| Sequence ID | dm3.chr2R |
|---|---|
| Location | 18,057,842 – 18,057,953 |
| Length | 111 |
| Max. P | 0.950871 |
| Location | 18,057,842 – 18,057,953 |
|---|---|
| Length | 111 |
| Sequences | 13 |
| Columns | 118 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 79.56 |
| Shannon entropy | 0.46943 |
| G+C content | 0.56683 |
| Mean single sequence MFE | -42.87 |
| Consensus MFE | -19.21 |
| Energy contribution | -19.69 |
| Covariance contribution | 0.48 |
| Combinations/Pair | 1.40 |
| Mean z-score | -2.43 |
| Structure conservation index | 0.45 |
| Background model | dinucleotide |
| Decision model | sequence based alignment quality |
| SVM decision value | 1.57 |
| SVM RNA-class probability | 0.950871 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>dm3.chr2R 18057842 111 - 21146708 --AACGCCCUCCGAGGAGCUGAGGGAGAUGAGCGAGUUACGCUUGAGUGUGCCCGAGGCAAUAGAUUCGGUAUCUCCGCCGGAGAUGCUCAGAUUAUUGCCCAGUCGGGCUCC----- --..(.(((((.(.....).))))).)..(((((.....)))))......((((((((((((((.((.(((((((((...))))))))).)).))))))))...))))))...----- ( -46.60, z-score = -2.49, R) >anoGam1.chr3L 31945672 94 + 41284009 -----------------CAUCACCUCCAUUAAAGGA-CGCUCCCGACAGCUGCUGUUGCUGCUGCUGGUG-AUGAUGGUGAGACAAGCUAACGCUACUGCUCAGCGACGUAUU----- -----------------((((((((((......)))-.......(.((((.((....)).))))).))))-))).((.((((.(((((....)))..)))))).)).......----- ( -31.70, z-score = -1.98, R) >droGri2.scaffold_15245 11822663 113 + 18325388 CCAACACCCUCCGAUGAGCUGAGUGAGAUGAGCGAAUUGCGUUUCAGUGUGCCCGAGGCAAUAGAUUCUGUAUCUCCGCCAGAGAUGCUUAGAUUAUUGCCCAAACGGGCACC----- .................((((((...(((......)))....))))))(((((((.((((((((.((..(((((((.....)))))))..)).))))))))....))))))).----- ( -38.10, z-score = -3.38, R) >droMoj3.scaffold_6496 11731849 111 + 26866924 --GACGCCCUCCGAGGAGCUGAGCGAGAUAAGCGAAUUGCGCUUAAGUGUACCCGAGGCAAUAGAUUCUGUAUCUCCGGCCGAGAUGCUAAGAUUAUUGCACAGACGAGCACC----- --..(((((((....)))..).)))...((((((.....)))))).((((.......(((((((.((..(((((((.....)))))))..)).)))))))........)))).----- ( -31.46, z-score = -1.05, R) >droVir3.scaffold_12875 11721274 111 - 20611582 --GACGCCCUCGGAGGAGCUGAGCGAGAUGAGCGAAUUGCGCUUUAGUGUGCCUGAGGCAAUAGAUUCUGUAUCUCCGGCGGAGAUGCUAAGAUUAUUGCCUAGGCGGGCACC----- --...((((........((((((((..((......))..))).)))))..((((.(((((((((.((..((((((((...))))))))..)).)))))))))))))))))...----- ( -47.90, z-score = -3.37, R) >droWil1.scaffold_180699 1434692 111 - 2593675 --GACGCCCUCGGAUGAACUGAGCGAGAUGAGGGAAUUGCGCUUGAGAGUGCCCGAGGCAAUAGAUUCUGUAUCUCCGCCAGAGAUGCUAAGAUUAUUACCCAAACGGGCACU----- --......((((......).(((((..((......))..))))))))((((((((.((.(((((.((..