Locus 5471

Sequence ID dm3.chr2R
Location 20,587,304 – 20,587,405
Length 101
Max. P 0.993353
window7507 window7508

overview

Window 7

Location 20,587,304 – 20,587,405
Length 101
Sequences 12
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 67.91
Shannon entropy 0.65037
G+C content 0.71426
Mean single sequence MFE -47.27
Consensus MFE -16.67
Energy contribution -17.08
Covariance contribution 0.41
Combinations/Pair 1.59
Mean z-score -1.52
Structure conservation index 0.35
Background model dinucleotide
Decision model sequence based alignment quality
SVM decision value 0.36
SVM RNA-class probability 0.661138
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>dm3.chr2R 20587304 101 + 21146708
-------CCACCUCUGACGCGCCGCUCCA------CAGCUGCUGAGCAGGCCGAGCAGGGCGCUCAGCCAAACCAGCAGCUGCGU------GGGCGGCUUGGCCACCGCUCCCGUCCCGG
-------...((...((((.((((((((.------(((((((((....(((.((((.....)))).)))....))))))))).).------)))))))..(((....)))..))))..)) ( -49.90, z-score =  -1.49, R)
>droSim1.chrU 6559 101 - 15797150
-------CCACAUCUGACGCGCCGCUCCA------CAGCUGCUGAGCAGGCCGAGCAGGGCGCUCAGCCAGACCAGCAGCUGCGU------GGGCGGCUUGGCCACCGCGCCCGUCCCGG
-------........((((.((((((((.------(((((((((..(.(((.((((.....)))).))).)..))))))))).).------)))))))..(((......))))))).... ( -53.00, z-score =  -1.76, R)
>droSec1.super_23 452654 101 + 989336
-------CCACCUCUGACGCGCCGCUCCA------CAGCUGCUGAGCAGGCCGAGCAGGGCGCUCAGCCAGACCAGCAACUGCGU------GGGCGGCUUGGCCACCGCGCCCGUCCCGG
-------...((...((((.((((((((.------(((.(((((..(.(((.((((.....)))).))).)..))))).))).).------)))))))..(((......)))))))..)) ( -47.10, z-score =  -0.48, R)
>droEre2.scaffold_4845 21956589 101 + 22589142
-------CCACCGCUGACGCGCCGCUCCA------CAGCUGCUGAGCAGGCCGAGCAGGGCGCUCAGCCAGACCAGCAGCUGCGU------UGGCGGCUUGGCCACCGCACCCGUCCCGG
-------...(((..((((.((((((.(.------(((((((((..(.(((.((((.....)))).))).)..))))))))).).------.))))))...((....))...)))).))) ( -49.60, z-score =  -1.22, R)
>droAna3.scaffold_13266 7180008 102 + 19884421
------ACCACCGCUGCCGGGCCGCCCCA------CAGCUGCCCAGUAGCCCGAGCAGAGCGCUCAGCCACACCAGCAGUUGCGU------GGGCGGCAACGCCACCGCCUCCGUGCCGG
------....(((..(((((((((((((.------(((((((...((.((..((((.....)))).)).))....))))))).).------)))))))...((....))..))).))))) ( -46.00, z-score =  -1.50, R)
>dp4.chr3 3940751 98 - 19779522
-------CCAGCGGUUGCGGGCCGCCCCA------CAGCUGCUGAGAAGGCCGAGCAACGCACUCAGCCAGACGAGCAGCUGCGU------GGGCGGU---GCCGCGGCCUCUGUGCCCG
-------.(((.((((((((((((((((.------((((((((.....(((.(((.......))).))).....)))))))).).------)))))))---.)))))))).)))...... ( -57.80, z-score =  -3.15, R)
>droPer1.super_4 923459 98 + 7162766
-------CCAGCGGUUGCGGGCCGCCCCA------CAGCUGCUGAGAAGGCCGAGCAACGCACUCAGCCAGACGAGCAGCUGCGU------GGGCGGU---GCCGCGGCCUCUGUGCCCG
-------.(((.((((((((((((((((.------((((((((.....(((.(((.......))).))).....)))))))).).------)))))))---.)))))))).)))...... ( -57.80, z-score =  -3.15, R)
>droWil1.scaffold_180700 2247385 118 - 6630534
ACACCAGCCAGAGAUGCCGCUACACCUCCCC--UACAACUGCUUAGUAGUCCUAGUAGAGCGCUUAGCCAGAUUAAUAAUUUCGUACUGGGCAGUGGCUUUGAUGUUGCCUCCGUUCCGG
....((((.(..((.((((((....(((..(--((..(((((...)))))..)))..))).((((((...((.........))...)))))))))))).))..)))))...(((...))) ( -28.60, z-score =   0.34, R)
>droVir3.scaffold_12875 1089494 95 + 20611582
-------GCAUCGCUGUCGCGCCGCCCCA------CAGCUGCUCAGCAGACCGAGCAGGGCGCUUAGCCAGACGAGCAGCUGCGU------CGGCGGCGACGGCGCCACACCGG------
-------....(((((((..((((((.(.------(((((((((.((.......))..(((.....)))....))))))))).).------.))))))))))))).........------ ( -48.90, z-score =  -2.09, R)
>droMoj3.scaffold_6496 4141237 102 + 26866924
------UGCAACGCUGUCGCGCCGCCCCAGCGCCACAGCUGCUCAACAGACCGAGCAGCGCGCUCAGCCAGACAAGCAGCUGCGU------CGGCGGCGUCGGCGCCACACCGG------
------.....((.(((.(((((((.(((((((....(((((((........))))))))))))..(((.(((..((....))))------)))))).).)))))).))).)).------ ( -48.60, z-score =  -1.59, R)
>droGri2.scaffold_15245 8432503 95 - 18325388
-------GCAGCGCUGUCGCGCCGCCCCA------CAGCUGCUCAACAGACCGAGCAGGGCGCUCAGAAAGACGAGCAGCUGCGU------UGGCGGCGACGGCGCCACACCGG------
-------...((((((((..((((((.(.------(((((((((..(...(.((((.....)))).)...)..))))))))).).------.))))))))))))))........------ ( -50.00, z-score =  -2.78, R)
>anoGam1.chr2L 9569011 87 - 48795086
--------CCACGACUGCACACCGCUCGU-------GUGCGUCCGGUAGACCGAGCCGAGUGCGCAGACCG-CACGCAGCAGAGAC----GAAACGGCCCGCACGGG-------------
--------...((...((((((.....))-------))))((((((....))).((.(.(((((.....))-))).).))...)))----....)).(((....)))------------- ( -30.00, z-score =   0.61, R)
>consensus
_______CCACCGCUGACGCGCCGCCCCA______CAGCUGCUGAGCAGGCCGAGCAGGGCGCUCAGCCAGACCAGCAGCUGCGU______GGGCGGCUUGGCCGCCGCACCCGU_CCGG
....................((((((.........(((.((((.........((((.....)))).........)))).)))..........))))))...................... (-16.67 = -17.08 +   0.41)

