| Sequence ID | dm3.chr2R |
|---|---|
| Location | 9,821,105 – 9,821,225 |
| Length | 120 |
| Max. P | 0.730320 |
| Location | 9,821,105 – 9,821,225 |
|---|---|
| Length | 120 |
| Sequences | 13 |
| Columns | 125 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 78.24 |
| Shannon entropy | 0.49485 |
| G+C content | 0.54615 |
| Mean single sequence MFE | -37.58 |
| Consensus MFE | -24.57 |
| Energy contribution | -24.98 |
| Covariance contribution | 0.41 |
| Combinations/Pair | 1.12 |
| Mean z-score | -0.93 |
| Structure conservation index | 0.65 |
| Background model | dinucleotide |
| Decision model | sequence based alignment quality |
| SVM decision value | 0.43 |
| SVM RNA-class probability | 0.691417 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>dm3.chr2R 9821105 120 + 21146708 -AAUUGAAAUUGUUUUGUGGAU----GCACUCACCUGCUAUGCGGAGAACCGCACGAUCCGCCGGAUCCAGCUGCAGGAUGCUGAGCGGCUUGUCCUUAGCCCAUUCGCUAAGGGAUUCGCGAUC -.............((((((((----((.(((((((((..(((((....))))).(((((...))))).....)))))....))))..))...((((((((......)))))))))))))))).. ( -42.00, z-score = -1.38, R) >droAna3.scaffold_13266 17122311 116 + 19884421 AAAUAAAAAUUCU------UGAU---CCACCCACCUGCUAUCCGGAGAACUGCACGAUCCGCCGGAUCCAGCUGCAGGAUGCUGAGCGGCUUGUCCUUAGCCCAUUCGCUAAGGGAUUCGCGAUC .............------.(((---(......(((((.((((((.((.(.....).))..))))))......))))).......((((....((((((((......))))))))..)))))))) ( -34.20, z-score = -0.89, R) >droSec1.super_1 7345610 119 + 14215200 -AAUUGAAAU-GUUUUGUGGAU----GCACUCACCUGCUAUGCGGAGAACCGCACGAUCCGCCGGAUCCAGCUGCAGGAUGCUGAGCGGCUUGUCCUUAGCCCAUUCGCUAAGGGAUUCGCGAUC -.........-...((((((((----((.(((((((((..(((((....))))).(((((...))))).....)))))....))))..))...((((((((......)))))))))))))))).. ( -42.00, z-score = -1.38, R) >droSim1.chr2R 8254362 119 + 19596830 -AAUUGAAAUGGUUU-GUGGAU----GCACUCACCUGCUAUGCGGAGAACCGCACGAUCCGCCGGAUCCAGCUGCAGGAUGCUGAGCGGCUUGUCCUUAGCCCAUUCGCUAAGGGAUUCGCGAUC -............((-((((((----((.(((((((((..(((((....))))).(((((...))))).....)))))....))))..))...((((((((......)))))))))))))))).. ( -42.00, z-score = -1.03, R) >droWil1.scaffold_181009 2203047 113 - 3585778 --AUUUAAAUUUU------UGCU---C-ACUCACCUGCUAUUCGCAAUACUGCCCGAUCAGCUGGAUCCAAUUGUAAUAUGCUAAGCGGCUUAUCCUUAGCCCAUUCGCUAAGGGAUUCGCGAUC --..........(------(((.---.-........(((..(((((....)))..))..))).((((((...........(((....))).....((((((......)))))))))))))))).. ( -25.00, z-score = -0.54, R) >droVir3.scaffold_12875 14369401 122 - 20611582 --UGCCAACUAGUCGAGGAUAUUUU-UGACUCACCUGCUAUGCGUAGAACGGCCCGAUCUGCCGGAUCCAGCUGCAGUAUGCUGAGCGGCUUAUCCUUAGCCCAUUCGCUAAGGGAUUCGCGAUC --.(((....((((((((....)))-)))))...((((.....))))...)))..