| Sequence ID | dm3.chr2R |
|---|---|
| Location | 3,863,876 – 3,863,996 |
| Length | 120 |
| Max. P | 0.588626 |
| Location | 3,863,876 – 3,863,996 |
|---|---|
| Length | 120 |
| Sequences | 15 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 80.04 |
| Shannon entropy | 0.45671 |
| G+C content | 0.54778 |
| Mean single sequence MFE | -42.17 |
| Consensus MFE | -28.41 |
| Energy contribution | -26.82 |
| Covariance contribution | -1.59 |
| Combinations/Pair | 1.58 |
| Mean z-score | -0.94 |
| Structure conservation index | 0.67 |
| Background model | dinucleotide |
| Decision model | sequence based alignment quality |
| SVM decision value | 0.20 |
| SVM RNA-class probability | 0.588626 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>dm3.chr2R 3863876 120 - 21146708 GUCUGGGCGUGGAGAAUCUGCGUUACGCCGGCUUGAUUGCCGGUGAAACGUCGCAGGCCUACGAGGAGAUUGUUACUAUCGCUAUGGUUACCUGCCGUACCAUUGGCAUUGGAUCCUAUG (((((((((..(.....)..)(((.(((((((......))))))).)))))).))))).....(((((((.......)))((((((((.((.....)))))).))))......))))... ( -42.80, z-score = -1.37, R) >anoGam1.chr2L 37962270 120 + 48795086 GGCUCGGGGUGGAAAACCUCCGGUACGCCGGCAUGAUUGCGGGCGAAACGUCCCGCGCGUACGAGGACGUGGUCACGAUCUCGAUGGUGACGUGCCGCACGAUCGGCAUCGGCUCGUACC .((.((((..(....(((...))).((((.(((....))).))))...)..)))).))(((((((..((..(((((.((....)).)))))((((((......)))))))).))))))). ( -54.40, z-score = -0.89, R) >apiMel3.GroupUn 396893446 120 + 399230636 GUCUUGGUGUAGAAAAUUUGAAAUAUGCUGGUAUGAUUGCUGGAGAAACGUCAAAAGCUUAUGAUGAAAUAGUUACAAUUUCUAUUGUUUCUUGUCGUGCUAUUGGUAUCGGUUCUUAUU .(((......))).(((..(((..(((((((((((((.....(((((((((((........))))(((((.......)))))....)))))))))))))))...)))))...)))..))) ( -21.40, z-score = 0.07, R) >droSim1.chr2R_random 1066095 120 - 2996586 GCCUGGGCGUGGAGAACCUGCGCUACGCCGGCUUGAUUGCCGGUGAAACGUCGCAGGCCUACGAGGAGAUUGUUACCAUUGCUAUGGUUACCUGCCGCACUAUUGGCAUUGGAUCCUAUG (((((((((..(.....)..)))).(((((((......)))))))........))))).....((((.......(((((....)))))..(((((((......)))))..)).))))... ( -46.60, z-score = -2.26, R) >droSec1.super_1 1501175 120 - 14215200 GCCUGGGCGUGGAGAACCUGCGCUACGCUGGCUUGAUUGCCGGUGAAACGUCGCAGGCCUACGAGGAGAUUGUUACCAUCGCUAUGGUUACCUGCCGCACCAUUGGCAUUGGAUCCUAUG (((((((((..(.....)..)))).(((((((......)))))))........))))).....((((.......(((((....)))))..(((((((......)))))..)).))))... ( -43.60, z-score = -1.14, R) >droYak2.chr2L 16520197 120 - 22324452 GUCUGGGCGUGGAGAACCUACGGUACGCCGGCUUAAUUGCCGGUGAAACGUCGCAGGCCUACGAGGAGAUAGUUACCAUCGCCAUGGUUACCUGCCGUACUAUUGGCAUUGGAUCCUAUG ((((((((((.....(((...))).(((((((......)))))))..))))).))))).....((((..((((.(((((....))))).)).(((((......))))).))..))))... ( -43.50, z-score = -1.34, R) >droEre2.scaffold_4929 7876656 120 + 26641161 GUCUGGGCGUGGAGAACCUACGGUACGCCGGUUUGAUUGCCGGUGAAACGUCGCAGGCGUACGAGGAGAUUGUUACCAUCGCCAUGGUUACAUGCCGUACUAUUGGCAUUGGAUCCUAUG ((((((((((.....(((...))).(((((((......)))))))..))))).))))).....((((...(((.(((((....))))).)))(((((......))))).....))))