| Sequence ID | dm3.chr3L |
|---|---|
| Location | 442,902 – 443,017 |
| Length | 115 |
| Max. P | 0.795644 |
| Location | 442,902 – 443,017 |
|---|---|
| Length | 115 |
| Sequences | 13 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 75.66 |
| Shannon entropy | 0.52149 |
| G+C content | 0.60040 |
| Mean single sequence MFE | -48.55 |
| Consensus MFE | -18.39 |
| Energy contribution | -17.63 |
| Covariance contribution | -0.76 |
| Combinations/Pair | 1.78 |
| Mean z-score | -2.09 |
| Structure conservation index | 0.38 |
| Background model | dinucleotide |
| Decision model | sequence based alignment quality |
| SVM decision value | 0.71 |
| SVM RNA-class probability | 0.795644 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>dm3.chr3L 442902 115 - 24543557 GCUGGACGUGGGCAAUAUGCUGGAGCACUUUGCGCUCUACCGAUUCCUGGCGGGAACGCUGAGGUCGCUCUACGAGCUGGUAGACCGGCCCGUGGGUGGACG-----CCUCGGUCGGUUC ((((((..(((((.....))((((((.......)))))))))..))).)))..(((((((((((((((.(((((.(((((....))))).))))))))...)-----)))))))..)))) ( -49.80, z-score = -1.10, R) >droSim1.chr2R 8661514 115 - 19596830 GCUGGACGUGGGCAAUAUGCUGGAGCACUUUGCGCUCUACCGAUUCCUGGCGGGAACGCUGAGGUCGCUCUACGAGCUGGUAGACCGGCCCGUGGGUGGACG-----CCUCGGUCGGUUC ((((((..(((((.....))((((((.......)))))))))..))).)))..(((((((((((((((.(((((.(((((....))))).))))))))...)-----)))))))..)))) ( -49.80, z-score = -1.10, R) >droSec1.super_2 465132 115 - 7591821 GCUGGACGUGGGCAAUAUGCUGGAGCACUUUGCGCUCUACCGAUUCCUGGCGGGAACGCUGAGGUCGCUCUACGAGCUGGUAGACCGGCCCGUGGGUGGACG-----CCUCGGUCGGUUC ((((((..(((((.....))((((((.......)))))))))..))).)))..(((((((((((((((.(((((.(((((....))))).))))))))...)-----)))))))..)))) ( -49.80, z-score = -1.10, R) >droYak2.chr3L 419084 115 - 24197627 GCUGGACGUGGGCAAUAUGCUGGAGCACUUUGCGCUCUACCGAUUCCUGGCGGCAACGCUGAGGUCGCUCUACGAGCUGGUAGACCGGCCCGUGGGCGGACG-----CCUCGGUCGGUUC ((((..((.((((.......((((((.......))))))(((((..(.((((....)))))..)))((.(((((.(((((....))))).)))))))))..)-----)))))..)))).. ( -52.80, z-score = -1.68, R) >droEre2.scaffold_4784 439045 115 - 25762168 GCUGGACGUGGGCAAUAUGCUGGAGCACUUUGCGCUCUACCGAUUCCUGGCGGGAACGCUGAGGUCGCUCUACGAGCUGGUAGACCGGCCCGUGGGUGGACG-----CCUCGGUCGGUUC ((((((..(((((.....))((((((.......)))))))))..))).)))..(((((((((((((((.(((((.(((((....))))).))))))))...)-----)))))))..)))) ( -49.80, z-score = -1.10, R) >droAna3.scaffold_13337 23178752 115 + 23293914 UCUCAACUUGGGCAAUAUGCUGGAGCACUUUACAAUCUAUAGAUUUUUGUCCAGGACACUCAGAUCGCUUUAUGAACUGGUCAAUCGGCCGGUAGGCGGGCG-----ACUAGAUCGCUUU ......(((((((((..(((....)))......((((....)))).)))))))))..........(((((.....(((((((....))))))))))))