Locus 6007

Sequence ID dm3.chr3L
Location 3,060,561 – 3,060,709
Length 148
Max. P 0.995904
window8268 window8269

overview

Window 8

Location 3,060,561 – 3,060,709
Length 148
Sequences 5
Columns 148
Reading direction forward
Mean pairwise identity 97.57
Shannon entropy 0.04239
G+C content 0.41486
Mean single sequence MFE -45.76
Consensus MFE -44.58
Energy contribution -45.02
Covariance contribution 0.44
Combinations/Pair 1.06
Mean z-score -3.13
Structure conservation index 0.97
Background model dinucleotide
Decision model sequence based alignment quality
SVM decision value 2.86
SVM RNA-class probability 0.995904
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>dm3.chr3L 3060561 148 + 24543557
UUGAUUUUUCUGUGUGGGUCAGCAGUUCUUUUUCAUUGUACCGUAAUACAAAACCGAUUUCAAUGACGCAGUUACGGCUGCCUUGGCACAUGUGUGUUAGAGAAAGAGAGCAAUGUCAACCCACACAUACGCCUUACGUAAAAGAUCU
..(((((((.(((((((((..(((((((((((((.(((((......)))))........((......(((((....)))))..((((((....))))))))))))))))))..)))..)))))))))((((.....))))))))))). ( -49.00, z-score =  -4.05, R)
>droSim1.chr3L 2591869 148 + 22553184
UUGAUUUUUCUGUGUGGGUCAGCAGUUCUUUUUCAUUGUACCGUAAUACAAAACCGAUUUCAAUGACGCAGUUACGGCUGCCUUGGCACAUGUGUGUUAGAGAAAGAGAGCAAUGUCAACCCACACAUACGCCUUACGUAAAAGAUCU
..(((((((.(((((((((..(((((((((((((.(((((......)))))........((......(((((....)))))..((((((....))))))))))))))))))..)))..)))))))))((((.....))))))))))). ( -49.00, z-score =  -4.05, R)
>droSec1.super_2 3062602 148 + 7591821
UUGAUUUUUCUGUGUGGGUCAGAAGUUCUUUUUCAUUGUACCGUAAUACAAAACCUAUUUCAAUGACGCAGUUACGGCUGCCUUGGCACAUGUGUGUUAGAGAAAGAGAGCAAUGUCAACCCACACAUACGCCUUACGUAAAAGAUCU
..(((((((.(((((((((..((.((((((((((.(((((......)))))........((......(((((....)))))..((((((....))))))))))))))))))....)).)))))))))((((.....))))))))))). ( -46.20, z-score =  -3.65, R)
>droYak2.chr3L 15318904 148 - 24197627
UUGAUAGUUCUGUGUGGGUCAGCAGUUCUUUUUCAUUGUACCGUAAUACAAAACCGAUUUCAAUGACGCAGUUACGGCUGCCUUGGCACAUGUGUGUUAGAGAAAGAGAGCAAUGUCAACCUACACAUACGCCUUACGUAAAAGAUCU
..(((.....(((((((((..(((((((((((((.(((((......)))))........((......(((((....)))))..((((((....))))))))))))))))))..)))..)))))))))((((.....))))....))). ( -43.70, z-score =  -2.33, R)
>droEre2.scaffold_4784 3076584 148 + 25762168
UUGUUAUUUCUGUGUGGGUCAGCGGUUCUUUUUCAUUGUACCGUAAUACAAAACCGAUUUCAAUGACGCAGUUACGGCUGCCUUGGCACAUGUGUGUUAGAGAAAGAGAGCAAUGUCAACCUACACAUAUGCCUUACGUAAAAGAUCU
........(((((((((((..((.((((((((((.(((((......)))))........((......(((((....)))))..((((((....))))))))))))))))))...))..)))))))).((((.....))))..)))... ( -40.90, z-score =  -1.57, R)
>consensus
UUGAUUUUUCUGUGUGGGUCAGCAGUUCUUUUUCAUUGUACCGUAAUACAAAACCGAUUUCAAUGACGCAGUUACGGCUGCCUUGGCACAUGUGUGUUAGAGAAAGAGAGCAAUGUCAACCCACACAUACGCCUUACGUAAAAGAUCU
..(((((((.(((((((((..(((((((((((((.(((((......)))))........((......(((((....)))))..((((((....))))))))))))))))))..)))..)))))))))((((.....))))))))))). (-44.58 = -45.02 +   0.44)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 9

