Locus 2963

Sequence ID dm3.chr2R
Location 365,603 – 365,772
Length 169
Max. P 0.990410
window4067 window4068 window4069

overview

Window 7

Location 365,603 – 365,719
Length 116
Sequences 6
Columns 118
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 75.43
Shannon entropy 0.47067
G+C content 0.56493
Mean single sequence MFE -41.10
Consensus MFE -26.93
Energy contribution -29.95
Covariance contribution 3.02
Combinations/Pair 1.22
Mean z-score -2.13
Structure conservation index 0.66
Background model dinucleotide
Decision model sequence based alignment quality
SVM decision value 2.42
SVM RNA-class probability 0.990410
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>dm3.chr2R 365603 116 - 21146708
AGUCACCGAUCGUGGCCACCACCUGGUCCUGAUCCGCACUCUGUACCACACCACAGCUACAGAGGUG-ACAACGAGGUGACUGUGUUGUGGACAGCAACUCGCCGCAACA-CACUUCA
((((((((((((.(((((.....))))).)))))(((.(((((((.(........).))))))))))-.......)))))))(((((((((.(........)))))))))-)...... ( -48.80, z-score =  -3.66, R)
>droSim1.chr3h_random 192768 116 + 1452968
AGUCACCGAUCGUGGCCACCACCUGGUCCAGAUCCGCACUCUGUACCACACCACAGCUACAGAGGCG-ACAACGAGGUGACUGUGUUGUGGGCAGCAACUCGCCGCAACA-CACUUCA
(((((((((((.((((((.....))).)))))))(((.(((((((.(........).))))))))))-.......)))))))(((((((((.(........)))))))))-)...... ( -49.70, z-score =  -3.82, R)
>droSec1.super_28 808529 116 + 873875
AUUCACCGAUCGUGGACACCACCUGAUCCCGAUCCGCACUCUGCACCACACCGCAGCUACAGAGGCG-UCAACGAGGUGACUGUGUUGUGGGCAGCAACUCGCCGCAACA-CACUUCA
..((((((((((.(((((.....)).))))))))(((.(((((................))))))))-.......))))).((((((((((.(........)))))))))-))..... ( -40.59, z-score =  -2.05, R)
>droYak2.chrU 2674141 117 - 28119190
AGUCACCUAUCGGGGCCACCACCUCGACCCGAUCCGCACUCAGUACCACACCAGAGCCACGGAUACG-ACAACAAGGUGGCUGUGUUGUGGGCAGAAACGUAUCUUAACACCAAUGCA
((((((((.((((((......))))))..(((((((..(((............)))...))))).))-......))))))))((((((((...(((......)))...)).)))))). ( -34.80, z-score =  -0.67, R)
>droEre2.scaffold_4784 25245384 117 - 25762168
AGUCACCGAUCGUGGCCACCACCUGGUCUCGAUCCGCGCUCUGUACCACACCAUAGCUACAGAGGUG-AUAUCGAGGUGACUGUGUUGUGGGCAGCAACGUGCCGCUACACCCAUGUA
((((((((((((.(((((.....))))).)))))(((.(((((((.(........).))))))))))-.......)))))))((((.((((.((......)))))).))))....... ( -47.20, z-score =  -2.23, R)
>droAna3.scaffold_13250 2521647 100 + 3535662
CACCAUUGAUCGUGGCCACCACCUGAACCUGAUCCGCACUCUGCAUCACUCUACAGUUGCAGAGGCAUUCAACAUAGUGACCG-AUCGUAG-UGACCGUGUA----------------
(((...(((((((((...)))).......(((...((.(((((((..(((....))))))))))))..)))...........)-))))..)-))........---------------- ( -25.50, z-score =  -0.35, R)
>consensus
AGUCACCGAUCGUGGCCACCACCUGGUCCCGAUCCGCACUCUGUACCACACCACAGCUACAGAGGCG_ACAACGAGGUGACUGUGUUGUGGGCAGCAACGCGCCGCAACA_CACUUCA
((((((((((((.(((((.....))))).)))))(((.(((((((.(........).))))))))))........))))))).((((((((...........))))))))........ (-26.93 = -29.95 +   3.02)

