Locus 5214

Sequence ID dm3.chr2R
Location 18,612,786 – 18,612,899
Length 113
Max. P 0.945410
window7154 window7155

overview

Window 4

Location 18,612,786 – 18,612,899
Length 113
Sequences 15
Columns 116
Reading direction forward
Mean pairwise identity 78.72
Shannon entropy 0.50625
G+C content 0.55906
Mean single sequence MFE -42.01
Consensus MFE -23.15
Energy contribution -23.44
Covariance contribution 0.29
Combinations/Pair 1.74
Mean z-score -1.78
Structure conservation index 0.55
Background model dinucleotide
Decision model sequence based alignment quality
SVM decision value 1.51
SVM RNA-class probability 0.945410
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>dm3.chr2R 18612786 113 + 21146708
CAUCGAUCACGUGGGUGCCCACCUCGGUGGGCACGAACUCGAUGCGAGCAGCACCAU---UUGCCGCCUCGUGGGUGACUCUGGCGUUCAGCUUUGACUUGCUAGGAGUCAAAACU
......((((((..((((((((....))))))))..))..((.(((.((((......---))))))).)))))).(((((((((((.((......))..))))).))))))..... ( -46.10, z-score =  -2.18, R)
>droSim1.chr2R 17208239 113 + 19596830
CAUCGAUCACGUGGGUGCCCACCUCGGUGGGCACGAACUCGAUGCGAGCAGCACCAU---UUGCCGCCUCGUGGGUGACUCUGGCGUUCAGCUUUGACUUGCUAGGAGUCAAAACC
.(((((....((..((((((((....))))))))..)))))))((((((.(((....---.))).).)))))((.(((((((((((.((......))..))))).))))))...)) ( -46.70, z-score =  -2.33, R)
>droSec1.super_9 1914850 113 + 3197100
CAUCGAUCACGUGGGUGCCCACCUCGGUGGGCACGAACUCGAUGCGAGCAGCACCAU---UUGCCGCCUCGUGGGUGACUCUGGCGUUCAGCUUUGACUUGCUAGGAGUCAAAACC
.(((((....((..((((((((....))))))))..)))))))((((((.(((....---.))).).)))))((.(((((((((((.((......))..))))).))))))...)) ( -46.70, z-score =  -2.33, R)
>droYak2.chr2R 16078462 113 + 21139217
CAUCGAUCACGUGGGUGCCCACCUCGGUGGGCACGAACUCGAUGCGAGCAGCACCAU---UUGCCGCCUCAUGGGUGACUCUGGCGUUCAGCUUUGACUUGCUAGGAGUCAAAACC
((((((....((..((((((((....))))))))..)))))))).((((.(((....---.))).).)))..((.(((((((((((.((......))..))))).))))))...)) ( -45.40, z-score =  -2.27, R)
>droEre2.scaffold_4845 19974604 113 + 22589142
CAUCGAUCACGUGGGUGCCCACCUCGGUGGGCACGAACUCGAUGCGAGCAGCACCAU---UUGCCGCCUCAUGGGUGACUCUGGCGUUCAGCUUUGACUUGCUAGGAGUCAAAACC
((((((....((..((((((((....))))))))..)))))))).((((.(((....---.))).).)))..((.(((((((((((.((......))..))))).))))))...)) ( -45.40, z-score =  -2.27, R)
>droAna3.scaffold_13266 14953782 113 + 19884421
CAUCGAUGACGUGGGUGCCCACCUCUGUGGGCACGAACUCGAUGCGUGCAGCACCAU---UUGCCGCCUCGUGGGUGACUCUGGCGUUGAGCUUUGACUUACUGGGAGUCAAAACC
((((((....((..((((((((....))))))))..)))))))).((.((((.(((.---..(.((((.....)))).)..))).)))).))((((((((.....))))))))... ( -43.90, z-score =  -1.81, R)
>dp4.chr3 4092486 113 + 19779522
CAUCGAUGACGUGCGUUCCCACUUCCGUGGGGACGAACUCGAUGCGUGCAGCACCAU---UUGCCGCCUCAUGGGUGACUCUGGCGUUCAGCUUUGACUUGUUGGGAGUCAAAACC
((((.((((((..(((((((((....)))))))))....))..(((.((((......---))))))).)))).))))....((((.((((((........)))))).))))..... ( -41.10, z-score =  -1.37, R)
