| Sequence ID | dm3.chr2R |
|---|---|
| Location | 18,494,007 – 18,494,143 |
| Length | 136 |
| Max. P | 0.522258 |
| Location | 18,494,007 – 18,494,143 |
|---|---|
| Length | 136 |
| Sequences | 15 |
| Columns | 136 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 83.21 |
| Shannon entropy | 0.38431 |
| G+C content | 0.55196 |
| Mean single sequence MFE | -52.46 |
| Consensus MFE | -31.52 |
| Energy contribution | -31.51 |
| Covariance contribution | -0.02 |
| Combinations/Pair | 1.45 |
| Mean z-score | -1.48 |
| Structure conservation index | 0.60 |
| Background model | dinucleotide |
| Decision model | sequence based alignment quality |
| SVM decision value | 0.06 |
| SVM RNA-class probability | 0.522258 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>dm3.chr2R 18494007 136 - 21146708 UGCCGAGCAACAGAAGGGGCUCCUGCAGUUUGUAUUGCAGGACCUUGGGUUCAAUCUGCUCCAGAGGACGACCGUUCACCUUCAGGAGGCCGUUGCCACGCUUGCAGUAAGCGACGGCGGUGGCGGUUUUCUACAA (((...)))...(((((((.(((((((((....)))))))))))...((((...((((...))))....)))).....)))))((((((((((..((.((.((((.....))))))..))..)))))))))).... ( -56.40, z-score = -2.11, R) >droGri2.scaffold_15245 10582989 136 + 18325388 UGCCGAGCAGCAAAAGUGGCUCCUGCAAUUUGUAUUGCAGCACUUUGGGCUCAAUUUGGUCCAAGGGACGUCCGUUCACCUUGAGGAGACCGCUGCCGCGCUUGCAGUAAGCAACGGCAGUUGCGGUUUUCUGUAA .((((((.(((.((((((....(((((((....)))))))))))))..)))...)))))).((((((((....).)).)))))(((((((((((((((.(((((...)))))..)))))...)))))))))).... 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( -59.00, z-score = -1.09, R) >droWil1.scaffold_181009 3491999 136 + 3585778 UGCCGAGCAACAAAAGUGGCUCCUGCAAUUUGUAUUGCAAAACUUUGGGUUCAAUUUGUUCCAAGGGACGUCCAUUGACCUUCAGUAGACCGCUGCCACGCUUGCAGUAAGCGACUGCAGUGGCGGUUUUCUAUAA ....((((.((....)).)))).((((((....))))))..(((..((((.((((.(((((....)))))...))))))))..)))(((..((((((((...((((((.....))))))))))))))..))).... ( -47.30, z-score = -2.38, R) >droPer1.super_2 7302956 136 - 9036312 UGCCGAGCAACAAGAGAGGCUCCUGCAGUUUGUACUGCAGAACUUUGGGCUCAAUCUGCUCCAGAGGGCGUCCGUUCACCUUCAGGAGACCACUGCCACGCUUGCAAUAUGCGACAGCGGUGGCGGUUUUCUGCAA .(((((((..(....)..))))(((((((....)))))))..((((((((.......)).))))))))).............(((((((((.(..((.(..((((.....))))..).))..).)))))))))... ( -54.80, z-score = -2.00, R) >dp4.chr3 7103369 136 - 19779522 UGCCGAGCAACAAGAGAGGCUCCUGCAGUUUGUACUGCAGAACUUUGGGCUCAAUCUGCUCCAGAGGGCGUCCGUUCACCUUCAGGAGACCACUGCCACGCUUGCAAUAUGCGACAGCGGUGGCGGUUUUCUGCAA .(((((((..(....)..))))(((((((....)))))))..((((((((.......)).))))))))).............(((((((((.(..((.(..((((.....))))..).))..).)))))))))... ( -54.80, z-score = -2.00, R) >droAna3.scaffold_13266 12620238 136 + 19884421 UGCCGAGCAACAGGAGAGGCUCCUGCAGUUUGUAUUGCAGAACCUUGGGUUCAAUCUGCUCCAGGGGACGUCCGUUCACCCUCAGGAGACCGUUGCCACGCUUGCAGUAGGCGACGGCGGUGGCGGUUUUCUGUAA ....(((((..(((((...)))))(((((....))))).(((((...)))))....))))).(((((((....).)).))))(((((((((((..((.((.