Locus 496

Sequence ID dm3.chr2L
Location 3,463,261 – 3,463,428
Length 167
Max. P 0.995343
window668 window669

overview

Window 8

Location 3,463,261 – 3,463,428
Length 167
Sequences 9
Columns 184
Reading direction forward
Mean pairwise identity 67.07
Shannon entropy 0.66856
G+C content 0.55717
Mean single sequence MFE -63.48
Consensus MFE -24.67
Energy contribution -25.13
Covariance contribution 0.47
Combinations/Pair 1.31
Mean z-score -2.48
Structure conservation index 0.39
Background model dinucleotide
Decision model sequence based alignment quality
SVM decision value 2.79
SVM RNA-class probability 0.995343
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>dm3.chr2L 3463261 167 + 23011544
UUGCUUACAAGUCAUCCGAGCCCGACAUGAUCUCCUCGAACAGUGAAUGGGCAUUGUCAGUGGCCGAUGAUCUGUCGCCAGCGGCAGAAUUGCUCCUGG------AUCCGCCACUGACAAGCUCAUCCACCGUGUCG--------AGGGCCGAGAAGUUGGCCCUUCCUCGGCGUGUUCGA---
................(((((.(..........((((((((.(((.((((((.(((((((((((((((.....))))((((.(((......))).))))------....))))))))))))))))).))).)).)))--------)))(((((((((......))).))))))).))))).--- ( -74.20, z-score =  -4.10, R)
>droAna3.scaffold_12943 2541833 170 - 5039921
UAGCUUACAAAUCGUCGGAGCCAGACAUUAUUUCCUCGAACAGCGAGUGCGCGUUGUCAGUGGCCGACUGUCUGUCGCCAGCGGCAGGAUUCUUUAUGG------AGCCGCCACUGACAAGCUCGUCGACCGUUUCA--------AGGGCUCCGAAGUUGGCUCUGCCCCGUCUCGUUCGGGCG
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>droEre2.scaffold_4929 3498101 165 + 26641161
--GCUUACAAGUCAUCCGAGCCCGACAUGAUCUCCUCGAACAGCGAGUGGGCAUUGUCAGUGGCCGAUGAUCUGUCGCCAGCGGCAGAAUUGCUCCUGG------AUCCACCACUGACAAGCUCAUCCACCGUGUCG--------AGGCCCGUGAAGUUGGCCCUUCCUCGGCGUGUUCUA---
--.......((.((((((((..(((((((.....((((.....))))(((((.((((((((((.((((.....))))((((.(((......))).))))------.....))))))))))))))).....)))))))--------.((((.........))))....))))).)))..)).--- ( -62.90, z-score =  -1.99, R)
>droYak2.chr2L 3450830 167 + 22324452
GAGCUUACAAGUCAUCCGAGCCCGACAUGAUCUCCUCGAACAGUGAGUGGGCAUUGUCAGUGGCCGAUGAUCUGUCGCCAGCGGCAGAAUUGCUCCUGG------AUCCGCCACUGACAAGCUCAUCCACCGUGUCG--------AGGCCCGAGAAGUUGGCCCUUCCUCGGCGUGUUCUA---
((((...............((((((((((.((.....))...(((..(((((.(((((((((((((((.....))))((((.(((......))).))))------....))))))))))))))))..))))))))))--------.)))((((((((......))).)))))...))))..--- ( -70.30, z-score =  -3.36, R)
>droSec1.super_129 25358 167 + 51580
UUGCUUACAAGUCAUCCGAGCCCGACAUGAUCUCCUCGAACAGUGACUGGGCAUUGUCAGUGGCCGAUGAUCUGUCGCCAGCGGCAGAAUUGCUCCUGG------AUCCGCCACUGACAAGCUCAUCAACCGUGUCG--------AGGGCCGAGAAGUUGGCCCUUCCUCGGCGUGUUCGA---