>droPer1.super_2 4279544 113 + 9036312
CAUCGAUGACGUGCGUUCCCACUUCCGUGGGGACGAACUCGAUGCGUGCAGCACCAU---UUGCCGCCUCAUGGGUGACUCUGGCGUUCAGCUUUGACUUGUUGGGAGUCAAAACC
((((.((((((..(((((((((....)))))))))....))..(((.((((......---))))))).)))).))))....((((.((((((........)))))).))))..... ( -41.10, z-score =  -1.37, R)
>droWil1.scaffold_180700 2652387 113 - 6630534
CAUCGAUAAUGUGGGUACCCACCUCGGUGGGGACAAACUCAAUGCGUGCAGCACCAU---UUGCCGCCUCAUGGGUGACUCUGGCAUUCAGUUUUGACUUGUUUGGCGUCAAUACC
..........((((((.(((((....))))).))........(((.....)))))))---(((.((((..(..(((.(..(((.....)))...).)))..)..)))).))).... ( -32.70, z-score =   0.32, R)
>droMoj3.scaffold_6496 9245244 113 + 26866924
CAUCAAUGAUGUGCGUGCCCACCUCGGUGGGCACGAACUCAAUGCGUGCAGCACCAU---UUGCCGCCUCAUGGGUGACUCUGGCAUUCAGCUUUGACUUGUUUGGGGUCAAGACC
......(((.((.(((((((((....))))))))).)))))..(((.((((......---))))))).....((.((((((..(((.((......))..)).)..))))))...)) ( -42.50, z-score =  -1.41, R)
>droVir3.scaffold_12875 13832415 113 + 20611582
CAUCAAUGAUGUGCGUGCCCACUUCGGUGGGCACGAACUCAAUGCGUGCAGCACCAU---UUGCCGCCUCAUGGGUGACUCUGGCAUUCAGCUUUGACUUGCUUGGAGUCAAGACC
......(((.((.(((((((((....))))))))).)))))..(((.((((......---))))))).....((.(((((((((((.((......))..))).))))))))...)) ( -46.60, z-score =  -2.95, R)
>droGri2.scaffold_15245 922884 113 - 18325388
CAUCAAUGAUGUGCGUGCCCACUUCGGUGGGCACGAACUCAAUGCGUGCAGCACCAU---UUGCCGCCUCAUGGGUGACUCUGGCAUUCAGCUUUGACUUGUUGGGUGUCAAAACC
((((.((((.((.(((((((((....))))))))).)).....(((.((((......---))))))).)))).))))....(((((((((((........)))))))))))..... ( -49.30, z-score =  -3.77, R)
>anoGam1.chr2L 40172616 113 + 48795086
CUUCGAUAAUGUGCGUGCCGACCUCCGACGGGACGAACUCGAUCCGGAGCGAACCGU---UGGCCGACUCGUGCGUCACCCGGGCGGACACUUUGGUCUUGCUCGGGGAGAGCACG
..........((.((.((((((.(((..((((.((....)).))))..).))...))---)))))))).(((((.((.(((((((((((......))).))))))))))..))))) ( -47.50, z-score =  -1.12, R)
>apiMel3.Group10 2588888 116 + 11440700
CUUCUACAAGAUGACUACCUACUUCUAUUGGAGUGAAUUCAACACGAAAUUCUCCAGAUCUUCCUGAUACUUCAUCAAUUUUUGCUUGUAUAUAUCUUUUAGAAGGUGCUAAAAAU
((((((.((((((..(((.........((((((.((.(((.....))).)))))))).......((((.....))))..........)))..)))))).))))))........... ( -20.80, z-score =  -1.27, R)
>triCas2.ChLG3 14294167 112 + 32080666
CUUCAAUGAUGUGAGUCCCGACCUCCGUCGGCACAAACUCCACACUUUGAACUCCGG---UGCGAUUUCCGGGGAGCACUCUCGCCGGCACCGACCUUUUGCUGGGCGCAAUCAC-
.(((((.(.(((((((.(((((....))))).....))).))))).)))))...(((---((((....)(((.(((....))).))))))))).....((((.....))))....- ( -34.30, z-score =  -0.64, R)
>consensus
CAUCGAUGACGUGGGUGCCCACCUCGGUGGGCACGAACUCGAUGCGUGCAGCACCAU___UUGCCGCCUCAUGGGUGACUCUGGCGUUCAGCUUUGACUUGCUAGGAGUCAAAACC
..............((((((((....))))))))..(((((..(((.((((.........)))))))....)))))...(((((((.............))))))).......... (-23.15 = -23.44 +   0.29)