((((.....))))))..))..)))))))))))... ( -55.20, z-score = -1.42, R) >droEre2.scaffold_4845 15126580 136 + 22589142 UGCCGAGCAACAGAAGGGGCUCCUGCAGUUUGUAUUGCAGGACCUUGGGUUCAAUCUGCUCCAGAGGACGACCGUUCACCUUCAGGAGGCCGUUGCCACGCUUGCAGUAAGCGACGGCGGUGGCGGUUUUCUGCAA ......((....(((((((.(((((((((....)))))))))))...((((...((((...))))....)))).....)))))((((((((((..((.((.((((.....))))))..))..)))))))))))).. ( -58.70, z-score = -2.26, R) >droYak2.chr2R 15956650 136 - 21139217 UGCCGAGCAACAGAAGGGGCUCCUGCAGUUUGUAUUGCAGGACCUUGGGUUCAAUCUGCUCCAGGGGACGACCGUUCACCUUCAGGAGGCCGUUGCCACGCUUGCAGUAAGCGACGGCGGUGGCGGUUUUCUGCAA ......((....(((((...(((((((((....)))))))))((((((((.......)).))))))............)))))((((((((((..((.((.((((.....))))))..))..)))))))))))).. ( -59.60, z-score = -2.23, R) >droSec1.super_9 1792642 136 - 3197100 UGCCGAGCAACAGAAGGGGCUCCUGCAGUUUGUAUUGCAGGACCUUGGGUUCAAUCUGCUCCAGAGGACGACCGUUCACCUUCAGGAGGCCGUUGCCACGCUUGCAGUAAGCGACGGCGGUGGCGGUUUUCUACAA (((...)))...(((((((.(((((((((....)))))))))))...((((...((((...))))....)))).....)))))((((((((((..((.((.((((.....))))))..))..)))))))))).... ( -56.40, z-score = -2.11, R) >droSim1.chr2R 17079038 136 - 19596830 UGCCGAGCAACAGAAGGGGCUCCUGCAGUUUGUAUUGCAGGACCUUGGGUUCAAUCUGCUCCAGAGGACGACCGUUCACCUUCAGGAGGCCGUUGCCACGCUUGCAGUAAGCGACGGCGGUGGCGGUUUUCUACAA (((...)))...(((((((.(((((((((....)))))))))))...((((...((((...))))....)))).....)))))((((((((((..((.((.((((.....))))))..))..)))))))))).... ( -56.40, z-score = -2.11, R) >anoGam1.chr3L 17668397 136 + 41284009 UGCCGAGCAGCAGCAGCGGCUCCUGCAGCUUGUAGCGCAGGAUCUUCGGCUCGAUCUGGUCCAGCGGGCGGCCAUUGAUACGCAGCAGUCCCUUUCCGCGCUUGCAGUGUGCAACGGCGGUGGCAGUUUUCUACGA (((((.((.((..(((.(((((((((.((.....))...(((((.(((...)))...))))).))))).)))).)))....)).)).........((((..((((.....))))..)))))))))........... ( -47.00, z-score = 2.68, R) >apiMel3.Group5 7411688 136 + 13386189 UGCCGAGUAACAAAAUAGGUUCUUGUAAUUUGUAUUGCAAUACACGAGGUUCAACUAAUUCCAGUGGACGUCCAUUAACUCGAAGAUUUCCACGGCCUCGUUUGCAAUAAGCAACUGCAGUUGCACUUUUCUAUAA ...(((((.((((.........)))).)))))((((((((...((((((((............(((((.(((............))).))))))))))))))))))))).(((((....)))))............ ( -34.10, z-score = -2.03, R) >triCas2.ChLG2 11473170 136 - 12900155 UGCCUAGAAGUAAGAUUGGUUCUUGCAACUUAUCCUGGAGCAUUUUGGGCUCAACUUGGCUCAAAGGGCGCCCAUUUACCCUCAAGAUACCCUUGCCGCGCUUGCAGUAAGCUACAGCAGUGGCAGAUUUCUGAAA ....(((((((......((((((((..........(((.((.(((((((((......))))))))).))..)))........))))).))).((((((((((.((.....))...))).))))))))))))))... ( -40.57, z-score = 0.01, R) >consensus UGCCGAGCAACAGAAGGGGCUCCUGCAGUUUGUAUUGCAGGACCUUGGGUUCAAUCUGCUCCAGAGGACGUCCGUUCACCUUCAGGAGGCCGUUGCCACGCUUGCAGUAAGCGACGGCGGUGGCGGUUUUCUGCAA .(((((((..(....)..))))(((((((....))))))).......)))....((((...))))((....))..........(((((((...((((((((((((.....)))..))).))))))))))))).... (-31.52 = -31.51 + -0.02)
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