(((((((.....)))))))..)).))))).))....))))))))----- ( -35.10, z-score = -1.87, R) >droPer1.super_37 466903 116 + 760358 --GACGCCCUCCGAGGAGCUGAGCGAGAUUAGAGAGUUGCGCUUUAGGGUGCCCGAGGCAAUAGAUUCCGUAUCUCCGCCGGAGAUGCUCAGAUUAUUGCCCGGCCUUACCCCUCCAA --............((((..(((((..(((....)))..)))))..(((((.(((.((((((((.((..((((((((...))))))))..)).)))))))))))...))))))))).. ( -43.30, z-score = -2.27, R) >dp4.chr3 488608 116 + 19779522 --GACGCCCUCCGAGGAGCUGAGCGAGAUUAGAGAGUUGCGCUUUAGGGUGCCCGAGGCAAUAGAUUCCGUAUCUCCGCCGGAGAUGCUCAGAUUAUUGCCCGGGCGGACCCCUCCAA --............((((..(((((..(((....)))..)))))..(((((((((.((((((((.((..((((((((...))))))))..)).)))))))))))))..)))))))).. ( -49.10, z-score = -2.76, R) >droAna3.scaffold_13266 9145028 113 + 19884421 CCAACGCCCUCCGAGGAGCUCAGGGAGAUGAGAGAGUUCCGCUUGAGCGUUCCCGAGGCAAUAGAUUCGGUAUCUCCGCCGGAGAUGCUCAGAUUAUUGCCCAGUCGGGCGCC----- ....(((((..((.(((((((((((..((......))..).)))))))..))))).((((((((.((.(((((((((...))))))))).)).)))))))).....)))))..----- ( -48.00, z-score = -2.59, R) >droEre2.scaffold_4845 12197266 111 - 22589142 --AACGCCCUCCGAGGAGCUGAGGGAGAUGAGCGAGUUGCGCUUCAGUGUGCCCGAGGCAAUAGAUUCGGUAUCUCCGCCGGAGAUGCUCAGAUUAUUGCCCAGUCGGGCUCC----- --..(.(((((.(.....).))))).).((((((.....))).)))....((((((((((((((.((.(((((((((...))))))))).)).))))))))...))))))...----- ( -46.40, z-score = -1.99, R) >droYak2.chr2R 17803874 111 - 21139217 --AACGCCCUCCGAGGAGCUGAGGGAGAUGAGCGAGUUGCGCUUCAGUGUGCCCGAGGCAAUAGAUUCGGUAUCUCCGCCGGAGAUGCUCAGAUUAUUGCCCAGUCGGGCUCC----- --..(.(((((.(.....).))))).).((((((.....))).)))....((((((((((((((.((.(((((((((...))))))))).)).))))))))...))))))...----- ( -46.40, z-score = -1.99, R) >droSec1.super_9 1368158 111 - 3197100 --AACGCCCUCCGAAGAGCUGAGGGAGAUGAGCGAGUUACGCUUGAGUGUGCCCGAGGCAAUAGAUUCGGUAUCUCCGCCGGAGAUGCUCAGAUUAUUGCCCAGUCGGGCUCC----- --..(.(((((.(.....).))))).)..(((((.....)))))......((((((((((((((.((.(((((((((...))))))))).)).))))))))...))))))...----- ( -46.60, z-score = -2.94, R) >droSim1.chr2R_random 2749917 111 - 2996586 --AACGCCCUCCGAAGAGCUGAGGGAGAUGAGCGAGUUACGCUUGAGUGUGCCCGAGGCAAUAGAUUCGGUAUCUCCGCCGGAGAUGCUCAGAUUAUUGCCCAGUCGGGCUCC----- --..(.(((((.(.....).))))).)..(((((.....)))))......((((((((((((((.((.(((((((((...))))))))).)).))))))))...))))))...----- ( -46.60, z-score = -2.94, R) >consensus __AACGCCCUCCGAGGAGCUGAGCGAGAUGAGCGAGUUGCGCUUGAGUGUGCCCGAGGCAAUAGAUUCGGUAUCUCCGCCGGAGAUGCUCAGAUUAUUGCCCAGUCGGGCACC_____ ........(((....)))....................((((....))))....(.((((((((.((..(((((((.....)))))))..)).)))))))))................ (-19.21 = -19.69 + 0.48)
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