| Sequence ID | dm3.chr2R |
|---|---|
| Location | 3,013,875 – 3,013,993 |
| Length | 118 |
| Max. P | 0.858050 |
| Location | 3,013,875 – 3,013,993 |
|---|---|
| Length | 118 |
| Sequences | 13 |
| Columns | 118 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 80.13 |
| Shannon entropy | 0.46451 |
| G+C content | 0.61793 |
| Mean single sequence MFE | -49.89 |
| Consensus MFE | -27.82 |
| Energy contribution | -28.03 |
| Covariance contribution | 0.21 |
| Combinations/Pair | 1.59 |
| Mean z-score | -1.66 |
| Structure conservation index | 0.56 |
| Background model | dinucleotide |
| Decision model | sequence based alignment quality |
| SVM decision value | 0.94 |
| SVM RNA-class probability | 0.858050 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>dm3.chr2R 3013875 118 - 21146708 CAUCUCCGAGGAGCUGCGCGACUGGUUGCGACGCCUCCUCCGCCGCCGGGCAUUGGAGUUAUCCGUGUAGCUCUUUGAGCGCGACAUAGUGUCCUGGACGCUGUGAAAGCGCACCUCC ......(((((((((((((..(((((.(((..........))).))))).....(((....)))))))))))))))).((((..(((((((((...)))))))))...))))...... ( -54.60, z-score = -3.30, R) >anoGam1.chr2L 48180616 112 - 48795086 CGUCCUCGGCCAGCU-CAUCGUCAUCCGAUGCGU-AGCUGCUUCUCCGCUGAUGGUGGUGGCUCG----GCUCGUCGCGGGAAGUAUGGCGUCGGCGACGAGGUGAUCGUCUGCUGCC ........(((((((-(((((.....)))))...-)))((((((.((((.((((((.(.....).----)).))))))))))))))))))(.(((((((((.....))))).))))). ( -44.60, z-score = 0.40, R) >droPer1.super_2 1476343 118 - 9036312 CAUCUCCGAGGAGCUGCGAGACUGGUUACGACGUCGGCGCCGGCGACGGGCAUUCGAGUUAUCCGUGUAGCUCUUGGAGCGCGACAUAGUGUCCUGGACGCUGUGGAAUCGCACCUCC .......((((.(((.(((((...(((((..(((((....)))))((((..(.......)..)))))))))))))).)))(((((((((((((...)))))))))...)))).)))). ( -49.40, z-score = -1.22, R) >droGri2.scaffold_15245 9258840 118 - 18325388 CAUCUCGGAGGAGCUACGUGACUGAUUCCGACGUCGGCGACGACGUCGUGCAUUGGAAUUGUCCGUGUAACUCUUGGAACGCGACAUGGUGUCUUGGACGCUGUGGAAGCGCACCUCU ..(((.((((..((.(((.(((.(((((((((((((....))))))).......))))))))))))))..)))).)))..(((.(((((((((...)))))))))....)))...... ( -48.51, z-score = -2.43, R) >droMoj3.scaffold_6496 22003848 118 + 26866924 CAUCUCCGAGGAGCUGCGCGAUUGAUUGCGCCGCCGGCGUCGUCGUCUCGCAUUCGAGUUGUCCGUGUAGCUCUUCGAGCGGGACAUCGUGUCUUGCACGCUGUGGAAGCGCACUUCC ......((((((((((((((...(((.(((((...))))).)))..((((....)))).....)))))))))))))).(((((((.....))))))).((((.....))))....... ( -52.40, z-score = -1.92, R) >droVir3.scaffold_10324 1179933 118 - 1288806 CAUCUCGGAGGAGCUGCGCGAUUGAUUGCGCCGCCGGCGACGACGUCGCGCAUUCGAGUUAUCCGUGUAGCUCUUGGAGCGCGACAUGGUGUCCUGCACGCUGUGAAAGCGCACCUCC ......((((((((((((((.((((.(((((((.((....)).))..))))).))))......)))))))))).....