Locus 5230

Sequence ID dm3.chr2R
Location 18,738,268 – 18,738,384
Length 116
Max. P 0.633800
window7176 window7177

overview

Window 6

Location 18,738,268 – 18,738,382
Length 114
Sequences 13
Columns 114
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 77.41
Shannon entropy 0.52003
G+C content 0.51009
Mean single sequence MFE -42.82
Consensus MFE -14.11
Energy contribution -14.28
Covariance contribution 0.17
Combinations/Pair 1.39
Mean z-score -2.17
Structure conservation index 0.33
Background model dinucleotide
Decision model sequence based alignment quality
SVM decision value 0.30
SVM RNA-class probability 0.633800
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>dm3.chr2R 18738268 114 - 21146708
UGAUGCAGCGCUCCAUUGGCCUGCUGCUUAUCCAAUUGCAGUCGAAUUUUGACUGCAUACUGCAGCAGCAGCGCUUCCUUGAGUGCAUUUGUCGUUCGGAUGUGGGCGAUAUUU
.......((((((....(((((((((((........(((((((((...)))))))))......)))))))).))).....))))))...(((((((((....)))))))))... ( -47.44, z-score =  -3.30, R)
>droPer1.super_2 4406903 114 - 9036312
UGAUGCAGCGGUCCAUUGGGCUGCUGCUCGUUCAGUUGCAGUCGAACUUUGACUGCAUUCUGCAGCAACAGAGAUUUCUGGACUGCAUCUGCCGCUCAGAUGUCGGCGACAUUU
.((.((((((((((...))))))))))))(((.((.(((((((.....(((.((((.....)))))))(((......)))))))))).))(((((......).))))))).... ( -48.60, z-score =  -3.04, R)
>dp4.chr3 4219955 114 - 19779522
UGAUGCAGCGGUCCAUUGGGCUGCUGCUCGUUCAGUUGCAGUCGAACUUUGACUGCAUUCUGCAGCAACAGAGAUUUCUGGACUGCAUCUGCCGCUCAGAUGUAGGCGACAUUU
.((.((((((((((...))))))))))))((((((.(((((((((...)))))))))..))).)))..(((......)))..(((((((((.....)))))))))......... ( -50.00, z-score =  -3.56, R)
>droAna3.scaffold_13266 15077365 114 - 19884421
UCAUUCAGCGCUCCAUAGCACUGCUGCUUAUUCAACUCCAGAGCAACUUCGACUGCAUCCUGCAACAGCAACGCUUCCUCGAUUGCAUCUGCCGCUCGGAUGUGGGCGAUAUUU
........(((.((((((((....))).........(((.((((.........(((.....)))...((((((......)).)))).......)))))))))))))))...... ( -28.00, z-score =   0.25, R)
>droEre2.scaffold_4845 20102271 114 - 22589142
UGAUGCAGCGCUCCAUUGGCCUGCUGCUUAUCCAACUGCAGUCGAAUUUUGACUGCAUUCUGCAGCAGCAGCGCUUCCUUGAGUGCAUCUGUCGUUCGGAUGUGGGCGACAUUU
.......((((((....(((((((((((........(((((((((...)))))))))......)))))))).))).....))))))...(((((((((....)))))))))... ( -48.54, z-score =  -3.18, R)
>droYak2.chr2R 18702741 114 - 21139217
UCAUGCAGCGGUCCAUUGGCCUGCUGCUCAUUCAACUGCAGUCGAAUUUUGACUGCAUUCUGCAGCAACAGCGCUUCCUCGAGUGCAUCUGUCGUUCGGAUGUGGGCGACAUUU
....(((((((((....)))).))))).........(((((((((...))))))))).............((((((....))))))...(((((((((....)))))))))... ( -41.30, z-score =  -1.58, R)
