Locus 4491

Sequence ID dm3.chr2R
Location 13,450,116 – 13,450,209
Length 93
Max. P 0.998460
window6143 window6144

overview

Window 3

Location 13,450,116 – 13,450,209
Length 93
Sequences 12
Columns 112
Reading direction forward
Mean pairwise identity 68.08
Shannon entropy 0.62177
G+C content 0.52312
Mean single sequence MFE -41.98
Consensus MFE -8.32
Energy contribution -7.38
Covariance contribution -0.93
Combinations/Pair 1.71
Mean z-score -4.50
Structure conservation index 0.20
Background model dinucleotide
Decision model sequence based alignment quality
SVM decision value 3.37
SVM RNA-class probability 0.998460
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>dm3.chr2R 13450116 93 + 21146708
--UUCUCCAGGACU-GGCUCAUUGUUCUCUCCCAUU---UCU--GACUCGUUCUAGGUCGAAUCCGAACGGGAAU---GAGGACA-GUGAGCCAAGCCAGAAGGU-------
--((((...((..(-((((((((((((((((((..(---((.--((.(((........))).)).))).))))..---)))))))-))))))))..))))))...------- ( -40.70, z-score =  -3.78, R)
>droGri2.scaffold_15245 17909391 94 - 18325388
----CGCGACACUUGGGCUCAUUGCUGUCUCCUGUCUCCUUUUUAAUUCGUUCUAGAUUAAAACCGAGCGAGGACAAUGAGCCAGCGAGUGUCAAGCC--------------
----...(((((((((((((((((.....((((..(((..((((((((.......))))))))..)))..)))))))))))))..)))))))).....-------------- ( -35.90, z-score =  -4.04, R)
>droMoj3.scaffold_6496 1337836 84 - 26866924
----CACAACACUCUGGCUCAUUGUCGUCUCC-------UUUCUAAAUCGUUAUAGGUUGAAACCGAGCGAGGACAAUGAGCCAU---GUGUCGAGCC--------------
----..(.((((..(((((((((((((.....-------...)....(((((...(((....))).))))).)))))))))))).---)))).)....-------------- ( -30.60, z-score =  -3.93, R)
>droVir3.scaffold_12875 4542500 84 + 20611582
----CACAACACUCGGGCUCAUUGUUGUCUCC-------UUUCUGACUCGUUCUAGAUCGAAACCGAGCGAGGACAAUGAGCCGA---GUGUCGAGCC--------------
----..(.((((((((.(((((((((.((...-------.....))(((((((............))))))))))))))))))))---)))).)....-------------- ( -34.90, z-score =  -3.76, R)
>droWil1.scaffold_180700 4785733 99 + 6630534
UACUUAUUAGGCUG-GGCUCAUUGUUCUCAACCAUU---UCUCUAACUCGUUCUAGAUCGAAACCGAGUGGGAACAAUGAGGACA-AUGAGCCGAGUCAAAAUG--------
.........((((.-(((((((((((((((.....(---((((..((((((((......)))..))))))))))...))))))))-))))))).))))......-------- ( -42.00, z-score =  -6.57, R)
>droPer1.super_2 5554254 99 + 9036312
--UUCUCGAGGCUU-GGCUCAUUGUUCUCUCCCAUU---UCU--GACUCGUUCUAGAUCGGUACCGAGCGGGGAC---GAGGACG-GGGA-CAAUGGGCCGAGCACCGAGAC
