| Sequence ID | dm3.chr3L |
|---|---|
| Location | 2,540,536 – 2,540,647 |
| Length | 111 |
| Max. P | 0.961199 |
| Location | 2,540,536 – 2,540,647 |
|---|---|
| Length | 111 |
| Sequences | 5 |
| Columns | 122 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 88.65 |
| Shannon entropy | 0.19062 |
| G+C content | 0.47529 |
| Mean single sequence MFE | -38.72 |
| Consensus MFE | -32.18 |
| Energy contribution | -31.26 |
| Covariance contribution | -0.92 |
| Combinations/Pair | 1.23 |
| Mean z-score | -2.38 |
| Structure conservation index | 0.83 |
| Background model | dinucleotide |
| Decision model | sequence based alignment quality |
| SVM decision value | 1.69 |
| SVM RNA-class probability | 0.961199 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>dm3.chr3L 2540536 111 + 24543557 CCAGGGAUCUACAAACUUGGCUAAGGAUUCGCUACGUGUG----UAUGUG---CUAGCGAGUUUUUUAUGGUCUAACUGGGAGAU---GGGCUUCUAAAAAACAGUUGUGGCCGCUUUGGA- ((((((..((((((....((((((((((((((((.(..(.----...)..---))))))))))))...)))))....((((((..---...))))))........))))))...)))))).- ( -33.80, z-score = -1.52, R) >droSim1.chr3L 2096236 114 + 22553184 CCAGGGAUCUACAAACUUGGCUAAGGAUUCGCUACGUGUG----UAUGUG---CUAGCGAGUUUUUUAUGGCCUAACUGGGAGAUGAUGGGCUUCUAAAAAACAGUUGUGGCAGCUUUGGG- ((((((..((((((....((((((((((((((((.(..(.----...)..---))))))))))))...)))))....((((((........))))))........))))))...)))))).- ( -36.70, z-score = -2.12, R) >droSec1.super_2 2561370 113 + 7591821 CCAGGGAUCUACAAACUUGGCUAAGGAUUCGCUACGUGUG----UAUGUG---CUAGCGAGUUUUU-AUGGGCUAACUGGGAGAUGAUGGGCUUCUAAAAAACAGUUGUGGCAGCUUUGGG- ((((((..((((((..((((((((((((((((((.(..(.----...)..---)))))))))))))-...)))))).((((((........))))))........))))))...)))))).- ( -36.20, z-score = -2.30, R) >droYak2.chr3L 14798014 118 - 24197627 CCAGGGAUCCACAAACUUGGCUAAGGAUUCACCACGUUUGAAGGUAUGUGGUGUUAGCCAGUUUUUUAUGGCCUAACUGGGAGAU---GGGCUUUCAAAAAACGGUUGUGGCAGCUCUGGG- ((((((..((((((...(((((((.....((((((((........)))))))))))))))(((((((..((((((.(.....).)---)))))...)))))))..))))))...)))))).- ( -49.20, z-score = -4.45, R) >droEre2.scaffold_4784 2553415 112 + 25762168 CCGGGGAUCUACAAACUUGGCUAAGGACUCGCCACGUGUG----UAUGUG---CUAGCGAGUUUUUUAUGGCCUAACUGGGAGAU---GGGCUUUCACAAAACAGUUGUGGCAGCUCUGGUU ((((((..((((((....(((((((((((((((((((...----.)))))---...)))))))))...)))))....((..((..---...))..))........))))))...)))))).. ( -37.70, z-score = -1.50, R) >consensus CCAGGGAUCUACAAACUUGGCUAAGGAUUCGCUACGUGUG____UAUGUG___CUAGCGAGUUUUUUAUGGCCUAACUGGGAGAU___GGGCUUCUAAAAAACAGUUGUGGCAGCUUUGGG_ ((((((..((((((.((.((((((((((((((((((((......))))))......)))))))))...)))))....((((((........))))))......))))))))...)))))).. (-32.18 = -31.26 + -0.92)
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