Locus 5512

Sequence ID	dm3.chr2R
Location	20,982,183 – 20,982,291
Length	108
Max. P	0.994351

overview

Window 3

Location	20,982,183 – 20,982,291
Length	108
Sequences	11
Columns	111
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	82.54
Shannon entropy	0.38447
G+C content	0.66449
Mean single sequence MFE	-53.31
Consensus MFE	-33.90
Energy contribution	-33.92
Covariance contribution	0.02
Combinations/Pair	1.26
Mean z-score	-1.80
Structure conservation index	0.64
Background model	dinucleotide
Decision model	sequence based alignment quality
SVM decision value	0.98
SVM RNA-class probability	0.865612
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>dm3.chr2R 20982183 108 + 21146708
AGCUGCCGCUGCAGCCGCCAAAGACAUCUCCAUCUGGUGCUCCAUAUGAUGGAAGGGAUGCUCCCC---AGAUCCAGCAGCCGCCACGGCAGCAGCAGCAGCUGCGUGCAU
((((((.(((((.((((...........(((((((((....)))...))))))..((.((((....---......)))).))....)))).))))).))))))........ ( -42.60, z-score =  -0.55, R)
>droSim1.chr2R 19433990 108 + 19596830
AGCUGCCGCGGCAGCCGCCAAAGACAUCUCCAUCUGGUGCUCCAUAUGAUGGAAGGGAUGCUCCCC---AGAUCCAGCAGCCGCCACGGCAGCAGCCGCAGCUGCGUGCAU
.(((((((.(((.((.((..........(((((((((....)))...)))))).(((......)))---.......)).)).))).))))))).(((((....))).)).. ( -48.80, z-score =  -2.13, R)
>droSec1.super_23 838426 108 + 989336
AGCUGCCGCGGCAGCCGCCAAAGACAUCUCCAUCUGGUGCUCCAUAUGAUGGAAGGGAUGCUCCCC---AGAUCCAGCAGCCGCCACGGCAGCAGCCGCAGCUGCGUGCAU
.(((((((.(((.((.((..........(((((((((....)))...)))))).(((......)))---.......)).)).))).))))))).(((((....))).)).. ( -48.80, z-score =  -2.13, R)
>droYak2.chr2R 20952212 108 + 21139217
AGCGGCCGCUGCAGCCGCCAGAGACAUCUCCAUCUGGUGCUCCAUAUGAUGGAAGGGGUGCUCCCC---AGAUCCAGCAGCCGCCACGGCAGCAGCCGCAGCUGCGUGCAU
.(.(((.((((((((.((((((..........)))))))))........((((.((((....))))---...))))))))).))).).((((((((....))))).))).. ( -49.60, z-score =  -1.56, R)
>droEre2.scaffold_4845 22390850 108 + 22589142
AGCUGCCGCUGCAGCCGCCAAAGACAUCUCCAUCUGGUGCUCCAUAUGAUGGAAGGGGUGCUCACC---AGAUCCAGCAGCCGCCACGGCAGCAGCCGCAGCUGCGUGCAU
((((((.(((((.((((...........(((((((((....)))...)))))).((((((((....---......)))).)).)).)))).))))).))))))........ ( -45.10, z-score =  -0.80, R)