((((.((.((((((((((((((....))..))))))....((((((......)))))))))))))))))) ( -40.80, z-score = -1.32, R) >droMoj3.scaffold_6496 23789938 122 + 26866924 UAAUAAAUAUUUUGAGAUGUGCU---CGACUUACCUGCUAUGCGCAGGACGGCACGAUCCGCCGGAUCCAGCUGCAGUAUGCUGAGCGGCUUGUCCUUAGCCCAUUCGCUAAGGGAUUCGCGAUC ...............(((((((.---((.....(((((.....))))).)))))).)))(((.((((((((((((((....))..))))))....((((((......)))))))))))))))... ( -42.20, z-score = -1.51, R) >droGri2.scaffold_15112 4042047 123 - 5172618 -GAUUGAUAA-GUUAUGUGUAUCAUAGAGCUCACCUGCUAUGCGUAAAACUGCCCGAUCUGCCGGAUCCAGCUGGAGUAUGCUGAGCGGCUUGUCCUUAGCCCAUUCGCUAAGGGAUUCGCGAUC -(((((...(-(((.(((((((.....(((......)))))))))).))))...))))).....((((((((........)))).((((....((((((((......))))))))..)))))))) ( -35.90, z-score = -0.35, R) >droPer1.super_4 2009489 105 + 7162766 --------------------GGGGGUUCACUCACCUGCUAUACGAAGCACGGCCCGAUCCGCCGGAUCCAGCUGCAGUAUGCUGAGCGGCUUGUCCUUAGCCCAUUCGCUAAGGGAUUCGCGAUC --------------------((((((......)))((((......))))...)))((((.((.((((((((((((((....))..))))))....((((((......)))))))))))))))))) ( -37.50, z-score = -0.51, R) >dp4.chr3 8095199 105 + 19779522 --------------------GGGGGUUCACUCACCUGCUAUACGAAGCACGGCCCGAUCCGCCGGAUCCAGCUGCAGUAUGCUGAGCGGCUUGUCCUUAGCCCAUUCGCUAAGGGAUUCGCGAUC --------------------((((((......)))((((......))))...)))((((.((.((((((((((((((....))..))))))....((((((......)))))))))))))))))) ( -37.50, z-score = -0.51, R) >droEre2.scaffold_4845 6588229 105 - 22589142 --------------------AAGGGGGCACUCACCUGCAAUGCGGAGAACCGCACGAUCCGCCGGAUCCAGCUGCAGGAUGCUGAGCGGCUUGUCCUUAGCCCAUUCGCUAAGGGAUUCGCGAUC --------------------.....((((....((((((.(((((....))))).(((((...)))))....)))))).))))..((((....((((((((......))))))))..)))).... ( -40.60, z-score = -0.81, R) >droYak2.chr2R 14004442 105 - 21139217 --------------------ACGAGGGCACUCACCUGCUAUGCGGAGAACCGCACGAUCCGCCGGAUCCAGCUGCAGGAUGCUGAGCGGCUUGUCCUUAGCCCAUUCGCUAAGGGAUUCGCGAUC --------------------..(((....))).(((((..(((((....))))).(((((...))))).....))))).......((((....((((((((......))))))))..)))).... ( -40.00, z-score = -0.99, R) >anoGam1.chr3L 22933145 120 + 41284009 -AAAAAAAAGUCCUAAAAAAAC----ACACAUACCUGCUAUUCUCAGUACGGCCCGAUCCGCCGGAUCUAGCUGCAGUAUGCUGAGCGGCUUAUCCUUUGCCCAUUCGGCCAGGCUUUCCCGAUC -.....((((.(((........----.........((((......)))).((((.(((..((.((((..((((((((....))..)))))).))))...))..))).)))))))))))....... ( -28.90, z-score = -0.83, R) >consensus __AUU_AAAU_GU______UAU____GCACUCACCUGCUAUGCGGAGAACCGCACGAUCCGCCGGAUCCAGCUGCAGUAUGCUGAGCGGCUUGUCCUUAGCCCAUUCGCUAAGGGAUUCGCGAUC .......................................................((((.((.((((((((((((..........))))))....((((((......)))))))))))))))))) (-24.57 = -24.98 + 0.41)
