Locus 3909

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>dm3.chr2R 8905884 107 + 21146708
UGUGCUCUGCUCAUUACAUUCAUUAACUUU-AAUGAAUUGAUAUAUUCAGGCAAACUCGAAGGCCAUCAAAGGCCUACGACUUAUCUGAAUAUUGG-CUGUGUGUAUAA-
(((((.(.(((.((((.((((((((....)-)))))))))))((((((((..((..(((.(((((......))))).))).))..)))))))).))-)...).))))).- ( -31.90, z-score =  -4.11, R)
>dp4.chr3 5675892 102 + 19779522
UGUGUGCUGCUCAUUACAGUCAUUGACUCG-AAUGAAU-AACGC-----AACGAAUUCGAAGGCUAAAC-AGGCCUAUAAAUUGCCUGAAUAGUUGCCUGUGAAUCGAAA
(((((.....(((((..((((...))))..-)))))..-.))))-----).(((.((((.((((....(-((((.........))))).......)))).)))))))... ( -27.10, z-score =  -2.44, R)
>droPer1.super_2 5868974 87 + 9036312
--UGUG-UGCUCAUUACAGUCAUUGACUCG-AAUGAAU-AACGC-----AACGAAUUCGAAGGCUAAAC-AGGCCUAUAAAUUGC------------CUGUGAAUCGAAA
--((((-(..(((((..((((...))))..-)))))..-.))))-----).....(((((.......((-((((.........))------------))))...))))). ( -22.10, z-score =  -2.32, R)
>droAna3.scaffold_13266 6378187 106 + 19884421
UGUGUUUUGCUCAUUACAUUCAUUAACUUUUAAUGAAUUGAUAU--UCAGAGAA-CUUGAAGGCUGAAUGAGGCCUACGACUUGCUUGAAAAGUAG-CUGAUUUUCAAAA
.((.(((((...((((.((((((((.....))))))))))))..--.))))).)-)(((.(((((......))))).))).....(((((((....-....))))))).. ( -20.60, z-score =  -0.54, R)
>droEre2.scaffold_4845 5675676 105 - 22589142
UUUGCUCUGCUCAUUACAUUCAUUAGGUUU-AAUGAAUUGAUAU--UCAGGCAA-CUCGAAGGCCGUCAGAGGCCUACGACUUAUCUGAAAAGUGG-AUGUGCGUAUAAU
...((((..((.((((.((((((((....)-))))))))))).(--((((..((-.(((.(((((......))))).))).))..))))).))..)-)...))....... ( -31.10, z-score =  -2.67, R)
>droYak2.chr2R 13082003 104 - 21139217
UGUGCUCUGCUCAUUACAUUCAUUAAGUUU-AAUGAAUUGAUAU--UCAGGCAAACUCGAAGGCCAUCCGAGGCCUACGACUUAUAAAAAAAGUG---UAUGUGUAUAAU
(((((.(((...((((.((((((((....)-)))))))))))..--.)))(((.((.((.(((((......))))).))((((.......)))))---).)))))))).. ( -24.10, z-score =  -1.93, R)
>droSec1.super_1 6422085 105 + 14215200
UGCGCUCUGCUCAUUACAUUCAUUAACUUU-AAUGAAUUGAUAU--UCAGGCAAACUCGAAGGCCAACUGAGGCCUACGACUUAUCUGAAUAUUGG-CUGUGUGCUUAA-
.((((.(.(((......((((((((....)-))))))).(((((--((((..((..(((.(((((......))))).))).))..)))))))))))-).).))))....- ( -35.90, z-score =  -5.51, R)
>droSim1.chr2R 7357188 105 + 19596830
UGUGCUCUGCUCAUUACAUUCAUUAACUUU-AAUGAAUUGAUAU--UCAGGCAAACUCGAAGGCCAAAUGAGGCCUACGACUUAUCUGAAUAUUGG-CUGUGUGUAUAG-
(((((.(.(((......((((((((....)-))))))).(((((--((((..((..(((.(((((......))))).))).))..)))))))))))-)...).))))).- ( -32.70, z-score =  -4.19, R)
>consensus
UGUGCUCUGCUCAUUACAUUCAUUAACUUU_AAUGAAUUGAUAU__UCAGGCAAACUCGAAGGCCAAACGAGGCCUACGACUUAUCUGAAUAGUGG_CUGUGUGUAUAA_
..((((...........(((((((.......)))))))...........))))...(((.(((((......))))).))).............................. (-13.35 = -13.22 +  -0.12) 

