Sequence ID | dm3.chr2R |
---|---|
Location | 13,671,286 – 13,671,420 |
Length | 134 |
Max. P | 0.999472 |
Location | 13,671,286 – 13,671,392 |
---|---|
Length | 106 |
Sequences | 12 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 84.87 |
Shannon entropy | 0.31188 |
G+C content | 0.42585 |
Mean single sequence MFE | -24.41 |
Consensus MFE | -19.25 |
Energy contribution | -18.93 |
Covariance contribution | -0.32 |
Combinations/Pair | 1.15 |
Mean z-score | -1.48 |
Structure conservation index | 0.79 |
Background model | dinucleotide |
Decision model | sequence based alignment quality |
SVM decision value | 0.70 |
SVM RNA-class probability | 0.792214 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
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Location | 13,671,286 – 13,671,392 |
---|---|
Length | 106 |
Sequences | 12 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 84.87 |
Shannon entropy | 0.31188 |
G+C content | 0.42585 |
Mean single sequence MFE | -40.02 |
Consensus MFE | -32.01 |
Energy contribution | -31.98 |
Covariance contribution | -0.03 |
Combinations/Pair | 1.13 |
Mean z-score | -4.31 |
Structure conservation index | 0.80 |
Background model | dinucleotide |
Decision model | sequence based alignment quality |
SVM decision value | 3.92 |
SVM RNA-class probability | 0.999472 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>dm3.chr2R 13671286 106 - 21146708 CUCCGUUGGU-AAAUUGGCAAGAUGUCGGCAUAGCUGACGUUGAAAAGCGAUUUUGAAGAGCGCUAUGCUGCAUCUAGUCAG-UUGUUCAAUGGAACAGUCAGCGAGA------------ .((((((((.-.(((((((.(((((.(((((((((...((((....)))).....(.....))))))))))))))).)))))-))..)))))))).............------------ ( -41.80, z-score = -4.11, R) >droEre2.scaffold_4845 7899183 106 - 22589142 CUCCGUUGGU-AAAUUGGCAAGAUGUCGGCAUAGCUGACGUUGAAAAGCGCUUUUAAAGAGCGCUAUGCUGCAUCUAGUCAG-UUGUUCAAUGGAACAGUCAGCGAGA------------ .((((((((.-.(((((((.(((((.(((((((((....(((....)))((((.....)))))))))))))))))).)))))-))..)))))))).............------------ ( -46.20, z-score = -5.45, R) >droYak2.chr2R 5627091 106 + 21139217 CUCUGUUGGU-AAAUUGGCAAGAUGUCGGCAUAGCUGACGUUGAAAAGCGAUUUUGAAGAUCGCUAUGCUGCAUCUAGUCAG-UUGUUCAAUGGAACACUCAGCGAGA------------ (((.((((((-.(((((((.(((((.(((((((((....(((....)))((((.....)))))))))))))))))).)))))-))((((....)))))).))))))).------------ ( -43.70, z-score = -4.90, R) >droSec1.super_1 11168759 106 - 14215200 CUCCGUUGGU-AAAUUGGCAAGAUGUCGGCAUAGCUGACGUUGAAAAGCGAUUUUGAAGAGCGCUAUGCUGCAUCUAGUCAG-UUGUUCAAUGGAACAGUCAGCGAGA------------ .((((((((.-.(((((((.(((((.(((((((((...((((....)))).....(.....))))))))))))))).)))))-))..)))))))).............------------ ( -41.80, z-score = -4.11, R) >droSim1.chr2R 12409843 106 - 19596830 CUCCGUUGGU-AAAUUGGCAAGAUGUCGGCAUAGCUGACGUUGAAAAGCGAUUUUGAAGAGCGCUAUGCUGCAUCUAGUCAG-UUGUUCAAUGGAACAGUCAGCGAGA------------ .((((((((.-.(((((((.(((((.(((((((((...((((....)))).....(.....))))))))))))))).)))))-))..)))))))).............