Locus 5398

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>dm3.chr2R 20063720 100 + 21146708
----UUGACAUCCAGUUGCCGUUUG--CGAAGUAGU-ACCCCAUGAUAUUAAGCCGGCAGGUGCCUGCAAUCC--CCACGGGCACCUGUGACUAUGAUUGGGAACAGCA
----............(((.((((.--(((.(((((-......((.........))(((((((((((......--...))))))))))).)))))..))).)))).))) ( -30.30, z-score =  -0.65, R)
>droGri2.scaffold_15245 680314 98 + 18325388
-UUGCUAGGAACAAGGUG----UUC--UUACUUA----CCCCAUGAUAUUAAGCCGGCAGACGCUUGUAAUUUAACCAGCGGCGUCUGUGACUAUGACUGGGAACAGUA
-....(((((((.....)----)))--)))....----..................(((((((((.((..........))))))))))).......((((....)))). ( -25.00, z-score =  -0.31, R)
>droMoj3.scaffold_6496 25850488 101 + 26866924
----UGCACAGUAUUAUGAGAUUUG--UAAGCUAU--ACCCCAAGAUAUUAAGCCGGCAGUCGUUCGUAUUUUAACCAGCGGCGACUGUGACUAUGACUGGGAACAGAA
----..((((((...........((--(..(((..--..............)))..)))((((((.((......)).)))))).)))))).......(((....))).. ( -22.89, z-score =  -0.36, R)
>droVir3.scaffold_12875 7136766 99 + 20611582
-----UGACUAUACUUC-AGAUUUUCAAAUCGU----ACCCCAUGAUAUUAAGCCGGCAGACGCAUGUAUUUUAACCAGCUGCGUCUGUGACUAUGACUGGGAACAGUA
-----............-..........(((((----.....))))).........(((((((((.((..........))))))))))).......((((....)))). ( -21.40, z-score =  -0.54, R)
>droWil1.scaffold_180701 3592187 109 - 3904529
UUAUUGGAGAACCUUUUUUUUAUUGGUCCAUUUCUUUACCCCAUGAUAUUAAGCCGGCAGUUGCUCGAAAUUUAACCAAGAGCAGCUGUGACUAUGACUGGGAACAUUA
....(((((((((...........))).....)))))).((((.(.(((..((.((.(((((((((.............))))))))))).))))).)))))....... ( -23.52, z-score =  -0.92, R)
>droPer1.super_34 366772 105 - 916997
--GUUCAACAGUGUUUCUACACUUUCGAUUCCCCAUGACCCCAUGAUAUUAAGCCGGCAGACGCCCGUAUCCC--CCAUAAGCGUCUGUGACUUUGAUUGGGAACAGUA
--..((...(((((....)))))...))(((((((((....))))..((((((...((((((((...(((...--..))).))))))))...)))))).)))))..... ( -25.80, z-score =  -1.89, R)
>dp4.chr3 1177196 105 - 19779522
--GUUCAACAGUGUUUCUACACUUUUGAUUCCCCAUGACCCCAUGAUAUUAAGCCGGCAGACGCCCGUAUACC--CCAUAAGCGUCUGUGACUUUGAUUGGGAACAGUA
--..((((.(((((....))))).))))(((((((((....))))..((((((...((((((((...(((...--..))).))))))))...)))))).)))))..... ( -30.00, z-score =  -3.36, R)
>droAna3.scaffold_13266 5549230 90 - 19884421
---------------GAAACAUUUUCAACAAAAC-UUACCCCAUGAUAUUAAGCCGGCAGAUGCUCGAAUCUC---CACGCGCAUUUGUGACUAUGAUUGGGAACAGUA
---------------.................((-(...((((....((((((.((.(((((((.((......---..)).))))))))).)).))))))))...))). ( -17.00, z-score =  -0.63, R)
>droEre2.scaffold_4845 21433758 97 + 22589142
----UUGGCACUCAGUUGCCGUUUA--CGAAGUA----CCCCAUGAUAUUAAGCCGGCAGGUGCUUGCAAUCC--CCACGGGCACCUGUGACUAUGAUUGGGAACAACA
