| Sequence ID | dm3.chr2L |
|---|---|
| Location | 22,427,527 – 22,427,677 |
| Length | 150 |
| Max. P | 0.961551 |
| Location | 22,427,527 – 22,427,677 |
|---|---|
| Length | 150 |
| Sequences | 13 |
| Columns | 172 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 65.44 |
| Shannon entropy | 0.71656 |
| G+C content | 0.42756 |
| Mean single sequence MFE | -44.79 |
| Consensus MFE | -12.05 |
| Energy contribution | -12.29 |
| Covariance contribution | 0.24 |
| Combinations/Pair | 1.31 |
| Mean z-score | -2.44 |
| Structure conservation index | 0.27 |
| Background model | dinucleotide |
| Decision model | sequence based alignment quality |
| SVM decision value | 1.69 |
| SVM RNA-class probability | 0.961551 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>dm3.chr2L 22427527 150 - 23011544 ACGAGCAACGGAAGACUAAGAUUGCAGCUCAUAAGGCAGCAUAUGUUGCCAAGCUGCAGUCUG---AAACUGAGGCUUAAA--AGUGUU--CGUCACCAG--CUUCA--GUUUAUAUU---GGUGUAAAAAUAAAUAAACAGUUCUAAUGACACCAGCGACAAU-------- ....((..(....)....(((((((((((.....((((((....)))))).))))))))))).---(((((((((((....--.(((..--...))).))--)))))--))))....(---(((((.......(((.....)))......))))))))......-------- ( -49.52, z-score = -4.29, R) >droEre2.scaffold_4845 20752459 150 + 22589142 ACGAGCAACGGAAGACUAAGAUUGCAGCUCAUAAGGCAGCUUAUGUUGCUAAGCUGCAAUCUG---AAACUGAGGCAUAAA--AGAAAU--CGUCACCCG--CUUCA--GUUUACAUU---GGUGUAAUAAUAAAUAAACAGUUGUAAUGACGCCAGCGGCAAU-------- ....((..(....)....(((((((((((.....((((((....)))))).))))))))))).---((((((((((.....--.(....--).......)--)))))--)))).(.((---(((((.((.((((........)))).)).))))))).)))...-------- ( -46.82, z-score = -3.37, R) >droYak2.chr2h_random 3597856 144 + 3774259 ACGAGCAACGGAAGACUAAGAUUGCAGCUCAUAAGGCAGCUUAUGUUGCCAAGCUCCAGUCUG---AAACUGAGGCCUAAA--AGUGAU--CGACACCCG--CUUUA--GUUGAGAUU---GGUGUAAAAAUAAAUAAACAGUUGUAAUGACACCAGC-------------- ....((..(....)......(((((((((.....((((((....))))))..((.(((((((.---.(((((((((.....--.(((..--...)))..)--)))))--))).)))))---)).))..............))))))))).......))-------------- ( -43.00, z-score = -3.06, R) >droSim1.chr2h_random 1245529 147 - 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( -41.00, z-score = -1.18, R) >consensus ACGAGCAACGCAAGACUAAGAUUGCCGCCCACAAGGCAGCUUAUGUUGCCAAGCUUCAGUCUG___AGACUGAGGCCUAAA__AGCAUU__UGUCAACCG__CUGCA__GUUUGUAUU___GGUGUAAAAAUAAAUAAACAGUUGUAAUGACAACAACAAACAA________ ........(....)...............(((...(((((....)))))...(((.((((........)))).)))..............................................)))............................................... (-12.05 = -12.29 + 0.24)
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