------------ ( -41.80, z-score = -4.11, R) >droAna3.scaffold_13266 9368706 106 + 19884421 AUCUGUUGUU-AAAUUGGCAAGAUGUCGGCAUAGCUGACGUUGGAAAACGAAUUUUGAGAGCGCUAUGCUGCAUCUAGUCAG-UUGUUCAAUGGAACAGUCAACAAGA------------ .(((((((..-.(((((((.(((((.(((((((((...((((....)))).....(....).)))))))))))))).)))))-))...))))))).............------------ ( -39.60, z-score = -4.34, R) >dp4.chr3 16483205 105 - 19779522 AUCUGUUGGU-AAAUUGGCAAGAUGUCGGCAUAGCUGAAGUUGAAAAGCGAUCUUUGAGAACGCUAUGCUGCAUCUAGUCAG-UUAUUCAAUGGAACAGUCAACAGA------------- .((((((((.-.(((((((.(((((.(((((((((....(((....)))(.((.....)).))))))))))))))).)))))-)).(((....)))...))))))))------------- ( -39.40, z-score = -4.59, R) >droPer1.super_4 6883662 105 + 7162766 AUCUGUUGGU-AAAUUGGCAAGAUGUCGGCAUAGCUGAAGUUGAAAAGCGAUCUUUGAGAACGCUAUGCUGCAUCUAGUCAG-UUAUUCAAUGGAACAGUCAACAGA------------- .((((((((.-.(((((((.(((((.(((((((((....(((....)))(.((.....)).))))))))))))))).)))))-)).(((....)))...))))))))------------- ( -39.40, z-score = -4.59, R) >droWil1.scaffold_180700 4557866 101 - 6630534 -UCUGUUUUUCGAAUUGGCAAGAUGUCGGCAUAGCUGAU------AAUAUUUUUAGAAAAGCGCUAUGCUGCAUCUAGUCAGUUUAUUCAAUAGAGCAAUCGACAAUA------------ -((((((....((((((((.(((((.(((((((((....------.................)))))))))))))).))))))))....)))))).............------------ ( -31.90, z-score = -3.65, R) >droVir3.scaffold_12875 16937651 106 - 20611582 AUCUGUUGUU-CAAUUGGCAAGAUGUCGGCAUAGCUGACGUUUGAAAGCGCAUUUUUAUAGCGCUAUGCUGCAUCUAGUCAG-UUAUUCAAUGGAACAAUCAACAAAA------------ .(((((((..-.(((((((.(((((.(((((((((....(((....)))((.........)))))))))))))))).)))))-))...))))))).............------------ ( -36.50, z-score = -4.16, R) >droMoj3.scaffold_6496 15801352 102 + 26866924 AUCUAUUGUU-GAAUUGGCAAGAUGUCGGCAUAGCUGACGUUUCAAAGCGCAUUGC-AUAGCGCUAUGCUGCAUCUAGUCAG-UUAUUCAAUGGAACAGUCAACA--------------- .(((((((..-.(((((((.(((((.(((((((((((.((((....))))))..((-...)))))))))))))))).)))))-))...)))))))..........--------------- ( -39.80, z-score = -4.53, R) >droGri2.scaffold_15245 16476647 117 - 18325388 AUCUGUUGGU-GAAUUGGCAAGAUGUCGGCAUAGCUGACGUUUGAAAGCGCAUCUU-AUAGCGCUAUGCUGCAUCUAGUCAG-UUAUUCAAUGGAACACUCAACAUAUCCAUACCUGAAA .((((((((.-.(((((((.(((((.(((((((((....(((....)))((.....-...)))))))))))))))).)))))-))..))))))))......................... ( -38.40, z-score = -3.13, R) >consensus AUCUGUUGGU_AAAUUGGCAAGAUGUCGGCAUAGCUGACGUUGAAAAGCGAUUUUGAAGAGCGCUAUGCUGCAUCUAGUCAG_UUAUUCAAUGGAACAGUCAACAAGA____________ .(((((((......(((((.(((((.(((((((((....(((....)))(...........))))))))))))))).)))))......)))))))......................... (-32.01 = -31.98 + -0.03)
Location | 13,671,313 – 13,671,420 |
---|---|
Length | 107 |
Sequences | 12 |
Columns | 113 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 74.71 |
Shannon entropy | 0.56165 |
G+C content | 0.45961 |
Mean single sequence MFE | -23.99 |
Consensus MFE | -15.13 |
Energy contribution | -15.13 |
Covariance contribution | -0.00 |
Combinations/Pair | 1.00 |
