 - 22036055 AGGUUGUGGGCGGCUACUUCAGCGACCGCUUUGGAGGCCAGCGAGUCAUUCUGUUCGCCGCCAUCGGCUGGUCGCUUAUCACAUUCCUAAUGCCCACUAUCAUUUGGACGGCGGG .(((.(((((((....)...((((((((((.(((.(((.((((........)))).))).)))..))).)))))))...............)))))).))).............. ( -40.50, z-score = -0.57, R) >droSec1.super_5 2545961 115 - 5866729 AGGUUAUGGGCGGCUACUUCAGCGACCGUUUUGGAGGCCAACGAGUCAUUCUGUUCGCCGCCAUCGGCUGGUCGCUUAUCACAUUCCUAAUGCCCACUAUCAUCUGGACGGCGGG .(((..((((((....)...((((((((((.(((.(((.((((........)))).))).)))..))).)))))))...............)))))..)))..(((.....))). ( -35.90, z-score = -0.05, R) >droYak2.chr2L 4481935 115 - 22324452 AGGUUGUGGGCGGUUACUUCAGCGACCGCUUUGGAGGCCAGCGGGUUAUACUGUUUGCCGCCAUUGGCUGGUCGCUCAUCACAUUCCUAAUGCCCACUAUCAUCUGGACGGCGGG .(((.((((((((.....))((((((((((.(((.(((.(((((......))))).))).)))..))).)))))))...............)))))).)))..(((.....))). ( -46.60, z-score = -2.17, R) >droEre2.scaffold_4929 4532266 115 - 26641161 AGGUUGUGGGCGGCUACUUCAGCGACCGCUUUGGAGGCCAGCGGGUCAUCCUGUUCGCCGCCAUCGGCUGGUCACUCAUCACAUUCCUAAUGCCCACUAUCAUCUGGACGGCGGG .(((.((((((((((.....)))(((((((.(((.(((.((((((....)))))).))).)))..))).)))).................))))))).)))..(((.....))). ( -45.70, z-score = -1.64, R) >droAna3.scaffold_12943 1641810 115 + 5039921 AGGUGGUGGGAGGCUACUUCAGUGACCGAUUCGGCGGACAAAGAGUUAUCCUCUGGGCGGCCAUCGGCUGGUCGCUCAUCACAUUCCUGAUGCCGACUAUUAUCUGGACUGCAGG (((((((((..(((....((((.(((((......)))....((((.....))))(((((((((.....))))))))).......)))))).)))..))))))))).......... ( -41.60, z-score = -0.81, R) >dp4.chr4_group3 2395660 115 + 11692001 AGGUGGUGGGCGGUUACUUUAGCGAUCGAUUCGGUGGCCAAAGGGUUAUACUGAUUGCAGCCAUUGGCUGGUCGCUCAUCACAUUCCUGAUGCCCACGAUCAUCUGGUCGGCGGG ..((((((((((..(......(((((((.....((((((....))))))..)))))))((((...)))))..))))))))))..........(((.(((((....)))))..))) ( -45.40, z-score = -2.05, R) >droPer1.super_8 3479243 115 + 3966273 AGGUGGUGGGCGGUUACUUUAGCGAUCGAUUCGGUGGCCAAAGGGUUAUACUGAUUGCAGCCAUUGGCUGGUCGCUCAUCACAUUCCUGAUGCCCACGAUCAUCUGGUCGGCGGG ..((((((((((..(......(((((((.....((((((....))))))..)))))))((((...)))))..))))))))))..........(((.(((((....)))))..))) ( -45.40, z-score = -2.05, R) >droWil1.scaffold_180772 4030398 115 - 8906247 AGGUUGUGGGCGGCUAUUUUAGUGAUCGAUUUGGUGGCCAGAGAGUUAUACUGAUAGCUGCUCUGGGCUGGUCGCUGAUAACAUUCCUGAUGCCCACGAUCAUUUGGUCAACCAG .(((((((((((......((((((((((.......(.((((((((((((....)))))).)))))).)))))))))))...((....)).)))))))))))...(((....))). ( -45.31, z-score = -3.26, R) >droVir3.scaffold_12963 13438404 115 - 20206255 AAGUGAUGGGCGGCUAUUUCAGCGAUCGCUUCGGCGGGCAGCGUGUUAUAUUGUUUGCUGCACUCGGCUGGUCCAUUAUCACAUUUCUAAUGCCCACAAUUAUCUGGUCGGCAGC ..(((((((..((.....(((((..((((....))))((((((............)))))).....))))).)).)))))))........((((.((.........)).)))).. ( -36.40, z-score = -0.68, R) >droMoj3.scaffold_6500 7595639 115 + 32352404 AGGUGAUGGGCGGCUAUUUCAGCGAUCGUUUCGGUGGGCAGCGUGUUAUAUUAUUUGCUGCCCUUGGAUGGUCCAUCAUCACAUUUCUAAUGCCCACGAUUAUCUGGUCGGCGGC .((((((((((.(((.....)))...((((.(((.((((((((.((......)).)))))))))))))))))))))))))...........(((..(((((....)))))..))) ( -43.90, z-score = -2.56, R) >droGri2.scaffold_15126 1973516 115 + 8399593 AAGUGAUGGGUGGCUAUUUCAGCGAUCGAUUUGGCGGCCAGCGUGUCAUAUUACUGGCAGCCAUUGGUUGGUCCAUCAUCACAUUCCUGAUGCCGACGAUUAUUUGGUCGGCGGC ..(((((((.(((((.....)))((((((((((((.(((((............))))).))))..)))))))))))))))))........(((((((.(.....).))))))).. ( -45.00, z-score = -2.41, R) >anoGam1.chr3R 21659935 115 - 53272125 AGGUGCUCGGCGGCUACCUGAGCGACAAGUUCGGCGGCCAGAAGGUGAUACUGCUGGCGGCGAUCGGUUGGUCGCUGAUCACCUUCUGGAUGCCGAACAUCAUCACCUCGUCGAC ((((((((((.(....))))))).....((((((((.((((((((((((.(....).((((((((....)))))))))))))))))))).))))))))......))))....... ( -58.90, z-score = -4.62, R) >apiMel3.Group3 354876 109 - 12341916 AAGUUGCUAGUGGUUAUAUUAGUGAUAAAAUUGGAGGACAGAAAGUUUUAUUAAUUUCUGCUCUUGGAUGGUCUAUGACAACAUUUUUUAUGCCAGAAGUUAUAGAUUU------ ..((..((((((....))))))..))...(((.(((..((((((..........))))))..))).)))((((((((((...................)))))))))).------ ( -26.11, z-score = -2.14, R) >triCas2.ChLG8 14053214 114 - 15773733 AGAUUGGUGCCGGCCAACUAAGCGAGUUUUUCGGCCCUAAGUGGUUCCUGGUCGGUACCAUGAUCAUUGGUUCCCUUGCCAACAUCGCCAUACCGCCUCUAGCGGCAACUUUGG- .(((((((((((((((......((((...))))(((......)))...))))))))))))..))).(((((......))))).....(((..((((.....))))......)))- ( -35.80, z-score = -0.66, R) >consensus AGGUUGUGGGCGGCUACUUCAGCGACCGAUUUGGAGGCCAGCGAGUUAUACUGUUUGCCGCCAUCGGCUGGUCGCUCAUCACAUUCCUAAUGCCCACUAUCAUCUGGUCGGCGGG .(((..(((((((((.....)))(((((...(((.((.......................)).)))..))))).................))))))..))).............. (-13.60 = -12.06 + -1.54)
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