alignment

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secondary structure

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Window 8

Location 365,640 – 365,759
Length 119
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 76.42
Shannon entropy 0.45283
G+C content 0.55225
Mean single sequence MFE -34.20
Consensus MFE -20.67
Energy contribution -21.87
Covariance contribution 1.20
Combinations/Pair 1.23
Mean z-score -1.47
Structure conservation index 0.60
Background model dinucleotide
Decision model sequence based alignment quality
SVM decision value 0.74
SVM RNA-class probability 0.803771
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>dm3.chr2R 365640 119 - 21146708
ACCCUGCUACCGGCUUAUUCCACUUGGUCACUUCAGCUAUAGUCACCGAUCGUGGCCACCACCUGGUCCUGAUCCGCACUCUGUACCACACCACAGCUACAGAGGUG-ACAACGAGGUGA
.......((((((((....((....)).......))))...(((((((((((.(((((.....))))).))))).....((((((.(........).))))))))))-)).....)))). ( -35.70, z-score =  -1.09, R)
>droSim1.chr3h_random 192805 119 + 1452968
ACCCUGCUACCGGCUUAUUCCAGUUGGUCACUUCAGCUAUAGUCACCGAUCGUGGCCACCACCUGGUCCAGAUCCGCACUCUGUACCACACCACAGCUACAGAGGCG-ACAACGAGGUGA
.....((((((((((......)))))))......))).....(((((((((.((((((.....))).)))))))(((.(((((((.(........).))))))))))-.......))))) ( -39.00, z-score =  -2.03, R)
>droSec1.super_28 808566 119 + 873875
ACCCUGCUACCGACUUAUUCCAGUUGGUCACUUCAGCUAUAUUCACCGAUCGUGGACACCACCUGAUCCCGAUCCGCACUCUGCACCACACCGCAGCUACAGAGGCG-UCAACGAGGUGA
.....((((((((((......)))))))......))).....((((((((((.(((((.....)).))))))))(((.(((((................))))))))-.......))))) ( -34.19, z-score =  -2.06, R)
>droYak2.chrU 2674179 119 - 28119190
ACCUUGCUACGGGCUUAUUCCAAUUGGUCACCUGAGCUACAGUCACCUAUCGGGGCCACCACCUCGACCCGAUCCGCACUCAGUACCACACCAGAGCCACGGAUACG-ACAACAAGGUGG
((((((...((((............(((...(((.....)))..)))..((((((......))))))))))(((((..(((............)))...)))))...-....)))))).. ( -31.90, z-score =  -0.55, R)
>droEre2.scaffold_4784 25245422 119 - 25762168
ACCCUGCUACCGGCUUAUUCCAGUUGGACACCUGAGCUAUAGUCACCGAUCGUGGCCACCACCUGGUCUCGAUCCGCGCUCUGUACCACACCAUAGCUACAGAGGUG-AUAUCGAGGUGA
.....((((..((((((.(((....)))....)))))).))))(((((((((.(((((.....))))).)))))(((.(((((((.(........).))))))))))-.......)))). ( -41.20, z-score =  -2.02, R)
>droAna3.scaffold_13250 2521667 99 + 3535662
---------------------ACCCUGCUAUCAGCACCAUCACCAUUGAUCGUGGCCACCACCUGAACCUGAUCCGCACUCUGCAUCACUCUACAGUUGCAGAGGCAUUCAACAUAGUGA
---------------------.....((((((((....((((....)))).((((...))))))))...(((...((.(((((((..(((....))))))))))))..)))...)))).. ( -23.20, z-score =  -1.06, R)
>consensus
ACCCUGCUACCGGCUUAUUCCAGUUGGUCACCUCAGCUAUAGUCACCGAUCGUGGCCACCACCUGGUCCCGAUCCGCACUCUGUACCACACCACAGCUACAGAGGCG_ACAACGAGGUGA
..........................................((((((((((.(((((.....))))).)))))(((.(((((((.(........).))))))))))........))))) (-20.67 = -21.87 +   1.20)