Mean z-score | -0.65 |
Structure conservation index | 0.63 |
Background model | dinucleotide |
Decision model | sequence based alignment quality |
SVM decision value | 0.40 |
SVM RNA-class probability | 0.680274 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>dm3.chr2R 13671313 107 + 21146708 GACUAGAUGCAGCAUAGCGCUCUUCAAAAUCGCUUUUCAACGUCAGCUAUGCCGACAUCUUGCCAAUUU-ACCAACGGAGUU-----GAUAUACGAUCGAUCCGACAUGGACG (.(.((((((.(((((((...(((.((((....)))).)).)...))))))).).))))).).).....-.(((.((((.((-----(((.....)))))))))...)))... ( -25.40, z-score = -1.28, R) >droEre2.scaffold_4845 7899210 107 + 22589142 GACUAGAUGCAGCAUAGCGCUCUUUAAAAGCGCUUUUCAACGUCAGCUAUGCCGACAUCUUGCCAAUUU-ACCAACGGAGGU-----GCUAUACGAUCGAUCCGACAUGGCUC ....((((((.((((((((((.......)))((........))..))))))).).))))).((((...(-(((......)))-----).....((.......))...)))).. ( -25.80, z-score = -0.39, R) >droYak2.chr2R 5627118 107 - 21139217 GACUAGAUGCAGCAUAGCGAUCUUCAAAAUCGCUUUUCAACGUCAGCUAUGCCGACAUCUUGCCAAUUU-ACCAACAGAGGU-----GCUAUACGAUCGAGCCGACAUGGCUC (.(.((((((.((((((((((.((.((((....)))).)).))).))))))).).))))).).)....(-(((......)))-----)..........(((((.....))))) ( -27.60, z-score = -1.45, R) >droSec1.super_1 11168786 107 + 14215200 GACUAGAUGCAGCAUAGCGCUCUUCAAAAUCGCUUUUCAACGUCAGCUAUGCCGACAUCUUGCCAAUUU-ACCAACGGAGGU-----GCUAUACGAUCGAUCGUAGAUGGCCG ....((((((.(((((((...(((.((((....)))).)).)...))))))).).))))).((((...(-(((......)))-----)...(((((....)))))..)))).. ( -26.80, z-score = -0.58, R) >droSim1.chr2R 12409870 107 + 19596830 GACUAGAUGCAGCAUAGCGCUCUUCAAAAUCGCUUUUCAACGUCAGCUAUGCCGACAUCUUGCCAAUUU-ACCAACGGAGGU-----GCUAUACGAUCGAUCGUAGAUGGCCG ....((((((.(((((((...(((.((((....)))).)).)...))))))).).))))).((((...(-(((......)))-----)...(((((....)))))..)))).. ( -26.80, z-score = -0.58, R) >droAna3.scaffold_13266 9368733 108 - 19884421 GACUAGAUGCAGCAUAGCGCUCUCAAAAUUCGUUUUCCAACGUCAGCUAUGCCGACAUCUUGCCAAUUU-AACAACAGAUUCUU--GGCUAUAUGAUCGCUCCAAUCUGCU-- (.(.((((((.(((((((............((((....))))...))))))).).))))).).).....-.....((((((...--(((.........)))..))))))..-- ( -22.66, z-score = -0.94, R) >dp4.chr3 16483231 101 + 19779522 GACUAGAUGCAGCAUAGCGUUCUCAAAGAUCGCUUUUCAACUUCAGCUAUGCCGACAUCUUGCCAAUUU-ACCAACAGAU-------GCGGUACGAUCCGAGACGCGCG---- ................((((((((...(((((((..........)))..(((((.(((((.........-......))))-------)))))).)))).)))).)))).---- ( -25.06, z-score = -0.96, R) >droPer1.super_4 6883688 101 - 7162766 GACUAGAUGCAGCAUAGCGUUCUCAAAGAUCGCUUUUCAACUUCAGCUAUGCCGACAUCUUGCCAAUUU-ACCAACAGAU-------GCGGUACGAUCCGAGACGCGCG---- ................((((((((...(((((((..........)))..(((((.(((((.........-......))))-------)))))).)))).)))).)))).---- ( -25.06, z-score = -0.96, R) >droWil1.scaffold_180700 4557894 101 + 6630534 GACUAGAUGCAGCAUAGCGCUUUUCUAAAAAUAUU------AUCAGCUAUGCCGACAUCUUGCCAAUUCGAAAAACAGAUGAUA---AUGAUGAUGCUCAAAAAAAAAAG--- .....((.((((((((((.................------....)))))))...(((((((.((..((........)))).))