>droSec1.super_9 2037162 114 - 3197100
UGAUGCAGCGCUCCAUUGGCCUGCUGCUCAUCCAAUUGCAGUCGAAUUUUGACUGCAUACUGCAGCAGCAGCGCUUCCUUGAGUGCAUCUGUCGUUCGGAUGUGGGCGAUAUUU
.......((((((....(((((((((((((......(((((((((...)))))))))...)).)))))))).))).....))))))...(((((((((....)))))))))... ( -48.00, z-score =  -3.01, R)
>droSim1.chr2R 17332433 114 - 19596830
UGAUGCAGCGCUCCAUUGGCCUGCUGCUCAUCCAAUUGCAGUCGAAUUUUGACUGCAUACUGCAGCAGCAGCGCUUCCUGGAGUGCAUCUGUCGUUCGGAUGUCGGCGAUAUUU
...(((.((((((((..(((((((((((((......(((((((((...)))))))))...)).)))))))).)))...))))))))(((((.....)))))....)))...... ( -51.20, z-score =  -3.90, R)
>droWil1.scaffold_180700 2890756 114 + 6630534
UGAUGAAGAGUUCCAUUAACCUGCUUCUCACACAAUUGGAAAAGAAUUUCGAUUGCAUUCUGCAACAAGAAAGAUUUCUUAAUUGCAUUUGUCGCUCAGAUGUGGGUGAUAUUU
(((.((((.(((.....)))...)))))))..(((((((((.....))))))))).....(((((.(((((....)))))..)))))..(((((((((....)))))))))... ( -25.40, z-score =  -0.48, R)
>droVir3.scaffold_12875 13481031 114 - 20611582
UGCUGCAGCGCUGCAUUGGACUGCUGCUCAUUCAGCUCGAAGCCAACUUCGACUGCAUUAUGCAGCAGCAAAAGUUUCUCGACUGCAUCUGCCGCUCGGAUGUGGGCGACAUUU
((((((.((((.(((......))).)).....(((.((((((....)))))))))......)).))))))........(((.(..((((((.....))))))..).)))..... ( -39.40, z-score =  -0.46, R)
>droMoj3.scaffold_6496 6918712 114 - 26866924
UGAUGCAGCGCUGCAUUGGGCUGCUGCUGCUGCAGCUGCAGACGAACUUCGACUGCGUUCUGCAGCAGCAGAAGUUUCUGGAGUGCAUCUGCCGCUCGGAUGUGGGCGACAUUU
((.(((.(((((.((..(((((.((((((((((((.(((((.((.....)).)))))..)))))))))))).))))).)).))))).....((((......))))))).))... ( -54.60, z-score =  -2.37, R)
>droGri2.scaffold_15245 572832 114 + 18325388
UGAUGCAACGCUGCAUUGGACUACUCCUGAUGCAGCUGCAAUCCAAUUUCGAUUGCAUUAUGCAGCAACAGAAAUUUCUCGAGUGCAUUUGUCGCUCGGAUGUGGGCGACAUUU
...((((..(((((((((((....))).))))))))(((((((.......)))))))...))))(((...((......))...)))...(((((((((....)))))))))... ( -43.20, z-score =  -3.51, R)
>anoGam1.chrU 54660854 101 - 59568033
-----CGAUGCAUCAUCAG-CUGCUGCUUCUGCAAUCGUACGUCCGCUGUGAC----UUUCGCUGCUUC-CUGGUGGCUGGGAUGGAUUU--CGAGCGGAUGUUAAAGAUGUGC
-----....(((.((((((-(....)))(((((..(((...((((((.(((..----...))).)).((-(..(...)..))).))))..--)))))))).......))))))) ( -31.00, z-score =  -0.00, R)
>consensus
UGAUGCAGCGCUCCAUUGGCCUGCUGCUCAUUCAAUUGCAGUCGAAUUUUGACUGCAUUCUGCAGCAGCAGAGCUUCCUGGAGUGCAUCUGUCGCUCGGAUGUGGGCGACAUUU
....((((((...........)))))).......................(.((((.....)))))..................(((((((.....)))))))........... (-14.11 = -14.28 +   0.17)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 7