Location 3,060,561 – 3,060,709
Length 148
Sequences 5
Columns 148
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 97.57
Shannon entropy 0.04239
G+C content 0.41486
Mean single sequence MFE -39.94
Consensus MFE -35.82
Energy contribution -37.22
Covariance contribution 1.40
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -1.57
Structure conservation index 0.90
Background model dinucleotide
Decision model sequence based alignment quality
SVM decision value 0.18
SVM RNA-class probability 0.580248
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>dm3.chr3L 3060561 148 - 24543557
AGAUCUUUUACGUAAGGCGUAUGUGUGGGUUGACAUUGCUCUCUUUCUCUAACACACAUGUGCCAAGGCAGCCGUAACUGCGUCAUUGAAAUCGGUUUUGUAUUACGGUACAAUGAAAAAGAACUGCUGACCCACACAGAAAAAUCAA
.(((.(((((((.....))).((((((((((..((..(.(((.((((.............(((....)))(((((((.((((..((((....))))..))))))))))).....)))).))).)))..)))))))))))))).))).. ( -43.40, z-score =  -2.33, R)
>droSim1.chr3L 2591869 148 - 22553184
AGAUCUUUUACGUAAGGCGUAUGUGUGGGUUGACAUUGCUCUCUUUCUCUAACACACAUGUGCCAAGGCAGCCGUAACUGCGUCAUUGAAAUCGGUUUUGUAUUACGGUACAAUGAAAAAGAACUGCUGACCCACACAGAAAAAUCAA
.(((.(((((((.....))).((((((((((..((..(.(((.((((.............(((....)))(((((((.((((..((((....))))..))))))))))).....)))).))).)))..)))))))))))))).))).. ( -43.40, z-score =  -2.33, R)
>droSec1.super_2 3062602 148 - 7591821
AGAUCUUUUACGUAAGGCGUAUGUGUGGGUUGACAUUGCUCUCUUUCUCUAACACACAUGUGCCAAGGCAGCCGUAACUGCGUCAUUGAAAUAGGUUUUGUAUUACGGUACAAUGAAAAAGAACUUCUGACCCACACAGAAAAAUCAA
.(((.(((((((.....))).((((((((((((....(.(((.((((.............(((....)))(((((((.((((..(((......)))..))))))))))).....)))).))).).)).)))))))))))))).))).. ( -39.10, z-score =  -1.49, R)
>droYak2.chr3L 15318904 148 + 24197627
AGAUCUUUUACGUAAGGCGUAUGUGUAGGUUGACAUUGCUCUCUUUCUCUAACACACAUGUGCCAAGGCAGCCGUAACUGCGUCAUUGAAAUCGGUUUUGUAUUACGGUACAAUGAAAAAGAACUGCUGACCCACACAGAACUAUCAA
.(((....((((.....))))(((((.((((..((..(.(((.((((.............(((....)))(((((((.((((..((((....))))..))))))))))).....)))).))).)))..)))).))))).....))).. ( -36.00, z-score =  -0.37, R)
>droEre2.scaffold_4784 3076584 148 - 25762168
AGAUCUUUUACGUAAGGCAUAUGUGUAGGUUGACAUUGCUCUCUUUCUCUAACACACAUGUGCCAAGGCAGCCGUAACUGCGUCAUUGAAAUCGGUUUUGUAUUACGGUACAAUGAAAAAGAACCGCUGACCCACACAGAAAUAACAA
...((((((.(((..((((((((((((((..((........))..))).....)))))))))))......(((((((.((((..((((....))))..)))))))))))...))).))))))....(((.......)))......... ( -37.80, z-score =  -1.34, R)
>consensus
AGAUCUUUUACGUAAGGCGUAUGUGUGGGUUGACAUUGCUCUCUUUCUCUAACACACAUGUGCCAAGGCAGCCGUAACUGCGUCAUUGAAAUCGGUUUUGUAUUACGGUACAAUGAAAAAGAACUGCUGACCCACACAGAAAAAUCAA
.(((.(((((((.....))).((((((((((..(...(.(((.((((.............(((....)))(((((((.((((..((((....))))..))))))))))).....)))).))).).)..)))))))))))))).))).. (-35.82 = -37.22 +   1.40)

alignment

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