----..((((......)))).....--....((.----(((.((.(((........(((((((((((......--...)))))))))))...))).)).))).)).... ( -27.60, z-score =  -0.23, R)
>droYak2.chr2R 20035295 94 + 21139217
----UUGGGAACUGGGUU---UAUA--CGAACUA----CCCCAUGAUAUUAAGCCGGCAGGUGCUUGCAAUCC--CCACGGGCACCUGUGACUAUGAUUGGGAACAACA
----.((((.....((((---(...--.))))).----.)))).............(((((((((((......--...)))))))))))........(((....))).. ( -25.50, z-score =  -0.15, R)
>droSec1.super_5 310899 97 + 5866729
----UUGGCAUCCAGUUGCCGUUUG--CGAAGUA----CCCCAUGAUAUUAAGCCGGCAGGUGCUUGCAAUCC--CCACGGGCACCUGUGACUAUGAUUGGGAACAGCA
----..((((......))))...((--(...((.----(((.((.(((........(((((((((((......--...)))))))))))...))).)).))).)).))) ( -30.20, z-score =  -0.21, R)
>droSim1.chr2R 18553095 97 + 19596830
----UUGGCAUCCAGUCGCCGUUUG--CGAAGUA----CCCCAUGAUAUUAAGCCGGCAGGUGCUUGCAAUCC--CCACGGGCACCUGUGACUAUGAUUGGGAACAGCA
----...((.(((((((((((...(--(..((((----........))))..))))))(((((((((......--...)))))))))........)))))))....)). ( -29.90, z-score =  -0.08, R)
>consensus
____UUGACAACCAGUUGACAUUUG__CGAAGUA___ACCCCAUGAUAUUAAGCCGGCAGAUGCUUGCAAUCC__CCACGGGCACCUGUGACUAUGAUUGGGAACAGUA
.......................................((((........((.((.((((((((...............)))))))))).)).....))))....... (-17.30 = -16.07 +  -1.23) 

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Window 4

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>dm3.chr2R 20063720 100 - 21146708
UGCUGUUCCCAAUCAUAGUCACAGGUGCCCGUGG--GGAUUGCAGGCACCUGCCGGCUUAAUAUCAUGGGGU-ACUACUUCG--CAAACGGCAACUGGAUGUCAA----
(((((((((((.....((((.((((((((.(..(--...)..).))))))))..))))........))))((-........)--).)))))))............---- ( -31.92, z-score =  -0.26, R)
>droGri2.scaffold_15245 680314 98 - 18325388
UACUGUUCCCAGUCAUAGUCACAGACGCCGCUGGUUAAAUUACAAGCGUCUGCCGGCUUAAUAUCAUGGGG----UAAGUAA--GAA----CACCUUGUUCCUAGCAA-
((((..(((((.....((((.(((((((.....((......))..)))))))..))))........)))))----..)))).--(((----(.....)))).......- ( -26.52, z-score =  -1.41, R)
>droMoj3.scaffold_6496 25850488 101 - 26866924
UUCUGUUCCCAGUCAUAGUCACAGUCGCCGCUGGUUAAAAUACGAACGACUGCCGGCUUAAUAUCUUGGGGU--AUAGCUUA--CAAAUCUCAUAAUACUGUGCA----
.......(((((....((((.((((((....(.((......)).).))))))..)))).......)))))((--((((....--..............)))))).---- ( -19.77, z-score =   0.39, R)
>droVir3.scaffold_12875 7136766 99 - 20611582
UACUGUUCCCAGUCAUAGUCACAGACGCAGCUGGUUAAAAUACAUGCGUCUGCCGGCUUAAUAUCAUGGGGU----ACGAUUUGAAAAUCU-GAAGUAUAGUCA-----
(((((((((((.....((((.((((((((....((......)).))))))))..))))........))))).----))((((....)))).-..))))......----- ( -26.82, z-score =  -1.63, R)
>droWil1.scaffold_180701 3592187 109 + 3904529