>droAna3.scaffold_13266 12289443 105 + 19884421
UGCUGCAGCGGCCGCGGCCAGGGACAUCUCCAUCUGGUGCUCCAUGUGGUGGAAGGGAUGGUCGCC---AGCC---GCGGCUGCUGCUGCAGCGGCGGCGGCGGCGUGCAU
...((((((.((((((((((....(.(((((((.(((....))).)))).))).)...))))))).---.(((---((.(((((....))))).)))))))).)).)))). ( -60.80, z-score =  -1.95, R)
>dp4.chr3 10092220 108 + 19779522
GGCCGCAGCCGCCGCCGCCAGCGACAUCUCCAUCUGGUGCUCCAUGUGGUGGAAGGGAUGCUCCCC---AGCGCCGGCGGCAGCCACGGCCGCAGCGGCUGCGGCGUGCAU
.(((((((((((.((((((.(((.(.(((((((.(((....))).)))).))).(((......)))---.)))).)))))).((....))....)))))))))))...... ( -62.90, z-score =  -2.24, R)
>droPer1.super_4 5421305 108 + 7162766
GGCCGCAGCCGCCGCCGCCAGCGACAUCUCCAUCUGGUGCUCCAUGUGGUGGAAGGGAUGCUCCCC---AGCGCCGGCGGCAGCCACGGCCGCAGCGGCUGCGGCGUGCAU
.(((((((((((.((((((.(((.(.(((((((.(((....))).)))).))).(((......)))---.)))).)))))).((....))....)))))))))))...... ( -62.90, z-score =  -2.24, R)
>droWil1.scaffold_180700 5236200 111 - 6630534
UGCUGCAGCAGCUGCCGCCAGUGACAUUUCCAUCUGAUGUUCCAUGUGAUGAAACGGAUGCUCGCCGCUUGCUCCAGCGGCAGCAACGGCUGCUGCUGCUGCAGCAUGCAU
((((((((((((.((.(((.(..(((((.......)))))..)...............((((.((((((......))))))))))..))).)).))))))))))))..... ( -55.30, z-score =  -3.41, R)
>droVir3.scaffold_12875 18288345 108 - 20611582
CGCUGCGGCGGCCGCGGCCAGCGACAUUUCCAUUUGGUGCUCCAUGUGAUGAAACGGAUUCUCACC---GGCGCCUGCUGCGGCUACGGCGGCAGCGGCCGCGGCGUGCAU
(((....)))(((((((((................((((((....((((.(((.....))))))).---)))))).(((((.((....)).))))))))))))))...... ( -56.40, z-score =  -1.77, R)
>droMoj3.scaffold_6496 22925383 111 + 26866924
CGCUGCUGCUGCCGCGGCCAGCGACAUUUCCAUUUGAUGCUCCAUGUGAUGGAACGGAUUCUCGCCAGCGGCGCCUGCAGCGGCAACGGCGGCAGCGGCUGCCGCAUGCAU
((((((.((.((((((((.((......(((((((..(((...)))..)))))))......)).))).)))))))..))))))(((.(((((((....)))))))..))).. ( -53.20, z-score =  -1.06, R)
>consensus
AGCUGCCGCGGCAGCCGCCAGAGACAUCUCCAUCUGGUGCUCCAUGUGAUGGAAGGGAUGCUCCCC___AGCUCCAGCAGCCGCCACGGCAGCAGCGGCAGCUGCGUGCAU
.((.((.(((((.((.(((...(((((((((((((((....)))...))))))...)))).)).............((....))...))).)).))))).)).))...... (-33.90 = -33.92 +   0.02)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 4

