| Sequence ID | dm3.chr2R |
|---|---|
| Location | 14,050,852 – 14,050,962 |
| Length | 110 |
| Max. P | 0.688016 |
| Location | 14,050,852 – 14,050,962 |
|---|---|
| Length | 110 |
| Sequences | 13 |
| Columns | 111 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 77.30 |
| Shannon entropy | 0.53583 |
| G+C content | 0.67459 |
| Mean single sequence MFE | -54.68 |
| Consensus MFE | -21.81 |
| Energy contribution | -21.49 |
| Covariance contribution | -0.32 |
| Combinations/Pair | 1.57 |
| Mean z-score | -1.77 |
| Structure conservation index | 0.40 |
| Background model | dinucleotide |
| Decision model | sequence based alignment quality |
| SVM decision value | 0.42 |
| SVM RNA-class probability | 0.688016 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>dm3.chr2R 14050852 110 - 21146708 UUAUCGAGCCCAGCCGGGAGAGCGAUGGCUCCCGCUUGGGUGGCA-CGAUCGGCUUGGUUGGUAUGGGGGGCGGUGCUCCGCGAGCGCCCGCUGGCGGCACCGUAACCGGC .((((.((((.(((((((.((((....))))))(((.....))).-....))))).))))))))..((..(((((((..(((.(((....))).))))))))))..))... ( -54.90, z-score = -0.70, R) >droPer1.super_2 6874184 110 - 9036312 UUAUGGAGCCCAGGCGGGAGAGAGAGGGCUCCCGCUUGGGCGGUA-CAAUUGGCUUGGUCGGUAUGGGUGGCGGUGCCCCGCGAGCGCCCGCUGGUGGCACCGUCACUGGG .......(((((((((((((........)))))))))))))....-((((((((...)))))).))(((((((((((((((((......))).)).))))))))))))... ( -62.90, z-score = -3.41, R) >dp4.chr3 6653919 110 - 19779522 UUAUGGAGCCCAGGCGGGAGAGAGAGGGCUCCCGCUUGGGCGGUA-CAAUUGGCUUGGUCGGUAUGGGUGGCGGUGCCCCGCGAGCGCCCGCUGGUGGCACCGUCACUGGG .......(((((((((((((........)))))))))))))....-((((((((...)))))).))(((((((((((((((((......))).)).))))))))))))... ( -62.90, z-score = -3.41, R) >droAna3.scaffold_13266 2794970 110 - 19884421 UGAUGGAGCCAAGCCGUGAAAGCGAUGGCUCUCGUUUUGGCGGAA-CAAUUGGCUUGGUCGGUAUUGGAGGCGGAGCGCCGCGAGCUCCGGCCGGCGGUACUGUAACGGGU .(((.(((((((.((((.(((((((......))))))).))))..-...))))))).)))(((((((..((((((((.......))))).)))..)))))))......... ( -51.90, z-score = -2.84, R) >droEre2.scaffold_4845 8270407 110 - 22589142 UGAUCGAGCCCAGCCGGGAGAGCGAUGGCUCCCGCUUGGGAGGCA-CGAUCGGCUUGGUUGGUAUGGGGGGCGGUGCUCCACGGGCUCCCGCUGGUGGCACCGUAACCGGC .......(((((((((((.((.((.((.(((((....))))).))-)).))..)))))))).....((..((((((((((((((....))).))).))))))))..))))) ( -58.40, z-score = -2.10, R) >droYak2.chr2R 6003832 110 + 21139217 UGAUCGAGCCCAGCCGGGAGAGCGAUGGCUCCCGCUUGGGGGGCA-CGAUCGGCUUGGUUGGUAUGGGUGGCGGUGCGCCGCGGGCUCCCGCUGGUGGCACCGUGACCGGU .(((((.((((..(((((.((((....))))...))))).)))).-))))).(((.....)))((.(((.