| Sequence ID | dm3.chr2R |
|---|---|
| Location | 16,130,395 – 16,130,502 |
| Length | 107 |
| Max. P | 0.569473 |
| Location | 16,130,395 – 16,130,502 |
|---|---|
| Length | 107 |
| Sequences | 14 |
| Columns | 107 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 79.97 |
| Shannon entropy | 0.46532 |
| G+C content | 0.52203 |
| Mean single sequence MFE | -37.65 |
| Consensus MFE | -15.35 |
| Energy contribution | -14.90 |
| Covariance contribution | -0.45 |
| Combinations/Pair | 1.61 |
| Mean z-score | -1.93 |
| Structure conservation index | 0.41 |
| Background model | dinucleotide |
| Decision model | sequence based alignment quality |
| SVM decision value | 0.16 |
| SVM RNA-class probability | 0.569473 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>dm3.chr2R 16130395 107 + 21146708 UACAGUUUUGACUCUGUGAGCCAGUUGAAGGACUGCGGCUUGCGAUCGGAUGACGGGCUGAUGGCCACAUUAAUGAUGGUUGGCCUGUCGGUGAGCUGAUUGGCCGC ...((((((....(((.....)))....))))))(((((...(((((((.(((((((((...(((((((....)).)))))))))))))).....)))))))))))) ( -39.80, z-score = -2.09, R) >anoGam1.chr3L 39100251 107 - 41284009 UAAAGCUUCGAUUCUGUAAGCCACUUAAAAUCUUGCGGUUUGCGGUCCGCUUGCGGACUGAUUGCAAUAUUGAUAAUAUGUGGACGGUCUGUUGCCGUUAGUGCAUC ....((.((......(((((((.(..........).)))))))((((((....))))))))..))............((((.((((((.....))))))...)))). ( -29.50, z-score = -1.01, R) >droGri2.scaffold_15112 2795468 107 + 5172618 UACAGUUUGGACUCGGUCAGCCAGUUGAAGGAUUGCGGCUUGCGAUCUGACGAUGGACUUAUUGCCACAUUUAUGAUUGUGGGCCGAUCCGUUAGUCGAUUGGCGGC ...............(((.(((((((((.((((..(((((..((((((((...(((.(.....))))...))).)))))..))))))))).....)))))))))))) ( -39.40, z-score = -2.51, R) >droMoj3.scaffold_6496 21792589 107 + 26866924 UAUAGUUUGGACUCUGUGAGCCAGUUGAACGAUUGUGGCUUGCGAUCAGAGGAGGGACUGAUAGCCACAUUUAUGAUGGUAGGCCUAUCCGUCAGCUGGUUGGCCGC ...............((.((((((((((..(((...(((((((.((((......((........)).......)))).))))))).)))..)))))))))).))... ( -38.12, z-score = -1.90, R) >droVir3.scaffold_12875 17260731 107 - 20611582 UACAGUUUGGACUCUGUGAGCCAAUUGAACGAUUGUGGCUUUCGAUCUGAAGAGGGGCUGAUUGCCACAUUUAUAAUGGUGGGCCUAUCCGUUAACUGAUUGGCCGC (((((........))))).((((..((((....((((((..(((..((......))..)))..))))))))))...)))).((((.(((.(....).))).)))).. ( -32.20, z-score = -1.37, R) >droWil1.scaffold_180701 2644486 107 + 3904529 UACAGCUUGGACUCUGUGAGCCAAUUAAAGGAUUGCGGCUUACGAUCCGAUGAUGGACUAAUGGCCACAUUGAUAAUGGUGGGCCUGUCCGUUAAUUGAUUGGCAGC (((((........))))).(((((((((.((((((.......))))))..((((((((....((((.((((......)))))))).)))))))).)))))))))