| Sequence ID | dm3.chr2R |
|---|---|
| Location | 17,085,947 – 17,086,121 |
| Length | 174 |
| Max. P | 0.812262 |
| Location | 17,085,947 – 17,086,121 |
|---|---|
| Length | 174 |
| Sequences | 12 |
| Columns | 182 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 66.57 |
| Shannon entropy | 0.74097 |
| G+C content | 0.47428 |
| Mean single sequence MFE | -53.63 |
| Consensus MFE | -25.08 |
| Energy contribution | -25.05 |
| Covariance contribution | -0.03 |
| Combinations/Pair | 1.48 |
| Mean z-score | -0.72 |
| Structure conservation index | 0.47 |
| Background model | dinucleotide |
| Decision model | sequence based alignment quality |
| SVM decision value | 0.77 |
| SVM RNA-class probability | 0.812262 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>dm3.chr2R 17085947 174 - 21146708 CUGGCAGCCACACUGGCUCAACUGCGACUUGGUCAGAUCGAUGACCUGCAGGUGGCACAUAUUCGCCAGGCUGUCGAUCCUGAAGUUCUGCAGCGGAUUCAUCGAGGCAUUCAGUUGCCAGAGUUCU----GAAGAGAAUCGUUCAAUAUUAGAUAGAUUCCAUAUAUCUACAUAUCU---- (((((((((.....))))....(((.(((((((((......)))))...)))).))).......)))))(((((.((.........)).)))))(((.(((((..((((......)))).((.((((----....))))))...........))).)).)))................---- ( -52.30, z-score = -0.34, R) >droSim1.chr2R 15736405 173 - 19596830 CUGGCAGCCACACUGGCUCAACUGCGACUUGGUCAGAUCGAUGACCUGCAGGUGGCACAUAUUCGCCAGGCUGUCGAUCUUGAAGUCCUGCAGCGGAUUCAUCGAGGCAUUCAGUUGCCAGAGCUCU----GAAGAGGAUUGUUCGGUAUUAGAUAGAUU-CAUAUCUUAACAUAACU---- ((((((((.....((.(((..(((((((((.(..((((((((..(((((..(((.....)))..).))))..))))))))).)))))..))))..((....))))).))....))))))))..(((.----...)))....(((..((...(((((....-..)))))..))..))).---- ( -54.00, z-score = -0.20, R) >droSec1.super_9 412343 173 - 3197100 CUGGCAGCCGCACUGGCUCAACUGCGACUUGGUCAGAUCGAUGACCUGCAGGUGGCACAUAUUCGCCAGGCUGUCGAUCCUGAAAUCCUGCAGCGGAUUCAUCGAGGCAUUCAGUUGCCAGAGUUCU----AAAGAGGAUUGUUGAGUAUUAGAUAGAUU-CAUAUCUCAACAUAACU---- ((((((((....(((((.....(((.(((((((((......)))))...)))).))).......)))))(((.((((...((((.(((......)))))))))))))).....))))))))((((((----....))))))((((((.....((.....)-)....))))))......---- ( -56.30, z-score = -1.05, R) >droYak2.chr2R 9028917 173 + 21139217 CUGGCAGCCACACUGGCUCAGCUGCGACUUGGUCAGAUCGAUGACCUGCAGGUGGCACAUAUUAGCCAGGCUGUCGAUCCUGAAGUUCUCCAGCGGAUUCAUCGAGGCAUUUAGUUGCCAUAGCUCU----GAAGAGGAUUGCUCAAUUUUAGAUAGAUU-UAUAUCUUUAGAGACGU---- .(((((((.....((.(((.((((.((.....((((((((((..(((((..(((.....)))..).))))..)))))).)))).....)))))).((....))))).))....)))))))..(((((----(((((.((((..((.......))..))))-....))))))))).)..---- ( -54.80, z-score = -0.48, R) >droEre2.scaffold_4845 11228651 173 - 22589142 CUGGCAGCCACACUUGCUCAGCUCCGACUUGGUCAGAUCGAUGACCUGCAGAUGGCACAUAUUCGCCAGGCUGUCGAUGCUGAAGUUAUGCAGCGGAUUCAUCGAGGCGUUUAGUUGCCAGAGCUCU----GAAGGGGAUUGAUCGACUUGAGAUGAAUU-CAUAUCUUUAGAGAGGC---- ((((((((.......(((((((..((((..(((((......))))).((...((((........)))).)).))))..)))).))).((((..(((.....)))