((((((((((((((....)))).))).))))))).))).)) ( -61.10, z-score = -2.07, R) >droSec1.super_1 11540641 110 - 14215200 UAAUCGAGCCCAGCCGGGAGAGCGAUGGCUCCCGCUUGGGUGGCA-CGAUCGGCUUGGUUGGUAUGGGUGGCGGUGCACCGCGAGCGCCCGCUGGCGGCACCGUAACCGGC ....(.((((.(((((((.((((....))))))(((.....))).-....))))).)))).)....(((.(((((((..(((.(((....))).)))))))))).)))... ( -53.40, z-score = -0.66, R) >droSim1.chr2R 12784015 110 - 19596830 UAAUCGAGCCCAGCCGGGAGAGCGAUGGCUCCCGCUUGGGUGGCA-CGAUCGGCUUGGUUGGUAUGGGUGGCGGUGCACCGCGAGCGCCCGCUGGCGGCACCGUAACCGGC ....(.((((.(((((((.((((....))))))(((.....))).-....))))).)))).)....(((.(((((((..(((.(((....))).)))))))))).)))... ( -53.40, z-score = -0.66, R) >droVir3.scaffold_12875 8685351 110 - 20611582 UUAUGGAGCCCAAGCGCGAUAACGAAGGCUCCCGCUUGGGCGGUA-CAAUUGGCUUAGUUGGUAUGGGCGGUGGUGCGCCGCGUGCCCCUGCGGGGGGCACGGUAACAGGU ....((.(((((((((.((...(....).)).))))))))).(((-(...(.(((((.......))))).)..)))).)).((((((((.....))))))))......... ( -48.60, z-score = -0.54, R) >droGri2.scaffold_15245 2087100 110 - 18325388 UUAUGGAGCCCAAACGGGACAGCGAUGGCUCCCGCUUGGGCGGUA-CAAUUGGCUUAGUCGGUAUAGGCGGUGGGGCGCCCCGUGCUCCAGCCGGUGGCACUGUCACCGGU ...((((((((((.(((((..((....))))))).)))))).(((-(.....(((((.......)))))...(((....)))))))))))(((((((((...))))))))) ( -53.60, z-score = -1.75, R) >droMoj3.scaffold_6496 8350338 110 + 26866924 UUAUGGAGCCCAAGCGGGACAGCGAUGGCUCUCGCUUGGGUGGUA-CGAUUGGCUUCGUCGGUAUGGGUGGCGGUGCGCCGCGUGCACCGGCUGGUGGCACAGUCACAGGU .......((((((((((((..((....))))))))))))))....-.((((((((..((((((..(.((((((...)))))).)..))))))....))).)))))...... ( -52.10, z-score = -1.96, R) >droWil1.scaffold_180697 3782652 110 - 4168966 UAAUGGAGCCCAGACGAGAGAGUGAGGGCUCCCGUUUGGGCGGAA-CAAUCGGUUUGGUCGGUAUGGGUGGCGGGGCACCACGUGCCCCAGCCGGUGGCACUGUUACGGGG ((((((.(((((((((.(.((((....))))))))))))))....-..(((((((.((..((((((((((......)))).)))))))))))))))....))))))..... ( -47.30, z-score = -1.06, R) >anoGam1.chr3L 852932 109 + 41284009 UCAGGGAGGC-AGGCGAUGCUGCCGCCAGUGGCGUAGAUGUGCCACCGGUCGAACCGACCUCUACCGA-GGCGAAGCUAUCCGACGUGGCAGCAGCCGCUCCCUCAUCGGC ..((((((..-.(((..(((((((((..((((((......))))))(((..(...((.((((....))-))))...)...)))..)))))))))))).))))))....... ( -50.30, z-score = -1.83, R) >consensus UUAUGGAGCCCAGCCGGGAGAGCGAUGGCUCCCGCUUGGGCGGCA_CGAUCGGCUUGGUCGGUAUGGGUGGCGGUGCGCCGCGAGCGCCCGCUGGUGGCACCGUAACCGGC .......((((((.((.((..........)).)).)))))).......((((((...)))))).......(((((((..(((..((....))..))))))))))....... (-21.81 = -21.49 + -0.32)
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