| Sequence ID | dm3.chr2R |
|---|---|
| Location | 12,662,635 – 12,662,750 |
| Length | 115 |
| Max. P | 0.800794 |
| Location | 12,662,635 – 12,662,750 |
|---|---|
| Length | 115 |
| Sequences | 15 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 70.74 |
| Shannon entropy | 0.64772 |
| G+C content | 0.56889 |
| Mean single sequence MFE | -45.24 |
| Consensus MFE | -14.88 |
| Energy contribution | -14.40 |
| Covariance contribution | -0.48 |
| Combinations/Pair | 1.82 |
| Mean z-score | -1.83 |
| Structure conservation index | 0.33 |
| Background model | dinucleotide |
| Decision model | sequence based alignment quality |
| SVM decision value | 0.73 |
| SVM RNA-class probability | 0.800794 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>dm3.chr2R 12662635 115 + 21146708 -----GUGGAAACCUAUGAGCUGCCAGAUGGGCAGAAAAUCGUUUUGGGCUGCGAGAGAUUCCGCUGCCCGGAGGCUCUCUUCCAACCCAGUUUGCUGGGUCAGGAGGUGAUGGGCAUCC -----..(((..(((((((((((((.....)))..........(((((((.(((.(.....)))).)))))))))))).(((((.((((((....))))))..)))))..)))))..))) ( -49.50, z-score = -2.22, R) >droSim1.chr2R 11397151 115 + 19596830 -----GACGAAACCUAUGAGCUGCCAGAUGGGCAGAAAAUCGUUUUGGGCAGCGAGAGAUUCCGCUGCCCGGAGGCUCUCUUCCAGCCCAGUUUGCUGGGUCAGGAGGUGAUGGGCAUCC -----...(((((.......(((((.....)))))......)))))((((((((.(.....)))))))))(((.((((.(((((.((((((....))))))..)))))....)))).))) ( -53.42, z-score = -3.24, R) >droSec1.super_1 10167829 115 + 14215200 -----GAUGAAACCUAUGAGCUGCCAGAUGGGCAGAAAAUCGUUUUGGGCAGCGAGAGAUUCCGCUGCCCGGAGGCUCUCUUCCAGCCCAGUUUGCUGGGUCAGGAGGUGAUGGGCAUCC -----((((...(((((((((((((.....)))..........(((((((((((.(.....))))))))))))))))).(((((.((((((....))))))..)))))..))))))))). ( -53.80, z-score = -3.35, R) >droYak2.chr2R 4823783 115 - 21139217 -----GAGGAUACCUAUGAGCUGCCAGAUGGCCAGAAAAUCGUUUUGGGCAGCGAGAGAUUCCGCUGUCCGGAGGCUCUCUUCCAGCCCAGUUUGCUGGGUCAGGAGGUGAUGGGCAUUC -----..((((.(((((((((((((....)))...........(((((((((((.(.....))))))))))))))))).(((((.((((((....))))))..)))))..))))).)))) ( -50.40, z-score = -2.63, R) >droEre2.scaffold_4845 9399842 115 - 22589142 -----GAGGAUACCUAUGAGCUGCCGGAUGGCCAGAAAAUCGUUUUGGGCAGCGAGAGAUUCCGCUGCCCGGAGGCUCUCUUCCAGCCCAGUUUGCUGGGUCAGGAGGUGAUGGGCAUUC -----..((((.((((((((((.((((....((((((.....))))))((((((.(.....))))))))))).))))).(((((.((((((....))))))..)))))..))))).)))) ( -53.10, z-score = -2.89, R) >droAna3.scaffold_13266 5953387 120 - 19884421 AGCGAGAAGAUGUCUACGAAUUGCCAGAUGGCCAGAAGAUCAGUCUUGGCAGCGAGAGAUUCCGUUGUCCGGAGGCACUGUUCCAGCCCAGUUUAUUAGGUCAGGAGGUGAUGGGCAUCC ........(((((((....((..((...(((((.........((((((((((((.(.....))))))))..)))))((((........))))......)))))...))..))))))))). ( -36.80, z-score = -0.36, R) >dp4.chr3 727970 115 - 19779522 -----GAAGAGGUCUACCAGCUGCCCGACGGCCAGAGGAUUAAGCUCGGAAGCGAGCGCUUCCGCUGUCCGGAGGCCCUGUUCCAGCCCAAGCUGCUGGGGCUGCAGAUGCUGGGUGUGC -----...........((((((((((..(((.(((.(((....(((((....)))))...))).))).)))..))....((((((((.......)))))))).)))