| Sequence ID | dm3.chr2R |
|---|---|
| Location | 16,608,375 – 16,608,476 |
| Length | 101 |
| Max. P | 0.997478 |
| Location | 16,608,375 – 16,608,476 |
|---|---|
| Length | 101 |
| Sequences | 10 |
| Columns | 114 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 75.16 |
| Shannon entropy | 0.49538 |
| G+C content | 0.46253 |
| Mean single sequence MFE | -30.99 |
| Consensus MFE | -21.28 |
| Energy contribution | -20.30 |
| Covariance contribution | -0.98 |
| Combinations/Pair | 1.52 |
| Mean z-score | -2.41 |
| Structure conservation index | 0.69 |
| Background model | dinucleotide |
| Decision model | sequence based alignment quality |
| SVM decision value | 3.11 |
| SVM RNA-class probability | 0.997478 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>dm3.chr2R 16608375 101 + 21146708 -------AUUCGCUUUCUGCCAUUCUC--AUUGGCAUUCGGAAGCAUAAUUUAUGGGUU-GGCAAAGCGUCUAGGCCAUAAAUUAAUUGUCGCGCCUAAGUGCGCACGAUG--- -------....(((((((((((.....--..)))))...)))))).((((((((((.((-(((.....).)))).))))))))))((((((((((....))))).))))).--- ( -37.50, z-score = -3.89, R) >droSim1.chr2R 15269040 101 + 19596830 -------ACUCGCUUUCUGCCAUUCUC--AUUGGCAUUCGGAAGCAUAAUUUAUGGGUU-GGCAAAGCGUCUAGGCCAUAAAUUAAUUGUCGCGCCUAAGUGCGCACGAUG--- -------....(((((((((((.....--..)))))...)))))).((((((((((.((-(((.....).)))).))))))))))((((((((((....))))).))))).--- ( -37.50, z-score = -3.92, R) >droSec1.super_1 14161399 101 + 14215200 -------ACUCACUUUCUGCCAUUCUC--AUUGGCAUUCGGAAGCAUAAUUUAUGGGUU-GGCAAAGCGUCUAGGCCAUAAAUUAAUUGUCGCGCCUAAGUGCGCACGAUG--- -------.....((((((((((.....--..)))))...)))))..((((((((((.((-(((.....).)))).))))))))))((((((((((....))))).))))).--- ( -33.00, z-score = -2.92, R) >droYak2.chr2R 8553732 103 - 21139217 -------ACUCUCUUUCUGCUGUUCUCUCAUUGGCAUUCGGAAGCAUAAUUUAUGGGUU-GGCAAAGCGUCUAGGCCAUAAAUUAAUUGUCGCGCCUAAGUGCGCACGAUG--- -------.....((((((((((.........)))))...)))))..((((((((((.((-(((.....).)))).))))))))))((((((((((....))))).))))).--- ( -28.50, z-score = -1.32, R) >droEre2.scaffold_4845 10758283 100 + 22589142 --------AGCUCUUUCUGCCCUUCUC--AUUGGCAUUCGGAAGCAUAAUUUAUGGGUU-GGCAAAGCGUCUAGGCCAUAAAUUAAUUGUCGCGCCUAAGUGCGCACAAUG--- --------.(((((...((((......--...))))...)).))).((((((((((.((-(((.....).)))).))))))))))((((((((((....))))).))))).--- ( -32.10, z-score = -2.38, R) >droAna3.scaffold_13266 15913372 95 - 19884421 -------------UCGUUUGCGUUCUC--AUUGGCAUUCGCAAGCAUAAUUUAUGGGUU-GGCAAAGCGUCUAGGCCAUAAAUUAAUUGUCGCGCCUAAGCGCGCACACUG--- -------------..(((((((.....--.........))))))).((((((((((.((-(((.....).)))).))))))))))..((((((((....))))).)))...--- ( -32.34, z-score = -2.66, R) >droPer1.super_4 4742752 87 - 7162766 ---------------------AUUCUC--AUUGGCAUUCGCGGCCAUAAUUUAUGGGUU-GGCAGGACGUCUAGGCCAUAAAUUAAUUGUCGCGCCUAAGUGCGCACAGUG--- ---------------------.....(--((((((....(((((..((((((((((.((-(((.....).)))).))))))))))...)))))((......)))).)))))--- ( -29.30, z-score = -2.23, R) >dp4.chr3 11242746 87 - 19779522 ---------------------AUUCUC--AUUGGCAUUCGCGGCCAUAAUUUAUGGGUU-GGCAGGACGUCUAGGCCAUAAAUUAAUUGUCGCGCCUAAGUGCGCACAGUG--- ---------------------.....(--((((((....(((((..((((((((((.((-(((.....).)))).))))))))))...)))))((......)))).)))))--- ( -29.30, z-score = -2.23, R) >droWil1.scaffold_181141 4752455 111 + 5303230 AACUUCAACUCGACUGAAUUCCUUAUUCGGCUAGCAUCUUGUGGUAUAAUUUAUUACUUUGGCAAAACCCUUGGGCCAUAAAUUAAUUGUCGCGCCUAAGUGCGUUUGCUG--- ........((.(.((((((.....))))))).))......((((((.....))))))...((((((..(((((((((((((.....)))).).))))))).)..)))))).--- ( -24.00, z-score = -1.10, R) >droVir3.scaffold_12823 349341 84 - 2474545 ----------------------------GGUUUCUAAGUCCGGGCAUAAUUUAUGGCUU-GGCAAA-CGUCUGCGCCGUAAAUUAAUUGUCGCGCCUAAGUGCGUCGAGCAGUU ----------------------------((.........))..((.(((((((((((..-(((...-.)))...))))))))))).(((.(((((....))))).))))).... ( -26.40, z-score = -1.43, R) >consensus _________UC_CUUUCUGCCAUUCUC__AUUGGCAUUCGGAAGCAUAAUUUAUGGGUU_GGCAAAGCGUCUAGGCCAUAAAUUAAUUGUCGCGCCUAAGUGCGCACAAUG___ .............................((((((...........((((((((((.((.(((.....))).)).))))))))))......((((....)))))).)))).... (-21.28 = -20.30 + -0.98)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Tue Apr 19 22:38:59 2011