---).)))).)))))...........--- ( -17.00, z-score = -0.61, R) >droVir3.scaffold_12875 16937678 104 + 20611582 GACUAGAUGCAGCAUAGCGCUAUAAAAAUGCGCUUUCAAACGUCAGCUAUGCCGACAUCUUGCCAAUUG-AACAACAGAUGCGA--GGCGACGGGAUAAACAACGCG------ .....((((......(((((.........)))))......))))...(((.(((.(..(((((...(((-.....)))..))))--)..).))).))).........------ ( -24.00, z-score = -0.09, R) >droMoj3.scaffold_6496 15801376 110 - 26866924 GACUAGAUGCAGCAUAGCGCUAUGCAA-UGCGCUUUGAAACGUCAGCUAUGCCGACAUCUUGCCAAUUC-AACAAUAGAUGCGAUAAACCGAAAUAUUUAU-AAAUAUAGAUG .....((((...((.(((((.......-.))))).))...))))..(((((.((.(((((.........-......)))))))(((((........)))))-...)))))... ( -21.26, z-score = -0.18, R) >droGri2.scaffold_15245 16476686 100 + 18325388 GACUAGAUGCAGCAUAGCGCUAUAAGA-UGCGCUUUCAAACGUCAGCUAUGCCGACAUCUUGCCAAUUC-ACCAACAGAUGAGA--AUCGC---GAGAGAUAACGAG------ (.(.((((((.(((((((((.......-.))((........))..))))))).).))))).).)..(((-(.(....).)))).--.((..---..)).........------ ( -20.40, z-score = 0.25, R) >consensus GACUAGAUGCAGCAUAGCGCUCUUCAAAAUCGCUUUUCAACGUCAGCUAUGCCGACAUCUUGCCAAUUU_ACCAACAGAUGU_____GCUAUACGAUCGAUCACACAUGG___ (.(.((((((.(((((((...........................))))))).).))))).).)................................................. (-15.13 = -15.13 + -0.00)
Location | 13,671,313 – 13,671,420 |
---|---|
Length | 107 |
Sequences | 12 |
Columns | 113 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 74.71 |
Shannon entropy | 0.56165 |
G+C content | 0.45961 |
Mean single sequence MFE | -32.40 |
Consensus MFE | -21.54 |
Energy contribution | -21.81 |
Covariance contribution | 0.26 |
Combinations/Pair | 1.05 |
Mean z-score | -1.56 |
Structure conservation index | 0.66 |
Background model | dinucleotide |
Decision model | sequence based alignment quality |
SVM decision value | 2.24 |
SVM RNA-class probability | 0.986381 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>dm3.chr2R 13671313 107 - 21146708 CGUCCAUGUCGGAUCGAUCGUAUAUC-----AACUCCGUUGGU-AAAUUGGCAAGAUGUCGGCAUAGCUGACGUUGAAAAGCGAUUUUGAAGAGCGCUAUGCUGCAUCUAGUC (((((.....))).))......((((-----(((...))))))-)....(((.(((((.(((((((((...((((....)))).....(.....))))))))))))))).))) ( -33.60, z-score = -1.77, R) >droEre2.scaffold_4845 7899210 107 - 22589142 GAGCCAUGUCGGAUCGAUCGUAUAGC-----ACCUCCGUUGGU-AAAUUGGCAAGAUGUCGGCAUAGCUGACGUUGAAAAGCGCUUUUAAAGAGCGCUAUGCUGCAUCUAGUC ..((((...((((.............-----...)))).))))-.....(((.(((((.(((((((((....(((....)))((((.....)))))))))))))))))).))) ( -37.99, z-score = -2.56, R) >droYak2.chr2R 5627118 107 + 21139217 GAGCCAUGUCGGCUCGAUCGUAUAGC-----ACCUCUGUUGGU-AAAUUGGCAAGAUGUCGGCAUAGCUGACGUUGAAAAGCGAUUUUGAAGAUCGCUAUGCUGCAUCUAGUC (((((.....)))))...........-----(((......)))-.....(((.(((((.(((((((((....(((....)))((((.....)))))))))))))))))).))) ( -39.60, z-score = -3.13, R) >droSec1.super_1 11168786 107 - 14215200 CGGCCAUCUACGAUCGAUCGUAUAGC-----ACCUCCGUUGGU-AAAUUGGCAAGAUGUCGGCAUAGCUGACGUUGAAAAGCGAUUUUGAAGAGCGCUAUGCUGCAUCUAGUC ..