((((-----(.....))))).. ( -33.30, z-score = -1.65, R) >dp4.chrXR_group3a 483120 112 + 1468910 UAUGGACCUGGGCAAUCUGCUGGAGCACUUUGCGCUCUACAGGUUCCUGGCCGGGACUCUCAGGUCGCUCUAUGCGCUGGUCAACCGGCCCAUG---GGGCC-----UCUCGAGCGGCUC ...((.((.(((.((((((.((((((.......)))))))))))))))))))(((.(.(((..(..((((((((.(((((....))))).))))---)))).-----.)..))).).))) ( -51.00, z-score = -2.25, R) >droPer1.super_23 646970 112 + 1662726 UAUGGACCUGGGCAAUCUGCUGGAGCACUUUGCGCUCUACAGGUUCCUGGCCGGGACUCUCAGGUCGCUCUAUGCGCUGGUCAACCGGCCCAUG---GGGCC-----UCUCGAGCGGCUC ...((.((.(((.((((((.((((((.......)))))))))))))))))))(((.(.(((..(..((((((((.(((((....))))).))))---)))).-----.)..))).).))) ( -51.00, z-score = -2.25, R) >droWil1.scaffold_180727 2345302 112 + 2741493 AACGGAUGUGAGCAAUCUUCUAGAGCAUUUUACGCUCUAUAGAUUCCUGAUGGGCACCCUGCGAUCGUUCUAUGCCUUGGUCAAUCGACCCUUG---GGUCG-----AUUGGAGCGUUUA ((((...((.((.(((((..((((((.......)))))).))))).)).))(((((....((....))....)))))...((((((((((....---)))))-----)))))..)))).. ( -37.70, z-score = -2.29, R) >droVir3.scaffold_13049 3208620 112 - 25233164 AAUGGAUCUGAGCAAUAUGCUGGAGCACUUUACGCUCUAUAGAUUCCUCGCCGGGACGCUGCGGUCGCUCUAUGCGCUGGUCAAUCGGCCCAUG---GGGCG-----GCUGGAGCGUCUC ...((((((((((.....)))(((((.......))))).)))))))......((((((((.(((((((((((((.(((((....))))).))))---)))))-----)))).)))))))) ( -57.70, z-score = -5.03, R) >droMoj3.scaffold_6654 1801733 112 + 2564135 UUUGGAUGUUGGCAAUUUGCUGGAGCACUUCACGCUCUAUCGAUUUCUGGCCGGGACGCUGCGGACGCUCUAUGCGCUGGUCAAUCGGCCCAUG---GGGCG-----GCUGGAGCGUCUC ..........(((...(((.((((((.......)))))).)))......)))((((((((.(((.(((((((((.(((((....))))).))))---)))))-----.))).)))))))) ( -52.60, z-score = -3.85, R) >droGri2.scaffold_15110 4133186 112 - 24565398 GUUGGAUGUGGGCAAUCUGCUGGAGCAUUUUGCGCUCUAUAGAUUCCUGGCCGGCACGUUGCGGUCGCUUUAUGCGCUCGUCAAUCGGCCCAUG---GGGCG-----GCUGGAGCGUUUA (((((...((((.((((((.((((((.......)))))))))))))))).)))))(((((.(((((((((((((.((.((.....)))).))))---)))))-----)))).)))))... ( -52.40, z-score = -3.20, R) >anoGam1.chr3R 32404681 120 - 53272125 GCUCGACAUCGGCAAUGUGAUGCGCAACUUUACGCUGUACCGGUUUUUUGUCGGCGUGCUGAAUGGGUUCUACCGGCUGGUCGAUUUCUUCGGGCGCGAUCGCACACCCGCGGUCGCCUC ((((((.((((((........(((........)))....(((((..((..((((....))).)..))....)))))...))))))....))))))((((((((......))))))))... ( -43.40, z-score = -0.54, R) >consensus GCUGGACGUGGGCAAUAUGCUGGAGCACUUUGCGCUCUACCGAUUCCUGGCCGGAACGCUGAGGUCGCUCUAUGAGCUGGUCAACCGGCCCGUG_G_GGGCG_____CCUCGAUCGGUUC .........((((.......((((((.......))))))....((((.....))))..........))))((((.(((((....))))).)))).......................... (-18.39 = -17.63 + -0.76)
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