... ( -41.60, z-score = -4.34, R) >droPer1.super_31 65928 107 + 935084 UACAGUUUGGACUCUGUGAGCCAGUUAAAAGACUGUGGUUUGCGAUCCGAGGAUGGACUGAUCGCCACAUUGAUGAUGGUUGGCCUGUCCGUAAGCUGGUUGGCAGC (((...(((((.((.(..((((((((....)))..)))))..))))))))((((((.(..((((.((......)).))))..).))))))))).((((.....)))) ( -33.40, z-score = -0.72, R) >dp4.chr3 2051654 107 - 19779522 UACAGUUUGGACUCUGUGAGCCAGUUAAAAGACUGUGGUUUGCGAUCCGAGGAUGGACUGAUUGCCACAUUGAUGAUGGUUGGCCUGUCCGUAAGCUGGUUGGCAGC .............((((.((((((((.(..(((((((((...((.(((......))).))...))))))........((....)).)))..).)))))))).)))). ( -33.80, z-score = -1.12, R) >droAna3.scaffold_13266 10671768 107 - 19884421 UACAGUUUAGACUCGGUAAGCCAGUUGAAGGACUGUGGCUUCCGGUCAGAGGACGGGCUGAUGGCCACGUUAAUGAUGGUCGGCCUGUCGGUGAGCUGGUUGGCCGC .(((((((.((((.((....))))))...)))))))((((.(((((..(..(((((((((((.(.((......)).).)))))))))))..)..)))))..)))).. ( -45.80, z-score = -2.73, R) >droEre2.scaffold_4845 10280701 107 + 22589142 UACAGUUUUGACUCUGUGAGCCAGUUGAAGGACUGCGGCUUGCGAUCGGAUGACGGGCUGAUGGCCACGUUGAUGAUGGUCGGCCUGUCGUUGAGCUGAUUGGCCGC ...((((((....(((.....)))....))))))(((((...((((((((((((((((((((.(.((......)).).)))))))))))))....)))))))))))) ( -41.50, z-score = -2.13, R) >droYak2.chr2R 8065999 107 - 21139217 UACAGUUUGGACUCUGUGAGCCAGUUGAAGGACUGCGGCUUGCGAUCGGAUGACGGGCUGAUGGCCACGUUGAUGAUGGUCGGCCUGUCGGUGAGCUGAUUGGCCGC .........((((.((..((((((((....))))..))))..))((((...(((((((.....))).))))..))))))))((((.(((((....))))).)))).. ( -41.10, z-score = -1.64, R) >droSec1.super_1 13696610 107 + 14215200 UACAGUUUUGACUCUGUGAGCCAGUUGAAGGACUGCGGCUUGCGAUCGGAUGACGGGCUGAUGGCCACGUUAAUGAUGGUCGGCCUGUCGGUGAGCUGAUUGGCCGC .........((((.((..((((((((....))))..))))..))((((..((((((((.....))).))))).))))))))((((.(((((....))))).)))).. ( -42.20, z-score = -2.34, R) >droSim1.chr2R 14788720 107 + 19596830 UACAGUUUUGACUCUGUGAGCCAGUUGAAGGACUGCGGCUUGCGAUCGGAUGACGGGCUGAUGGCCACGUUAAUGAUGGUCGGCCUGUCGGUGAGCUGAUUGGCCGC .........((((.((..((((((((....))))..))))..))((((..((((((((.....))).))))).))))))))((((.(((((....))))).)))).. ( -42.20, z-score = -2.34, R) >triCas2.ChLG8 8357118 107 + 15773733 UACAAUUUUGAUUCAGUCAACCAGUUGAAAUCUUGCGGUUUUCUGUCGGCUGAAGGACUGAUAAUAACGUUGAUAAUGCUGGGACCUUCGGUCUCCUUCAGUGCUUC ..((((.(((..((((((...(((((((((((....)))).....)))))))...))))))...))).))))....((..((((((...)))).))..))....... ( -26.50, z-score = -0.70, R) >consensus UACAGUUUGGACUCUGUGAGCCAGUUGAAGGACUGCGGCUUGCGAUCGGAUGACGGACUGAUGGCCACAUUGAUGAUGGUCGGCCUGUCGGUGAGCUGAUUGGCCGC ..(((.(((((.((.(..((((((((....))))..))))..)))))))).(((((.(((((.....((((...))))))))).)))))......)))......... (-15.35 = -14.90 + -0.45)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Tue Apr 19 22:37:53 2011