| Sequence ID | dm3.chr3L |
|---|---|
| Location | 4,124,915 – 4,125,005 |
| Length | 90 |
| Max. P | 0.816367 |
| Location | 4,124,915 – 4,125,005 |
|---|---|
| Length | 90 |
| Sequences | 9 |
| Columns | 90 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 97.78 |
| Shannon entropy | 0.04736 |
| G+C content | 0.47778 |
| Mean single sequence MFE | -29.71 |
| Consensus MFE | -27.51 |
| Energy contribution | -27.82 |
| Covariance contribution | 0.31 |
| Combinations/Pair | 1.07 |
| Mean z-score | -1.71 |
| Structure conservation index | 0.93 |
| Background model | dinucleotide |
| Decision model | sequence based alignment quality |
| SVM decision value | 0.78 |
| SVM RNA-class probability | 0.816367 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>dm3.chr3L 4124915 90 + 24543557 UACCUUUAUUUUCGUGACUAUCAGCAGUGACUAGCGUGGUGGUUGCCGCUGUGCUCGUCAGCAAGCUGUUGUUAUUGUUCAGGUGUAGAU (((((..((....(((((...((((..((((.((((..((((...))))..)))).))))....))))..))))).))..)))))..... ( -30.20, z-score = -2.10, R) >droWil1.scaffold_180949 4216470 90 + 6375548 CACCUUUAUUCUCGUGACUAUCAGCAGUGACUAGCGUGGUGGUUGCCGCUGUGCUCGUCAGCAAGCUGUUGUUAUUGUUCAGGUGCAGAU (((((..((....(((((...((((..((((.((((..((((...))))..)))).))))....))))..))))).))..)))))..... ( -31.60, z-score = -1.77, R) >droPer1.super_40 481666 90 + 810552 AACCUUUAUUCUCGUGACUAUCAGCAGUGACUAGCGUGGUGGUUGCCGCUGUGCUCGUCAGCAAGCUGUUAUUGUUGUUCAGGUGUAGAU ....(((((...(.(((....((((((((((.((((((((....)))))..((((....)))).))))))))))))).))).).))))). ( -28.80, z-score = -1.47, R) >dp4.chrXR_group8 8291120 90 + 9212921 AACCUUUAUUCUCGUGACUAUCAGCAGUGACUAGCGUGGUGGUUGCCGCUGUGCUCGUCAGCAAGCUGUUAUUGUUGUUCAGGUGUAGAU ....(((((...(.(((....((((((((((.((((((((....)))))..((((....)))).))))))))))))).))).).))))). ( -28.80, z-score = -1.47, R) >droAna3.scaffold_13337 14545169 90 + 23293914 UACCUUUAUUCUCGUGACUAUCAGCAGUGACUAGCGUGGUGGUUGCCGCUGUGCUCGUCAGCAAGCUGUUGUUAUUGUUCAAGUGUAGAU ((((((.......(((((...((((..((((.((((..((((...))))..)))).))))....))))..))))).....))).)))... ( -27.20, z-score = -1.20, R) >droEre2.scaffold_4784 6833870 90 + 25762168 UACCUUUAUUCUCGUGACUAUCAGCAGUGACUAGCGUGGUGGUUGCCGCUGUGCUCGUCAGCAAGCUGUUGUUAUUGUUCAGGUGUAGAU (((((..((....(((((...((((..((((.((((..((((...))))..)))).))))....))))..))))).))..)))))..... ( -30.20, z-score = -1.84, R) >droYak2.chr3L 4696074 90 + 24197627 UACCUUUAUUCUCGUGACUAUCAGCAGUGACUAGCGUGGUGGUUGCCGCUGUGCUCGUCAGCAAGCUGUUGUUAUUGUUCAGGUGUAGAU (((((..((....(((((...((((..((((.((((..((((...))))..)))).))))....))))..))))).))..)))))..... ( -30.20, z-score = -1.84, R) >droSec1.super_2 4117405 90 + 7591821 UACCUUUAUUCUCGUGACUAUCAGCAGUGACUAGCGUGGUGGUUGCCGCUGUGCUCGUCAGCAAGCUGUUGUUAUUGUUCAGGUGUAGAU (((((..((....(((((...((((..((((.((((..((((...))))..)))).))))....))))..))))).))..)))))..... ( -30.20, z-score = -1.84, R) >droSim1.chr3L 3664243 90 + 22553184 UACCUUUAUUCUCGUGACUAUCAGCAGUGACUAGCGUGGUGGUUGCCGCUGUGCUCGUCAGCAAGCUGUUGUUAUUGUUCAGGUGUAGAU (((((..((....(((((...((((..((((.((((..((((...))))..)))).))))....))))..))))).))..)))))..... ( -30.20, z-score = -1.84, R) >consensus UACCUUUAUUCUCGUGACUAUCAGCAGUGACUAGCGUGGUGGUUGCCGCUGUGCUCGUCAGCAAGCUGUUGUUAUUGUUCAGGUGUAGAU (((((..((....(((((...((((..((((.((((..((((...))))..)))).))))....))))..))))).))..)))))..... (-27.51 = -27.82 + 0.31)
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