Location 18,738,270 – 18,738,384
Length 114
Sequences 13
Columns 114
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 76.59
Shannon entropy 0.54116
G+C content 0.52080
Mean single sequence MFE -43.49
Consensus MFE -14.11
Energy contribution -14.28
Covariance contribution 0.17
Combinations/Pair 1.39
Mean z-score -2.06
Structure conservation index 0.32
Background model dinucleotide
Decision model sequence based alignment quality
SVM decision value 0.15
SVM RNA-class probability 0.566149
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>dm3.chr2R 18738270 114 - 21146708
GUUGAUGCAGCGCUCCAUUGGCCUGCUGCUUAUCCAAUUGCAGUCGAAUUUUGACUGCAUACUGCAGCAGCAGCGCUUCCUUGAGUGCAUUUGUCGUUCGGAUGUGGGCGAUAU
.........((((((....(((((((((((........(((((((((...)))))))))......)))))))).))).....))))))...(((((((((....))))))))). ( -47.44, z-score =  -3.09, R)
>droPer1.super_2 4406905 114 - 9036312
GAUGAUGCAGCGGUCCAUUGGGCUGCUGCUCGUUCAGUUGCAGUCGAACUUUGACUGCAUUCUGCAGCAACAGAGAUUUCUGGACUGCAUCUGCCGCUCAGAUGUCGGCGACAU
(((((.((((((((((...))))))))))))))).((.(((((((.....(((.((((.....)))))))(((......)))))))))).))(((((......).))))..... ( -49.80, z-score =  -3.14, R)
>dp4.chr3 4219957 114 - 19779522
GAUGAUGCAGCGGUCCAUUGGGCUGCUGCUCGUUCAGUUGCAGUCGAACUUUGACUGCAUUCUGCAGCAACAGAGAUUUCUGGACUGCAUCUGCCGCUCAGAUGUAGGCGACAU
(((((.((((((((((...)))))))))))))))(((.(((((((((...)))))))))..)))..((..(((......)))..(((((((((.....)))))))))))..... ( -51.20, z-score =  -3.67, R)
>droAna3.scaffold_13266 15077367 114 - 19884421
CGUCAUUCAGCGCUCCAUAGCACUGCUGCUUAUUCAACUCCAGAGCAACUUCGACUGCAUCCUGCAACAGCAACGCUUCCUCGAUUGCAUCUGCCGCUCGGAUGUGGGCGAUAU
..........(((.((((((((....))).........(((.((((.........(((.....)))...((((((......)).)))).......))))))))))))))).... ( -28.00, z-score =   0.69, R)
>droEre2.scaffold_4845 20102273 114 - 22589142
GGUGAUGCAGCGCUCCAUUGGCCUGCUGCUUAUCCAACUGCAGUCGAAUUUUGACUGCAUUCUGCAGCAGCAGCGCUUCCUUGAGUGCAUCUGUCGUUCGGAUGUGGGCGACAU
.........((((((....(((((((((((........(((((((((...)))))))))......)))))))).))).....))))))...(((((((((....))))))))). ( -48.54, z-score =  -2.64, R)
>droYak2.chr2R 18702743 114 - 21139217
GGUCAUGCAGCGGUCCAUUGGCCUGCUGCUCAUUCAACUGCAGUCGAAUUUUGACUGCAUUCUGCAGCAACAGCGCUUCCUCGAGUGCAUCUGUCGUUCGGAUGUGGGCGACAU
.(((....(((((((....)))).)))((((((.....(((((((((...))))))))).((((.(((.(((((((((....))))))...))).))))))).))))))))).. ( -41.80, z-score =  -1.23, R)
>droSec1.super_9 2037164 114 - 3197100