... ( -43.30, z-score = -1.24, R) >droAna3.scaffold_13266 16187960 120 - 19884421 GCCUUGGCGUGGAGAAUCUGCGCUAUGCCGGUCUGAUUGCCGGCGAGACGUCCCAAGCCUACGAAGAGAUUGUUACCAUUGCCAUGGUCACGUGCCGUACCAUCGGUAUCGGGUCGUACG ....(((((..(.....)..)))))(((((((......)))))))..(((.(((.................((.(((((....))))).))((((((......)))))).))).)))... ( -43.50, z-score = -0.78, R) >dp4.chr3 5494273 120 - 19779522 GCCUGGGCGUCGAAAAUCUGCGCUAUGCCGGCCUGAUUGCCGGCGAAACGUCGCAGGCGUACGAGGAGAUUGUCACCAUUGCGAUGGUCACCUGCCGCACCAUCGGCAUCGGCUCCUAUG ((((((((((.(.....).))))).(((((((......)))))))........))))).....(((((...((.(((((....))))).)).(((((......)))))....)))))... ( -47.70, z-score = -0.95, R) >droPer1.super_2 5693556 120 - 9036312 GCCUGGGCGUCGAAAAUCUGCGCUAUGCCGGCCUGAUUGCCGGCGAAACGUCGCAGGCGUACGAGGAGAUUGUCACCAUUGCGAUGGUCACCUGCCGCACCAUCGGCAUCGGCUCCUAUG ((((((((((.(.....).))))).(((((((......)))))))........))))).....(((((...((.(((((....))))).)).(((((......)))))....)))))... ( -47.70, z-score = -0.95, R) >droWil1.scaffold_180700 1760887 120 - 6630534 GUUUGGGUGUUGAGAAUUUGCGUUAUGCUGGUCUGAUUGCUGGUGAAACAUCACAAGCCUAUGAAGAGAUUGUAACCAUAGCCAUGGUCACUUGCCGCACCAUUGGCAUUGGCUCUUAUG (((((((((((....((..((((((........))).)))..))..)))))).))))).....(((((...((.(((((....))))).)).(((((......)))))....)))))... ( -28.10, z-score = 1.52, R) >droVir3.scaffold_12875 14757579 120 - 20611582 GUCUGGGCGUUGAGAAUCUGCGCUACGCUGGCCUCAUUGCCGGCGAGACAUCGCAGGCAUACGAGGAGAUCGUGACCAUUGCAAUGGUCACCUGCCGCACCAUUGGCAUUGGCUCCUAUG ((((((((((.(.....).))))).(((((((......)))))))........))))).....(((((.((((((((((....)))))))).(((((......)))))..)))))))... ( -50.40, z-score = -2.35, R) >droMoj3.scaffold_6496 10229837 120 - 26866924 GCUUGGGCGUUGAGAAUUUGCGGUAUGCUGGUUUGAUUGCCGGUGAAACAUCCCAGGCGUAUGAGGAAAUCGUAACCAUUGCCAUGGUCACCUGUCGCACCAUCGGCAUCGGCUCCUAUG ...((((.(((((....(((((((..((((((......))))))......(((((......)).))).)))))))....((((((((((.......).))))).))))))))).)))).. ( -36.80, z-score = 0.43, R) >droGri2.scaffold_15245 14767742 120 - 18325388 GUCUGGGCGUUGAGAAUCUACGCUAUGCCGGCCUCAUCGCUGGAGAAACUUCGCAGGCCUACGAGGAGAUUGUGACCAUUGCCAUGGUCACCUGUCGCACCAUCGGCAUUGGCUCCUAUG (((..(((((.(.....).)))))((((((((((....((.((((...)))))))))))...((((.(((.((((((((....))))))))..)))...)).))))))).)))....... ( -41.70, z-score = -0.85, R) >triCas2.ChLG6 7500596 120 + 13544221 GUUUAGGUGUCGAAAACUUGCGAUACGCUGGAAUGAUCGCCGGCGAAACAUCCCGAGCCUAUGACGAAAUCGUCACAAUAUCAAUGGUUUCGUGUCGAGCGAUCGGAAUCGGCUCAUAUC ((((..((((((........))))))(((((........))))).)))).....(((((..(((((....)))))..........(((((((.(((....)))))))))))))))..... ( -41.00, z-score = -2.02, R) >consensus GUCUGGGCGUGGAGAAUCUGCGCUACGCCGGCCUGAUUGCCGGUGAAACGUCGCAGGCCUACGAGGAGAUUGUUACCAUUGCCAUGGUCACCUGCCGCACCAUUGGCAUUGGCUCCUAUG ((((((((((.(........)....(((((((......)))))))..))))).)))))...(((.......((.(((((....))))).)).(((((......))))))))......... (-28.41 = -26.82 + -1.59)
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