...)))))...... ( -49.20, z-score = -0.19, R) >droPer1.super_37 706003 115 - 760358 -----GAAGAGGUCUACCAGCUGCCCGACGGCCAGAGGAUUAAGCUCGAAAGCGAGCGCUUCCGCUGUCCGGAGGCCCUGUUCCAUCCCAAGCUGCUGGGGCUGCAGAUGCUGGGUGUGC -----...........(((((.(((...(((.(((.(((....(((((....)))))...))).))).)))..))).((((....(((((......)))))..))))..)))))...... ( -45.00, z-score = 0.25, R) >droWil1.scaffold_180701 2714830 115 + 3904529 -----AACCAAAUCUAUGAGCUGCCCGAUGGCCAAAGAAUAACCUUGGGUAAUGAACUUUUUCGCUGCCCCGAAGCUCUAUUUAAGCCAUGCCAUCUGGGUCAAGAGGCACUCGGCCUGC -----..............((.((((((((((..............(((((.((((....)))).)))))....(((.......)))...)))))).))))....((((.....)))))) ( -30.70, z-score = -0.15, R) >droVir3.scaffold_12875 17954654 115 - 20611582 -----GAUGAACUAUACGAAUUGCCCGAUGGCACAACUAUAAACAUUGGAAACGAGCGUUUCCGUUGCCCGGAGGCGCUCUUUAAGCCCAGCAUGCUGGGCCAGGAGGUGCCCGGACUGC -----...................(((..(((((..((.........(....)(((((((((((.....))))))))))).....((((((....))))))..))..))))))))..... ( -45.30, z-score = -3.19, R) >droMoj3.scaffold_6496 22574350 115 + 26866924 -----GAUGAGUUCUACGAGCUGCCUGAUGGCACAACCAUCAACAUUGGCAGCGAGCGCUUCCGCUGCCCGGAGGCACUGUUCAAGCCGAACAUGCUGGGCCUGGAAGUGCCCGGCCUGC -----....((..(.....((((((((((((.....)))))).....))))))(.(((((((((..((((...((((.(((((.....))))))))))))).))))))))).))..)).. ( -50.10, z-score = -2.38, R) >droGri2.scaffold_15112 3520054 115 + 5172618 -----AAUGAGUUGUACGAGCUACCCGAUGGCCGUACAAUUAAUGUGGGCAGCGAACGUUUCCGUUGUCCGGAGGCACUCUUCAAGCCCAGCAUGCUCGGCUUGGAGGUGCCCGGUGUCC -----....(((((((((.((((.....))))))))))))).....(((((.((......((((.....))))(((((.(((((((((.((....)).)))))))))))))))).))))) ( -53.80, z-score = -4.33, R) >anoGam1.chrU 32804719 115 + 59568033 -----GAGAAGUCGUACGAACUGCCCGAUGGACAGGUGAUCACCAUCGGUAACGAGCGGUUCCGUUGUCCCGAGUCGCUGUUCCAGCCCUCCUUCCUGGGUAUGGAAUCGUGCGGCAUCC -----..((.(((((((((.....(((((((...........))))))).....((((..((.(.....).))..)))).(((((((((........)))).)))))))))))))).)). ( -44.10, z-score = -1.78, R) >apiMel3.GroupUn 389719749 115 - 399230636 -----GAAAAGAGCUAUGAACUUCCAGAUGGUCAAGUAAUUACUAUUGGUAACGAAAGAUUCCGUUGUCCCGAGGCUCUUUUCCAACCAUCCUUCUUAGGAAUGGAAGCUUGCGGUAUUC -----((((((((((.((........((((((.((....))))))))(((((((........))))).)))).))))))))))...(((((((....))).))))............... ( -30.60, z-score = -1.35, R) >triCas2.ChLG3 1568475 115 + 32080666 -----GAAAAGAGCUACGAACUCCCUGACGGUCAGGUCAUCACCAUCGGCAACGAGAGGUUCCGCUGCCCUGAAGCCCUCUUCCAGCCUUCCUUCUUGGGUAUGGAAUCGUGCGGUAUCC -----.......((.((((.(((((((.....)))).........(((....)))))).(((((.(((((.((((................))))..))))))))))))))))....... ( -32.79, z-score = 0.37, R) >consensus _____GAAGAGAUCUACGAGCUGCCAGAUGGCCAGAAAAUCAAUUUGGGCAGCGAGAGAUUCCGCUGCCCGGAGGCUCUCUUCCAGCCCAGCUUGCUGGGUCAGGAGGUGAUGGGCAUCC .....................((((......................(((((((........)))))))...........(((..(((..........)))..))).......))))... (-14.88 = -14.40 + -0.48)
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