alignment

Postscript

secondary structure

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dotplot

Postscript

Window 8

Location 20,587,304 – 20,587,405
Length 101
Sequences 12
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 67.91
Shannon entropy 0.65037
G+C content 0.71426
Mean single sequence MFE -56.66
Consensus MFE -24.24
Energy contribution -24.60
Covariance contribution 0.36
Combinations/Pair 1.57
Mean z-score -2.23
Structure conservation index 0.43
Background model dinucleotide
Decision model sequence based alignment quality
SVM decision value 2.61
SVM RNA-class probability 0.993353
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>dm3.chr2R 20587304 101 - 21146708
CCGGGACGGGAGCGGUGGCCAAGCCGCCC------ACGCAGCUGCUGGUUUGGCUGAGCGCCCUGCUCGGCCUGCUCAGCAGCUG------UGGAGCGGCGCGUCAGAGGUGG-------
((..((((.(.((((((((...)))))).------.(((((((((((((..((((((((.....)))))))).)).)))))))))------))..))..).))))...))...------- ( -60.80, z-score =  -2.44, R)
>droSim1.chrU 6559 101 + 15797150
CCGGGACGGGCGCGGUGGCCAAGCCGCCC------ACGCAGCUGCUGGUCUGGCUGAGCGCCCUGCUCGGCCUGCUCAGCAGCUG------UGGAGCGGCGCGUCAGAUGUGG-------
....(((((.(((((((((...)))))).------.(((((((((((..(.((((((((.....)))))))).)..)))))))))------))..))).).))))........------- ( -61.50, z-score =  -2.30, R)
>droSec1.super_23 452654 101 - 989336
CCGGGACGGGCGCGGUGGCCAAGCCGCCC------ACGCAGUUGCUGGUCUGGCUGAGCGCCCUGCUCGGCCUGCUCAGCAGCUG------UGGAGCGGCGCGUCAGAGGUGG-------
((..(((((.(((((((((...)))))).------.(((((((((((..(.((((((((.....)))))))).)..)))))))))------))..))).).))))...))...------- ( -61.20, z-score =  -2.28, R)
>droEre2.scaffold_4845 21956589 101 - 22589142
CCGGGACGGGUGCGGUGGCCAAGCCGCCA------ACGCAGCUGCUGGUCUGGCUGAGCGCCCUGCUCGGCCUGCUCAGCAGCUG------UGGAGCGGCGCGUCAGCGGUGG-------
(((.(((((.(((((((((...)))))).------.(((((((((((..(.((((((((.....)))))))).)..)))))))))------))..))).).))))..)))...------- ( -64.10, z-score =  -2.92, R)
>droAna3.scaffold_13266 7180008 102 - 19884421
CCGGCACGGAGGCGGUGGCGUUGCCGCCC------ACGCAACUGCUGGUGUGGCUGAGCGCUCUGCUCGGGCUACUGGGCAGCUG------UGGGGCGGCCCGGCAGCGGUGGU------
(((((.(((.((((....))))(((((((------.((((.(((((.(.((((((((((.....)))).))))))).))))).))------))))))))))))))..)))....------ ( -55.10, z-score =  -0.29, R)
>dp4.chr3 3940751 98 + 19779522
CGGGCACAGAGGCCGCGGC---ACCGCCC------ACGCAGCUGCUCGUCUGGCUGAGUGCGUUGCUCGGCCUUCUCAGCAGCUG------UGGGGCGGCCCGCAACCGCUGG-------
