| Sequence ID | dm3.chr2L |
|---|---|
| Location | 3,685,049 – 3,685,196 |
| Length | 147 |
| Max. P | 0.891209 |
| Location | 3,685,049 – 3,685,196 |
|---|---|
| Length | 147 |
| Sequences | 12 |
| Columns | 152 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 87.92 |
| Shannon entropy | 0.25416 |
| G+C content | 0.51276 |
| Mean single sequence MFE | -50.64 |
| Consensus MFE | -37.85 |
| Energy contribution | -38.13 |
| Covariance contribution | 0.28 |
| Combinations/Pair | 1.02 |
| Mean z-score | -2.09 |
| Structure conservation index | 0.75 |
| Background model | dinucleotide |
| Decision model | sequence based alignment quality |
| SVM decision value | 1.10 |
| SVM RNA-class probability | 0.891209 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>dm3.chr2L 3685049 147 - 23011544 -UCCCGUUGGAUUUUCCCGACU-CACGGGUUAUUGAACAGGCGUGCGC-AGCGGAAGGCG-UUCUACUUAAUGUUUUGGAUGGAAAACGUUUAAAUUCCAUUGGCGCACUUCCGGUC-AGCGGAUGUCGUGUGCGCCAGCGGAAACAUUAAG -.((.(((.(((...((((...-..))))..))).))).)).(.((((-..(....))))-).)..((((((((((((((((.....))))))))((((.(((((((((.((((...-..))))......))))))))).)))))))))))) ( -54.10, z-score = -2.35, R) >droSim1.chr2L 3642496 147 - 22036055 -UCCCGUUGGGUUUUCCCGACU-CACGGGUUAUUGAACAGGCGUGCGC-AGCGGAAGGCG-UUCUACUUAAUGUUUUGGAUGGAAAACGUUUAAAUUCCAUUGGCGCACUUCCGGUC-AGCGGAUGUCGUGUGCGCCAGCGGAAACAUUAAG -.(((((.(((((.....))))-)))))).....((((..((....))-.((.....)))-)))..((((((((((((((((.....))))))))((((.(((((((((.((((...-..))))......))))))))).)))))))))))) ( -55.10, z-score = -2.36, R) >droSec1.super_5 1780654 147 - 5866729 -UCCCGUUGGAUUUUCCCGACU-CACGGGUUAUUGAACAGGCGUGCGC-AGCGGAAGGCG-UUCUACUUAAUGUUUUGGAUGGAAAACGUUUAAAUUCCAUUGGCGCACUUCCGGUC-AGCGGAUGUCGUGUGCGCCAGCGGAAACAUUAAG -.((.(((.(((...((((...-..))))..))).))).)).(.((((-..(....))))-).)..((((((((((((((((.....))))))))((((.(((((((((.((((...-..))))......))))))))).)))))))))))) ( -54.10, z-score = -2.35, R) >droYak2.chr2L 3678931 147 - 22324452 -UCCCGUUGGAUUUUCCCGACU-CACGGGUUAUUGAACAGGCGUGCGC-AGCGGAAGGCG-UUCUACUUAAUGUUUUGGAUGGAAAACGUUUAAAUUCCAUUGGCGCACUUCCGGUC-AGCGGAUGUCGUGUGCGCCAGCGGAAACAUUAAG -.((.(((.(((...((((...-..))))..))).))).)).(.((((-..(....))))-).)..((((((((((((((((.....))))))))((((.(((((((((.((((...-..))))......))))))))).)))))))))))) ( -54.10, z-score = -2.35, R) >droEre2.scaffold_4929 3721676 148 - 26641161 UCCCCGUUGGAUUUUCCCGACU-CACGGGUUAUUGAACAGGCGUGCGC-AGCGGAAGGCG-UUCUACUUAAUGUUUUGGAUGGAAAACGUUUAAAUUCCAUUGGCGCACUUCCGGUC-AGCGGAUGUCGUGUGCGCCAGCGGAAACAUUAAG ..((.(((.(((...((((...-..))))..))).))).)).(.((((-..(....))))-).)..((((((((((((((((.....))))))))((((.(((((((((.((((...-..))))......))))))))).)))))))))))) ( -54.30, z-score = -2.24, R) >droAna3.scaffold_12916 5741490 148 - 16180835 AUUCGCCGGGCUUUUCCCGACU-CACGGGUUAUUGAACAGGCGUGCCC-AGCGGAAGGCG-UUCUACUUAAUGUUUUGGAUGGAAAACGUUUAAAUUCCAUUGGCGCACUUCCGGUC-ACCGGAUGUCGUGUGCGCCAGCGGAAACAUUAAG .(((((.