((((..((((((((.....))))))))...))))..)))) ( -52.70, z-score = -1.71, R) >droWil1.scaffold_180700 2617359 118 - 6630534 CAUUUCCGAGGAGCUACGCGAUUGAUUACGUCGCCGGCGACGACGUCGUGCGUUGGAGUUAUCCGUGUAGCUUUUGGACCGCGACAUGGUAUCCUGCACACUAUGGAAACGAACCUCU ....((((((.(((((((((..(((((.((.((((((((....))))).))).)).)))))..))))))))))))))).((...((((((.........))))))....))....... ( -41.10, z-score = -1.52, R) >dp4.chr3 1301964 118 - 19779522 CAUCUCCGAGGAGCUGCGAGACUGGUUACGACGUCGGCGCCGGCGACGGGCAUUCGAGUUAUCCGUGUAGCUCUUGGAGCGCGACAUAGUGUCCUGGACGCUGUGGAAUCGCACCUCC .......((((.(((.(((((...(((((..(((((....)))))((((..(.......)..)))))))))))))).)))(((((((((((((...)))))))))...)))).)))). ( -49.40, z-score = -1.22, R) >droAna3.scaffold_13266 3250534 118 - 19884421 CAUUUCAGAGGAGCUGCGGGACUGGUUGCGGCGCCUUCGCCUCCGCCGGGCAUUCGAGUUGUCCGUGUAGCUCUUGGAGCGCGACAUCGUGUCCUGGACACUGUGGAAACGUACCUCU ......(((((.((..((((((..(((((((((....))))...((((((((.......)))))).)).((((...))))))))).....))))))........(....))).))))) ( -44.90, z-score = -0.16, R) >droEre2.scaffold_4929 7086947 118 + 26641161 CAUCUCCGAGGAGCUGCGCGACUGGUUGCGACGCCUCCUCCGCCGCCGCGCAUUGGAGUUAUCCGUGUAGCUCUUGGAGCGCGACAUGGUGUCCUGGACGCUGUGGAAGCGCACCUCC ....((((((.(((((((((..((((.(((..........))).))))..)...(((....)))))))))))))))))((((..(((((((((...)))))))))...))))...... ( -51.40, z-score = -1.42, R) >droYak2.chr2L 15725757 118 - 22324452 CAUCUCCGAGGAGCUGCGCGACUGGUUGCGACGCCUCCUCCGCCGCCGGGCAUUGGAGUUAUCCGUGUAGCUCUUGGACCGCGACAUAGUGUCUUGGACGCUGUGGAAGCGCACCUCC ....((((((.((((((((..(((((.(((..........))).))))).....(((....)))))))))))))))))..(((.(((((((((...)))))))))....)))...... ( -51.40, z-score = -1.97, R) >droSec1.super_1 682911 118 - 14215200 CAUCUCCGAGGAGCUGCGCGACUGGUUGCGACGCCUCCUGCGCCGCCGGGCAUUGGAGUUAUCCGUGUAGCUCUUGGAGCGCGACAUAGUGUCCUGGACGCUGUGAAAGCGCACCUCC ....((((((.((((((((..(((((.(((.((.....))))).))))).....(((....)))))))))))))))))((((..(((((((((...)))))))))...))))...... ( -55.50, z-score = -2.87, R) >droSim1.chr2R 1812948 118 - 19596830 CAUCUCCGAGGAGCUGCGCGACUGGUUGCGACGCCUCCUGCGCCGCCGGGCAUUGGAGUUAUCUGUGUAGCUCUUGGAGCGCGACAUAGUGUCCUGGACGCUGUGAAAGCGCACCUCC ....((((((.((((((((..(((((.(((.((.....))))).))))).....(((....)))))))))))))))))((((..(((((((((...)))))))))...))))...... ( -52.70, z-score = -2.20, R) >consensus CAUCUCCGAGGAGCUGCGCGACUGGUUGCGACGCCGGCGCCGCCGCCGGGCAUUGGAGUUAUCCGUGUAGCUCUUGGAGCGCGACAUAGUGUCCUGGACGCUGUGGAAGCGCACCUCC ........((((((((((((.......(((.((.......)).))).........((....))))))))))))))((((.(((.((((((((.....))))))))....)))..)))) (-27.82 = -28.03 + 0.21)
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