......(((.((..((((.---.((((((------.((((((((((.....((((((((.....)))))))).....))))))))------)))))))).))))..)).))).------- ( -61.00, z-score =  -3.44, R)
>droPer1.super_4 923459 98 - 7162766
CGGGCACAGAGGCCGCGGC---ACCGCCC------ACGCAGCUGCUCGUCUGGCUGAGUGCGUUGCUCGGCCUUCUCAGCAGCUG------UGGGGCGGCCCGCAACCGCUGG-------
......(((.((..((((.---.((((((------.((((((((((.....((((((((.....)))))))).....))))))))------)))))))).))))..)).))).------- ( -61.00, z-score =  -3.44, R)
>droWil1.scaffold_180700 2247385 118 + 6630534
CCGGAACGGAGGCAACAUCAAAGCCACUGCCCAGUACGAAAUUAUUAAUCUGGCUAAGCGCUCUACUAGGACUACUAAGCAGUUGUA--GGGGAGGUGUAGCGGCAUCUCUGGCUGGUGU
((((..(((((((.........)))..(((((((...............)))((((.((.(((..(((.((((.......)))).))--)..))))).))))))))..)))).))))... ( -35.66, z-score =   0.09, R)
>droVir3.scaffold_12875 1089494 95 - 20611582
------CCGGUGUGGCGCCGUCGCCGCCG------ACGCAGCUGCUCGUCUGGCUAAGCGCCCUGCUCGGUCUGCUGAGCAGCUG------UGGGGCGGCGCGACAGCGAUGC-------
------...((((.((..((.(((((((.------.((((((((((((.(.(((..(((.....)))..))).).))))))))))------)).)))))))))...)).))))------- ( -55.80, z-score =  -2.18, R)
>droMoj3.scaffold_6496 4141237 102 - 26866924
------CCGGUGUGGCGCCGACGCCGCCG------ACGCAGCUGCUUGUCUGGCUGAGCGCGCUGCUCGGUCUGUUGAGCAGCUGUGGCGCUGGGGCGGCGCGACAGCGUUGCA------
------.((.(((.((((((.(.(((.((------.((((((((((((...((((((((.....))))))))...)))))))))))).)).))).))))))).))).)).....------ ( -63.20, z-score =  -2.64, R)
>droGri2.scaffold_15245 8432503 95 + 18325388
------CCGGUGUGGCGCCGUCGCCGCCA------ACGCAGCUGCUCGUCUUUCUGAGCGCCCUGCUCGGUCUGUUGAGCAGCUG------UGGGGCGGCGCGACAGCGCUGC-------
------.....(..((((.(((((((((.------.((((((((((((.(...((((((.....))))))...).))))))))))------)).))))))..))).))))..)------- ( -59.30, z-score =  -4.00, R)
>anoGam1.chr2L 9569011 87 + 48795086
-------------CCCGUGCGGGCCGUUUC----GUCUCUGCUGCGUG-CGGUCUGCGCACUCGGCUCGGUCUACCGGACGCAC-------ACGAGCGGUGUGCAGUCGUGG--------
-------------...(((((((((((..(----((.......))).)-)))))))))).(.((((((((....)))...((((-------((.....))))))))))).).-------- ( -41.30, z-score =  -0.95, R)
>consensus
CCGG_ACGGGGGCGGCGGCCAAGCCGCCC______ACGCAGCUGCUGGUCUGGCUGAGCGCCCUGCUCGGCCUGCUCAGCAGCUG______UGGGGCGGCGCGUCAGCGGUGG_______
.......................((((...........((((((((((...(.((((((.....)))))).)...))))))))))..........))))..................... (-24.24 = -24.60 +   0.36)

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