| Sequence ID | dm3.chr2R |
|---|---|
| Location | 7,781,073 – 7,781,221 |
| Length | 148 |
| Max. P | 0.865305 |
| Location | 7,781,073 – 7,781,221 |
|---|---|
| Length | 148 |
| Sequences | 15 |
| Columns | 148 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 90.81 |
| Shannon entropy | 0.20229 |
| G+C content | 0.49772 |
| Mean single sequence MFE | -46.86 |
| Consensus MFE | -39.01 |
| Energy contribution | -38.07 |
| Covariance contribution | -0.95 |
| Combinations/Pair | 1.26 |
| Mean z-score | -1.89 |
| Structure conservation index | 0.83 |
| Background model | dinucleotide |
| Decision model | sequence based alignment quality |
| SVM decision value | 0.97 |
| SVM RNA-class probability | 0.865305 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>dm3.chr2R 7781073 148 + 21146708 UCCAACAUGGGCAAGGAAAAGAUUCACAUUAACAUUGUCGUGAUCGGACACGUCGAUUCCGGUAAGUCGACCACCACCGGACACUUGAUCUACAAGUGCGGUGGUAUCGACAAGCGUACCAUCGAGAAGUUCGAGAAGGAGGCCCAGG .......(((((...(((....)))............((.(..((((((...(((((...((((.(((((..(((((((..((((((.....))))))))))))).))))).....)))))))))...))))))..).)).))))).. ( -51.60, z-score = -2.84, R) >apiMel3.Group5 12537104 148 + 13386189 UUUAUCAUGGGUAAAGAAAAGAUUCAUAUUAAUAUUGUCGUUAUUGGACACGUCGACUCUGGCAAGUCUACCACCACUGGUCAUUUGAUCUACAAAUGUGGUGGUAUUGAUAAACGUACCAUUGAAAAAUUCGAGAAGGAAGCCCAGG .......(((((..............((((((((..........(((((..((((....))))..)))))(((((((.((((....)))).......)))))))))))))))......((.((((.....))))...))..))))).. 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( -52.90, z-score = -2.98, R) >droYak2.chr2R 11966813 148 - 21139217 UCCAACAUGGGCAAGGAAAAGAUUCACAUCAACAUUGUCGUGAUCGGACACGUCGAUUCCGGUAAGUCGACCACCACCGGACACUUGAUCUACAAGUGCGGUGGUAUCGACAAGCGUACCAUCGAGAAGUUCGAGAAGGAAGCCCAGG .......(((((...........((((..((....))..))))((((((...(((((...((((.(((((..(((((((..((((((.....))))))))))))).))))).....)))))))))...)))))).......))))).. ( -53.10, z-score = -3.37, R) >droEre2.scaffold_4845 4574727 148 - 22589142 UCCAACAUGGGCAAGGAAAAGAUUCACAUUAACAUUGUCGUGAUCGGACACGUCGAUUCCGGCAAGUCGACCACCACCGGACACUUGAUCUACAAGUGCGGUGGUAUCGACAAGCGUACCAUCGAGAAGUUCGAGAAGGAGGCCCAGG .......(((((..((..................((((((..(((((.....)))))..))))))(((((..(((((((..((((((.....))))))))))))).))))).......)).(((((...))))).......))))).. ( -52.90, z-score = -3.20, R) >droAna3.scaffold_13266 8623071 148 + 19884421 UCCAAGAUGGGCAAGGAAAAGAUUCACAUUAACAUCGUGGUCAUCGGACACGUCGAUUCCGGUAAGUCGACCACCACCGGUCACUUGAUCUACAAGUGCGGUGGUAUCGACAAGCGUACCAUCGAGAAGUUCGAGAAGGAGGCCCAGG .......(((((........(((.(((.........)))))).((((((...(((((...((((.(((((..(((((((..((((((.....))))))))))))).))))).....)))))))))...)))))).......))))).. ( -51.90, z-score = -2.73, R) >dp4.chr3 17025483 148 + 19779522 UCCAACAUGGGCAAGGAAAAGAUUCACAUCAACAUUGUCGUCAUUGGACACGUCGAUUCUGGCAAGUCCACGACCACCGGUCACUUGAUCUACAAGUGCGGUGGUAUCGACAAGCGUACCAUCGAGAAGUUCGAGAAGGAGGCUCAGG .......(((((..((....(((....))).((.((((((....(((((..((((....))))..)))))..(((((((..((((((.....)))))))))))))..))))))..)).)).