--.(((((..((((-(((((((((((((((((((..---..)--)..(((((((...(((....)))...)))))---))))).)-))))-)))))))))))))..))))). ( -55.60, z-score =  -6.36, R)
>dp4.chr3 5349019 99 + 19779522
--UUCUCGAGGCCU-GGCUCAUUGUUCUCUCCCAUU---UCU--GACUCGUUCUAGAUCGGUACCGAGCGGGGAC---GAGGACG-GGGA-CAAUGGGCCGAGCACCGAGAC
--.(((((..((.(-(((((((((((((((((((..---..)--)..(((((((...(((....)))...)))))---))))).)-))))-)))))))))).))..))))). ( -51.10, z-score =  -4.70, R)
>droAna3.scaffold_13266 9085599 99 - 19884421
--UCUCCGAAACUU-GGCUCACUGUUCUCUCCCAUU---UCU--GACUCGUUCUAGAUCGAAACCGAGCGGGGAC---GAGGAUA-AUGAGCCGAGCAAGGAGCAGCCAGA-
--.((((....(((-((((((.(((((((((((..(---((.--(..(((........)))..).)))..)))).---)))))))-.)))))))))...))))........- ( -39.70, z-score =  -2.93, R)
>droEre2.scaffold_4845 7677359 93 + 22589142
--UUCUCCAGGACU-GGCUCAUUGUUCUCUCCCAUU---UCU--GACUCGUUUUAGGUCGAAUCCGAACGGGAAU---GAGGACA-GUGAGCCAAGCCAGGAGGU-------
--.(((((.((..(-((((((((((((((((((..(---((.--((.(((........))).)).))).))))..---)))))))-))))))))..)).))))).------- ( -47.20, z-score =  -5.57, R)
>droYak2.chr2R 5402307 93 - 21139217
--AUCUCCAGGACU-GGCUCAUUGUUCUCUCCCAUU---UCU--GACUCGUUCUAGGUCGAAUCCGAACGGGAUU---GAGGACA-UUGAGCCAAGCCAGGAGGU-------
--((((((.((..(-((((((.(((((((((((..(---((.--((.(((........))).)).))).))))..---)))))))-.)))))))..)).))))))------- ( -44.60, z-score =  -4.81, R)
>droSec1.super_1 10949536 93 + 14215200
--UUCUCCAGGACU-GGCUCAUUGUUCUCUCCCAUU---UCU--GACUCGUUCUAGGUCGAAUCCGAACGGGAAU---GAGGACA-GUGAGCCAAGCCAGAAGGC-------
--((((...((..(-((((((((((((((((((..(---((.--((.(((........))).)).))).))))..---)))))))-))))))))..))))))...------- ( -40.70, z-score =  -3.80, R)
>droSim1.chr2R 12186170 93 + 19596830
--UUCUCCAGGACU-GGCUCAUUGUUCUCUCCCAUU---UCU--GACUCGUUCUAGGUCGAAUCCGAACGGGAAU---GAGGACA-GUGAGCCAAGCCAGAAGGC-------
--((((...((..(-((((((((((((((((((..(---((.--((.(((........))).)).))).))))..---)))))))-))))))))..))))))...------- ( -40.70, z-score =  -3.80, R)
>consensus
__UUCUCCAGGCCU_GGCUCAUUGUUCUCUCCCAUU___UCU__GACUCGUUCUAGAUCGAAACCGAGCGGGAAC___GAGGACA_GUGAGCCAAGCCAGGAGG________
....(((........(((.....)))....................((((((((...(((....)))...)))))...))).......)))..................... ( -8.32 =  -7.38 +  -0.93)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 4