..))))...))))))))..((((----((((((((((.(((.......))).))))-)...)))))))))....---- ( -63.30, z-score = -1.63, R) >droAna3.scaffold_13266 4859371 182 - 19884421 CUGGCAGCCGCACUGACUGAUCUGCGUCUUGGUCAGAUCGAUGACCUGCAGGUGACAGAAGUUGGCCAGGCUGUCGACCUGGAAGUUAUCCAGAGGAUUCUUUGAAGCAUUCAGUUGCCAGAGCUCUACAAAAAUAGAAAUGUCAUACAGUGUUUCAACAAAUAAUGUUAAAAUAAAUAAUU ..(((((((...(..(((..(((((..((.(((((......)))))...))..).)))))))..)...)))))))((((((((.....))))).(((..(((((..(((......)))))))).)))..............)))......(((((.((((.....)))).)))))....... 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( -55.70, z-score = 1.73, R) >droWil1.scaffold_180701 3764188 173 + 3904529 CUGGCAACUGCACGAACUCAACUGGGUCCUUGUCAAAUCGAUGACACUCAAAUGGCAAAAGUUUGCCAAUCUAUCAAUGUUGAAGUUAUGCAACGGAUUCAUUGAGGCAUUCAAUUGCCAGAGUUCUGC--AAAAUAAACAAU--AAUUUUCCCUCAACUCAUCUCGUAGUGAAGCU----- ..(((...((((.((((((...(((((((.(((((......)))))......((((((....))))))..........((((........)))))))))))....((((......)))).)))))))))--)...........--..............((((......)))).)))----- ( -45.10, z-score = -2.16, R) >droVir3.scaffold_12875 14242739 173 - 20611582 CUGACAGACGCAGGCGUUGAUUUGAGUUCGUGUCAGAUCGAUGACUUUCAGAUGGCACAAAUUUGCCAGUUUGUCAAUGUUGAAGUCGCUCAACGGAUUCGCCGAGGCGUUCAGCUGCCAAAGAUCUGC--AAAGAAAGAUAA--AUCUCUUGUAUAUUUCAGCUAUAUCACAAGAU----- .(((((((((.((((((((((((((.......))))))))))).))).)...(((((......))))))))))))).((((((......))))))((..(((....))).))(((((....((((.(((--(((((.......--.))).))))).)))))))))............----- ( -49.90, z-score = -0.81, R) >droMoj3.scaffold_6496 9697976 153 - 26866924 CUGGCAGUCGCAUGAAUCGAUCUGCGUUCGCGUCAGAUCGAUGACUCGCAAAUGGCACAAAUUGGCCAGCUUCUCGAUGUGGAAGUUUGUCAAUGGAUUCGCCGAAACGUUUAGCUGCCAGAGAUCUGA--AAAGGCAACAAG--AAAUAUUAGCUA------------------------- ((((((((.((....(((((((((((....)).))))))))).....))...((((....((((((.(((((((......))))))).))))))......)))).........)))))))).(.(((..--..))))......--............------------------------- ( -50.80, z-score = -1.82, R) >droGri2.scaffold_15245 14221779 173 - 18325388 GUGGCAGUCGCAGGUGCUGAUCUGUGUUCUCGUCAGAUCGAUGACACUUAAAUGGCACAGAUUUGCCAAUUUGUCAAUGCUGAACUCCUUCAGUGGAUUCAUCGAGGCAUUCAGCUGCCACAGAUCUGC--CACACAAAACAC--AAUCAUUAGUUGAUUAUCCUAUCCUAUAAGCA----- (((((((((...((((((((...((((.((((...((((..(((((...((.(((((......))))).)))))))..((((((....)))))).))))...))))))))))))).)))...)).))))--))).........--(((((.....))))).................----- ( -54.10, z-score = -2.40, R) >consensus CUGGCAGCCGCACGGGCUCAACUGCGUCUUGGUCAGAUCGAUGACCUGCAGAUGGCACAUAUUCGCCAGGCUGUCGAUCUUGAAGUUCUGCAGCGGAUUCAUCGAGGCAUUCAGUUGCCAGAGUUCUGC__AAAGAGAAUUAUU_AAUUUUAGAUUAAUU_CAUAUCUUUAGAGACUU____ .((((((((.............((((....(((((......)))))))))..((((........)))))))))))).............................((((......))))............................................................... (-25.08 = -25.05 + -0.03)
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