(((((...))))).......))))).. ( -45.60, z-score = -1.35, R) >droPer1.super_31 201057 148 - 935084 UCCAACAUGGGCAAGGAAAAGAUUCACAUCAACAUUGUCGUCAUUGGACACGUCGAUUCUGGCAAGUCCACGACCACCGGUCACUUGAUCUACAAGUGCGGUGGUAUCGACAAGCGUACCAUUGAGAAGUUCGAGAAGGAGGCUCAGG .......(((((..((....(((....))).((.((((((....(((((..((((....))))..)))))..(((((((..((((((.....)))))))))))))..))))))..)).)).(((((...))))).......))))).. ( -43.50, z-score = -0.82, R) >droWil1.scaffold_180745 129844 148 - 2843958 ACCACCAUGGGCAAGGAAAAGAUUCACAUUAACAUUGUCGUCAUUGGACAUGUCGACUCUGGCAAGUCCACCACCACUGGUCACUUGAUCUACAAGUGCGGUGGUAUCGACAAGCGUACCAUUGAGAAGUUCGAGAAGGAAGCUCAGG ....((.(((((...................((.((((((....(((((.(((((....))))).)))))..(((((((..((((((.....)))))))))))))..))))))..)).((.(((((...)))))...))..))))))) ( -45.40, z-score = -1.35, R) >droVir3.scaffold_12823 1802893 148 - 2474545 AGCAAGAUGGGUAAGGAAAAGAUUCACAUCAACAUUGUCGUGAUUGGACACGUCGACUCUGGCAAGUCCACCACCACCGGUCACUUGAUCUACAAGUGCGGUGGUAUCGACAAGCGUACCAUUGAGAAGUUCGAGAAGGAGGCUCAGG .((..((((......(((....))).))))....((((((....(((((..((((....))))..)))))..(((((((..((((((.....)))))))))))))..))))))))......(((((...(((.....)))..))))). ( -44.60, z-score = -0.81, R) >droMoj3.scaffold_6496 3288055 148 + 26866924 AACAAGAUGGGCAAGGAAAAGAUUCACAUCAACAUUGUCGUGAUUGGACACGUCGACUCCGGCAAGUCCACCACCACCGGUCACUUGAUCUACAAGUGCGGUGGUAUCGACAAGCGUACCAUUGAGAAGUUCGAGAAGGAAGCCCAGG .......(((((..((....(((....))).((.((((((....(((((..((((....))))..)))))..(((((((..((((((.....)))))))))))))..))))))..)).)).(((((...))))).......))))).. ( -48.60, z-score = -2.21, R) >droGri2.scaffold_15245 8966786 148 + 18325388 GCCAACAUGGGUAAAGAAAAGAUUCACAUCAACAUUGUCGUGAUUGGACACGUCGACUCUGGCAAGUCCACCACCACCGGUCACUUGAUCUACAAGUGCGGUGGCAUCGACAAGCGUACCAUCGAGAAGUUCGAGAAGGAAGCUCAGG .((......((((..(((....))).........((((((((..(((((..((((....))))..)))))...((((((..((((((.....)))))))))))))).))))))...))))...(((...(((.....)))..))).)) ( -43.20, z-score = -0.79, R) >triCas2.chrUn_76 36521 146 + 324113 --CAAGAUGGGUAAAGAAAAGACUCAUAUCAACAUCGUCGUUAUCGGCCACGUAGAUUCUGGUAAAUCUACCACCACUGGUCACUUGAUCUACAAAUGCGGUGGCAUCGAUAAGCGUACGAUCGAAAAGUUCGAGAAGGAGGCCCAGG --.....(((((..........(((...((....((((((((((((((((((((((((......))))))).......((((....))))..........)))))..)))).)))).))))((((.....))))))..)))))))).. ( -40.00, z-score = -1.37, R) >anoGam1.chr2L 45769597 146 + 48795086 --CAAAAUGGGUAAGGAGAAGACUCAUAUUAACAUCGUCGUCAUCGGACACGUCGACUCUGGCAAGUCGACCACCACCGGCCAUUUGAUCUACAAAUGCGGCGGUAUCGACAAGCGUACGAUUGAGAAGUUCGAGAAGGAAGCUCAGG --....((((((.........)))))).......(((((((..((((....(((((((......)))))))....((((.(((((((.....)))))).).)))).))))...))).))))(((((...(((.....)))..))))). ( -41.80, z-score = -0.98, R) >consensus UCCAACAUGGGCAAGGAAAAGAUUCACAUCAACAUUGUCGUGAUCGGACACGUCGAUUCUGGCAAGUCGACCACCACCGGUCACUUGAUCUACAAGUGCGGUGGUAUCGACAAGCGUACCAUCGAGAAGUUCGAGAAGGAGGCCCAGG .......(((((...(((....)))............((.(..((((((..(((((....((........))(((((((..((((((.....))))))))))))).)))))...((......))....))))))..).)).))))).. (-39.01 = -38.07 + -0.95)
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