| Sequence ID | dm3.chr2R |
|---|---|
| Location | 15,696,083 – 15,696,193 |
| Length | 110 |
| Max. P | 0.760321 |
| Location | 15,696,083 – 15,696,193 |
|---|---|
| Length | 110 |
| Sequences | 10 |
| Columns | 122 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 79.71 |
| Shannon entropy | 0.42627 |
| G+C content | 0.45417 |
| Mean single sequence MFE | -24.57 |
| Consensus MFE | -14.01 |
| Energy contribution | -14.82 |
| Covariance contribution | 0.81 |
| Combinations/Pair | 1.04 |
| Mean z-score | -1.65 |
| Structure conservation index | 0.57 |
| Background model | dinucleotide |
| Decision model | sequence based alignment quality |
| SVM decision value | 0.61 |
| SVM RNA-class probability | 0.760321 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>dm3.chr2R 15696083 110 + 21146708 --CGAGCCACGCAUAAGUUAUAAAUUAUGCAUCUAUGCAUAAUUUACAGCCAGUAAGGUCAGACAGUUGCAUUUGCCAGUUC--AGUGCCAG------CCCCCCAAGGUUUUCGAACUCC-- --((((....((((..(((.(((((((((((....))))))))))).)))......((.((((........)))))).....--.)))).((------((......))))))))......-- ( -23.40, z-score = -1.57, R) >droSim1.chr2R 14354789 110 + 19596830 --CGAGCCACGCAUAAGUUAUAAAUUAUGCAUCUAUGCAUAAUUUACAGCCAGUAAGGUCAGACAGUUGCAUUUGCCAGUUC--AGUGCCAG------CCCCCCAAGGUUUUCGAACUCC-- --((((....((((..(((.(((((((((((....))))))))))).)))......((.((((........)))))).....--.)))).((------((......))))))))......-- ( -23.40, z-score = -1.57, R) >droSec1.super_1 13186339 110 + 14215200 --CGAGCCACGCAUAAGUUAUAAAUUAUGCAUCUAUGCAUAAUUUACAGCCAGUAAGGUCAGACAGUUGCAUUUGCCAGUUC--AGUGCCAG------CCCCCCAAGGUUUUCGAACUCC-- --((((....((((..(((.(((((((((((....))))))))))).)))......((.((((........)))))).....--.)))).((------((......))))))))......-- ( -23.40, z-score = -1.57, R) >droYak2.chr2R 7628631 112 - 21139217 CGAGGGCCACGCAUAAGUUAUAAAUUAUGCAUCUAUGCAUAAUUUACAGCCAGUAAGGUCAGACAGUUGCAUUUGCCAGUUC--AGUGCCAG------CCCCCCAAGGUAUUCGAACUCU-- ....(((...(((...(((.(((((((((((....)))))))))))..(((.....)))..)))...)))....)))(((((--((((((..------........)))))).)))))..-- ( -29.90, z-score = -2.25, R) >droEre2.scaffold_4845 9858527 109 + 22589142 ---GAGCCACGCAUAAGUUAUAAAUUAUGCAUCUAUGCAUAAUUUACAGGCAGUAAGGUCAGACAGUUGCAUUUGCCAGUUC--AGUGCCAG------CCCCCCAAGGUUUUUGAACUCC-- ---..(((((......))..(((((((((((....)))))))))))..))).....((.((((........))))))(((((--((.(((..------........)))..)))))))..-- ( -26.50, z-score = -1.71, R) >droAna3.scaffold_13266 10253453 116 - 19884421 --CGAGCCACGCAUAAGUUAUAAAUUAUGCAUCUAUGCAUAAUUUACAGCCCGAAAGGUCAGACAGUUGCAUUUGCCAGUUC--ACUGCCAGGCCGCCCCCCUUAAGGCAGUUGUACAGC-- --.((((...(((...(((.(((((((((((....))))))))))).)))((....))...............)))..))))--(((((((((.......)))...))))))........-- ( -31.90, z-score = -2.17, R) >dp4.chr3 12821063 112 + 19779522 --ACUGCCACGCAUAAGUUAUAAAUUAUCCAUCUAUGCAUAAUUUACUGCCCGAAAGGUCAGACAGUUGUAUUUGCCAUUUC--CCUGCCAG------CCCCCAAGAGUAGCAUGUUCCUCC --..(((.(((((((..................)))))((((((..(((.((....)).)))..))))))............--........------.........)).)))......... ( -17.17, z-score = -0.20, R) >droPer1.super_2 233209 112 - 9036312 --ACUGCCACGCAUAAGUUAUAAAUUAUCCAUCUAUGCAUAAUUUACUGCCCGAAAGGUCAGACAGUUGCAUUUGCCAUUUC--CCUGCCAG------CCCCCAAGAGCAGCAUGUUCCUCC --.(((((..(((.......((((((((.((....)).))))))))(((.((....)).))).....)))..(((.((....--..)).)))------.......).))))........... ( -19.80, z-score = -0.70, R) >droWil1.scaffold_180701 1872565 102 + 3904529 --UAUGCCACGCAUAAGUUAUAAAUUAUGCCUCUAUGCAUAAUUUACAGCUCGUAAGGUCAGACAGUUGCAUUUGCUAGCCCGAAAAACGGGCUGAAACUCCCC------------------ --(((((...)))))((((.((((((((((......))))))))))((((((((..((..((.(((......)))))..))......)))))))).))))....------------------ ( -29.00, z-score = -2.93, R) >droVir3.scaffold_12875 16655456 94 - 20611582 --CCAGCCACGCAUAAGUUAUAAAUUAUGCAUAGAUGCAUAAUUUACAGCUCGUAAGGUCAGACAGUUGCAUUUGCCAA--C--AGCGC--A------CCCCCCAAGG-------------- --.......((((..((((.(((((((((((....))))))))))).))))..)..((.((((........))))))..--.--.))).--.------..........-------------- ( -21.20, z-score = -1.87, R) >consensus __CGAGCCACGCAUAAGUUAUAAAUUAUGCAUCUAUGCAUAAUUUACAGCCAGUAAGGUCAGACAGUUGCAUUUGCCAGUUC__AGUGCCAG______CCCCCCAAGGUAUUCGAACUCC__ ..........(((...(((.(((((((((((....))))))))))).)))......((.((((........)))))).........)))................................. (-14.01 = -14.82 + 0.81)
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