| Sequence ID | dm3.chr2R |
|---|---|
| Location | 7,822,552 – 7,822,691 |
| Length | 139 |
| Max. P | 0.739218 |
| Location | 7,822,552 – 7,822,691 |
|---|---|
| Length | 139 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 141 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 84.39 |
| Shannon entropy | 0.29645 |
| G+C content | 0.43513 |
| Mean single sequence MFE | -38.29 |
| Consensus MFE | -26.92 |
| Energy contribution | -28.20 |
| Covariance contribution | 1.28 |
| Combinations/Pair | 1.23 |
| Mean z-score | -1.79 |
| Structure conservation index | 0.70 |
| Background model | dinucleotide |
| Decision model | sequence based alignment quality |
| SVM decision value | 0.55 |
| SVM RNA-class probability | 0.739218 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>dm3.chr2R 7822552 139 + 21146708 UGUACUCUAUAUGUACAUUGUUCGUAUGGAGAUAUAACC--ACCGCUUAUAGGGUCAAGCUCUGCUGUUUUUGGCUGCUGUCCAAAAUCAGUAGCCGCCGAGCAGGAACUGAACUUGUUAGAUUAUCGUGCACACACUUUC (((((((((((((.((...)).))))))))((((.....--....((.(((((.(((...((((((.....(((((((((........)))))))))...))))))...))).))))).))..)))))))))......... ( -39.10, z-score = -1.39, R) >droSim1.chr2R 6360189 139 + 19596830 UGUACUCCAUAUGUACAUUGUUCAUAUGGAGAUAUAACC--AUCGCUUAUAGGGUCAAGCUCUGCUGUUUUCGGCUGCUGUCCAAAAUCAGUAGCCGCCGAGCAGGAACUGAACUCGUUAGAUUAUCGUGCAAACACUUUC (((((((((((((.((...)).))))))))((((((((.--........(((((.....)))))((((((.(((((((((........)))))))))..))))))...........))))...)))))))))......... ( -43.10, z-score = -3.05, R) >droSec1.super_1 5374273 139 + 14215200 UGUACUCCAUAUGUACAUUGUUCAUAUGGAGAUAUAACC--AUCGCUUAUAGGGUCAAGCUCUGCUGUUUUCGGUUGCUGUCCAAAAUCAGUAGCCGCCGAGCAGGAACUGAACUCGUUAGAUUAUCGUGCACACACUUUC (((((((((((((.((...)).))))))))((((((((.--........(((((.....)))))((((((.(((((((((........)))))))))..))))))...........))))...)))))))))......... ( -40.40, z-score = -2.26, R) >droYak2.chr2R 12008522 139 - 21139217 UGUACUCUACAUGUACAUUGUUCAUAUGGAGAUAUAUCC--ACCGCUUAUAGGGUCAAGCGCUGCUGUUUUCGGCUGCUGUCCAAAAUCAGUAGCUGCCGACCAGGAACUGAACUCGUUAGAUUAUCGUGCACACACUUUC (((((((((.(((......((((...((((......)))--)..........((((..(((((((((((((.(((....))).)))).))))))).)).))))..))))......))))))).....)))))......... ( -37.00, z-score = -0.90, R) >droEre2.scaffold_4845 4616559 141 - 22589142 UGUACUCUAUAUGUACAUUGUUCAUACGGAGAUAUAUAUGUACCGCUCAUAGGGUCAAGCGCUGCUGUUUUCGGCUGCUGUCCAAAAUCAGUAGCCGCCGAGCAGGAACUGAACUCGUUAGAUUAUCGUGCACACACUUUC ((.(((((((..((((((..(((.....)))......)))))).....))))))))).((((..((((((.(((((((((........)))))))))..))))))...((((.....))))......)))).......... ( -39.40, z-score = -0.97, R) >droAna3.scaffold_13266 8664011 124 + 19884421 UGUACA-UAUAUAGAGAGUGAUC-UAUGUA--UCCACCU--ACCAUUCAUAGGGUCAACAAUUUCUGUUUCUAUUU-----------UCGGUAGCCGCGAAGCAGGAACUGAACUUGUUAGAUAAUCUAACACACACUCUC ......-......(((((((.((-((((..--.......--......))))))((((((((.(((.((((((.(((-----------.(((...))).)))..)))))).))).))))).)))...........))))))) ( -30.76, z-score = -2.19, R) >consensus UGUACUCUAUAUGUACAUUGUUCAUAUGGAGAUAUAACC__ACCGCUUAUAGGGUCAAGCUCUGCUGUUUUCGGCUGCUGUCCAAAAUCAGUAGCCGCCGAGCAGGAACUGAACUCGUUAGAUUAUCGUGCACACACUUUC (((((((((((((.........)))))))).....................((((..((...(.((((((.(((((((((........)))))))))..)))))).).))..))))...........)))))......... (-26.92 = -28.20 + 1.28)
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