| Sequence ID | dm3.chr3L |
|---|---|
| Location | 5,555,259 – 5,555,402 |
| Length | 143 |
| Max. P | 0.882930 |
| Location | 5,555,259 – 5,555,402 |
|---|---|
| Length | 143 |
| Sequences | 14 |
| Columns | 143 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 82.58 |
| Shannon entropy | 0.40068 |
| G+C content | 0.57488 |
| Mean single sequence MFE | -59.21 |
| Consensus MFE | -36.75 |
| Energy contribution | -35.18 |
| Covariance contribution | -1.57 |
| Combinations/Pair | 1.65 |
| Mean z-score | -1.83 |
| Structure conservation index | 0.62 |
| Background model | dinucleotide |
| Decision model | sequence based alignment quality |
| SVM decision value | 1.06 |
| SVM RNA-class probability | 0.882930 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>dm3.chr3L 5555259 143 - 24543557 CCAUGGAUGGCAACAUUGGCUGCUUGGUUAAUGGUGCCGGCCUGGCCAUGGCCACCAUGGACAUCAUCAAGCUGAAUGGAGGCGAGCCCGCCAACUUUUUGGACGUCGGCGGUGGCGUCAGGGAGGAUCAGGUGGCCAAAGCC ....((.(((((.((((((((....)))))))).))))).)).(((..((((((((.(((.(((((......)).)))..((((....))))..(((((..(((((((....)))))))..))))).)))))))))))..))) ( -60.50, z-score = -1.05, R) >anoGam1.chr2R 56742363 143 - 62725911 CGAUGGAGGGCAACAUUGGUUGUCUCGUAAACGGAGCCGGCCUGGCAAUGGCAACCAUGGACAUAAUCAAGCUGAACGGUGGCAGUCCGGCCAACUUCCUCGACGUCGGUGGCAACGUCAAGGAGGAUCAGGUGCUGAAGGCG ...((((..((..(((.((((((((((....))).(((.....)))...))))))))))..(((..((.....))...)))))..))))(((..((((((.(((((.(....).))))).)))))).((((...)))).))). ( -48.40, z-score = 0.13, R) >droGri2.scaffold_15110 16702098 143 + 24565398 CUAUGGAUGGCAACAUUGGAUGCUUGGUAAAUGGUGCCGGUCUCGCCAUGGCUACAAUGGACAUCAUCAAGUUGAGAGGCGGCGAGCCGGCAAAUUUCUUGGAUGUUGGCGGCAGCGUUAAGGAGGAUCAGGUGGCCAAGGCA ...(.((((....)))).)...((((((...(((((((((.(((((((((.((.....)).)))......(((....))))))))))))))...((((((.(((((((....))))))).))))))))))....))))))... ( -53.50, z-score = -1.91, R) >droMoj3.scaffold_6680 15425328 143 + 24764193 CCAUGGAUGGCAACAUUGGCUGCUUGGUAAAUGGCGCUGGACUCGCCAUGGCCACCAUGGACAUCAUUAAGCUGAAUGGCGGUGAGCCAGCCAACUUCUUGGAUGUUGGUGGUGGUGUCAAUGAGCAACAGGUGGCCAAAGCU .....((((....))))(((..((((....((((((.......)))))).((((((((.((((((...(((.((..((((.....))))..)).)))....)))))).))))))))............))))..)))...... ( -60.10, z-score = -2.25, R) >droVir3.scaffold_13049 11489921 143 - 25233164 CCAUGGACGGAAACAUUGGCUGUUUAGUUAAUGGCGCCGGCCUAGCCAUGGCCACCAUGGACAUAAUAAAGUUGAAUGGCGGUGAGCCUGCAAACUUCUUGGAUGUCGGUGGCGGAGUCCAGGAGGACCAGGUGGCCAAAGCU ....((.(((...((((((((....))))))))...))).)).(((..((((((((.(((...........(((...(((.....)))..))).((((((((((..((....))..)))))))))).)))))))))))..))) ( -61.50, z-score = -3.25, R) >droWil1.scaffold_180698 7635459 143 + 11422946 CCAUGGAUGGUAAUAUUGGUUGUUUGGUCAAUGGCGCUGGAUUGGCCAUGGCCACAAUGGAUAUCAUCAAAUUGAAUGGUGGUGAACCGGCCAAUUUUCUAGAUGUCGGCGGCGGUGUCAAAGAGGAUCAAGUGGCCAAGGCA .........((....(((((..(((((((..((((((((...((((....)))).....((((((...((((((..((((.....))))..))))))....)))))).....)))))))).....)))))))..))))).)). ( -49.90, z-score = -1.59, R) >droPer1.super_27 367077 143 - 1201981 CAAUGGACGGCAACAUUGGCUGCCUGGUGAAUGGCGCCGGCCUGGCCAUGGCCACCAUGGACAUCAUCCAGCUGAACGGCGGCUCACCGGCCAACUUCUUGGACGUUGGCGGCGGCGUCAACGAGGCCCAGGUGGCCAAGGCC ....