alignment

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Window 9

Location 365,652 – 365,772
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 79.22
Shannon entropy 0.40583
G+C content 0.56586
Mean single sequence MFE -33.54
Consensus MFE -22.91
Energy contribution -24.78
Covariance contribution 1.88
Combinations/Pair 1.17
Mean z-score -1.31
Structure conservation index 0.68
Background model dinucleotide
Decision model sequence based alignment quality
SVM decision value 0.49
SVM RNA-class probability 0.717390
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>dm3.chr2R 365652 120 - 21146708
AGUCGGAGCUACGACCCUGCUACCGGCUUAUUCCACUUGGUCACUUCAGCUAUAGUCACCGAUCGUGGCCACCACCUGGUCCUGAUCCGCACUCUGUACCACACCACAGCUACAGAGGUG
(((((((((.........))).))))))..........(((.(((........))).)))(((((.(((((.....))))).)))))(((.(((((((.(........).)))))))))) ( -38.10, z-score =  -1.88, R)
>droSim1.chr3h_random 192817 120 + 1452968
AGUCGGAGCUACGACCCUGCUACCGGCUUAUUCCAGUUGGUCACUUCAGCUAUAGUCACCGAUCGUGGCCACCACCUGGUCCAGAUCCGCACUCUGUACCACACCACAGCUACAGAGGCG
(((((((((.........))).))))))..........(((.(((........))).)))((((.((((((.....))).)))))))(((.(((((((.(........).)))))))))) ( -39.00, z-score =  -2.08, R)
>droSec1.super_28 808578 120 + 873875
AGUCGGAGCUACGACCCUGCUACCGACUUAUUCCAGUUGGUCACUUCAGCUAUAUUCACCGAUCGUGGACACCACCUGAUCCCGAUCCGCACUCUGCACCACACCGCAGCUACAGAGGCG
(((((((((.........))).))))))......((((((.....)))))).........(((((.(((((.....)).))))))))(((.(((((................)))))))) ( -34.59, z-score =  -2.23, R)
>droYak2.chrU 2674191 120 - 28119190
AGUCAGAGCUACGACCUUGCUACGGGCUUAUUCCAAUUGGUCACCUGAGCUACAGUCACCUAUCGGGGCCACCACCUCGACCCGAUCCGCACUCAGUACCACACCAGAGCCACGGAUACG
.(((..(((.........))).(((((((........((((...(((((.....(((.....((((((......))))))...))).....))))).)))).....))))).)))))... ( -28.12, z-score =   0.38, R)
>droEre2.scaffold_4784 25245434 120 - 25762168
AGUCGGAGCUACGACCCUGCUACCGGCUUAUUCCAGUUGGACACCUGAGCUAUAGUCACCGAUCGUGGCCACCACCUGGUCUCGAUCCGCGCUCUGUACCACACCAUAGCUACAGAGGUG
.((((......))))...((((..((((((.(((....)))....)))))).))))....(((((.(((((.....))))).)))))(((.(((((((.(........).)))))))))) ( -39.00, z-score =  -1.22, R)
>droAna3.scaffold_13250 2521680 95 + 3535662
----GAAGCUAAGACCCUGCUAUCAGC---------------------ACCAUCACCAUUGAUCGUGGCCACCACCUGAACCUGAUCCGCACUCUGCAUCACUCUACAGUUGCAGAGGCA
----..(((.........)))(((((.---------------------...((((....)))).((((...))))......)))))..((.(((((((..(((....)))))))))))). ( -22.40, z-score =  -0.82, R)
>consensus
AGUCGGAGCUACGACCCUGCUACCGGCUUAUUCCAGUUGGUCACUUCAGCUAUAGUCACCGAUCGUGGCCACCACCUGGUCCCGAUCCGCACUCUGUACCACACCACAGCUACAGAGGCG
(((((((((.........))).))))))................................(((((.(((((.....))))).)))))(((.(((((((.(........).)))))))))) (-22.91 = -24.78 +   1.88)

alignment

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