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Window 8

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>dm3.chr2R 8905884 107 - 21146708
-UUAUACACACAG-CCAAUAUUCAGAUAAGUCGUAGGCCUUUGAUGGCCUUCGAGUUUGCCUGAAUAUAUCAAUUCAUU-AAAGUUAAUGAAUGUAAUGAGCAGAGCACA
-...........(-(((((((((((.(((((((.(((((......))))).))).)))).))))))))....(((((((-(....))))))))....)).))........ ( -30.80, z-score =  -3.90, R)
>dp4.chr3 5675892 102 - 19779522
UUUCGAUUCACAGGCAACUAUUCAGGCAAUUUAUAGGCCU-GUUUAGCCUUCGAAUUCGUU-----GCGUU-AUUCAUU-CGAGUCAAUGACUGUAAUGAGCAGCACACA
.(((((.....((((...((..(((((.........))))-)..)))))))))))...(((-----((...-..(((((-..((((...))))..))))))))))..... ( -26.90, z-score =  -2.40, R)
>droPer1.super_2 5868974 87 - 9036312
UUUCGAUUCACAG------------GCAAUUUAUAGGCCU-GUUUAGCCUUCGAAUUCGUU-----GCGUU-AUUCAUU-CGAGUCAAUGACUGUAAUGAGCA-CACA--
.(((((...((((------------((.........))))-)).......)))))((((((-----(((((-(((.((.-...)).)))))).))))))))..-....-- ( -21.60, z-score =  -1.97, R)
>droAna3.scaffold_13266 6378187 106 - 19884421
UUUUGAAAAUCAG-CUACUUUUCAAGCAAGUCGUAGGCCUCAUUCAGCCUUCAAG-UUCUCUGA--AUAUCAAUUCAUUAAAAGUUAAUGAAUGUAAUGAGCAAAACACA
(((((....(((.-.(((..((((((.((.(.(.((((........)))).).).-)))).)))--).....((((((((.....))))))))))).))).))))).... ( -17.30, z-score =  -0.67, R)
>droEre2.scaffold_4845 5675676 105 + 22589142
AUUAUACGCACAU-CCACUUUUCAGAUAAGUCGUAGGCCUCUGACGGCCUUCGAG-UUGCCUGA--AUAUCAAUUCAUU-AAACCUAAUGAAUGUAAUGAGCAGAGCAAA
.......((.(((-..((..(((((.(((.(((.(((((......))))).))).-))).))))--).....(((((((-(....)))))))))).))).))........ ( -29.80, z-score =  -3.59, R)
>droYak2.chr2R 13082003 104 + 21139217
AUUAUACACAUA---CACUUUUUUUAUAAGUCGUAGGCCUCGGAUGGCCUUCGAGUUUGCCUGA--AUAUCAAUUCAUU-AAACUUAAUGAAUGUAAUGAGCAGAGCACA
............---............((.(((.(((((......))))).))).))((((((.--.(((..(((((((-(....))))))))...)))..))).))).. ( -26.20, z-score =  -2.84, R)
>droSec1.super_1 6422085 105 - 14215200
-UUAAGCACACAG-CCAAUAUUCAGAUAAGUCGUAGGCCUCAGUUGGCCUUCGAGUUUGCCUGA--AUAUCAAUUCAUU-AAAGUUAAUGAAUGUAAUGAGCAGAGCGCA
-....((.(.(.(-(((((((((((.(((((((.(((((......))))).))).)))).))))--))))..(((((((-(....))))))))....)).)).).).)). ( -32.50, z-score =  -4.04, R)
>droSim1.chr2R 7357188 105 - 19596830
-CUAUACACACAG-CCAAUAUUCAGAUAAGUCGUAGGCCUCAUUUGGCCUUCGAGUUUGCCUGA--AUAUCAAUUCAUU-AAAGUUAAUGAAUGUAAUGAGCAGAGCACA
-...........(-(((((((((((.(((((((.(((((......))))).))).)))).))))--))))..(((((((-(....))))))))....)).))........ ( -30.20, z-score =  -3.84, R)
>consensus
_UUAUACACACAG_CCACUAUUCAGAUAAGUCGUAGGCCUCAGUUGGCCUUCGAGUUUGCCUGA__AUAUCAAUUCAUU_AAAGUUAAUGAAUGUAAUGAGCAGAGCACA
..............................(((.((((........)))).)))....(((((.........(((((((.......)))))))........))).))... (-12.15 = -12.94 +   0.80) 

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