| Location | 9,821,105 – 9,821,225 |
|---|---|
| Length | 120 |
| Sequences | 13 |
| Columns | 125 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 78.24 |
| Shannon entropy | 0.49485 |
| G+C content | 0.54615 |
| Mean single sequence MFE | -39.51 |
| Consensus MFE | -25.70 |
| Energy contribution | -26.02 |
| Covariance contribution | 0.33 |
| Combinations/Pair | 1.10 |
| Mean z-score | -0.98 |
| Structure conservation index | 0.65 |
| Background model | dinucleotide |
| Decision model | sequence based alignment quality |
| SVM decision value | 0.53 |
| SVM RNA-class probability | 0.730320 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>dm3.chr2R 9821105 120 - 21146708 GAUCGCGAAUCCCUUAGCGAAUGGGCUAAGGACAAGCCGCUCAGCAUCCUGCAGCUGGAUCCGGCGGAUCGUGCGGUUCUCCGCAUAGCAGGUGAGUGC----AUCCACAAAACAAUUUCAAUU- ......(((..(((((((......)))))))....((.(((((....(((((.((((....)))).....((((((....)))))).))))))))))))----..............)))....- ( -42.90, z-score = -1.76, R) >droAna3.scaffold_13266 17122311 116 - 19884421 GAUCGCGAAUCCCUUAGCGAAUGGGCUAAGGACAAGCCGCUCAGCAUCCUGCAGCUGGAUCCGGCGGAUCGUGCAGUUCUCCGGAUAGCAGGUGGGUGG---AUCA------AGAAUUUUUAUUU ((((((.....(((((((......)))))))....))((((((....(((((......((((((.((((......)))).)))))).))))))))))))---))).------............. ( -41.90, z-score = -1.17, R) >droSec1.super_1 7345610 119 - 14215200 GAUCGCGAAUCCCUUAGCGAAUGGGCUAAGGACAAGCCGCUCAGCAUCCUGCAGCUGGAUCCGGCGGAUCGUGCGGUUCUCCGCAUAGCAGGUGAGUGC----AUCCACAAAAC-AUUUCAAUU- ......(((..(((((((......)))))))....((.(((((....(((((.((((....)))).....((((((....)))))).))))))))))))----...........-..)))....- ( -42.90, z-score = -1.71, R) >droSim1.chr2R 8254362 119 - 19596830 GAUCGCGAAUCCCUUAGCGAAUGGGCUAAGGACAAGCCGCUCAGCAUCCUGCAGCUGGAUCCGGCGGAUCGUGCGGUUCUCCGCAUAGCAGGUGAGUGC----AUCCAC-AAACCAUUUCAAUU- ......(((..(((((((......)))))))....((.(((((....(((((.((((....)))).....((((((....)))))).))))))))))))----......-.......)))....- ( -42.90, z-score = -1.55, R) >droWil1.scaffold_181009 2203047 113 + 3585778 GAUCGCGAAUCCCUUAGCGAAUGGGCUAAGGAUAAGCCGCUUAGCAUAUUACAAUUGGAUCCAGCUGAUCGGGCAGUAUUGCGAAUAGCAGGUGAGU-G---AGCA------AAAAUUUAAAU-- ..((((.....(((((((......)))))))....((((((..(((...(((..((.((((.....)))).))..))).)))....))).)))..))-)---)...------...........-- ( -30.50, z-score = -0.76, R) >droVir3.scaffold_12875 14369401 122 + 20611582 GAUCGCGAAUCCCUUAGCGAAUGGGCUAAGGAUAAGCCGCUCAGCAUACUGCAGCUGGAUCCGGCAGAUCGGGCCGUUCUACGCAUAGCAGGUGAGUCA-AAAAUAUCCUCGACUAGUUGGCA-- ....((..((((.(((((......)))))))))..)).((.((((...((((.((((((..((((.......)))).)))).))...))))...((((.-...........)))).)))))).