| Sequence ID | dm3.chr3L |
|---|---|
| Location | 4,219,156 – 4,219,229 |
| Length | 73 |
| Max. P | 0.704137 |
| Location | 4,219,156 – 4,219,229 |
|---|---|
| Length | 73 |
| Sequences | 15 |
| Columns | 73 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 75.23 |
| Shannon entropy | 0.60991 |
| G+C content | 0.53095 |
| Mean single sequence MFE | -23.37 |
| Consensus MFE | -11.73 |
| Energy contribution | -11.81 |
| Covariance contribution | 0.08 |
| Combinations/Pair | 1.76 |
| Mean z-score | -0.95 |
| Structure conservation index | 0.50 |
| Background model | dinucleotide |
| Decision model | sequence based alignment quality |
| SVM decision value | 0.46 |
| SVM RNA-class probability | 0.704137 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>dm3.chr3L 4219156 73 + 24543557 UCUAUGGUCACGACGAUGCCAUUUCCAGUGUAGCCAUCUACACGGAACUGGAUCUGGUGGUCUCUGGAUCCCU ((((.(..(((.(.(((.(((.((((.((((((....)))))))))).))))))).)))..)..))))..... ( -26.60, z-score = -2.19, R) >apiMel3.Group16 4364576 73 + 5631066 UAUAUGGUCAUACUGAUGCUGUUACAUGUUUAUCAUCUAGUCCAGCAUAUAAUGUAAUUGUAUCAGGAUCUCG .....((((...(((((((.(((((((...((((..........).)))..))))))).)))))))))))... ( -16.50, z-score = -1.39, R) >anoGam1.chr2R 23783847 73 - 62725911 UGUACGGGCAUGACGAUGCCGUGUCUUGUGUGGCCAUCAUGACCGAGCUGGACAUGGUGGUUUCCGGCUCACU ......(((((....)))))(((..(((.(..(((((((((.((.....)).)))))))))..))))..))). ( -27.10, z-score = -0.81, R) >droGri2.scaffold_15110 3151216 73 + 24565398 UCUAUGGCCACGAUGAUGCGGUGGCCAGUGUCGCUAUCUAUACGGAGCUGGAUCUCGUUGUGUCGGGUUCACU ....(((((((.........)))))))((((........)))).(((((.(((........))).)))))... ( -21.60, z-score = 0.30, R) >droMoj3.scaffold_6654 810693 68 - 2564135 UCUAUGGACAUGACAAUGCGGUGUCCAGUGUGGCCAUCUACACAGAGCUGGAUCUCGUUGUCUCGGGC----- ........(..(((((((.((.((((((((((........)))...))))))))))))))))...)..----- ( -20.40, z-score = -0.08, R) >droVir3.scaffold_13049 2102183 73 + 25233164 UCUAUGGCCAUGACGACGCUGUCUCCAGUGUGGCCAUCUACACGGAACUGGAUCUCGUUGUCUCCGGCUCGCU .....((((..(((((((..((((((.((((((....)))))))))....)))..)))))))...)))).... ( -25.80, z-score = -1.97, R) >droWil1.scaffold_180949 3973872 73 + 6375548 UCUAUGGUCAUGAUAAUGCAGUUUCUAGUGUGGCCAUCUAUACUGAAUUGGAUUUGGUGGUCUCCGGAUCGUU (((..(..(((.(.(((.((((((..(((((((....))))))))))))).)))).)))..)...)))..... ( -17.60, z-score = -0.48, R) >droPer1.super_40 578635 73 + 810552 UCUAUGGCCACGACGAUGCCAUCUCCAGUGUGGCCAUCUAUACGGAGCUGGACCUUGUGGUCUCCGGGUCGCU (((..((((((((.(...(((.((((.((((((....)))))))))).))).).))))))))...)))..... ( -26.30, z-score = -0.89, R) >dp4.chrXR_group8 8386580 73 + 9212921 UCUAUGGCCACGACGAUGCCAUCUCCAGUGUGGCCAUCUAUACGGAGCUGGACCUUGUGGUCUCCGGGUCGCU (((..((((((((.(...(((.((((.((((((....)))))))))).))).).))))))))...)))..... ( -26.30, z-score = -0.89, R) >droAna3.scaffold_13337 14642760 73 + 23293914 UGCAUGGACACGACGAUGCCAUCUCCAGUGUGGCCAUCUACACGGAACUGGAUCUGGUGGUUUCAGGAUCGCU ..............(((.(((..(((.((((((....)))))))))..)))))).(((((((....))))))) ( -20.40, z-score = 0.42, R) >droEre2.scaffold_4784 6931514 73 + 25762168 UCUAUGGUCACGACGAUGCCAUUUCCAGUGUAGCCAUCUACACGGAACUGGAUCUGGUGGUCUCUGGAUCCCU ((((.(..(((.(.(((.(((.((((.((((((....)))))))))).))))))).)))..)..))))..... ( -26.60, z-score = -2.19, R) >droYak2.chr3L 4793530 73 + 24197627 UCUAUGGUCACGACGAUGCCAUUUGCAGUGUAGCCAUCUACACGGAACUGGAUCUGGUGGUCUCUGGAUCCCU ((((.(..(((.(.(((.(((.((.(.((((((....))))))).)).))))))).)))..)..))))..... ( -21.90, z-score = -0.58, R) >droSec1.super_2 4215954 73 + 7591821 UCUAUGGUCACGACGAUGCCAUUUCCAGUGUAGCCAUCUACACGGAACUGGAUCUGGUGGUCUCUGGAUCCCU ((((.(..(((.(.(((.(((.((((.((((((....)))))))))).))))))).)))..)..))))..... ( -26.60, z-score = -2.19, R) >droSim1.chr3L_random 214069 73 + 1049610 UCUACGGUCACGACGAUGCCAUUUCCAGUGUAGCCAUCUACACGGAACUGGAUCUGGUGGUCUCUGGAUCCCU ((((.(..(((.(.(((.(((.((((.((((((....)))))))))).))))))).)))..)..))))..... ( -26.40, z-score = -2.14, R) >triCas2.ChLG4 10685503 67 - 13894384 -----GGGCACGAACAGCCCGUUUCCAGUGUGGUGAUCUCGGCCGAGCUCGGAUUGGUCGUUUCGGGGUCUU- -----((((.......))))....((.....)).((((((((.(((.(.......).)))..))))))))..- ( -20.40, z-score = 0.85, R) >consensus UCUAUGGUCACGACGAUGCCAUUUCCAGUGUGGCCAUCUACACGGAACUGGAUCUGGUGGUCUCCGGAUCCCU .....((((..(((...((((..((((((((((....)))).....))))))..)))).)))....))))... (-11.73 = -11.81 + 0.08)
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