((((..(((((....)))))....-----(((......)))-....)))).(((((.(((((((((...((((....)))).....(.....))))))))))))))).... ( -35.40, z-score = -1.91, R) >droSim1.chr2R 12409870 107 - 19596830 CGGCCAUCUACGAUCGAUCGUAUAGC-----ACCUCCGUUGGU-AAAUUGGCAAGAUGUCGGCAUAGCUGACGUUGAAAAGCGAUUUUGAAGAGCGCUAUGCUGCAUCUAGUC ..((((..(((((....)))))....-----(((......)))-....)))).(((((.(((((((((...((((....)))).....(.....))))))))))))))).... ( -35.40, z-score = -1.91, R) >droAna3.scaffold_13266 9368733 108 + 19884421 --AGCAGAUUGGAGCGAUCAUAUAGCC--AAGAAUCUGUUGUU-AAAUUGGCAAGAUGUCGGCAUAGCUGACGUUGGAAAACGAAUUUUGAGAGCGCUAUGCUGCAUCUAGUC --((((((((.(.((.........)))--...))))))))...-.....(((.(((((.(((((((((...((((....)))).....(....).)))))))))))))).))) ( -34.60, z-score = -2.36, R) >dp4.chr3 16483231 101 - 19779522 ----CGCGCGUCUCGGAUCGUACCGC-------AUCUGUUGGU-AAAUUGGCAAGAUGUCGGCAUAGCUGAAGUUGAAAAGCGAUCUUUGAGAACGCUAUGCUGCAUCUAGUC ----.((((((((((((((((.((((-------((((((..(.-...)..)).))))).)))..((((....))))....)))))))..))).))))...))........... ( -31.40, z-score = -0.85, R) >droPer1.super_4 6883688 101 + 7162766 ----CGCGCGUCUCGGAUCGUACCGC-------AUCUGUUGGU-AAAUUGGCAAGAUGUCGGCAUAGCUGAAGUUGAAAAGCGAUCUUUGAGAACGCUAUGCUGCAUCUAGUC ----.((((((((((((((((.((((-------((((((..(.-...)..)).))))).)))..((((....))))....)))))))..))).))))...))........... ( -31.40, z-score = -0.85, R) >droWil1.scaffold_180700 4557894 101 - 6630534 ---CUUUUUUUUUUGAGCAUCAUCAU---UAUCAUCUGUUUUUCGAAUUGGCAAGAUGUCGGCAUAGCUGAU------AAUAUUUUUAGAAAAGCGCUAUGCUGCAUCUAGUC ---........((((((...((....---.......))...))))))..(((.(((((.(((((((((....------.................)))))))))))))).))) ( -21.90, z-score = -0.68, R) >droVir3.scaffold_12875 16937678 104 - 20611582 ------CGCGUUGUUUAUCCCGUCGCC--UCGCAUCUGUUGUU-CAAUUGGCAAGAUGUCGGCAUAGCUGACGUUUGAAAGCGCAUUUUUAUAGCGCUAUGCUGCAUCUAGUC ------.(((..((..........)).--.)))..........-.....(((.(((((.(((((((((....(((....)))((.........)))))))))))))))).))) ( -28.00, z-score = -0.15, R) >droMoj3.scaffold_6496 15801376 110 + 26866924 CAUCUAUAUUU-AUAAAUAUUUCGGUUUAUCGCAUCUAUUGUU-GAAUUGGCAAGAUGUCGGCAUAGCUGACGUUUCAAAGCGCA-UUGCAUAGCGCUAUGCUGCAUCUAGUC ...........-..........(((((((..(((.....))))-))))))((.(((((.(((((((((((.((((....))))))-..((...)))))))))))))))).)). ( -28.20, z-score = -0.96, R) >droGri2.scaffold_15245 16476686 100 - 18325388 ------CUCGUUAUCUCUC---GCGAU--UCUCAUCUGUUGGU-GAAUUGGCAAGAUGUCGGCAUAGCUGACGUUUGAAAGCGCA-UCUUAUAGCGCUAUGCUGCAUCUAGUC ------.((((........---)))).--..(((((....)))-))...(((.(((((.(((((((((....(((....)))((.-.......)))))))))))))))).))) ( -31.30, z-score = -1.57, R) >consensus ___CCAUGUGUGAUCGAUCGUAUAGC_____ACAUCUGUUGGU_AAAUUGGCAAGAUGUCGGCAUAGCUGACGUUGAAAAGCGAUUUUGAAGAGCGCUAUGCUGCAUCUAGUC .................................................(((.(((((.(((((((((....(((....)))(...........))))))))))))))).))) (-21.54 = -21.81 + 0.26)
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