Location 13,450,116 – 13,450,209
Length 93
Sequences 12
Columns 112
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 68.08
Shannon entropy 0.62177
G+C content 0.52312
Mean single sequence MFE -38.39
Consensus MFE -2.51
Energy contribution -2.61
Covariance contribution 0.10
Combinations/Pair 1.22
Mean z-score -3.71
Structure conservation index 0.07
Background model dinucleotide
Decision model sequence based alignment quality
SVM decision value 0.72
SVM RNA-class probability 0.798813
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>dm3.chr2R 13450116 93 - 21146708
-------ACCUUCUGGCUUGGCUCAC-UGUCCUC---AUUCCCGUUCGGAUUCGACCUAGAACGAGUC--AGA---AAUGGGAGAGAACAAUGAGCC-AGUCCUGGAGAA--
-------..((((.((.((((((((.-(((.(((---..((((((((.((((((........))))))--.).---)))))))))).))).))))))-)).)).))))..-- ( -42.40, z-score =  -4.51, R)
>droGri2.scaffold_15245 17909391 94 + 18325388
--------------GGCUUGACACUCGCUGGCUCAUUGUCCUCGCUCGGUUUUAAUCUAGAACGAAUUAAAAAGGAGACAGGAGACAGCAAUGAGCCCAAGUGUCGCG----
--------------.((..((((((....(((((((((((((..(((..((((((((......).)))))))..)))..))).....))))))))))..)))))))).---- ( -33.30, z-score =  -2.88, R)
>droMoj3.scaffold_6496 1337836 84 + 26866924
--------------GGCUCGACAC---AUGGCUCAUUGUCCUCGCUCGGUUUCAACCUAUAACGAUUUAGAAA-------GGAGACGACAAUGAGCCAGAGUGUUGUG----
--------------....((((((---.((((((((((((.(((...(((....))).....)))........-------(....)))))))))))))..))))))..---- ( -32.30, z-score =  -4.06, R)
>droVir3.scaffold_12875 4542500 84 - 20611582
--------------GGCUCGACAC---UCGGCUCAUUGUCCUCGCUCGGUUUCGAUCUAGAACGAGUCAGAAA-------GGAGACAACAAUGAGCCCGAGUGUUGUG----
--------------....((((((---((((((((((((.((.(((((...((......)).))))).))...-------(....).)))))))).))))))))))..---- ( -37.70, z-score =  -4.23, R)
>droWil1.scaffold_180700 4785733 99 - 6630534
--------CAUUUUGACUCGGCUCAU-UGUCCUCAUUGUUCCCACUCGGUUUCGAUCUAGAACGAGUUAGAGA---AAUGGUUGAGAACAAUGAGCC-CAGCCUAAUAAGUA
--------........((.(((((((-(((.((((...(((..(((((...((......)).)))))..))).---......)))).))))))))))-.))........... ( -30.00, z-score =  -2.86, R)
>droPer1.super_2 5554254 99 - 9036312
GUCUCGGUGCUCGGCCCAUUG-UCCC-CGUCCUC---GUCCCCGCUCGGUACCGAUCUAGAACGAGUC--AGA---AAUGGGAGAGAACAAUGAGCC-AAGCCUCGAGAA--
.((((((.(((.(((.(((((-((((-(((.(((---((.(..(.(((....))).)..).)))))..--...---.))))).))...))))).)))-.))).)))))).-- ( -37.20, z-score =  -2.61, R)
>dp4.chr3 5349019 99 - 19779522
GUCUCGGUGCUCGGCCCAUUG-UCCC-CGUCCUC---GUCCCCGCUCGGUACCGAUCUAGAACGAGUC--AGA---AAUGGGAGAGAACAAUGAGCC-AGGCCUCGAGAA--
.((((((.((..(((.(((((-((((-(((.(((---((.(..(.(((....))).)..).)))))..--...---.))))).))...))))).)))-..)).)))))).-- ( -37.30, z-score =  -1.98, R)
>droAna3.scaffold_13266 9085599 99 + 19884421
-UCUGGCUGCUCCUUGCUCGGCUCAU-UAUCCUC---GUCCCCGCUCGGUUUCGAUCUAGAACGAGUC--AGA---AAUGGGAGAGAACAGUGAGCC-AAGUUUCGGAGA--
-........((((..(((.(((((((-(...(((---.((((.(((((...((......)).))))).--(..---..))))))))...))))))))-.)))...)))).-- ( -35.10, z-score =  -1.08, R)
>droEre2.scaffold_4845 7677359 93 - 22589142
-------ACCUCCUGGCUUGGCUCAC-UGUCCUC---AUUCCCGUUCGGAUUCGACCUAAAACGAGUC--AGA---AAUGGGAGAGAACAAUGAGCC-AGUCCUGGAGAA--
-------..((((.((.((((((((.-(((.(((---..((((((((.((((((........))))))--.).---)))))))))).))).))))))-)).)).))))..-- ( -45.30, z-score =  -5.84, R)
>droYak2.chr2R 5402307 93 + 21139217
-------ACCUCCUGGCUUGGCUCAA-UGUCCUC---AAUCCCGUUCGGAUUCGACCUAGAACGAGUC--AGA---AAUGGGAGAGAACAAUGAGCC-AGUCCUGGAGAU--
-------..((((.((.((((((((.-(((.(((---..((((((((.((((((........))))))--.).---)))))))))).))).))))))-)).)).))))..-- ( -45.30, z-score =  -5.71, R)
>droSec1.super_1 10949536 93 - 14215200
-------GCCUUCUGGCUUGGCUCAC-UGUCCUC---AUUCCCGUUCGGAUUCGACCUAGAACGAGUC--AGA---AAUGGGAGAGAACAAUGAGCC-AGUCCUGGAGAA--
-------..((((.((.((((((((.-(((.(((---..((((((((.((((((........))))))--.).---)))))))))).))).))))))-)).)).))))..-- ( -42.40, z-score =  -4.39, R)
>droSim1.chr2R 12186170 93 - 19596830
-------GCCUUCUGGCUUGGCUCAC-UGUCCUC---AUUCCCGUUCGGAUUCGACCUAGAACGAGUC--AGA---AAUGGGAGAGAACAAUGAGCC-AGUCCUGGAGAA--
-------..((((.((.((((((((.-(((.(((---..((((((((.((((((........))))))--.).---)))))))))).))).))))))-)).)).))))..-- ( -42.40, z-score =  -4.39, R)
>consensus
________CCUCCUGGCUUGGCUCAC_UGUCCUC___GUCCCCGCUCGGUUUCGACCUAGAACGAGUC__AGA___AAUGGGAGAGAACAAUGAGCC_AAGCCUGGAGAA__
...........................................(((((...(((........)))...............(.......)..)))))................ ( -2.51 =  -2.61 +   0.10)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Tue Apr 19 22:30:03 2011