............((((((((..(((((((.((.....))....(((.(((((.(((((((((((((((.....))))((((.(((......))).))))------....)))))))))))))))))))..)))))))--------((((((((....))))))))..))))).))).....--- ( -70.40, z-score =  -3.09, R)
>droPer1.super_1 2415155 181 + 10282868
UUUCUUAUAAACCAUCAGAGCCCGACAUGAUCUCCUCGAACAGUGAAUGGGCAUUGUCAGUGGCCGACAAUCUGUCGCCAGCGGCAGAAUUGCUAAUGGCGGAGGAGCCACCACUGACCAGCUCAUCAAUGGUAUUGCGUGGGGCAAAACCACGUAGACGAGCACUCCUUUUGAUGGCAGG---
...........(((((((((((((.(((..((.....))...)))..)))))...((((((((..(.((((((((((....)))))).)))))...((((......))))))))))))..((((((.....)).((((((((.......))))))))..))))......))))))))....--- ( -65.50, z-score =  -2.23, R)
>dp4.chr4_group3 936686 181 + 11692001
UUUCUUAUAAACCAUCAGAGCCCGACAUGAUCUCCUCGAACAGUGAAUGGGCAUUGUCAGUGGCCGACAAUCUGUCGCCAGCGGCAGAAUUGCUAAUGGCGGAGGAGCCACCACUGACCAGCUCAUCAAUGGUAUUGCGUGGGGCAAAACCACGUAGACGAGCACUCCUUUUGAUGGCAGG---
...........(((((((((((((.(((..((.....))...)))..)))))...((((((((..(.((((((((((....)))))).)))))...((((......))))))))))))..((((((.....)).((((((((.......))))))))..))))......))))))))....--- ( -65.50, z-score =  -2.23, R)
>droMoj3.scaffold_6500 5396183 149 + 32352404
UUGCUUACAAAUC--------CGA-GAAGAUACGCUCCAAAAUGGCCUCAUCCUUGUCACCGUCCAUACUGCCGUCGCCAGCAGCAGCAUUAC---------------CAGCGCUGACAAGCAUAUCGGCCGACUUU--------CUGAGCACAUUGCGUUCCAUAUCUAACCUCUUGCGG---
............(--------(((-(((((((.((((..((((((((..((.(((((((.(((...((.(((.((.(....).)).))).)).---------------..))).))))))).))...)))))..)))--------..))))((.....))....)))))....))))).).--- ( -33.90, z-score =  -0.15, R)
>droVir3.scaffold_12963 15952014 150 + 20206255
UUGCUUACAGGUCGUCAUCUUCGUUGAGGAAAUACUCAAACAUGGCAUGCUCCUUGUCAGCGCCGAGGCU---GUCGCCAGCGGCAGCAUUGA---------------CGGCGCUGACAAGCUCAGCCGCAGACUUG--------AUGGACGAACCGCAAUCGGCAUCUAAUUCGG--------
.((((....((((((((((.((.(((((......)))))....(((.((...(((((((((((((..(((---((((....))))))).....---------------)))))))))))))..)))))...))...)--------)).)))).)))......))))..........-------- ( -63.20, z-score =  -3.74, R)
>consensus
UUGCUUACAAGUCAUCCGAGCCCGACAUGAUCUCCUCGAACAGUGAAUGGGCAUUGUCAGUGGCCGAUGAUCUGUCGCCAGCGGCAGAAUUGCUCCUGG______AUCCGCCACUGACAAGCUCAUCCACCGUGUCG________AGGGCCGAGAAGUUGGCCCUUCCUCGGCGUGUUCGA___
............................................((.((.((.((((((((((.......(((((((....)))))))........(((........))))))))))))))).))))......................................................... (-24.67 = -25.13 +   0.47)

