| Sequence ID | dm3.chr2L |
|---|---|
| Location | 226,122 – 226,233 |
| Length | 111 |
| Max. P | 0.520743 |
| Location | 226,122 – 226,233 |
|---|---|
| Length | 111 |
| Sequences | 12 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 83.27 |
| Shannon entropy | 0.34306 |
| G+C content | 0.49769 |
| Mean single sequence MFE | -42.94 |
| Consensus MFE | -17.45 |
| Energy contribution | -17.91 |
| Covariance contribution | 0.46 |
| Combinations/Pair | 1.23 |
| Mean z-score | -2.47 |
| Structure conservation index | 0.41 |
| Background model | dinucleotide |
| Decision model | sequence based alignment quality |
| SVM decision value | 0.05 |
| SVM RNA-class probability | 0.520743 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>dm3.chr2L 226122 111 + 23011544 AUGCUGACCAGGUACAUGGCCAAUUUAUUGAUGUCCAAGUUGGCCAGCUGGUUGACAUCUGUGGUGUUGAGU---------AUGCUGAGCAUUAGGCUUAUGUCGGCGGCGGUUGGCAUA ((((..(((.......((((((((((..........))))))))))((((.(((((((..((((((((.((.---------...)).))))))..))..))))))))))))))..)))). ( -46.80, z-score = -3.29, R) >droSim1.chr2L 230259 110 + 22036055 AUGCUGACCAGGUACAUGGCCAAUUUAUUGAUGUCCA-GUUGGCCAGCUGGUUGACAUCUGUGGUGUUGAGU---------AUGCUGAGCAUUAGGCUUAUGUCGGCGGCGGUUGGCAUA ((((..(((.......(((((((((...........)-))))))))((((.(((((((..((((((((.((.---------...)).))))))..))..))))))))))))))..)))). ( -45.60, z-score = -2.92, R) >droSec1.super_14 224053 111 + 2068291 AUGCUGACCAGGUACAUGGCCAAUUUAUUGAUGUCCAAGUUGGCCAGCUGGUUGACAUCUGUGGUGUUGAGU---------AUGCUGAGCAUUAGGCUUAUGUCGGCGGCGGUUGGCAUA ((((..(((.......((((((((((..........))))))))))((((.(((((((..((((((((.((.---------...)).))))))..))..))))))))))))))..)))). ( -46.80, z-score = -3.29, R) >droYak2.chr2L 219201 111 + 22324452 AUGCUGACCAGGUACAUGGCCAAUUUAUUGAUGUCCAAGUUGGCCAGCUGGUUGACAUCUGUGGUGUUGAGU---------AUGCUAAGCAUCAGGCUUAUGUCGGCGGCGGUUGGCAUA ((((..(((.......((((((((((..........))))))))))((((.(((((((.(.(((((((.((.---------...)).))))))).)...))))))))))))))..)))). ( -46.30, z-score = -3.07, R) >droEre2.scaffold_4929 272479 111 + 26641161 AUGCUGACCAGGUACAUGGCCAAUUUAUUGAUGUCCAAGUUGGCCAGCUGGUUGACAUCUGUGGUGUUGAGU---------AUGCUGAGCAUUAGGCUUAUAUCGGCUGCGGUUGGCAUA ((((..(((.......((((((((((..........))))))))))((.((((((.((..((((((((.((.---------...)).))))))..))..)).)))))))))))..)))). ( -40.80, z-score = -1.71, R) >droAna3.scaffold_12943 875489 111 - 5039921 AUGCUGACCAGGUACAUGGCCAGCUUGUUGAUGUCCAACUGGGCCAGCUGAUUGACGUCGGUGGUGUUGAGA---------AUGCUGAGCAUCAGGCUGAUGUCGGCGGCCGAGGGCAUG ..((((.(((......))).))))......((((((...(.((((.(((....(((((((((((((((.((.---------...)).))))))..)))))))))))))))).))))))). ( -46.70, z-score = -1.97, R) >dp4.chr4_group1 896171 111 - 5278887 AUGCUGACGAGGUACAUGGCCAGCUUAUUGAUAUCCAAAUUGGCCAACUGGCUGACAUCGGUGGUGUUGAGG---------AUGCUCAACAUUAGGCUGAUAUCGGCGGCGGUGGGCAUC (((((.((........(((((((....(((.....))).)))))))....(((((.(((((((((((((((.---------...)))))))))..)))))).)))))....)).))))). ( -42.10, z-score = -2.39, R) >droPer1.super_5 827524 111 + 6813705 AUGCUGACGAGGUACAUGGCCAGCUUAUUGAUAUCCAAAUUGGCCAACUGGCUGACAUCGGUGGUGUUGAGG---------AUGCUCAACAUUAGGCUGAUAUCGGCGGCGGUGGGCAUC (((((.((........(((((((....(((.....))).)))))))....(((((.(((((((((((((((.---------...)))))))))..)))))).)))))....)).))))). ( -42.10, z-score = -2.39, R) >droWil1.scaffold_180764 110777 111 + 3949147 AUACUGACCAAAUACAUGGCCAGUUUGUUGAUAUCCAAAUUGGCCAAUUGACUGACAUCGGUUGUGUUGAGG---------AUGCUUAGCAUUAGGCUAAUAUCGGCAGCAGUUGGCAUG ....((.((((.....(((((((((((........)))))))))))...(((((....))))).(((((..(---------(((.(((((.....)))))))))..))))).)))))).. ( -37.30, z-score = -2.57, R) >droVir3.scaffold_12963 11330705 111 - 20206255 AUACUAACCAAAUACAUGGCCAGUUUGUUGAUAUCCAAGUUGGCCAAUUGGCUGACAUCGGUUGUGUUGAGG---------AUGCUCAGCAUAAGGCUGAUAUCGGCGGCUGUGGGCAUG ..............((((.(((..(((((((((((...((..(((....)))..)).....((((((((((.---------...))))))))))....)))))))))))...))).)))) ( -42.30, z-score = -2.87, R) >droGri2.scaffold_15252 12913025 111 + 17193109 AUACUAACCAAAUACAUGGCCAGCUUGUUGAUAUCCAAAUUGGCCAAUUGGCUGACAUCUGUUGUGUUGAGG---------AUGCUCAGCAUCAGGCUUAUGUCGGCAGCGGUGGGCAUU ...((.(((.......(((((((.(((........))).)))))))....((((((((..(((((((((((.---------...))))))))..)))..))))))))...))).)).... ( -40.00, z-score = -2.06, R) >anoGam1.chr3R 42148795 120 - 53272125 AUACUAACCAAAUACAUUGCUAGUUUCUGAAGAUCAAUGUUCGCCAGCUGAUUUGGAUCGGCCGGGUUCAGGCCGAGUCCAAGGCUGAGCAUCAAGCUGAAGUCUGCAGCCGUCGGCAUG .............((((((...(((......)))))))))......(((((((((((((((((.......)))))).)))))((((((((.((.....)).).)).)))))))))))... ( -38.50, z-score = -1.07, R) >consensus AUGCUGACCAGGUACAUGGCCAGUUUAUUGAUAUCCAAGUUGGCCAGCUGGUUGACAUCGGUGGUGUUGAGG_________AUGCUGAGCAUUAGGCUUAUGUCGGCGGCGGUUGGCAUA ................(((((((....(((.....))).))))))).......(((((.....))))).............(((((((.(.....(((......)))....)))))))). (-17.45 = -17.91 + 0.46)
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