alignment

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Window 5

Location 18,612,786 – 18,612,899
Length 113
Sequences 15
Columns 116
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 78.72
Shannon entropy 0.50625
G+C content 0.55906
Mean single sequence MFE -41.17
Consensus MFE -20.46
Energy contribution -20.15
Covariance contribution -0.31
Combinations/Pair 1.71
Mean z-score -1.77
Structure conservation index 0.50
Background model dinucleotide
Decision model sequence based alignment quality
SVM decision value 1.10
SVM RNA-class probability 0.890717
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>dm3.chr2R 18612786 113 - 21146708
AGUUUUGACUCCUAGCAAGUCAAAGCUGAACGCCAGAGUCACCCACGAGGCGGCAA---AUGGUGCUGCUCGCAUCGAGUUCGUGCCCACCGAGGUGGGCACCCACGUGAUCGAUG
((((((((((.......))))))))))...(((((..(((.((.....)).)))..---.)))))....(((.((((.((..((((((((....))))))))..)).))))))).. ( -45.00, z-score =  -2.49, R)
>droSim1.chr2R 17208239 113 - 19596830
GGUUUUGACUCCUAGCAAGUCAAAGCUGAACGCCAGAGUCACCCACGAGGCGGCAA---AUGGUGCUGCUCGCAUCGAGUUCGUGCCCACCGAGGUGGGCACCCACGUGAUCGAUG
((((((((((.......))))))))))...(((((..(((.((.....)).)))..---.)))))....(((.((((.((..((((((((....))))))))..)).))))))).. ( -45.00, z-score =  -2.23, R)
>droSec1.super_9 1914850 113 - 3197100
GGUUUUGACUCCUAGCAAGUCAAAGCUGAACGCCAGAGUCACCCACGAGGCGGCAA---AUGGUGCUGCUCGCAUCGAGUUCGUGCCCACCGAGGUGGGCACCCACGUGAUCGAUG
((((((((((.......))))))))))...(((((..(((.((.....)).)))..---.)))))....(((.((((.((..((((((((....))))))))..)).))))))).. ( -45.00, z-score =  -2.23, R)
>droYak2.chr2R 16078462 113 - 21139217
GGUUUUGACUCCUAGCAAGUCAAAGCUGAACGCCAGAGUCACCCAUGAGGCGGCAA---AUGGUGCUGCUCGCAUCGAGUUCGUGCCCACCGAGGUGGGCACCCACGUGAUCGAUG
((((((((((.......))))))))))...(((((..(((.((.....)).)))..---.)))))....(((.((((.((..((((((((....))))))))..)).))))))).. ( -45.00, z-score =  -2.33, R)
>droEre2.scaffold_4845 19974604 113 - 22589142
GGUUUUGACUCCUAGCAAGUCAAAGCUGAACGCCAGAGUCACCCAUGAGGCGGCAA---AUGGUGCUGCUCGCAUCGAGUUCGUGCCCACCGAGGUGGGCACCCACGUGAUCGAUG
((((((((((.......))))))))))...(((((..(((.((.....)).)))..---.)))))....(((.((((.((..((((((((....))))))))..)).))))))).. ( -45.00, z-score =  -2.33, R)
>droAna3.scaffold_13266 14953782 113 - 19884421
GGUUUUGACUCCCAGUAAGUCAAAGCUCAACGCCAGAGUCACCCACGAGGCGGCAA---AUGGUGCUGCACGCAUCGAGUUCGUGCCCACAGAGGUGGGCACCCACGUCAUCGAUG
((((((((((.......))))))))))((.(((((..(((.((.....)).)))..---.))))).))....((((((((..((((((((....))))))))..))....)))))) ( -42.60, z-score =  -2.33, R)
>dp4.chr3 4092486 113 - 19779522
GGUUUUGACUCCCAACAAGUCAAAGCUGAACGCCAGAGUCACCCAUGAGGCGGCAA---AUGGUGCUGCACGCAUCGAGUUCGUCCCCACGGAAGUGGGAACGCACGUCAUCGAUG
((((((((((.......))))))))))...(((((..(((.((.....)).)))..---.))))).......((((((((.(((.(((((....))))).))).))....)))))) ( -43.30, z-score =  -2.55, R)