alignment

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secondary structure

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dotplot

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Window 9

Location 3,463,261 – 3,463,428
Length 167
Sequences 9
Columns 184
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 67.07
Shannon entropy 0.66856
G+C content 0.55717
Mean single sequence MFE -66.97
Consensus MFE -25.77
Energy contribution -26.94
Covariance contribution 1.17
Combinations/Pair 1.36
Mean z-score -2.47
Structure conservation index 0.38
Background model dinucleotide
Decision model sequence based alignment quality
SVM decision value 2.67
SVM RNA-class probability 0.994152
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>dm3.chr2L 3463261 167 - 23011544
---UCGAACACGCCGAGGAAGGGCCAACUUCUCGGCCCU--------CGACACGGUGGAUGAGCUUGUCAGUGGCGGAU------CCAGGAGCAAUUCUGCCGCUGGCGACAGAUCAUCGGCCACUGACAAUGCCCAUUCACUGUUCGAGGAGAUCAUGUCGGGCUCGGAUGACUUGUAAGCAA
---((((.((.((((((.(((......)))))))))(((--------(((.((((((((((.(((((((((((((.(((------.(((((....)))))...(((....)))...))).))))))))))).)).))))))))))))))))......))))))(((.(.(.....).).))).. ( -77.50, z-score =  -4.23, R)
>droAna3.scaffold_12943 2541833 170 + 5039921
CGCCCGAACGAGACGGGGCAGAGCCAACUUCGGAGCCCU--------UGAAACGGUCGACGAGCUUGUCAGUGGCGGCU------CCAUAAAGAAUCCUGCCGCUGGCGACAGACAGUCGGCCACUGACAACGCGCACUCGCUGUUCGAGGAAAUAAUGUCUGGCUCCGACGAUUUGUAAGCUA
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>droEre2.scaffold_4929 3498101 165 - 26641161
---UAGAACACGCCGAGGAAGGGCCAACUUCACGGGCCU--------CGACACGGUGGAUGAGCUUGUCAGUGGUGGAU------CCAGGAGCAAUUCUGCCGCUGGCGACAGAUCAUCGGCCACUGACAAUGCCCACUCGCUGUUCGAGGAGAUCAUGUCGGGCUCGGAUGACUUGUAAGC--
---.......(((((((((((......))))..((.(((--------(((.((((((..((.(((((((((((((.(((------.(((((....)))))...(((....)))...))).))))))))))).)).))..))))))))))))...))........))))).))..........-- ( -69.10, z-score =  -2.34, R)
>droYak2.chr2L 3450830 167 - 22324452
---UAGAACACGCCGAGGAAGGGCCAACUUCUCGGGCCU--------CGACACGGUGGAUGAGCUUGUCAGUGGCGGAU------CCAGGAGCAAUUCUGCCGCUGGCGACAGAUCAUCGGCCACUGACAAUGCCCACUCACUGUUCGAGGAGAUCAUGUCGGGCUCGGAUGACUUGUAAGCUC
---..((.(...(((((.(((......)))))))).(((--------(((.((((((..((.(((((((((((((.(((------.(((((....)))))...(((....)))...))).))))))))))).)).))..)))))))))))).).)).....(((((.(.(.....).).))))) ( -71.30, z-score =  -2.69, R)
>droSec1.super_129 25358 167 - 51580
---UCGAACACGCCGAGGAAGGGCCAACUUCUCGGCCCU--------CGACACGGUUGAUGAGCUUGUCAGUGGCGGAU------CCAGGAGCAAUUCUGCCGCUGGCGACAGAUCAUCGGCCACUGACAAUGCCCAGUCACUGUUCGAGGAGAUCAUGUCGGGCUCGGAUGACUUGUAAGCAA
---((((.((.((((((.(((......)))))))))(((--------(((.(((((.(((..(((((((((((((.(((------.(((((....)))))...(((....)))...))).))))))))))).))...))))))))))))))......))))))(((.(.(.....).).))).. ( -69.90, z-score =  -2.36, R)
>droPer1.super_1 2415155 181 - 10282868
---CCUGCCAUCAAAAGGAGUGCUCGUCUACGUGGUUUUGCCCCACGCAAUACCAUUGAUGAGCUGGUCAGUGGUGGCUCCUCCGCCAUUAGCAAUUCUGCCGCUGGCGACAGAUUGUCGGCCACUGACAAUGCCCAUUCACUGUUCGAGGAGAUCAUGUCGGGCUCUGAUGGUUUAUAAGAAA
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>dp4.chr4_group3 936686 181 - 11692001
---CCUGCCAUCAAAAGGAGUGCUCGUCUACGUGGUUUUGCCCCACGCAAUACCAUUGAUGAGCUGGUCAGUGGUGGCUCCUCCGCCAUUAGCAAUUCUGCCGCUGGCGACAGAUUGUCGGCCACUGACAAUGCCCAUUCACUGUUCGAGGAGAUCAUGUCGGGCUCUGAUGGUUUAUAAGAAA
---...(((((((........(((((((...(((((.((((.....)))).))))).)))))))..((((((((((((......)))....(((((.(((.((....)).))))))))..)))))))))...((((...((.((.((.....)).))))..))))..))))))).......... ( -67.70, z-score =  -2.33, R)
>droMoj3.scaffold_6500 5396183 149 - 32352404
---CCGCAAGAGGUUAGAUAUGGAACGCAAUGUGCUCAG--------AAAGUCGGCCGAUAUGCUUGUCAGCGCUG---------------GUAAUGCUGCUGCUGGCGACGGCAGUAUGGACGGUGACAAGGAUGAGGCCAUUUUGGAGCGUAUCUUC-UCG--------GAUUUGUAAGCAA
---(((..(((((.((.((((........))))((((..--------(((((.((((..(((.(((((((.(((..---------------.....))((((((((....)))))))).....).))))))).))).))))))))).)))).)).))))-)))--------)............ ( -52.50, z-score =  -1.29, R)
>droVir3.scaffold_12963 15952014 150 - 20206255
--------CCGAAUUAGAUGCCGAUUGCGGUUCGUCCAU--------CAAGUCUGCGGCUGAGCUUGUCAGCGCCG---------------UCAAUGCUGCCGCUGGCGAC---AGCCUCGGCGCUGACAAGGAGCAUGCCAUGUUUGAGUAUUUCCUCAACGAAGAUGACGACCUGUAAGCAA
--------..........(((...((((((.(((((.((--------(........(((((..(((((((((((((---------------.....((((.((....)).)---)))..)))))))))))))...)).))).((((.(((......)))))))..)))))))).))))))))). ( -61.30, z-score =  -3.00, R)
>consensus
___CCGAACACGACGAGGAAGGGCCAACUUCGCGGCCCU________CGACACGGUGGAUGAGCUUGUCAGUGGCGGAU______CCAGGAGCAAUUCUGCCGCUGGCGACAGAUCAUCGGCCACUGACAAUGCCCAUUCACUGUUCGAGGAGAUCAUGUCGGGCUCGGAUGACUUGUAAGCAA
............................................................(((((.(((((((((((....................)))))))))))((((((((.....((.(.((((.((......)).)))).).)).)))).)))).)))))................. (-25.77 = -26.94 +   1.17)

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