Location	20,982,183 – 20,982,291
Length	108
Sequences	11
Columns	111
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	82.54
Shannon entropy	0.38447
G+C content	0.66449
Mean single sequence MFE	-58.55
Consensus MFE	-38.62
Energy contribution	-37.82
Covariance contribution	-0.80
Combinations/Pair	1.44
Mean z-score	-2.76
Structure conservation index	0.66
Background model	dinucleotide
Decision model	sequence based alignment quality
SVM decision value	2.69
SVM RNA-class probability	0.994351
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>dm3.chr2R 20982183 108 - 21146708
AUGCACGCAGCUGCUGCUGCUGCCGUGGCGGCUGCUGGAUCU---GGGGAGCAUCCCUUCCAUCAUAUGGAGCACCAGAUGGAGAUGUCUUUGGCGGCUGCAGCGGCAGCU
..(((.((....))))).((((((((.((((((((..((...---((((.....))))((((((...(((....)))))))))......))..)))))))).)))))))). ( -55.50, z-score =  -2.28, R)
>droSim1.chr2R 19433990 108 - 19596830
AUGCACGCAGCUGCGGCUGCUGCCGUGGCGGCUGCUGGAUCU---GGGGAGCAUCCCUUCCAUCAUAUGGAGCACCAGAUGGAGAUGUCUUUGGCGGCUGCCGCGGCAGCU
..((.(((....))))).(((((((((((((((((..((...---((((.....))))((((((...(((....)))))))))......))..))))))))))))))))). ( -62.80, z-score =  -4.12, R)
>droSec1.super_23 838426 108 - 989336
AUGCACGCAGCUGCGGCUGCUGCCGUGGCGGCUGCUGGAUCU---GGGGAGCAUCCCUUCCAUCAUAUGGAGCACCAGAUGGAGAUGUCUUUGGCGGCUGCCGCGGCAGCU
..((.(((....))))).(((((((((((((((((..((...---((((.....))))((((((...(((....)))))))))......))..))))))))))))))))). ( -62.80, z-score =  -4.12, R)
>droYak2.chr2R 20952212 108 - 21139217
AUGCACGCAGCUGCGGCUGCUGCCGUGGCGGCUGCUGGAUCU---GGGGAGCACCCCUUCCAUCAUAUGGAGCACCAGAUGGAGAUGUCUCUGGCGGCUGCAGCGGCCGCU
..((..(((((....))))).(((((.((((((((..((...---((((....))))(((((((...(((....)))))))))).....))..)))))))).))))).)). ( -57.50, z-score =  -2.33, R)
>droEre2.scaffold_4845 22390850 108 - 22589142
AUGCACGCAGCUGCGGCUGCUGCCGUGGCGGCUGCUGGAUCU---GGUGAGCACCCCUUCCAUCAUAUGGAGCACCAGAUGGAGAUGUCUUUGGCGGCUGCAGCGGCAGCU
..((.(((....))))).((((((((.(((((((((..((((---((((........((((((...))))))))))))))((((....))))))))))))).)))))))). ( -55.30, z-score =  -2.23, R)
>droAna3.scaffold_13266 12289443 105 - 19884421
AUGCACGCCGCCGCCGCCGCUGCAGCAGCAGCCGC---GGCU---GGCGACCAUCCCUUCCACCACAUGGAGCACCAGAUGGAGAUGUCCCUGGCCGCGGCCGCUGCAGCA
.((((.((.((....)).))))))(((((.(((((---(((.---.(.(((.(((...((((.....(((....)))..)))))))))).)..)))))))).))))).... ( -53.40, z-score =  -2.87, R)
>dp4.chr3 10092220 108 - 19779522
AUGCACGCCGCAGCCGCUGCGGCCGUGGCUGCCGCCGGCGCU---GGGGAGCAUCCCUUCCACCACAUGGAGCACCAGAUGGAGAUGUCGCUGGCGGCGGCGGCUGCGGCC
......((((((((((((..(((....)))(((((((((((.---((((.....))))....(((..(((....)))..)))....).)))))))))))))))))))))). ( -66.20, z-score =  -3.07, R)
>droPer1.super_4 5421305 108 - 7162766
AUGCACGCCGCAGCCGCUGCGGCCGUGGCUGCCGCCGGCGCU---GGGGAGCAUCCCUUCCACCACAUGGAGCACCAGAUGGAGAUGUCGCUGGCGGCGGCGGCUGCGGCC
......((((((((((((..(((....)))(((((((((((.---((((.....))))....(((..(((....)))..)))....).)))))))))))))))))))))). ( -66.20, z-score =  -3.07, R)
>droWil1.scaffold_180700 5236200 111 + 6630534
AUGCAUGCUGCAGCAGCAGCAGCCGUUGCUGCCGCUGGAGCAAGCGGCGAGCAUCCGUUUCAUCACAUGGAACAUCAGAUGGAAAUGUCACUGGCGGCAGCUGCUGCAGCA
.....((((((((((((.((.(((..((((((((((......)))))).))))...(((((((...)))))))....(((......)))...))).)).)))))))))))) ( -56.10, z-score =  -2.99, R)
>droVir3.scaffold_12875 18288345 108 + 20611582
AUGCACGCCGCGGCCGCUGCCGCCGUAGCCGCAGCAGGCGCC---GGUGAGAAUCCGUUUCAUCACAUGGAGCACCAAAUGGAAAUGUCGCUGGCCGCGGCCGCCGCAGCG
..((..((.(((((((((((.((....)).)))))..(((((---(((((.(....(((((((...))))))).((....))...).))))))).))))))))).)).)). ( -53.10, z-score =  -1.77, R)
>droMoj3.scaffold_6496 22925383 111 - 26866924
AUGCAUGCGGCAGCCGCUGCCGCCGUUGCCGCUGCAGGCGCCGCUGGCGAGAAUCCGUUCCAUCACAUGGAGCAUCAAAUGGAAAUGUCGCUGGCCGCGGCAGCAGCAGCG
......(((((((...)))))))((((((.(((((..(((..((..((((.(.((((((((((...))))))).......)))..).))))..))))).))))).)))))) ( -55.11, z-score =  -1.53, R)
>consensus
AUGCACGCAGCUGCCGCUGCUGCCGUGGCGGCUGCUGGAGCU___GGGGAGCAUCCCUUCCAUCACAUGGAGCACCAGAUGGAGAUGUCUCUGGCGGCGGCAGCGGCAGCU
......((....)).((((((((....((((((((((((......((.......)).(((((.....(((....)))..))))).....)))))))))))).)))))))). (-38.62 = -37.82 +  -0.80)

alignment

secondary structure

dotplot

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