((((....((((...-..)))).......((....))))))-.))))).....-.....((((((((((((((((.....))))))))((((.(((((((((.(((((..-.)))))......))))))))).)))))))))))) ( -57.40, z-score = -2.94, R) >dp4.chr4_group3 6647295 148 + 11692001 -UCCUGCGGUGCUCUCUCCUCU-CACGGGUUAUUGAACAGGCGUGCGC-AACGGAAGGCGGUUCUACUUAAUGUUUUGGAUGGAAAACGUUUAAAUUCCAUUGGCGCACUUCCGGUC-AGCGGAUGUCGUGUGCGCCAGCGGAAACAUUAAG -..((((.((((...(.(((.(-((........)))..))).).))))-..(....))))).....((((((((((((((((.....))))))))((((.(((((((((.((((...-..))))......))))))))).)))))))))))) ( -51.20, z-score = -1.57, R) >droPer1.super_1 3746800 147 + 10282868 --CCUGCGGUGCUCUCUCCUCU-CACGGGUUAUUGAACAGGCGUGCGC-AACGGAAGGCGGUUCUACUUAAUGUUUUGGAUGGAAAACGUUUAAAUUCCAUUGGCGCACUUCCGGUC-AGCGGAUGUCGUGUGCGCCAGCGGAAACAUUAAG --.((((.((((...(.(((.(-((........)))..))).).))))-..(....))))).....((((((((((((((((.....))))))))((((.(((((((((.((((...-..))))......))))))))).)))))))))))) ( -51.20, z-score = -1.59, R) >droWil1.scaffold_180708 9441863 139 - 12563649 -------------UUCUCGGCUGCACGGACUAUUGAACAGGCGUGCCCUAACGGAAGGCGUUUCUACUUAAUGUCUUGGAUGGAAAACGUUUAAAUUCCAUUGGCGCACUUCCGGUCAACCGGAUGUCGUGUGCGCCAGCGGAAACAUUAAG -------------....((.(((((((..((.......)).)))))((....)).)).))......((((((((.(((((((.....))))))).((((.(((((((((.(((((....)))))......))))))))).)))))))))))) ( -51.70, z-score = -3.32, R) >droVir3.scaffold_12963 15041215 125 - 20206255 -----------------------CACGGGCUAUUGAGCAGGCGUGCGC-AGCGGAAGACGAUUC-AGUUAAUGUUUUGGAU-GAAAACGUUUAAAUUCCAUUGGCGCACAUCCGGUC-AGCGGAUGUCGUGUGCGCCAGCGGAAACAUUAAG -----------------------.............((.((((..(((-.((.(((.....)))-.(((((((.(((((((-(....))))))))...)))))))))(((((((...-..))))))).)))..)))).))(....)...... ( -43.90, z-score = -2.06, R) >droMoj3.scaffold_6500 18016385 125 - 32352404 -----------------------CACGGGCUAUUGAGCAGGCGUGCGC-AGCGGAAGACGAUUC-AGUUAAUGUUUUGGAU-GAAAACGUUUAAAUUCCAUUGGCGCACUUCCGGUC-AGCGGAUGUCGUGUGCGCCAGCGGAAACAUUAAG -----------------------((((.(((....)))...))))((.-..(....).))....-..((((((((((((((-(....))))))))((((.(((((((((.((((...-..))))......))))))))).))))))))))). ( -40.70, z-score = -0.99, R) >droGri2.scaffold_15126 4051771 126 + 8399593 -----------------------CACGGGCUAUUGAACAGGCGUGCGC-AGCGGAAGACGUUUC-AGUUAAUGUUUUGGAUGAAAAACGUUUAAAUUCCAUUGGCGCACUUCCGGUC-AGCGGAUGUCGUGUGCGCCAGCGGAAACAUUAAG -----------------------..((.(((........))).)).(.-((((.....)))).)-..(((((((((((((((.....))))))))((((.(((((((((.((((...-..))))......))))))))).))))))))))). ( -39.90, z-score = -0.94, R) >consensus _UCCCGUUGG_UUUUCCCGACU_CACGGGUUAUUGAACAGGCGUGCGC_AGCGGAAGGCG_UUCUACUUAAUGUUUUGGAUGGAAAACGUUUAAAUUCCAUUGGCGCACUUCCGGUC_AGCGGAUGUCGUGUGCGCCAGCGGAAACAUUAAG .......................((((.(((....)))...))))......(....)..........(((((((((((((((.....))))))))((((.(((((((((.((((......))))......))))))))).))))))))))). (-37.85 = -38.13 + 0.28)
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