UAAUGUUCCCAGUCAUAGUCACAGCUGCUCUUGGUUAAAUUUCGAGCAACUGCCGGCUUAAUAUCAUGGGGUAAAGAAAUGGACCAAUAAAAAAAAGGUUCUCCAAUAA
......(((((.....((((.(((.(((((.............))))).)))..))))........))))).........(((((...........)))))........ ( -23.14, z-score =  -0.74, R)
>droPer1.super_34 366772 105 + 916997
UACUGUUCCCAAUCAAAGUCACAGACGCUUAUGG--GGGAUACGGGCGUCUGCCGGCUUAAUAUCAUGGGGUCAUGGGGAAUCGAAAGUGUAGAAACACUGUUGAAC--
.....(((((.....(((((.((((((((..((.--....))..))))))))..))))).....((((....)))))))))((((.(((((....))))).))))..-- ( -36.20, z-score =  -3.02, R)
>dp4.chr3 1177196 105 + 19779522
UACUGUUCCCAAUCAAAGUCACAGACGCUUAUGG--GGUAUACGGGCGUCUGCCGGCUUAAUAUCAUGGGGUCAUGGGGAAUCAAAAGUGUAGAAACACUGUUGAAC--
.....(((((.....(((((.((((((((..((.--....))..))))))))..))))).....((((....)))))))))((((.(((((....))))).))))..-- ( -36.50, z-score =  -3.53, R)
>droAna3.scaffold_13266 5549230 90 + 19884421
UACUGUUCCCAAUCAUAGUCACAAAUGCGCGUG---GAGAUUCGAGCAUCUGCCGGCUUAAUAUCAUGGGGUAA-GUUUUGUUGAAAAUGUUUC---------------
.(((..(((((.....((((.((.((((.((..---......)).)))).))..))))........)))))..)-)).................--------------- ( -16.72, z-score =   0.89, R)
>droEre2.scaffold_4845 21433758 97 - 22589142
UGUUGUUCCCAAUCAUAGUCACAGGUGCCCGUGG--GGAUUGCAAGCACCUGCCGGCUUAAUAUCAUGGGG----UACUUCG--UAAACGGCAACUGAGUGCCAA----
........(((.....((((.(((((((..(..(--...)..)..)))))))..))))........)))((----(((((.(--(........)).)))))))..---- ( -27.92, z-score =   0.45, R)
>droYak2.chr2R 20035295 94 - 21139217
UGUUGUUCCCAAUCAUAGUCACAGGUGCCCGUGG--GGAUUGCAAGCACCUGCCGGCUUAAUAUCAUGGGG----UAGUUCG--UAUA---AACCCAGUUCCCAA----
......(((((.....((((.(((((((..(..(--...)..)..)))))))..))))........)))))----.......--....---..............---- ( -21.32, z-score =   1.28, R)
>droSec1.super_5 310899 97 - 5866729
UGCUGUUCCCAAUCAUAGUCACAGGUGCCCGUGG--GGAUUGCAAGCACCUGCCGGCUUAAUAUCAUGGGG----UACUUCG--CAAACGGCAACUGGAUGCCAA----
(((.(((((((.....((((.(((((((..(..(--...)..)..)))))))..))))........)))))----.))...)--))...((((......))))..---- ( -30.22, z-score =   0.21, R)
>droSim1.chr2R 18553095 97 - 19596830
UGCUGUUCCCAAUCAUAGUCACAGGUGCCCGUGG--GGAUUGCAAGCACCUGCCGGCUUAAUAUCAUGGGG----UACUUCG--CAAACGGCGACUGGAUGCCAA----
(((.(((((((.....((((.(((((((..(..(--...)..)..)))))))..))))........)))))----.))...)--))...((((......))))..---- ( -29.02, z-score =   0.74, R)
>consensus
UACUGUUCCCAAUCAUAGUCACAGAUGCCCGUGG__GGAUUACAAGCACCUGCCGGCUUAAUAUCAUGGGGU___UACUUCG__CAAAUGUCAACUGGUUGUCAA____
......(((((.....((((.(((((((...((.........)).)))))))..))))........)))))...................................... (-18.81 = -17.84 +  -0.96) 

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