>droPer1.super_2 4279544 113 - 9036312
GGUUUUGACUCCCAACAAGUCAAAGCUGAACGCCAGAGUCACCCAUGAGGCGGCAA---AUGGUGCUGCACGCAUCGAGUUCGUCCCCACGGAAGUGGGAACGCACGUCAUCGAUG
((((((((((.......))))))))))...(((((..(((.((.....)).)))..---.))))).......((((((((.(((.(((((....))))).))).))....)))))) ( -43.30, z-score =  -2.55, R)
>droWil1.scaffold_180700 2652387 113 + 6630534
GGUAUUGACGCCAAACAAGUCAAAACUGAAUGCCAGAGUCACCCAUGAGGCGGCAA---AUGGUGCUGCACGCAUUGAGUUUGUCCCCACCGAGGUGGGUACCCACAUUAUCGAUG
((((.((((.........))))(((((.(((((.....(((....))).((((((.---....))))))..))))).)))))...(((((....)))))))))............. ( -34.30, z-score =  -0.79, R)
>droMoj3.scaffold_6496 9245244 113 - 26866924
GGUCUUGACCCCAAACAAGUCAAAGCUGAAUGCCAGAGUCACCCAUGAGGCGGCAA---AUGGUGCUGCACGCAUUGAGUUCGUGCCCACCGAGGUGGGCACGCACAUCAUUGAUG
(((....)))........(((((((((.(((((.....(((....))).((((((.---....))))))..))))).))))(((((((((....))))))))).......))))). ( -41.80, z-score =  -1.69, R)
>droVir3.scaffold_12875 13832415 113 - 20611582
GGUCUUGACUCCAAGCAAGUCAAAGCUGAAUGCCAGAGUCACCCAUGAGGCGGCAA---AUGGUGCUGCACGCAUUGAGUUCGUGCCCACCGAAGUGGGCACGCACAUCAUUGAUG
((...((((((...(((..(((....))).)))..)))))).)).....((((((.---....))))))...((.(((((.(((((((((....))))))))).)).))).))... ( -43.60, z-score =  -2.20, R)
>droGri2.scaffold_15245 922884 113 + 18325388
GGUUUUGACACCCAACAAGUCAAAGCUGAAUGCCAGAGUCACCCAUGAGGCGGCAA---AUGGUGCUGCACGCAUUGAGUUCGUGCCCACCGAAGUGGGCACGCACAUCAUUGAUG
(((((((((.........))))))))).(((((.....(((....))).((((((.---....))))))..)))))((((.(((((((((....))))))))).)).))....... ( -41.80, z-score =  -2.09, R)
>anoGam1.chr2L 40172616 113 - 48795086
CGUGCUCUCCCCGAGCAAGACCAAAGUGUCCGCCCGGGUGACGCACGAGUCGGCCA---ACGGUUCGCUCCGGAUCGAGUUCGUCCCGUCGGAGGUCGGCACGCACAUUAUCGAAG
(((((..((((((.((..(((......))).)).)))).)).))))).(((((((.---.(((((((...)))))))..((((......)))))))))))................ ( -41.30, z-score =  -0.14, R)
>apiMel3.Group10 2588888 116 - 11440700
AUUUUUAGCACCUUCUAAAAGAUAUAUACAAGCAAAAAUUGAUGAAGUAUCAGGAAGAUCUGGAGAAUUUCGUGUUGAAUUCACUCCAAUAGAAGUAGGUAGUCAUCUUGUAGAAG
...........((((((.(((((...(((..((.....((((((...)))))).......(((((...(((.....)))....)))))......))..)))...))))).)))))) ( -21.90, z-score =  -0.38, R)
>triCas2.ChLG3 14294167 112 - 32080666
-GUGAUUGCGCCCAGCAAAAGGUCGGUGCCGGCGAGAGUGCUCCCCGGAAAUCGCA---CCGGAGUUCAAAGUGUGGAGUUUGUGCCGACGGAGGUCGGGACUCACAUCAUUGAAG
-....((((.....))))..(((((((.((((.(((....))).))))..)))).)---))....(((((.((((((.....((.(((((....))))).))))))))..))))). ( -38.60, z-score =  -0.27, R)
>consensus
GGUUUUGACUCCUAGCAAGUCAAAGCUGAACGCCAGAGUCACCCAUGAGGCGGCAA___AUGGUGCUGCACGCAUCGAGUUCGUGCCCACCGAGGUGGGCACCCACGUCAUCGAUG
(((.(((((.........))))).)))..........(((.((.....)).)))......((((((.....)))))).((..((.(((((....))))).))..)).......... (-20.46 = -20.15 +  -0.31)

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