((.((((..((((.(((....))).))))..)))).)).((((.((((((((.(((......(((((((....)))((((....)))).......))))((((((((....))))))))....))))))))))).)))) ( -70.10, z-score = -2.14, R) >dp4.chrXR_group6 5225748 143 + 13314419 CAAUGGACGGCAACAUUGGCUGCCUGGUGAAUGGCGCCGGCCUGGCCAUGGCCACCAUGGACAUCAUUCAGCUGAAUGGCGGCUCACCGGCCAACUUCUUGGACGUUGGCGGCGGCGUCAACGAGGCCCAGGUGGCCAAGGCC ....((.((((..((((.(((....))).))))..)))).)).((((.((((((((.(((....(((((....)))))((((((....))))...........((((((((....))))))))..))))))))))))).)))) ( -68.50, z-score = -1.99, R) >droAna3.scaffold_13337 10297021 143 + 23293914 CGAUGGAUGGAAACAUUGGAUGCCUGGUGAAUGGCGCCGGAUUGGCCAUGGCCACCAUGGAUAUUAUCAAGUUGAAUGGGGGUGAGCCAGCUAACUUCUUGGAUGUGGGCGGCGGCGUCAAGGAGGAUCAGGUGGCCAAGGCC .....((((....))))((.((((........)))))).....((((.((((((((.(((...(((((............))))).))).....((((((.(((((.(....).))))).))))))....)))))))).)))) ( -56.50, z-score = -2.16, R) >droEre2.scaffold_4784 8241745 143 - 25762168 CCAUGGAUGGAAACAUUGGUUGCUUGGUAAAUGGUGCCGGCUUGGCCAUGGCCACCAUGGACAUCAUCAAGCUGAAUGGAGGCGAGCCCGCCAACUUCCUCGAUGUCGGCGGUGGCGUCAAGGAAGAUCAGGUGGCCAAAGCC .....((((....))))(((..((((((...(((((..((((((.((((((...)))))).(((((......)).)))....))))))))))).((((((.(((((((....))))))).))))))))))))..)))...... ( -60.20, z-score = -1.98, R) >droYak2.chr3L 6118703 143 - 24197627 CUAUGGAUGGAAACAUUGGUUGCUUGGUAAAUGGUGCUGGCUUGGCCAUGGCCACCAUGGACAUCAUCAAGCUGAAUGGAGGCGAGCCCGCCAACUUCCUCGAUGUCGGCGGUGGCGUCAAGGAAGAUCAGGUGGCCAAAGCC .....((((....))))(((..((((((...(((((..((((((.((((((...)))))).(((((......)).)))....))))))))))).((((((.(((((((....))))))).))))))))))))..)))...... ( -60.20, z-score = -2.46, R) >droSec1.super_2 5491845 143 - 7591821 CCAUGGAUGGCAAUAUUGGCUGCUUGGUAAAUGGUGCUGGCCUGGCUAUGGCCACCAUGGACAUCAUCAAACUGAAUGGAGGCGAGCCUGCCAAUUUCCUCGAUGUCGGCGGUGGCGUCAAGGAGGAUCAGGUGGCCAAAGCU ........(((....(((((..((((((...(((((((.(((((((....))).((((.....(((......))))))))))).)))..)))).((((((.(((((((....))))))).))))))))))))..))))).))) ( -56.30, z-score = -1.17, R) >droSim1.chr3L 5070701 143 - 22553184 CCAUGGAUGGCAAUAUUGGCUGCUUGGUAAAUGGUGCUGGCCUGGCCAUGGCCACCAUGGAUAUCAUCAAGCUGAAUGGAGGCGAGCCCGCUAACUUCCUUGACGUCGGCGGUGGCGUCAAGGAGGAUCAGGUGGCCAAAGCU ........(((....(((((..((((((....((.(((.(((((((....))).((((.....(((......))))))))))).))))).....((((((((((((((....))))))))))))))))))))..))))).))) ( -65.20, z-score = -3.04, R) >triCas2.chrUn_183 111415 140 - 157303 GGAUGACAGGAAACAUCGGCUGUUUGGUCAACGGCGCCGGUUUGGCCAUGGCCACCAUGGACAUCAUCAAGCUGCAUGGGGGCGACCCCGCCAACUUCCUCGACGUCGGGGGCAGCGUCCGCGAGGAGCAGGU---CAAAGCC .((((........))))((((..(((..(...(((((.(((((((((((((...))))))......)))))))))..((((....)))))))....((((((....))))))..((.(((....))))).)..---))))))) ( -58.00, z-score = -0.72, R) >consensus CCAUGGAUGGCAACAUUGGCUGCUUGGUAAAUGGCGCCGGCCUGGCCAUGGCCACCAUGGACAUCAUCAAGCUGAAUGGAGGCGAGCCCGCCAACUUCCUGGAUGUCGGCGGCGGCGUCAAGGAGGAUCAGGUGGCCAAAGCC ........(....).(((((.(((........))))))))...(((..((((((((.(((....................(((......)))..((((...(((((((....)))))))...)))).)))))))))))..))) (-36.75 = -35.18 + -1.57)
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