GAUGAUGCAGCGCUCCAUUGGCCUGCUGCUCAUCCAAUUGCAGUCGAAUUUUGACUGCAUACUGCAGCAGCAGCGCUUCCUUGAGUGCAUCUGUCGUUCGGAUGUGGGCGAUAU
.........((((((....(((((((((((((......(((((((((...)))))))))...)).)))))))).))).....))))))...(((((((((....))))))))). ( -48.00, z-score =  -2.74, R)
>droSim1.chr2R 17332435 114 - 19596830
GAUGAUGCAGCGCUCCAUUGGCCUGCUGCUCAUCCAAUUGCAGUCGAAUUUUGACUGCAUACUGCAGCAGCAGCGCUUCCUGGAGUGCAUCUGUCGUUCGGAUGUCGGCGAUAU
.....(((.((((((((..(((((((((((((......(((((((((...)))))))))...)).)))))))).)))...))))))))(((((.....)))))....))).... ( -51.20, z-score =  -3.57, R)
>droWil1.scaffold_180700 2890758 114 + 6630534
GCUGAUGAAGAGUUCCAUUAACCUGCUUCUCACACAAUUGGAAAAGAAUUUCGAUUGCAUUCUGCAACAAGAAAGAUUUCUUAAUUGCAUUUGUCGCUCAGAUGUGGGUGAUAU
..(((.((((.(((.....)))...)))))))..(((((((((.....))))))))).....(((((.(((((....)))))..)))))..(((((((((....))))))))). ( -25.50, z-score =  -0.26, R)
>droVir3.scaffold_12875 13481033 114 - 20611582
GCUGCUGCAGCGCUGCAUUGGACUGCUGCUCAUUCAGCUCGAAGCCAACUUCGACUGCAUUAUGCAGCAGCAAAAGUUUCUCGACUGCAUCUGCCGCUCGGAUGUGGGCGACAU
((((((((((.((.(((......))).)).)...(((.((((((....))))))))).....))))))))).........(((.(..((((((.....))))))..).)))... ( -45.40, z-score =  -1.80, R)
>droMoj3.scaffold_6496 6918714 114 - 26866924
GCUGAUGCAGCGCUGCAUUGGGCUGCUGCUGCUGCAGCUGCAGACGAACUUCGACUGCGUUCUGCAGCAGCAGAAGUUUCUGGAGUGCAUCUGCCGCUCGGAUGUGGGCGACAU
((.(((((...(((.((..(((((.((((((((((((.(((((.((.....)).)))))..)))))))))))).))))).)).)))))))).))((((((....)))))).... ( -55.60, z-score =  -2.11, R)
>droGri2.scaffold_15245 572834 114 + 18325388
UUUGAUGCAACGCUGCAUUGGACUACUCCUGAUGCAGCUGCAAUCCAAUUUCGAUUGCAUUAUGCAGCAACAGAAAUUUCUCGAGUGCAUUUGUCGCUCGGAUGUGGGCGACAU
.....((((..(((((((((((....))).))))))))(((((((.......)))))))...))))(((...((......))...)))...(((((((((....))))))))). ( -43.20, z-score =  -3.51, R)
>anoGam1.chrU 54660856 101 - 59568033
-----GUCGAUGCAUCAUCAG-CUGCUGCUUCUGCAAUCGUACGUCCGCUGUGAC----UUUCGCUGCUUC-CUGGUGGCUGGGAUGGAUUU--CGAGCGGAUGUUAAAGAUGU
-----((.((.(((.((....-.)).))).)).)).(((..(((((((((.(((.----.(((((..((..-..))..))......)))..)--)))))))))))....))).. ( -29.70, z-score =   0.33, R)
>consensus
GAUGAUGCAGCGCUCCAUUGGCCUGCUGCUCAUUCAAUUGCAGUCGAAUUUUGACUGCAUUCUGCAGCAGCAGAGCUUCCUGGAGUGCAUCUGUCGCUCGGAUGUGGGCGACAU
......((((((...........)))))).......................(.((((.....)))))..................(((((((.....)))))))......... (-14.11 = -14.28 +   0.17)

alignment

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