-- ( -38.00, z-score = -0.05, R) >droMoj3.scaffold_6496 23789938 122 - 26866924 GAUCGCGAAUCCCUUAGCGAAUGGGCUAAGGACAAGCCGCUCAGCAUACUGCAGCUGGAUCCGGCGGAUCGUGCCGUCCUGCGCAUAGCAGGUAAGUCG---AGCACAUCUCAAAAUAUUUAUUA ((((.......(((((((......)))))))....((((.(((((........)))))...)))).))))((((((.(((((.....))))).....))---.)))).................. ( -44.50, z-score = -2.20, R) >droGri2.scaffold_15112 4042047 123 + 5172618 GAUCGCGAAUCCCUUAGCGAAUGGGCUAAGGACAAGCCGCUCAGCAUACUCCAGCUGGAUCCGGCAGAUCGGGCAGUUUUACGCAUAGCAGGUGAGCUCUAUGAUACACAUAAC-UUAUCAAUC- ((((.......(((((((......)))))))....((((.(((((........)))))...)))).))))..((........))......((((((...((((.....)))).)-)))))....- ( -35.00, z-score = -0.79, R) >droPer1.super_4 2009489 105 - 7162766 GAUCGCGAAUCCCUUAGCGAAUGGGCUAAGGACAAGCCGCUCAGCAUACUGCAGCUGGAUCCGGCGGAUCGGGCCGUGCUUCGUAUAGCAGGUGAGUGAACCCCC-------------------- ....((.....(((((((......)))))))....))((((((.(.....((.(((.(((((...))))).))).))(((......))).).)))))).......-------------------- ( -37.30, z-score = -0.28, R) >dp4.chr3 8095199 105 - 19779522 GAUCGCGAAUCCCUUAGCGAAUGGGCUAAGGACAAGCCGCUCAGCAUACUGCAGCUGGAUCCGGCGGAUCGGGCCGUGCUUCGUAUAGCAGGUGAGUGAACCCCC-------------------- ....((.....(((((((......)))))))....))((((((.(.....((.(((.(((((...))))).))).))(((......))).).)))))).......-------------------- ( -37.30, z-score = -0.28, R) >droEre2.scaffold_4845 6588229 105 + 22589142 GAUCGCGAAUCCCUUAGCGAAUGGGCUAAGGACAAGCCGCUCAGCAUCCUGCAGCUGGAUCCGGCGGAUCGUGCGGUUCUCCGCAUUGCAGGUGAGUGCCCCCUU-------------------- ....((.....(((((((......)))))))....))((((((....((((((((((....)))).....((((((....)))))))))))))))))).......-------------------- ( -42.50, z-score = -1.21, R) >droYak2.chr2R 14004442 105 + 21139217 GAUCGCGAAUCCCUUAGCGAAUGGGCUAAGGACAAGCCGCUCAGCAUCCUGCAGCUGGAUCCGGCGGAUCGUGCGGUUCUCCGCAUAGCAGGUGAGUGCCCUCGU-------------------- ....((((...(((((((......)))))))......((((((....(((((.((((....)))).....((((((....)))))).)))))))))))...))))-------------------- ( -44.00, z-score = -1.54, R) >anoGam1.chr3L 22933145 120 - 41284009 GAUCGGGAAAGCCUGGCCGAAUGGGCAAAGGAUAAGCCGCUCAGCAUACUGCAGCUAGAUCCGGCGGAUCGGGCCGUACUGAGAAUAGCAGGUAUGUGU----GUUUUUUUAGGACUUUUUUUU- ....((((((((((((((.....)))((((((((.(((((((((....))).)))..(((((...))))).)))((((((..........))))))..)----))))))))))).)))))))..- ( -33.90, z-score = 0.51, R) >consensus GAUCGCGAAUCCCUUAGCGAAUGGGCUAAGGACAAGCCGCUCAGCAUACUGCAGCUGGAUCCGGCGGAUCGUGCCGUUCUCCGCAUAGCAGGUGAGUGC____AUA______AC_AUUU_AAU__ ((((.......(((((((......)))))))....((((.(((((........)))))...)))).))))....................................................... (-25.70 = -26.02 + 0.33)
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